Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_173206.4
Sequence Length
4547 nt
GC Content
0.3743
ACGUGACGGGCCCGGCUGUAGCGGCGGCGGCCGCGGCGUCUUAAGCGGCGCCCAGUGCAGGAUGGUGCUGGAGGCGGCGGCGGCCGUGGUGGCGGCAGCGUCGUUGGCGGCAGCGGGAGUGGGUGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCGCCCGCGGGUGGUAUAAAAUGGCGGAUUUCGAAGAGUUGAGGAAUAUGGUUUCUAGUUUUAGGGUUUCUGAACUACAAGUAUUACUAGGCUUUGCUGGACGGAAUAAAAGUGGACGCAAGCAUGACCUCCUGAUGAGGGCGCUGCAUUUAUUGAAGAGCGGCUGCAGCCCUGCGGUUCAGAUUAAAAUCCGAGAAUUGUAUAGACGCCGAUAUCCACGAACUCUUGAAGGACUUUCUGAUUUAUCCACAAUCAAAUCAUCGGUUUUCAGUUUGGAUGGUGGCUCAUCACCUGUAGAACCUGACUUGGCCGUGGCUGGAAUCCACUCGUUGCCUUCCACUUCAGUUACACCUCACUCACCAUCCUCUCCUGUUGGUUCUGUGCUGCUUCAAGAUACUAAGCCCACAUUUGAGAUGCAGCAGCCAUCUCCCCCAAUUCCUCCUGUCCAUCCUGAUGUGCAGUUAAAAAAUCUGCCCUUUUAUGAUGUCCUUGAUGUUCUCAUCAAGCCCACGAGUUUAGUUCAAAGCAGUAUUCAGCGAUUUCAAGAGAAGUUUUUUAUUUUUGCUUUGACACCUCAACAAGUUAGAGAGAUAUGCAUAUCCAGGGAUUUUUUGCCAGGUGGUAGGAGAGAUUAUACAGUCCAAGUUCAGUUGAGACUUUGCCUGGCAGAGACAAGUUGCCCUCAAGAAGAUAACUAUCCAAAUAGUCUAUGUAUAAAAGUAAAUGGGAAGCUAUUUCCUUUGCCUGGCUAUGCACCACCGCCUAAAAAUGGGAUUGAACAGAAGCGCCCUGGACGCCCCUUGAAUAUUACAUCUUUAGUUAGGUUAUCUUCAGCUGUGCCAAACCAAAUUUCCAUUUCUUGGGCAUCAGAAAUUGGGAAGAAUUACUCUAUGUCUGUAUAUCUUGUACGGCAGCUUACAUCAGCCAUGUUAUUACAGAGAUUAAAAAUGAAAGGUAUUAGAAACCCUGAUCAUUCCAGAGCACUAAUUAAAGAAAAACUUACUGCAGAUCCUGAUAGUGAAAUUGCUACAACUAGCCUUCGGGUAUCCUUGAUGUGCCCUUUAGGAAAAAUGAGGCUGACAAUCCCAUGCCGUGCAGUGACUUGUACACAUCUGCAGUGUUUUGAUGCUGCCCUCUAUCUACAAAUGAAUGAGAAAAAGCCCACCUGGAUUUGUCCUGUGUGUGACAAAAAAGCUGCCUAUGAAAGUCUAAUAUUAGAUGGGCUUUUUAUGGAAAUUCUCAAUGACUGUUCUGAUGUAGAUGAGAUCAAAUUCCAAGAAGAUGGUUCUUGGUGUCCAAUGAGACCGAAGAAAGAAGCUAUGAAAGUAUCCAGCCAACCGUGUACAAAAAUAGAAAGUUCAAGCGUCCUCAGUAAGCCUUGUUCAGUGACUGUAGCCAGUGAGGCAAGCAAGAAGAAAGUAGAUGUUAUUGAUCUUACAAUAGAAAGCUCUUCUGACGAAGAGGAAGACCCUCCUGCCAAAAGGAAAUGCAUCUUUAUGUCAGAAACACAAAGCAGCCCAACCAAAGGGGUUCUCAUGUAUCAGCCAUCUUCUGUAAGGGUGCCCAGUGUGACUUCGGUUGAUCCUGCUGCUAUUCCGCCUUCAUUAACAGACUACUCAGUACCAUUCCACCAUACGCCAAUAUCAAGCAUGUCAUCAGAUUUGCCAGGAGAACAAAGAAGAAAUGAUAUUAAUAAUGAACUGAAGCUUGGAACAUCUUCUGAUACUGUGCAACAGUGAAUACAAAAUAAAACAAAUAAUUUGUAUUUAUGGAGUGGAAAACAGCUUAUUUCAAGGAAAAAUAUGACUGCCUUAUUAUUGCUAGUGCCAUAUUGUCAGGUGCGAAUGGUGCUCAAAAGUUGUAUCAUUAAAAUUUGAAAGUGCUAAACAUUUACAUAUUUAAUCAUGUAGCAGUUAUGUUUUGUUAAAAGUUUAUGACUCAAAUAAGGAAAAUGUGUUGUCAUCAAUGAGAAAAAAUCUAAUGAGUCAAUUUCACAGUGAAGCACUUAAAAUUUUUAAAUUAAAAUUUUAUCAGUGUUAAUAAAAUAAUGUUAACACUACCUGCUUUUUAGUUAAAAGUAAUUGAGCAUUUUCAACCAUGAAAUACUUCGGAGGGCAUAAAAAUAUAUCAGUAUGACACGCUGCAGUUGAAACUUAUGGUGAAAUAAGAAACAGCAUUUUGCUAAACUUACGAAACAAGGCAGUAAAAUUUUAAUCACUACUGAUGAAACUUGAUUUUAUAUAAGAGUUUUAAUAUUCUGCUUAAAAUGUAAAAUGCAAGAAGACUUUGAUGGUUUCGUUUUUUGUUAGAAAGAAUAACAUCUAAAAUACCAUAUCAAACUUCACUGUUAGUACUUGAGAAAAAAAUGGUUUCAGUGAGAGAAAUAUUUACAUUAAACAGGUUUUAUAUAGACAGCACCCUUGUAAUGCUUGGUAAACAAUCUAGAAUUCCAACCAAUAUUUUAGAAAAAUUUCUAGGUAUUUUAUUAUGGUGUUGUAUAAGUCACCACAUUCAAUUUUCCGUGGAUGAGGUAUCAAUAUACAGAUAAGUAAAUCUCUUAAUUGUUUUCUAAAUAAACUUUAUAUUUACCACACACAUGAAAUCAUCAAAGAGAAUUACAGUACAUCUGAAGAACUGGAAUUGAAAUAACAAAAAUAGGAUCCUCAGUGGGUAUUCUCUGGUGAUAGAGCUUCAAUUUUUAAUUUCAAUUAAAAUAAAUAGGCUUGAUAUAAUUUUCAAACUGUUUUAUAUCAAGCUUGCGUAUUUUAAUUGAAAUUCUGAAAUUGAAAUAGUUGAACAUUUAGAAAAUGAGCAUUUUUGAGUGGCUUGGCUUCAGUACACAAUAUUCCAACACCAUUGUCAAUACUUAGCGUUAUAAAAAGGUUUCAGUUACUAACAUGAACUGAGAGAUACAGCAAAUAUUAAAGAUGAUUGAACAUAUGAAACUGAAAAACUAUAAAAAGGUAGAAGCUAUUGUAAAAAUGAAGAAAACUGAAAAACUGAAAAGAUAAGAAGUUACUGUAAAAAGAAAACGGUUAUACCAUUUGAAGCAGAACAAAAUGUUCCAAUAAACUUUUUUUACUUAAUAAUAGAAAUAUUGAAAAUGCAAAACUCUGAAGGUAUUACAAGGGCUAGACAAAUUUUGAAUUGUUUGGCAUAAGAAGGGAGAGGAUUUAUUGAAUAUUAUUAAUAUGAAGACAAAAUCUGCUUAUUGAGAUAUCUCACCUAUUAUCAUUUUAAUAGAGAAGUCAUUGGAAAAGUUUGUUGUAAUUCUCUUUGGUUUAGUAUUGGCUCAAACCACUGUGUCAUAUAGCUAGUGACAGACAUAUGAAAUGAAAAAUUACAGCAAGCUGGGUGCGGUGGCUUAUGUCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGAGGAUCACUUGAGCUCUGGAGUUCAAAACCAACCUAGGCAACAUAGCGAGACCCUCUCUCUACAAAAAAAAAAUAAUAAUAAUAAUUAGCUGGGCAUAGUGACACACACCUGUAGCUCCUGCUUCUUGCGAAGCUGAGGCCAGAAGGUAAAGGCUACAGUUACCUAUGAUUGUGCCUCUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCAGACUCAGUGUCUCCCAAAAAAAGGAAAAAAAAAAAAUCUGUAGCAACAAUUUUCAAAAAGGCUUUAGAAAUCGUUGGAAUGAUUUCUUUCAAAUGAUUGGUGCUAUAGCUUGUAUCACUUGAUAAGCAUUUUUGUAAUACCCUUAUUUGGAGAUUAUAAGAGAAUAAAUAUACUUAAAUUUUUUGAGUUAUAAAUUCAUACUGGUUAGUAGAUAUUUUAAAUGUACCCACUGAUAUUCUCUAUUUUGCAUAAAAGCAUAAUGUCAGACUUUCUCUGUGUGGUGGUUAUAUUCGGGGUGUCUCUGAAUGCCAGCAUAAAAAUUCACGGAAUUGAAUAGAAAUUGGCCUGUCUUAAUGACCUAUGGUUUCUUUUUUAAUGUUUUGAAAUAAUUAAAGAGAGUUUAGUCACACAGGGAGGUCUAGGUGAACUGAUGUUGAAGUUUAUUACUAGACUUUUCAGACCUAAAAAUUUUAUUUAUUGUUAUUACUUGAAUAUGUCAAAAGUAUAUUACUGGACAACCUUUUACACAUUCCUCUUUCUAAAAUCGAAUUGGACAAUUACAGUUCUCUGGUUCAGAAAAUUACAUUAGCUCAGAACCCAGUAACCCUUGAUAACCCUGUUAGCGCAGCAAUUCCCGAGUGUGUGCUUUGUGCAGAGCGUUGGACUAUGUACUGCUCUUGAUGUGGGGACAGCGGGGACAGAGAGCUGUCAUUGAAAUAGACAUCUGUUUAAGAAGCGAUACUUAGAUGAACCUCUGUAUUUCUGAAAAAUAAAUGUGAAAUAUCUUAAGAGCUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1165.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1258.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 1069.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((..(((((.((.((.((((((((.(((((((.((((.((.((......)).)).)))).))))).)).)))))))).)).)).)))))...(((((((((((((((.((((((((.((.((....)).)).))))))))..((((.(((((.(((.(..((((.((((((((.(((.((((((.(((((((((.(((((((((((((.(...(((((..(((...((((.(.((.............))).))))...)))..)))))((((((((((.(((....))).)))))....)))))).))))))))....))))).)))))....)))).))).)))))).).)))))))))))..)...))).))))))))).......(((.(((((.(((((((....((((......))))....))).))))...)))))))).(((...))))))))))))......(((((..(((((((................(((.((((..(((((......)).)))..)))).)))...(((((((....).))))))....((((.((((((.(((.((((....(((....((((((...((((..((((((((((((((((....)))))))...((..(((.((.(((((((((........