Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_172057.3
Sequence Length
3165 nt
GC Content
0.6493
GAGUGCGGCCGCUGCUGGGCUGGCGGGCGGGCAGAGCACGGCACCCUGGCAGCAGGGCCCACGCCACGGGGCCAUGGGCAGCUCGAGCCAGGCAGGCUGCUGCCCACGCUUACUGCCAGGGUGACCCCAGCCCUGGGGCCCAGCCACAACCACCCUGGCUUCAUGCCAGGGGCUGCUCUGGUUGCCAGUCGGCCAGCCUCGGGGGUGCAGCCUGGGCUGGGACUGCUGCUGGGGUGCAGGUGAGGCAGUGGCCGGGCCCUCAGGCCCCAGGGCAGGCAGGCUGCAGGGAGCCAAGUCCUCCAUGGCGGCCCCAGCCGGGAAGGCGAGCAGGACAGGGGCUCUGCGGCCCAGGGCCCAGAAAGGCCGGGUGAGGCGGGCCGUGCGCAUCUCCAGCCUCGUGGCCCAGGAGGUCCUGUCCCUGGGCGCCGACGUGCUGCCUGAGUACAAGCUGCAGGCACCGCGCAUCCACCGCUGGACCAUCCUGCAUUACAGCCCCUUCAAGGCCGUGUGGGACUGGCUCAUCCUGCUGCUGGUCAUCUACACGGCUGUCUUCACACCCUACUCGGCUGCCUUCCUGCUGAAGGAGACGGAAGAAGGCCCGCCUGCUACCGAGUGUGGCUACGCCUGCCAGCCGCUGGCUGUGGUGGACCUCAUCGUGGACAUCAUGUUCAUUGUGGACAUCCUCAUCAACUUCCGCACCACCUACGUCAAUGCCAACGAGGAGGUGGUCAGCCACCCCGGCCGCAUCGCCGUCCACUACUUCAAGGGCUGGUUCCUCAUCGACAUGGUGGCCGCCAUCCCCUUCGACCUGCUCAUCUUCGGCUCUGGCUCUGAGGAGCUGAUCGGGCUGCUGAAGACUGCGCGGCUGCUGCGGCUGGUGCGCGUGGCGCGGAAGCUGGAUCGCUACUCAGAGUACGGCGCGGCCGUGCUGUUCUUGCUCAUGUGCACCUUUGCGCUCAUCGCGCACUGGCUAGCCUGCAUCUGGUACGCCAUCGGCAACAUGGAGCAGCCACACAUGGACUCACGCAUCGGCUGGCUGCACAACCUGGGCGACCAGAUAGGCAAACCCUACAACAGCAGCGGCCUGGGCGGCCCCUCCAUCAAGGACAAGUAUGUGACGGCGCUCUACUUCACCUUCAGCAGCCUCACCAGUGUGGGCUUCGGCAACGUCUCUCCCAACACCAACUCAGAGAAGAUCUUCUCCAUCUGCGUCAUGCUCAUUGGCUCCCUCAUGUAUGCUAGCAUCUUCGGCAACGUGUCGGCCAUCAUCCAGCGGCUGUACUCGGGCACAGCCCGCUACCACACACAGAUGCUGCGGGUGCGGGAGUUCAUCCGCUUCCACCAGAUCCCCAAUCCCCUGCGCCAGCGCCUCGAGGAGUACUUCCAGCACGCCUGGUCCUACACCAACGGCAUCGACAUGAACGCGGUGCUGAAGGGCUUCCCUGAGUGCCUGCAGGCUGACAUCUGCCUGCACCUGAACCGCUCACUGCUGCAGCACUGCAAACCCUUCCGAGGGGCCACCAAGGGCUGCCUUCGGGCCCUGGCCAUGAAGUUCAAGACCACACAUGCACCGCCAGGGGACACACUGGUGCAUGCUGGGGACCUGCUCACCGCCCUGUACUUCAUCUCCCGGGGCUCCAUCGAGAUCCUGCGGGGCGACGUCGUCGUGGCCAUCCUGGGGAAGAAUGACAUCUUUGGGGAGCCUCUGAACCUGUAUGCAAGGCCUGGCAAGUCGAACGGGGAUGUGCGGGCCCUCACCUACUGUGACCUACACAAGAUCCAUCGGGACGACCUGCUGGAGGUGCUGGACAUGUACCCUGAGUUCUCCGACCACUUCUGGUCCAGCCUGGAGAUCACCUUCAACCUGCGAGAUACCAACAUGAUCCCGGGCUCCCCCGGCAGUACGGAGUUAGAGGGUGGCUUCAGUCGGCAACGCAAGCGCAAGUUGUCCUUCCGCAGGCGCACGGACAAGGACACGGAGCAGCCAGGGGAGGUGUCGGCCUUGGGGCCGGGCCGGGCGGGGGCAGGGCCGAGUAGCCGGGGCCGGCCGGGGGGGCCGUGGGGGGAGAGCCCGUCCAGUGGCCCCUCCAGCCCUGAGAGCAGUGAGGAUGAGGGCCCAGGCCGCAGCUCCAGCCCCCUCCGCCUGGUGCCCUUCUCCAGCCCCAGGCCCCCCGGAGAGCCGCCGGGUGGGGAGCCCCUGAUGGAGGACUGCGAGAAGAGCAGCGACACUUGCAACCCCCUGUCAGGCGCCUUCUCAGGAGUGUCCAACAUUUUCAGCUUCUGGGGGGACAGUCGGGGCCGCCAGUACCAGGAGCUCCCUCGAUGCCCCGCCCCCACCCCCAGCCUCCUCAACAUCCCCCUCUCCAGCCCGGGUCGGCGGCCCCGGGGCGACGUGGAGAGCAGGCUGGAUGCCCUCCAGCGCCAGCUCAACAGGCUGGAGACCCGGCUGAGUGCAGACAUGGCCACUGUCCUGCAGCUGCUACAGAGGCAGAUGACGCUGGUCCCGCCCGCCUACAGUGCUGUGACCACCCCGGGGCCUGGCCCCACUUCCACAUCCCCGCUGUUGCCCGUCAGCCCCCUCCCCACCCUCACCUUGGACUCGCUUUCUCAGGUUUCCCAGUUCAUGGCGUGUGAGGAGCUGCCCCCGGGGGCCCCAGAGCUUCCCCAAGAAGGCCCCACACGACGCCUCUCCCUACCGGGCCAGCUGGGGGCCCUCACCUCCCAGCCCCUGCACAGACACGGCUCGGACCCGGGCAGUUAGUGGGGCUGCCCAGUGUGGACACGUGGCUCACCCAGGGAUCAAGGCGCUGCUGGGCCGCUCCCCUUGGAGGCCCUGCUCAGGAGGCCCUGACCGUGGAAGGGGAGAGGAACUCGAAAGCACAGCUCCUCCCCCAGCCCUUGGGACCAUCUUCUCCUGCAGUCCCCUGGGCCCCAGUGAGAGGGGCAGGGGCAGGGCCGGCAGUAGGUGGGGCCUGUGGUCCCCCCACUGCCCUGAGGGCAUUAGCUGGUCUAACUGCCCGGAGGCACCCGGCCCUGGGCCUUAGGCACCUCAAGGACUUUUCUGCUAUUUACUGCUCUUAUUGUUAAGGAUAAUAAUUAAGGAUCAUAUGAAUAAUUAAUGAAGAUGCUGAUGACUAUGAAUAAUAAAUAAUUAUCCUGAGGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1452.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1503.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 929.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.(((((((((((((..((((((((...(((.((..(((((((((((((...(((((.((...))))))).((((((((...((((.....))))))))))))......))))))))))).))...)).)))..)))).))))...)).(((((((.....)))))))((.((((((((.((.((((..((((((.((((.......)))))))))))))))).))))))))))......))))))))))).))((((((.....(((((((...((((((((((..((..(((((.(.((.(..(((.....)))..).)).).)))))..)).)))))))))).(((((((((...(((((((((...(((((.((........(((((...(((((((((.((..((((((((((((.(((.(((((.(((((((((....))).))))))(((((((......((.(((...))).))................(((((((((((((((((..........)))))))..))))))))))((((((((((((...((((((.((((((.((((((((((..((..(((((...((..((((((..((((.(........(((((((..(((..(((((((((....((((((.(((.((((....((((((..............))))))......))))..))))).))))((.(((((....)))))))(((......)))))))))))).)))..))))))).......).)))))))))).)).....)))))..))..)))..)))))))...))....))))))))))..))).)).))))))))))))))((((((.((((((((((((((((((((((((......)))....(.((((((((...)))))))).)...(((......)))..))))))).)).)))))))))))).((((..(((((((.((((..(((.....((..(((((((..((((........))).)..))))))).))..))))))))))))))))))...........))))))(.(((((((((((((((((.....))).(((((.(((....)))..)))))...((((((((....((((((((((((.(((((....................((((((.((((..((((..((.((((((((((.((..(((((....(((((.((((.........)))))))))..)))))......(((((((((........)))).)))))..........(((((((..((((.((((((......))))))..(((............))).(((((((.((.((((....)))).))..)).)))))....))))..))))))))))))).))))))))..))))..)))).))))))