Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_172374.3
Sequence Length
2314 nt
GC Content
0.6145
GAUUCCCCGCUCGCGACUCCCCACCCCCCAGGGCUCCCUAAAGAGGGCCACGAGCUGCGAAAGGGCGGGAAAGGCAGUUGGAGAAGAGGUAAGCGGUUACUCACUCCAUGGCUGCAGCAAGGAGAGGCGGCGGCGGCCUCGGCUGAAGAAAGAAGGUGGGAGCGGAGAGCGCAGGCGUGAAACCCACCUUGUCCCAUCCACAUCAGGACAUCCCAGCUGGAGUUCAACCUUCAUCCCUUCUGUGGCAGUUAGGAGACUGAAUCAAGGUCCAGAGAAGGUGGAGGAAUCCUGAUACUGAGCGGAAGAAAAUACACAGAUGUGCUUCCUUCCCAGUCCUGACAAAUGGCCUUUCCUUAAGUUCCUCAUUAAUUCAUAUGAAGACAACACAUUUGGUGACUAAAUUUGGAAUCAGAGGCUUUUAAAGCCUCCCAGCUGCUCUGACCCCAAUAUCAGGAACUUGGCAUCUCUGAUCUAACAAGGGCACCACUAACAAGGACAAAGCCACCAUCAUUCACCUUGAUUCCGCACAUGCCCAACGAUGACUUCUGUCCUGGGCUAACCAUAAAGGCCAUGGGUGCUGAGAGAGCCCCCCAGAGGCAGCCAUGCACCCUGCACCUCCUCGUCCUCGUCCCCAUCCUCCUCAGCCUGGUGGCCUCCCAGGACUGGAAGGCUGAACGCAGCCAAGACCCCUUCGAGAAAUGCAUGCAGGAUCCUGACUAUGAGCAGCUGCUCAAGGUGGUGACCUGGGGGCUCAAUCGGACCCUGAAGCCCCAGAGGGUGAUUGUGGUUGGCGCUGGUGUGGCCGGGCUGGUGGCCGCCAAGGUGCUCAGCGAUGCUGGACACAAGGUCACCAUCCUGGAGGCAGAUAACAGGAUCGGGGGCCGCAUCUUCACCUACCGGGACCAGAACACGGGCUGGAUUGGGGAGCUGGGAGCCAUGCGCAUGCCCAGCUCUCACAGGAUCCUCCACAAGCUCUGCCAGGGCCUGGGGCUCAACCUGACCAAGUUCACCCAGUACGACAAGAACACGUGGACGGAGGUGCACGAAGUGAAGCUGCGCAACUAUGUGGUGGAGAAGGUGCCCGAGAAGCUGGGCUACGCCUUGCGUCCCCAGGAAAAGGGCCACUCGCCCGAAGACAUCUACCAGAUGGCUCUCAACCAGGCCCUCAAAGACCUCAAGGCACUGGGCUGCAGAAAGGCGAUGAAGAAGUUUGAAAGGCACACGCUCUUGGAAUAUCUUCUCGGGGAGGGGAACCUGAGCCGGCCGGCCGUGCAGCUUCUGGGAGACGUGAUGUCCGAGGAUGGCUUCUUCUAUCUCAGCUUCGCCGAGGCCCUCCGGGCCCACAGCUGCCUCAGCGACAGACUCCAGUACAGCCGCAUCGUGGGUGGCUGGGACCUGCUGCCGCGCGCGCUGCUGAGCUCGCUGUCCGGGCUUGUGCUGUUGAACGCGCCCGUGGUGGCGAUGACCCAGGGACCGCACGAUGUGCACGUGCAGAUCGAGACCUCUCCCCCGGCGCGGAAUCUGAAGGUGCUGAAGGCCGACGUGGUGCUGCUGACGGCGAGCGGACCGGCGGUGAAGCGCAUCACCUUCUCGCCGCCGCUGCCCCGCCACAUGCAGGAGGCGCUGCGGAGGCUGCACUACGUGCCGGCCACCAAGGUGUUCCUAAGCUUCCGCAGGCCCUUCUGGCGCGAGGAGCACAUUGAAGGCGGCCACUCAAACACCGAUCGCCCGUCGCGCAUGAUUUUCUACCCGCCGCCGCGCGAGGGCGCGCUGCUGCUGGCCUCGUACACGUGGUCGGACGCGGCGGCAGCGUUCGCCGGCUUGAGCCGGGAAGAGGCGUUGCGCUUGGCGCUCGACGACGUGGCGGCAUUGCACGGGCCUGUCGUGCGCCAGCUCUGGGACGGCACCGGCGUCGUCAAGCGUUGGGCGGAGGACCAGCACAGCCAGGGUGGCUUUGUGGUACAGCCGCCGGCGCUCUGGCAAACCGAAAAGGAUGACUGGACGGUCCCUUAUGGCCGCAUCUACUUUGCCGGCGAGCACACCGCCUACCCGCACGGCUGGGUGGAGACGGCGGUCAAGUCGGCGCUGCGCGCCGCCAUCAAGAUCAACAGCCGGAAGGGGCCUGCAUCGGACACGGCCAGCCCCGAGGGGCACGCAUCUGACAUGGAGGGGCAGGGGCAUGUGCAUGGGGUGGCCAGCAGCCCCUCGCAUGACCUGGCAAAGGAAGAAGGCAGCCACCCUCCAGUCCAAGGCCAGUUAUCUCUCCAAAACACGACCCACACGAGGACCUCGCAUUAAAGUAUUUUCGGAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-957.