((((((....))))))........)))))))))...)).)))..))......))))).))))...)))))))))))))))))))))))))).))))....(((((((......))).))))..(((.(((((((...((((.(((......(.((((((((....))))).))).)............))).)))).....))))))).)))((((.((((((((........(((..((..(((.......)))..)).)))..............(((((((.(((..(((((((.(((((..........((((((((((........))))).)))))(((.....))).(((((((((((.((((((((((.......((((((...(((((((((.((((...(((((.(((..........)))..))))).....(((.(((............))).))).))))))).))))))....((((....))))....((((((.......))))))..............))))))........)))))))))).((((((((((.....(((((((....))))))).(((.(((((((...(((((((((((((((((.(((..(((((((.....).))))))...(((.........))).......))).)))))))).........)))))).......)))...))))))))))........(((((((.....)))))))((((..((((((((((((((.((((((((.(((((.((..((.........................((((..((.((((((.((((((((..((((...((((.(((((((((..((.......(((((.(((((.(((......(((((..(((..((((((((..(((((.(....((((......))))....).))))).))))))))((((...(((.((..((..((((((((..........)))).))))..))..)).)))...))))......((.....)).))).)))))......))).)))))..))))).....((((((((.................(((.(((....))).)))(((((((......(((.........................)))......)))))))..(((((...)))))(((((((((.((.......)).))))))))).))))))))..........................))..)))))))))..(((..(((.(((((((....((((.((((((((.........)))))))).....(((((((((((...((.((((...((((((.....(((((...(((((.((((........))))..)))))........(((((.((((...(((((.....((....)).....)))))..))))))))).(((((((((......)))))))))..((((((((((......))))))))))..))))).....)))))).)))).)))))))))))))((.((((....))))..))))))..........))))))).)))...)))((((...(((((......)))))...)))).....))))...))))..)))))))).................)))))).))..))))(((((((((..((((...........))))...)))))))))))..))..))))).)))))))).))))))((((.......)))).....................(((((((..(.((.((.......)).)).)..)))))))....................))))))))...))))(((((..((.(((((((((.......((((((((..........)))))))).......))))))))).))....)))))))))))))))(((.((((((........)))))).)))....))))))))))).((((.((((((...((.((((.............................)))).))...)))))).)))).))))).))))))))))..)))))))......(((((((((...(((((((((...(((((....))))).(((((((((.((((((((((((((((..((((((((((((((.............))))))))))))))..))))))))))))))))..)))))))))........((((((((((......((((((((((((((((.(((..((((.(((((...........)))))...)))).)))............((((((((.(......))))))))).......(((.((((...)))).)))...................((((......)))))))))))).)))))))).....((((......((....))......))))...(((((((((....(((...)))..(((.((((........)))).))).....)))))))))((((((.......))))))..........((((((((((((((((((((((((((((........))))))))).......((((((.....(((((((((((.((((((...(((.....)))...))))))))))).....((((((......))))))..(((((((((.(..((((((((((((((.....(((((((((....))).)))))).(.((((((.......)))))).)..............))))))))))))))