...(((((((........))))))).)))))))((.....))((((....))))......(((((((((((......)))..))))))))(((((((((((..(((...)))....))))....)))))))..))))))))))..))))))))..((((((..(((((((((....(((((...((...))...)))))..))))))))).((((((.((((((.((.((((((((........(((((((..(((((((..(((.......)))(((.(((.(((((((.((((((((.(((...((((.....))))))).))))...((((.((((....)))).))))(((((.......))))).......(((((...(((.((((...(((((((.(((((........................))))))))))))...)))).))).)))))...((((((((....((..(((...((....)).....(((((((((........))))..)))))((((.(((((.(((((.(((((.((...(((((((((((((((.((..((((.((...(((((((((((((((.(((((((((((((((((....))).)))).)))))))))).((((((..((((((((((((.(((((((((((.(.((..........))).)))))).)))))((((((((((((.((.((((((.(.((((((((((((((.((.((((((((.((..((((((.............))))))..)).)))))))).))....((((((((..............))))))))((((.((.((((((..(((........).))..))))))))))))..))))))))..................(((..........)))..))))))))))))).).).))).((((..((((((.....))))))....))))....)))))))))...(((((.((....)).)))))...))))).)).))))).))).))).......))))))))))...).)))).)).))))..)).)))...))))))))))))...)))))))))).)))))))))))..)))..))..))))))))((((.(((.......))).)))).)))).))))..))).))).))).........)))))))))))))))))))))).)).))))..))))))))..........(((((((.((((((((......)).))))))..((....))....)))))))....)))))).....)))))))))))).)).).))))))))...)))))))))..)))..)).)))))))))..(((((((.((((((((((....(.((((..(..(((..((((.(((((.((.(......))).))))))))).((((..(((((..............)))))..)))).)))..)..)))).)..))))))))))((((((.((.((((((...)))))))).))))))))))))).....)))))....)).)))))....)))))))))))))))))).((((((....)).......)))).....)))))))(((((((...)))))))....((.(((..................))).))(((((.(((.........))).)))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,((,((((((({(((,{{((({(,{{({{.|{{{{({,{((((((((((((.{{(((((.({...})))))).((((((((...((((.....))))))))))))......})))))))))}.||{{,|},}))}||{{{,|||.,.....(((((((.....))))))){{|||||||{|||||.|||))}}}}||.||||||,||}||||||||}|||.}}|||}}}|}}}}}},||||,|}}}|||||||{||(({,{(((({{{{((|.,({{(((((((((({{((..(((((,{.{{{{,{{(,..|||}}|,,|{}|{|{|||,|{{||{,},}|||||{.,{(((({{{...||||((((({{{(((((,(({,,....,(((((.,,({((((((({{(,.{,,,||||||||,{{|||((((.(((((((((....))).)))))).|||||...,,..||}|}}.....,,}},,..{{{{,.......(((((((((((((((((..........)))))))..)))))))))),((((({{{{((,..{{(((|,,{{{{{.|{{|||||||..||}}||,||}}}||}}((((({,.,{|||||..,}}},(((((((.,(((..(((((((((....,,((((,((,.,|||,,,,((((((..............))))))