Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_173207.4
Sequence Length
3097 nt
GC Content
0.4139
GCGCUGACCCUAGGCACUUUCUUCCCAGAAUGCACCAAGAAUCCGAAACUCCAAACAAGUUUGAGAUCAGCGUUGGCUGGGGGGAGGCAGUGGGGGUGCAUCUACGGGAGCGGUUGGGCUGUAAGCUUUCGCUACAUCACAGAAUUGUGCCAGUGUUUCUCUUUGGAGUGCCUCGCCAGCUUUAACAACCGUUUGGAUAUGACUUGCUCGGGCAAAAGUUGUGCAUUGGCCCGAUCAAGCCUGACUUCUAGCCAAGGUAUUGUUGCAGCAUCUGGCAGUGAGACUGAGGAUGAGGACAGCAUGGACAUUCCCUUGGACCUUUCUUCAUCCGCUGGCUCAGGCAAGAGAAGGAGAAGGGGCAACCUACCCAAGGAGUCUGUGCAGAUUCUUCGGGAUUGGCUGUAUGAGCACCGUUACAAUGCCUAUCCUUCAGAGCAAGAAAAAGCGUUGCUGUCCCAGCAAACACACCUGUCUACGCUACAGGUCUGUAACUGGUUCAUCAACGCCCGCCGCAGGCUCCUCCCUGACAUGCUGAGAAAGGAUGGCAAAGAUCCAAAUCAGUUCACAAUUUCCCGCCGUGGGGCCAAGAUUUCUGAAACGAGCUCUGUGGAGUCCGUGAUGGGCAUCAAAAACUUCAUGCCAGCUCUAGAGGAGACCCCAUUUCAUUCCUGUACAGCUGGGCCAAACCCAACCCUAGGGAGGCCACUGUCUCCUAAGCCGUCAUCCCCGGGAUCAGUUUUGGCUCGUCCAUCAGUGAUCUGCCAUACCACUGUGACUGCAUUGAAAGAUGUCCCUUUCUCUCUCUGCCAGUCGGUCGGUGUGGGACAAAACACAGAUAUACAGCAGAUAGCGGCCAAAAACUUCACAGACACCUCUCUCAUGUACCCAGAGGACACUUGUAAAUCUGGACCAAGUACGAAUACACAGAGUGGUCUUUUCAACACUCCUCCCCCUACUCCACCGGACCUCAACCAGGACUUCAGUGGAUUUCAGCUUCUAGUGGAUGUUGCACUCAAACGGGCUGCAGAGAUGGAGCUUCAGGCAAAACUUACAGCUUAACCCAUUUUCAAGCAAAACAGUUCUCAGAAAUGUCAUGAUUGCCGGGGUGAAGGCAAGAGAUGAAUUGCAUUAUUUUAUAUAUUUUUUAUUAAUAUUUGCACAUGGGAUUGCUAAAACAGCUUCCUGUUACUGAGAUGUCUUCAAUGGAAUACAGUCAUUCCAAGAACUAUAAACUUAAAGCUACUGUAGAAACAAAGGGUUUUCUUUUUUAAAUGUUUCUUGGUAGAUUAUUCAUAAUGUGAGAUGGUUCCCAAUAUCAUGUGAUUUUUUUUUUCCUCCCCUUCCCUUUUUUUGUUAUUUUUUCAGACUGUGCAAUACUUAGAGAACCUAUAGCAUCUUCUCAUUCCCAUGUGGAACAGGAUGCCCACAUACUGUCUAAUUAAUAAAUUUUCCAUUUUUUUUCAAACAAGUAUGAAUCUAGUUGGUUGAUGCCUUUUUUUUCAUGACAUAAUAAAGUAUUUUCUUUAAAAAUUGUUGUAAUUCAGAGUAUUUCUGUUGAGGGAGGUGCUUCUUAAAAAUAAGUAGGAAUAUAGCACCCCAGUGAGCAGGAAGCUGGGGGGGUAGGGUGCAGUGUUAGGGGGUGUCACCAGCUCUUUGAAAACCUGUGGACAACAAGCCAGUUUGCAUAAACAGGAUGUGUGAUAUUUACUCUUGAUAGGAGGCAUAGCAGGCCCUUAGAGCUUUACUUAAACUGCAUGGCAAAUUGAAAUGAAUCAUUUUAGUGUUUAGCUAGCCACUAAAUCCCUUGCUGAUCUGUCCUGCGUAGUUUAAAACGUGGCCAUGUUAUAAAGAAAAGUCUUGAAGCAUCCGGUUAUUGCUGAGUUUUCAGAAGAAAACAACGCAAGCAAUCUCUUGCCCUUUUUCCACGUUACCCUUUAAAAUAACCUUUGUUCAGUGGUACAUUUAGUUAAGGCAUUUGUAUUCAAAUGUAGCAUAGUAUUUGCAGAGAAAUUACCUUUUAAAACAUCUCAAAAGUGUUUUCUAAAAUGAUGAAAUAAACGGUGGGGUUCUGUCUAUGGUGGGAUUGUCAGUUUAUUAGGUGAGUAUUUUCCAAGGUCUCAGUUUGUGAAAAAAUGGUGCUAUGUACAAGUGGAGUUUGUUGGGAUAGACAAUCACUUACAAAGCCCAGAUGGCCAGAAGGGAAUUGGUGUUGCUCCUUUCACUUGUAUGGUUGAGCAGAUUUGUCACAUGCCACAAAACCAUUCUUUGUAGUCAUGCUUAGUAUGAGCUUGCUUUGUUGUUACGGUCAUGUUCUUUCCAGCCCUGCCCCAGCUAUGAAUUGUCUAAGUGUGAGGGAGCAUCAGAGCUUCAGUAUUGUUUAAAGAAUGUAGAAAAAUACAAAUUUGUCUAAUUUUGAAACUAUUUUAGAAAGUCCCUACUGUAGAAAGAGCUAAACUCAAAGACUUUCCUUGUAAGUGAAAGAAAAAAACUGCUGAUGAUUACCAAGAGGCGUAAGAAAAUUAGGUGAGGGAAUGUUGUGCUCUAGCCUGUGGGGUGCAGCUUCGUAGGGCACAUCAGCUUAGAAUGGUCUGGCCUCACCUCAGAGAGUCACAGAAAUAGACAAAAACCCAAAAAGUACUAGUAAAGUAAAUACAAGGAACAAAAUAAACAUUAAUAAAAAUGAAUGACGCAAAGGUGAUCCAGAAUCAUUACUUGCUCCAACAGCUAGAUCAAAGGCUGAACAUUUUGCUUUAGUAUAGAUGAGGGAAAUGAGCAAGUCCUAAAAGGUUUGCCCUGUUACGGUGUUUCAUCACUCAUACUGGAAGGAGAAGGAAAGGAGCCAUAUGACUCAUUUAAAAGAAAAACUGUAAGUCACCUUAAAUUCCCUAUGUUUUACUUCAUUUUUUCCCUAUUGAGGUUGUUACAGGUCAUGGUUGAUAAUAGUUGGUGUUGAAUGAAUGUAAUCCAUUAUUUAAAAACAGGUACAUUUAAGUGAAAAGAUAAAUGUAAAAAGCUGUUCAUAUCAAAGCCAAAUAGAAAUGAUUUUUAUGCUUAUAAUUUACAUGGUGCAAUAUAUCUUUUUAAUUUGUUUACUUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-837.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -896.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 928.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..(.(((((.((((.....((((((((.((((((......((....(((((..(((..(((....)))..)))..)))))...)).......)))))))))..))))).((((((((((((((....((((....((((....))))..)))).((((((((....(((((.((((((........((....))......((((.((((((.((.((...)).)).)))))).)))).((.(((.((((.....(((....))).....)))).))).)).....(((((((((.((((.((......)).))...)).)))))))))))))))..)))))....))))))))(((........))).((((((((((((.(.((((..(((((.(((((((((.....)).))))..))).)))))..)))))........((((((.((..((((...(((.((((((.......)))))).)))..))))..)).))))))..).))))))))))).(((((...(((((((((((..((((......(((..((((.((((..........(((((((..(((((.((((.(((((((..(((((((...((((....))))...)))))))..(((((.((.(((((...........))))).)).)))))((((...(((.......))).))))((((..((((..............)))).))))...)))))))...)))).))))))))...))))))))))))..))).....))))))))))))(((((((.((((.((..(.(((.((((...((((((.....(((.((.((.((..................)).)).))..(((((((((..((....))...))))).....)))).........(((((..........)))))..........(((((.((((((.....)))..))).))))).....)))))).)))..)))).))).)..)).)))))))))))...))).))))).....))))))))))))))((((((..(((......)))....)))))).......))))))))).)..))((((((((.((((((((((....((((.....((..(((((((.....(((..(((.((.((((((((((((((....(((((......(((((.((((.((((((((..((((((..........((((((.((((((((((((....))))).....)))))))))))))....(((.....(((((((((((((....(((....)))......(((((((.((((((.....((((((.......(((((((.((.....(((((.(.......(((((((.