Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_173074.3
Sequence Length
1399 nt
GC Content
0.3931
CUGGGCCGCCCGUCGUACCUGAUGGUAGGAGGCAGUAGUUCCCCGCUUCCCUUCCGCGGGAGGGAGAGUUAGCUAGCCAUCCAAGAAAACACCAUGAAAGAUAACGAUAUCAAGAGACUACUGUAUACCCAUCUUUUAUGCAUAUUUUCAAUUAUCCUAAGUGUCUUCAUUCCAUCACUCUUCUUGGAGAACUUCUCAAUAUUGGAAACACACUUGACAUGGUUGUGCAUCUGUUCUGGUUUUGUAACUGCUGUCAAUCUAGUACUAUAUUUAGUAGUGAAACCAAAUACAUCCUCUAAAAGAAGUUCAUUAUCACACAAGGUAACUGGAUUUUUGAAAUGCUGUAUCUACUUUCUUAUGUCUUGUUUCUCCUUUCAUGUAAUUUUUGUUCUGUAUGGAGCACCACUGAUAGAGUUGGCAUUGGAAACAUUUUUAUUUGCAGUUAUUUUGUCUACUUUUACUACUGUGCCUUGCUUAUGUUUGUUAGGACCAAACCUCAAAGCAUGGCUAAGAGUGUUCAGUAGAAAUGGAGUUACAUCCAUAUGGGAGAAUAGUCUCCAGAUCACUACAAUUUCUAGCUUUGUAGGAGCAUGGCUUGGAGCACUUCCUAUUCCACUGGAUUGGGAAAGACCAUGGCAGAUGACAGUAGAAAGAAAACGUAGCACUUAUAGAUCUCUCCAUGUACCCUGCAGGGGGCUUGGUACUGUGAAAUGAGUAACUUAAUCCUGACAACCGUAGUGCAAGGUAUGGCCCAUCUCCUGUACGCUUGGAGCGACCUUUGGCUACGUGGCUGGCCUUGUUAUUUCACCACUCUGGAUAUACUGGAAUAGAAAGCAACUUACAUACAAGAACAAUUAACUGGAGCAAAGGGAGAUAUUUCUUUGUGCAGAUUCUGUAAGGGCUGGGCAGAAAUGUGUAUGGUCAAAGCCAAGCAGUUCCAUUUACAGCUCUGUUUUUUACGUAGUUACAACAUGAUGUGAUUGUAGCUUUUUAAACUAUGAAACCCCUGAGAGAUUGUACCUUCUAGUUGAAAUAAAGUAUUUAUAAUAGAUUGUGGCUUCAGAUGCUGCUUACUGCUUCUUAAACCUUUAAGGAACAUUCUUAAUACACUUUAUAGAAUUCUGAGGACAGGUUUUGUUUUCUUUCAAGUUUUGAACUGCUUCAUUACCUAUAAAAGGUCUGGGUAUAGCUGUAGCAUUUCAUUUGCUUUCUGAGAGAAAUGGACAGUUUCCUUGGCCACUGAAGAUGUUUCUCACGUAAUUAAACAACAGUUUAUACAUCUUGAUCCUAUUCUUUUUUUUACAGUGUGUUUCUUUGGAGUUAAAAUGGCUAUGAUAGCCUCAUCAAAAACAGUCUUCAAUCCCUUCUGGGUUAAAGCUGAACAUUCCACAUAGCAGCA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-353.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -382.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 363.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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