...).)))))))))..((((((..((((((....)))))).(((.((((.((((......(((((((....)))))))..((......)).....(((.((((...)))).)))..........................((.(((((((((.........((((((((....(((((.((.........)).))))).....)))))))).........)))))))))..)).)))).)))).)))......)))))))))))))))))).......................(((((((.(((((..............(((((((((....))))))))).......))))).)))))))((((((........))))))..))))))))))))....))))))).........((((..(((.(((((((...))))))))))..)))).((((....))))....)))))))))))))))))))...)).)))))))((......)).......((((.....)))).))))))))))))...)))))))..))))).))))))......(((((......))))).......))))))))....((((.((.(.(((((((..(.((........)).)..))))))).).))))))....((((((((((((((((((........)))))))..)))))))))))............((((((((.((((.((.((((((((((((...((((...))))((....))..........(((...(((.......)))..)))((((.(((((((((((((((.((.............)).)))).................(((((((..(.(.(((..((..(((((.((((...((.(((....))).))...)))))))))..))))).).)..))))))).))))))))))).)))).....)))))..))))))).)).))))..)))))))).(((((((((((..............)))))))....)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((((..(((((.((.((.(((((((({{((((((.((((,((,((......}}.)),)))).}))))},).}))))))).)).)).)))))...(((((((((((((((.((((((((.((.((..,.||.}}.})))))))..((((.(((((.{((.(,.(((({((((((({.(({,((((((.(((((((({.(((((((((((((.{...{((((..(((,,.((((.{.((..,,....,},..))}.)))).,.)))..))))){(((((((((.(({....,)).)))))....)))))}.))))))))....))))).}))))....)))).))),})}))).},)))))))))))..)...))}.)))))))))...{,,.(((.,((((,(((({{{.{{,(({{...,,))}})},.})))})))).,,))))))}),,||.,,))})))))))))......{((((..((((((({,.{(((({.{,,,,,(((.((((..(((((......)).)))..)))).))}...(((((((....)}})))))....,,,{{((((((.(((.((((..,.(((,...,{{{{{{,.{{{{..{{((((((((((((((....)))))))...,,..{,,.,(,(((((((((........((((((....))))))........)))))))))...|||,,,..,...}}}.)))}).))))...})))))}}}}})}))))))))))))).)},,...,(({({((......}}).)))),,|{|||(((({{{.,,{{{{{{{{{,...,.{({(((((....})))).}}}.}......({(({.(({{{.,,.)))}))))))(((((((({,{,.....((({....}))),{(((((({..((,,.,,((((((...((((((.,(((((..{{.(((.((.(((.(((((((,,.....,,.......((((((((((((((((((((((((((((,,.,...{{{{{{..{(((((((((((((((((.......((((((.{{({,,,|||,.,,,....,{(((.{((,.........)))..))))|,,,,.{{{,,.,............{{(((((((,,,))).)))))}....((({....)))),|,,((((({.......))))))...,)),...,,,.))))))........)))))))))).))..)))))).,,..((((({{....))))))).(((..((.......))..))){(((((((((.{{{{.{((((({.....).)))))}...|{{..,...,..}||||,....})).))))))))))}})},..)))))))).....))))))))).{{{...,,}.....)))))))))))){(((((((.((....)).)))})))))...}))|.}))).))).))))).,,..)))))............))))))))))))..,)...)).)))))))))}.,,)))))))),}))))},((((((,,..{((((..(((((.{.{((((((..(((..(((.((((((((.,(((({.{....((((......))))....}.))))).))))))))..(,,.((.(((((........)))))))..)))...)))..)))..))))))}((((((((({{,.,,(,(({(((((((.(((((..