((((......))))...)))))))........).)))))...........(((((...((((((((.............(((((((.((((((((((....(((..(((..(((((......))))).....(((((((.(((.((((((((((......))))))))))((((....))))..))).)))))))(((((((.........))))))).......)))..)))..))))))))))))))))).))))))))...)))))......)))))))))....))))))(((.(((((...((((..(((((((.......(((((((.((((.((((((((...(((...(((...(((((((((...))))))))).....((((((((((((.......((((((.(((((((((.((((......(((((((((((...((((....))))..)))))..))))))(((...((((((....))))))...)))((((.(((((((((..(((((....(((((((((..................((((((((((((((...(((((((....))))))).(((.......))).......(((((.((((...((((.....((......)).....))))...)))).)))))((((((.((((((((((((((.((..(((((.((.((((.((((....)))))))).)).)))))....(((.(((.((((..(((((.((((((....))))))..))))))))).))))))....(((((.......)))))(.(((((((((((((((((((((((.((((..(((..((((((((((((.......)))))((.((.(((((...))))).))))..........)).)))))......)))..))))..)))))))).......)))))).))))))))).)..((.(((((.((((..((((...((((......))))..))))..)))).))))).))......)).)))))).)))))))).))))))...........(((((((....)).))))).....)))))..))))..)))))))))).)))))))))...))))))))).))))((((((((.....)))))))))))).))))))))).))))))))))..))).)))))(((......))).(((.........)))......)))...)))...)))))))).....................((((......))))(((((..(...((....)).)..)))))((((((((...(((((........))))).....(((.(((((.......))))).))).)))))))).))))..)))))))))))))).))))....))))).)))...)))))).).))))))))))))))....)))))......)))...((((((...(((((((.......(((........)))..........)))))))..))))))((((....)))).))))))..))..)))))).)))).))))))))))...))))))((((((((..(....)..))))))))..))))))))..)).)))..))).....)))).)))..))....))))......)))))))))).))))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((..(.(((((.((((..,{({,,..||}|,{((((,,{{,.(,{,,,,((((...{((((((((.,(||{{|{|{.||((((((((.((((.((((({{{....(({((.((({((((((({(({,,,,|||{{{,((((....})))..,}}},((((((((....(((((.((((((...,,{,,{{..,,||....{.((((.((((((..{.({...}).},.)))))).)))).{{.{{{,|,,({{,,|({.,||,,,}||.,}))))}}}}.)).,...(((((((((.(({{.((......}}.))...)).)))))))))))))))..)))))....))))))))(((........))).((((((((((({.{.{(((..(((((.(((((((((.....}},}))}..))).}))))..})}},........((((((.((..((((...(((.((((((.......)))))).)))..))))..)).))))))..},})))))))))}.,,{{,...(((((,,,,(({{,,,,...}}}}...}|||},||,{.......,,,,||||||..,{{{{.||||.{{{|{{{{|{{{|{{{{{|{(({|||{||.,.....,,.}}}|(((((.((.(((({...........,)))).)).)))))|({{,,,|||..,{{,.