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -998.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 858.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((((.(((....(((.(.(((....)))...).)))....))).)))))....)))))....((.(((((.(.((((((..((((((((((((....((((((..((..(((((((((((((((((((((((........((((.(((((..((((((.(((((.(((.....)))))))).((((((...((.(((((((((....))(((((((((...((((((((((.(((((((((((..((((((((((((.((((((..((.(((...(((((((((.(((((((((.((.((((....)))).)).))))).((((....((((((..(((.....))).((.((((........)))).)).....))))))..))))....((((.....(((((((...)))))))))))..)))).).......)))))))).))).)).))))))..........(((.((........)).....)))..........))))))))).....(((((....(((.(..((((((((((((..........(((((((.((.((((((.(((.......(((((((...((((...))))....)).).)))).........))))))))))).))))))))))))))).))))(((((....))))).......).)))......))))))))..)))))))).(((((....)))))((((....)))).((((.((.....))))))...))).))))))).)))...)))))).)))(((((((((.(((((((((((......(((.(((((...))))).)))..))))))).(((((...........)))))(((((.(((...((((((((..(((((.((....((.(((((((((((((((((((((.((.....))...)))))))))).))..))))......)))))))....)))))))((.(((...)))))..((((((...((.(.....).))..))))))((..((((((........).)))))..))....)))))))).))).)))))..)))).)))))))))..((((((((((((...((((.....))))((((.(((((...))))).)).))..(((((((..............))).))))((((((....(((...(((((.((((.((.(((....))).)).)))).))))).(((..(((....)))...)))))).....))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))))..))))).)))))))))))))......)))....))))))))..........))).)).))))))....))))))..(((((...((((((((((.((((.((((((((((.....)))))))).))........)))).))))))))))....))))).)))))).((((.(((....))).))))..)))))).).)))))))....((((((((((((...((((((((((((((.(((..(((((.((((..(((((((((..............)))))))))))))..))))....((((......)))))..))).)))))))))..)))))....(((....)))........(((((((((((((((..(..((.....((((.((((((...............(((((.((((((....................)))))))))))((((((..((((((.((....)).))))))..))))))...((((.(((((((((((.(((((....((..((.(((((((((((.((((((((.(..((..(((((((.....)))))))(((....)))....))..).)))))))).))))))))))).))..))......(((((((((.(...(((((...))))).).)))))))))..((((...((.....))...))))))).....((((..(((((((.(((((((.((.....)).....))).)))).)))))))..)))))))))))))))))..)))))))))).))))..))..).))))))).)))))))).(((((....((..((((....))))..)).)))))..(((((((((((((((...(((.(((.....)))))))))))).))(((((.((((...(((.((.