((.((({......((((((...,{{(({((((((((.................(((.(((....))).)))(((((((......{{{........,,.....,,........)))......))))))).,{((({...})))|(((((((((.{,.......},.))))))))),)))))))).......,,,......,||,{((((...((((((((...,{(((.,(((.(((((((....{({,.,{{{(({({{..{{{,.||,||||,.....(((((((((((...((.((((...((((({.,.,.(((((.,.,,{{({,{{,..{{,...|||||,,..,,,.,.....{((((.{({,,..|{{{{.....{{...,)),,,..}))}}..})))))))).(((((((((......)))))))))..((((((((((......))))))))))..})))).,...}))))).)))}.))))))))))))),,,|||,,,}})),,}}),)),,....,,....))))))).}}),,,)))|}||...(((((......)))))....{(({...}))}.......,,,,,.))))))))...))))}..,,..}}}})|(((((((((,((({(,,,.(((((......}}}}},|,},.,}|||||},},},,|,,,..{((((((((...,((,,.(((((.......)))))...}},,,)))),.}))),,|{(((((..{.{{,{{.......,}.}}.)..)))))}}.,.....}}},,,,,,,,)))))))))}....((((((((...({(((((((((.,,....((((((((..........))))))))....,,.))))))))}.}),...))))))))((((((((((.((((({.,(((((({{(,(((((((((((((..(((((.,{{{{{{{{{{({{(((((((((..{(,{(((((.({(({...........,..((((((,.,((((((..(....({.((((.((.(((...(((......)))...)))..)).))))))},,)))))))))))))..,,,(((((((((.((((((((((((((((..((((((((((((((.............))))))))))))))..))))))))))))))))..))))))))}..}}}}....,{({{{.,,,},..((((((((((((((((.,,((((((...,,{(,{,.,{{...((((.,.{(({.{{.((,,..........((((((((.(......)))))))))..,,,.)),}.)})}...)))).)))...}}}}...)))))}...((({......)))))))))))).)))))))).......}},,....,|....))})}.})))))..}|}....})))))))))}}.,,,.|||,..,,,{{{{,...|))}}{(((({{{(((((((.{({{.,{,{{....}}}}}..,,,{|.....,.....,))}},......(((((((((........))))))))).,,}}.,}))))))},))))))}.|||||.,.,,,}},........)))))..)))))},}))))))}.((((((......)))))).....})}.})))))|(((((((((((((..,..(((((((((....))).)))))).{.((((((.......)))))).},|,.....,.},..))))))))))))))))))).))))))))))))))))..|(((({....})))))))).))))))).))))))).||||(({{{{,,|||}},....}))),)))}..,.(((.((((...)))).))).......................,,,))))))))).(((.....),,}.)))))..)))))))))))...(((.((((..((..(((.((((.(((((({....))))))))))).)))..))..)))).))).,{{{{(.,({{,{,,{||}|((........))}.............(((((((.(((((..............(((((((((....))))))))).......))))).)))))))((((((........))))))..(((((((((..((......))..)))))))))((((..,((,(((((({...}))))))})),.)))),}}}||||,,{{{.{{.......}},)))},,{{(({{{{...,.{{.(((......))).)))))))),,,,})))))))))))))).......)))))))..))))}.))))))......(((({......))))).......))))))))....{(({,((.{.((((((({{({({.......}},.,,,))))))).}.}})))}....((((((((((((((((((........)))))))..)))))))))))............{((({{(({((({.,,.((((((((((((...((({...}))){{....}}..........{((...{({.......))}..)))((((.(((((((((((((((.({.............)).)))),.,,....,,|||....(((((((,,{,(,(((..{{,.((((,,{(((...{{,||,....})),)}...))}))))}),.))))}}),}..))))))).})))))))))).)))).....)))),.}))))))),))}))))..))))}}},.(((((((((((..............)))))))....)))).....
Back