(((((((..,,},,}},,.)),,)}},))}}.))),,,,|||||})),|}},,|}}}|,||||||{((((((|||,||((((((..({.{({.....,,,))).})..))},))))}||.))))))}.,.....,,)}}}}.,,,.||.}},.}))}}},,,,,}},,}}}},},}),))}}}}))))}}}((({{(({{{{||...||||,.....}}.}}..,..,,,}})}},)))}},...))))))))))))}}.{|||{,|||,||,,...,}),})),.})))),,}}.}.}))).}))},)))|||||||..,,})),))))|{{{{{{{{|{,.{{|.....))},.)))),,,,))}}}}}..,|{,..,{{.||{...}}}.))}..}},.))))))))).)..))((((((((.((((((((((...,{{((.....{{..{{{{{({.....(((..(((.,,.((((((((((((((...,(({,......{(((((.((((.(((((({(..((((((..........((((((.((((((({((((...,}|}}},,.,,||}}}}}|||}}}.,,.,{{.,...(((({{((({{{|,|..,{{,,,,}},......{((((({.((((((..,,,,{{,,,.,,{,,.(((((((.((..,,.(((((.{.......(((((({.,{,(.,,...}}))},.}))))))....,...}.))))}...........{((((...{(((((({...,.........{((((({|(((((((({{....{((,,(({..{((((......))))}.....||||||,.,,{,{(({{(((((,,|.,.))))))))||((((........}}))),,,}}))}((({{,{.,,|,,...))))))},|,|,,,})),.}}),,})))))))))))))))),))))))))...))))}.,....))))))))).,.,},|{{,{((.(((({...{{({{,(((((((.{{{...{((({{{.{{{{.({{,,,{{...,{{||.{(({,.(((((((((...)))))))}}{...,{{|{{|{{{{{{.,..,,.((((((.(((((((((.(((,......(((((((((((...((((....))))..)))))..)))))}(((...((((((....))))))...))}{(((.(((((((((..{((((....(((((((({....,,,...,|,,{,{{((((,,.,,,,,,....(((((((....))))))).{((.......}}},{,{...{((((.((((...((((.....{{......)}.....))))...)))).))))}((((((.((((((((((((({.{{,.{((((.((.((((.{(({....}}}})))).)).))))}....(((.(((.((({.,(((((.((((((....))))))..))))))))).))))))....,{{,,,.}},,.})))|{.(((((((({((((((((((((((.((((..{{{..{(((((({{{{{.......,,,||{{{(({((...}}})))}),,)},..}},}},..)).)))))......)})..))))..)))))))).......)))))).))))))))).},.,|,|||,|.{{,|||{{{{||,{{((,,.,,,|}},..))}|||}}}}|}}|}}|}|,,,,,.)}.}))))).)))))))).))))))...,,......{{{{{({....}).)})))......})))}}))||..,,,,.})))).)))))))))...))))))))).)))|((((((((.....)))))))))))).))))))))).)))))),,})|{||||||||}{((,,,,..}}}.(((,........}}}......||....,}|{{{,}|,,)))}.......}}...........((((......))))..|||,,{,.,|||||,}},}.,))))){{||||{|...(((((........)))))..{{{(((.(((,,.......,))),))))})}|||||,{||,..,)))))))))))))}.})})....})))).)),.},)))))).)}))))))))))))))..,,}}))),},,,,))}...((((((...{(({{{{....,..{||,....,,,||}..........}))))))..})))))((((....)))).))))))..)}..)))))).)))).)))))),}}}...))))))((((((((..(....)..))))))))..))))))))..,,.)))..))).,|,,|}}},,}}..)),...}}}}......)))))))))).))))))))................
Back