...,,,,|||..,,,}}.})))||.(((((....}}}}},,(((......)))))))))))).})}.,))))))).....,.,.,,,}))})))}))...|})))||,.))}}))).})))))))|.,)},,,,}}))))}))}..{(((((((((((.((((.((((((((((((((((((((((((((((((({((,{,...||.....|,((((((((...)))))))).,...{|{......))}..))))))).)).)))))))))))).((((,.{((((((.((((..,((.....((..(((((((..((((........))).)..))))))).)).}),}))))))))))))))).............))))))))).).))))..{{({{....,))}.{((((.(((....)))..)))))...)))))))))))},,,{,(((((((...((,...}}.....}}}.,}}}..((((((.((((.,((((..((.((((((((((.((..(((((....(((((.((((.,.......)))))))))..)))))......(((((((((........))))))))))..........(((((((..((((.((((((......))))))..,,(............,}|.(((((,({{{.{{((,...}))),}}..,)})))))....))))..))))))))))))),,)))))))..)))),.)))).)))))),..(((((((........)))))))...,,...||}}.,.})||||}}.}))),..}}}}.,,,{||||||....,{|}}..))))})))|||{||||||(..{{,.....|,.,.||||{,,,|}|||}}..,.}.)))))))})),))))},.||||||..(((((((({....{((((..{({...}}...)))})..))))))))).{(((((.({((((.((.((((((((........((((((({.{((({{{..{,{,...,|,}}}|{{{(({.{{{{,,({(((({(((.(((||.{(((,...,|||,||,.)))}...{(({.{(((..,.)})).)))}(({((.,,....))}}},{{,{,,(((((,,,({{.{|||,,.(((((((.(((((.,{{,....,..,.,.........))))))))))))..,)))).}}}.))}}).,.{|||||||,,.,|{..{{(...{{....}}..,,|(((((((((........))))..)))))|(((.((((||{({((.(((((.((...(((((((((((({((.(({,((({,((...(((((((((((((((.(((((((((((((({((....})).)))).)))))))))).((((((..(((((((((((({(((((((((((.(..({....}}...,.,.)))))).))))){(((((((((((.({,((((((.(.((((((((((((((.((.((((((((.((..((((((........,....))))))..)).)))))))).)),,.{{(((((((..............))))))))|(((.,.{{(((((,.{({.......,}.}}..))))))))))))},)))))))).................,{{{..........)))..))))))))))))).).).))).((((.,((((((.....)))))).,..))))....))))))))}...(((((.((....)).)))))...))))).),}))))).))).))).......))))))))))...),}))).)},))}),.)).)))}..))))))))))))...)))))))))).))))))))))}..)))..}},.}}}}}}}}.,{,,{||,,,{{,,}|,,}})}.,}}|}},,,..)).}})))))),}}|}|,..}))))))))))))))))))))).)).)))}..,,))))))},},.,,...,,((((({(((((||({{{{{,...((|,((({{(({...,.{{{|}}|{|}|,..||||||{{...,,)))))))),)},)}),},))))})...}|||}||,|{{.||{.||.||||||}||{,({,,,||,|||{{,||||}}.,}|||{|},|}.|||..((((.(((((.((.{......,)).))))))))).((((..(((((,,........,}..)))))..)))),||,..,...))))),}))))}))),,((((((.((.((((((...)))))))).)))))),))))))}.,}})))))}},.},.}))))}.,}))))))))))}))))}},.|}||||,,.,||,....,}}||,.....,}))|||{{(({((,,,{{||||,|{{,||.,(({{,.,.....,,.,},..,}}.}}|||,,.|||,,....,..}}.,))))))))))),..
Back