Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_173042.2
Sequence Length
2189 nt
GC Content
0.5505
GCCAGAGGGGCUAGGAUGAGAGACAGAGGGUGUGAUGGUGGGUGCUGGGAGAUGUAGCCGACCUUGGGGCUGGUGGCUGGGGGAGUGGGUAGCCUGGGAAAGGCCAGGAUGUGGACGGACUGGUAUGGCAUUGAGCCUGAAGUGGUCCAACUUGGGGUUCCCCAGUGCCUAGGAAAGUUGUCCCCUUGAAUGUCAGUGUGAAGGUGAAGGAGGAAGCAGAUGCCUGUUCAUAUGGAAACAAAGACCUGGCUGUGAAGAGGGGAGGCGGACACCAAAGUCCUGACACUUGGGCGGGACAGAAUUGAUCUGUGAGAGACUCAUCUAGUUCAUACCCUAGGUGACCCUGGGGGUGGCAUGGGGGUAGAUUAGAGAUCCCAGUCUGGUAUCCUCUGGAGAGUAGGAGUCCCAGGAGCUGAAGGUUUCUGGCCACUGAACUUUGGCUAAAGCAGAGGUGUCACAGCUGCUCAAGAUUCCCUGGUUAAAAAGUGAAAGUGAAAUAGAGGGUCGGGGCAGUGCUUUCCCAGAAGGAUUGCUCGGCAUCCUGCCCUUCCCAGAAGCAGCUCUGGUGCUGAAGAGAGCACUGCCUCCCUGUGUGACUGGGUGAGUCCAUAUUCUCUCUUUGGGUCUCAAUUUUGCCUUCCCUAAUGAAGGGGUAAGAUUGGACUAGGUAAGCAUCUUACAACCAUUUGUGGUCAUGAGAGCUGGGGUGGGGAAGGAUUGUCACUUGACCCCCCCAGCUCUGUUUCUAAGUGCUGAAAGAGCUCCAGGCUAUGCUACGGGAGGAGAAGCCAGCUACUGAGGAAAAGCCAGCUACUGAGAAAAAGCGGGAGUGGUUUACCAUUCUCCUCCCCCACCUUUCACCAGAGAAGAGGACGUUGUCACAGAUAAAGAGCCAGGCUCACCAGCUCCUGACGCAUGCAUCAUGACCAUGAGACACAACUGGACACCAGACCUCAGCCCUUUGUGGGUCCUGCUCCUGUGUGCCCACGUCGUCACUCUCCUGGUCAGAGCCACACCUGUCUCGCAGACCACCACAGCUGCCACUGCCUCAGUUAGAAGCACAAAGGACCCCUGCCCCUCCCAGCCCCCAGUGUUCCCAGCAGCUAAGCAGUGUCCAGCAUUGGAAGUGACCUGGCCAGAGGUGGAAGUGCCACUGAAUGGAACGCUGAGCUUAUCCUGUGUGGCCUGCAGCCGCUUCCCCAACUUCAGCAUCCUCUACUGGCUGGGCAAUGGUUCCUUCAUUGAGCACCUCCCAGGCCGACUGUGGGAGGGGAGCACCAGCCGGGAACGUGGGAGCACAGGUACGCAGCUGUGCAAGGCCUUGGUGCUGGAGCAGCUGACCCCUGCCCUGCACAGCACCAACUUCUCCUGUGUGCUCGUGGACCCUGAACAGGUUGUCCAGCGUCACGUCGUCCUGGCCCAGCUCUGGGCUGGGCUGAGGGCAACCUUGCCCCCCACCCAAGAAGCCCUGCCCUCCAGCCACAGCAGUCCACAGCAGCAGGGUUAAGACUCAGCACAGGGCCAGCAGCAGCACAACCUUGACCAGAGCUUGGGUCCUACCUGUCUACCUGGAGUGAACAGUCCCUGACUGCCUGUAGGCUGCGUGGAUGCGCAACACACCCCCUCCUUCUCUGCUUUGGGUCCCUUCUCUCACCAAAUUCAAACUCCAUUCCCACCUACCUAGAAAAUCACAGCCUCCUUAUAAUGCCUCCUCCUCCUGCCAUUCUCUCUCCACCUAUCCAUUAGCCUUCCUAACGUCCUACUCCUCACACUGCUCUACUGCUCAGAAACCACCAAGACUGUUGAUGCCUUAGCCUUGCACUCCAGGGCCCUACCUGCAUUUCCCACAUGACUUUCUGGAAGCCUCCCAACUAUUCUUGCUUUUCCCAGACAGCUCCCACUCCCAUGUCUCUGCUCAUUUAGUCCCGUCUUCCUCACCGCCCCAGCAGGGGAACGCUCAAGCCUGGUUGAAAUGCUGCCUCUUCAGUGAAGUCAUCCUCUUUCAGCUCUGGCCGCAUUCUGCAGACUUCCUAUCUUCGUGCUGUAUGUUUUUUUUUUCCCCCUUCACUCUAAUGGACUGUUCCAGGGAAGGGAUGGGGGCAGCAGCUGCUUCGGAUCCACACUGUAUCUGUGUCAUCCCCACAUGGGUCCUCAUAAAGGAUUAUUCAAUGGAGAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-800.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -839.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 457.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((.(((((...((((((..(((..((((((.((((((((((((((.(((((((((...((((..(((((((((((((.....((((((.(((..(((((((((.(((.(((((.((((((((((((.((((......)))).))))))...))))))..(((......)))((((.............))))...(((((((.(((....(((.((((((.(...............))))))).)))((((((((((......)))).......((((.((((..((.((((...((((((((.((((((((........))))))))....(((((((.(((..(((((((((((.(((((.((((((((..(((((((.((((((((..((((((.(((((.(((((.((((((........)))))).......((((((.(((.(((((..((((((((((((................(((.((((...(((((((((((((((....)).....((((((((..((.((((...))))..))...)))))))).))))))))))))))))).)))))))))).)))))...............((((.((((((((((((..(....)..))))))))))))))))..(((((...)))))........(((((((((((((((((((.(((..(((.......)))..))))))))))))(((.((.....((((...(((((...((((.......((((((((((..(((...))).((..((((((.((.(((........))).)))))))).)).))))))))))...((((((......).)))))...(((((...)))))..)))).)))))..))))....)).)))....))))))))))))).))...)))))))))))))))))))))