((......)).))...)))...))))))))))))))))..............((((...))))......))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{((({((({(({(.((({{,.(((...,{({{,{|||...,,)))....))),)}}}...})),)))....((((((((((..((({(({....}}}))}.))))}..))))).....((((((((((((({(((((((((........((((.(((((..((((((,(((((.(((.....)))))))).{(((((((((((.(.{.(((((({{{,{{((({{{(((((((((((((((((({{((((,,..|{|,,,,,{(((|{((((,.,(((((({..(((((.....{{{.(((((....{{({....})))}))})}}}|{{({(({,.....{(({{{,,,,....{{({.((((........)))).}}.......,,|||||.||....,{||,,||,(((((({...})))))),{{{{{{{{({{.......,|||||||.||||||,||||}}}},,.....|||||||......,|||.....||},,,,,|..,.|}}}))}},,....{,{{{,,..,,,.,..((({((((((((..........(((((((.((.((((((.(((.......(((((((...((({...})))....)).}.)))).........))))))))))).))))))))))))))).)))}(((((....)))))..,....},}}},,....))}}}||}|.||}}}|||.{((((....))))},|||,|.|)))},((((((,..{({(...}))}}))))),|||||{||,|||||||||{|{|{{{((((((,{{{{(((((((,,....(((,{((((...))))).)))..)))))))|{{|||,.,,.......)))))}||||}|||.,.{{{|||{|..|||||.||,...|,.|||||||,{{{((((((((((.((.....))...)))))))))).))}}))))}}}}}..})))))..,{|||||||((.{{,...})})}..(((({{...{{.{.....).}}.,|||}}|,,,,||{{||,..,},..},)}))}..||{|,||||||||}.|||{|||}...,,||{||},||||}..))))||||||,....||||,,,,.}))},,,,.{{|||,,,)}))),}),},..|||||||}}....,,,,,...)}}.))))))))))),,,)).)))))))..||||,||.(((...,|||{||.||,,.|||||||,||}}},},..)))},|||||,,.,}},}}))))}}})))))}.).))))))....))))))}}}))))..))))).))))))))))))),..,{{{|({.{,{({({{{|{{({.,,{,.{{{.{{.,.|,{{{{{{||||||,,|||||.|,|||||||||(,({({,{{{({(((((,,.,,|||||}||,}}......,})})),))})))))))..,.)}))).,})),),||||,|||..,,))}.}}}|,,.,}})))}.,}})))}))),||{(((((((({,..((((({((((((((.(((..((((({((((..{(((((,(({(.,.....,)}}))))))))))))|||{|}|}....{(((|.,,|,||}}|,.|||,||||}}})),.))))).,,.,{||,,,}}}..}},,|,(((((((((((((((..{..((.....((((.((((((,.,.,,..{.{{(((,(,((((((,,,..,..{{{{{,((((,,(((({(((.((((({({(((,{((((({.((,.,,||,}|||||.{||||||{((((((((.(((((....))))),....,)))))))}}}..)))|})}|),}))))|||||...{{{|||,...}))))))}|||||,,.(((((.{..{{{{{{{{((((((((({{(((((..(((({,((.(((((...})))).)))))).)..))))))))))).))))...,,.....})))).)))).),)))))...,,|||{|,,,,,,..,)||)))|}}},..,|}}||..,))).)))),))))))))})))))),}..))))).).,).).)))))).))))..))..,.)))))))))))))))).,{|||..,|{{..((((....))))..)}.}}}}}..{(((((((({(((((..,(((.{((,....)))))))))))).))|{{{,{((((...(((.{,.((......})})}...)))...)))))))}}))))))}.....,,,.,,...{{{|,..})))......}))))))))))}....
Back