....)))))))))))).((((....))))..((((((.((((((((.(((.((....)).)))...))))).....((((.((((((....(((.(.(((((...((....(((.......)))...)).))))).).)))......))))))..))))...)))))))))....))))))).((..((((..(((..(((..(((((((((((((((((((((.((((....(((...........))).........((((((((((((((.....))))))....(((((((.(.....).)))))))(((((....((((((((((((((.(((((((......((((((((.(((...(((((((...))))..)))...))).))))))))..........))))))).))((((((((((....)))..))))).)).)))))..)))))))...)))))((((.(((((..(((((....)))))...........))))).))))))))))))..)))).))))....)))))).)))).))))))...)..))).)))..))))..))...)))))).)).))))))))...))))))))...)))...((((...))))(((....)))(((((....)))))...))))))).....(((......))).....)))))))).....))))..))...)))).))))..............))))))......))).)))))))..)))))...))).)))))..))))....)))))))))....)))))))))).....((......)).)))..)))))))))...))))........((((((.....)))))).....))))))))))).........(((((((((...............))))...))))).))).))))))..))).))))))))))))))))))).............((((....))))...(((.(((...((.(((...((((......))))....))).)).)))..))))))))).......(((((((...........)).)))))..((((((((((((((((((.((....((((....))))))))))))...(((((((...)))))))((((..((((.......)))).))))((....))(((((.....)))))........)))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((({((((((,,,(({{(({.{,{..((((((.((((((((((((((..{.((((((((.(((((((((((((((((((.....(((({{{(((..(((((((((.(((.(((((.((((((((((((.((((......)))).)))))}..,))))))..(((......)))((((.,,,....,,.,.)))).{.(((((((.(((....{{{,(({{{,.{{...,........{{{|||||},|||((((({((((.,,,,,||||,,.,...,{{{,|||(,,((.,{{{,,}||((((((.((((((((........))))))))....(((((((,(((..(((((((((((.(((((,((((((((..(((((((.((((((((.,((((((.((((,,(((({.((((((........)))))}.......((((((.(((.(((((..((((((((((((,...............{((.((((...((((((((((((({(,,.,||,..,,{{{|||||||{{.,{,{..,||,},,}.,,,))}}))),.))))))))))))))))).)))))))))).)))))..............,((((.(((((((((({,,,(,...,.,))))))))))))))))..(((((...)))))........{((((((((((((((((((.(((..(((.......)))..))))))))))))|((.((...{.((((...(((((...((((.......((((((((((..{((,..||}.{{..{{{(({{({.(((........))).}))))))}.}}.))))))))))...((((((....,,))})}))...{((((...))))}.,)))).)))))..)))).,.,)).)),....})))))))))))).}},..)))))))))})))))))))))}..,.))))))))))).{(((....)))}..((((((.{{{(((((.(((.({....}).)))...))))},,,..((((.((((((.,.,(((.{.{((((...((....(((.......)))..,}}.))))).,.,}},}}}..))))))..))))..,))}))))))..,.))))))).((..((((..(((..(((..(((((((((((((((((((((.((((....(((...........))).........((((((({((((((.....))))))....(((((((.(.....).)))))))(((((....(((((((((((({({(((((((...,..((((((((.(((...(((((((...))))..)))...))).))))))))..,.......}})})))}))}{((((((((....)))..))))),}.})))))..)))))))...)))))((((.((((({.(((((....)))))...........))))).))))})))))))..)))).)))),...}))))),,))).))))))...)..))).)))..))))..))...)))))}.)).)))))))}...))))))))...)))..,((((...))))|{{....)))(((((....)))))...)))))))....,}}},}}},,)))}},},))))))}}.....}},,..,,...}}}}.}}},....}....}}},,)))}}).,....))).))))))),,))))).}})},.)))))..))))....)))))))))...,)))))))))).....((......)).}))...)))))},,...{{,|..,,.,}})),,.},.)))))))).,....))))))))))).........(((((((((...............))))...))))).))).)))))),,)}),)))))}})))))))))))),,.{((({{...{(....}}.))))}}.||,.,,{...{(,(((,,.(({(......}}}}|,,,}}}.}}..))},))))))))).{{{{..,(((({,...........,)})}),)}}|(((((((((((((((((.((....((((....))))))))))))...(((((((...)))))))((((..((((.......)))).}))){{....}|(((((.....)))))........))))))))))),.......
Back