Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_173211.2
Sequence Length
2924 nt
GC Content
0.4060
CACAACAUUUCCUUGUAUGUGGAUAGCGUGAAAGAAGCUUGUGAUCCUGCCCCCACCCUCCCCACCGCCACAUUUUUUAAAGUGUAUUGUUGCAGCAUCUGGCAGUGAGACUGAGGAUGAGGACAGCAUGGACAUUCCCUUGGACCUUUCUUCAUCCGCUGGCUCAGGCAAGAGAAGGAGAAGGGGCAACCUACCCAAGGAGUCUGUGCAGAUUCUUCGGGAUUGGCUGUAUGAGCACCGUUACAAUGCCUAUCCUUCAGAGCAAGAAAAAGCGUUGCUGUCCCAGCAAACACACCUGUCUACGCUACAGGUCUGUAACUGGUUCAUCAACGCCCGCCGCAGGCUCCUCCCUGACAUGCUGAGAAAGGAUGGCAAAGAUCCAAAUCAGUUCACAAUUUCCCGCCGUGGGGCCAAGAUUUCUGAAACGAGCUCUGUGGAGUCCGUGAUGGGCAUCAAAAACUUCAUGCCAGCUCUAGAGGAGACCCCAUUUCAUUCCUGUACAGCUGGGCCAAACCCAACCCUAGGGAGGCCACUGUCUCCUAAGCCGUCAUCCCCGGGAUCAGUUUUGGCUCGUCCAUCAGUGAUCUGCCAUACCACUGUGACUGCAUUGAAAGAUGUCCCUUUCUCUCUCUGCCAGUCGGUCGGUGUGGGACAAAACACAGAUAUACAGCAGAUAGCGGCCAAAAACUUCACAGACACCUCUCUCAUGUACCCAGAGGACACUUGUAAAUCUGGACCAAGUACGAAUACACAGAGUGGUCUUUUCAACACUCCUCCCCCUACUCCACCGGACCUCAACCAGGACUUCAGUGGAUUUCAGCUUCUAGUGGAUGUUGCACUCAAACGGGCUGCAGAGAUGGAGCUUCAGGCAAAACUUACAGCUUAACCCAUUUUCAAGCAAAACAGUUCUCAGAAAUGUCAUGAUUGCCGGGGUGAAGGCAAGAGAUGAAUUGCAUUAUUUUAUAUAUUUUUUAUUAAUAUUUGCACAUGGGAUUGCUAAAACAGCUUCCUGUUACUGAGAUGUCUUCAAUGGAAUACAGUCAUUCCAAGAACUAUAAACUUAAAGCUACUGUAGAAACAAAGGGUUUUCUUUUUUAAAUGUUUCUUGGUAGAUUAUUCAUAAUGUGAGAUGGUUCCCAAUAUCAUGUGAUUUUUUUUUUCCUCCCCUUCCCUUUUUUUGUUAUUUUUUCAGACUGUGCAAUACUUAGAGAACCUAUAGCAUCUUCUCAUUCCCAUGUGGAACAGGAUGCCCACAUACUGUCUAAUUAAUAAAUUUUCCAUUUUUUUUCAAACAAGUAUGAAUCUAGUUGGUUGAUGCCUUUUUUUUCAUGACAUAAUAAAGUAUUUUCUUUAAAAAUUGUUGUAAUUCAGAGUAUUUCUGUUGAGGGAGGUGCUUCUUAAAAAUAAGUAGGAAUAUAGCACCCCAGUGAGCAGGAAGCUGGGGGGGUAGGGUGCAGUGUUAGGGGGUGUCACCAGCUCUUUGAAAACCUGUGGACAACAAGCCAGUUUGCAUAAACAGGAUGUGUGAUAUUUACUCUUGAUAGGAGGCAUAGCAGGCCCUUAGAGCUUUACUUAAACUGCAUGGCAAAUUGAAAUGAAUCAUUUUAGUGUUUAGCUAGCCACUAAAUCCCUUGCUGAUCUGUCCUGCGUAGUUUAAAACGUGGCCAUGUUAUAAAGAAAAGUCUUGAAGCAUCCGGUUAUUGCUGAGUUUUCAGAAGAAAACAACGCAAGCAAUCUCUUGCCCUUUUUCCACGUUACCCUUUAAAAUAACCUUUGUUCAGUGGUACAUUUAGUUAAGGCAUUUGUAUUCAAAUGUAGCAUAGUAUUUGCAGAGAAAUUACCUUUUAAAACAUCUCAAAAGUGUUUUCUAAAAUGAUGAAAUAAACGGUGGGGUUCUGUCUAUGGUGGGAUUGUCAGUUUAUUAGGUGAGUAUUUUCCAAGGUCUCAGUUUGUGAAAAAAUGGUGCUAUGUACAAGUGGAGUUUGUUGGGAUAGACAAUCACUUACAAAGCCCAGAUGGCCAGAAGGGAAUUGGUGUUGCUCCUUUCACUUGUAUGGUUGAGCAGAUUUGUCACAUGCCACAAAACCAUUCUUUGUAGUCAUGCUUAGUAUGAGCUUGCUUUGUUGUUACGGUCAUGUUCUUUCCAGCCCUGCCCCAGCUAUGAAUUGUCUAAGUGUGAGGGAGCAUCAGAGCUUCAGUAUUGUUUAAAGAAUGUAGAAAAAUACAAAUUUGUCUAAUUUUGAAACUAUUUUAGAAAGUCCCUACUGUAGAAAGAGCUAAACUCAAAGACUUUCCUUGUAAGUGAAAGAAAAAAACUGCUGAUGAUUACCAAGAGGCGUAAGAAAAUUAGGUGAGGGAAUGUUGUGCUCUAGCCUGUGGGGUGCAGCUUCGUAGGGCACAUCAGCUUAGAAUGGUCUGGCCUCACCUCAGAGAGUCACAGAAAUAGACAAAAACCCAAAAAGUACUAGUAAAGUAAAUACAAGGAACAAAAUAAACAUUAAUAAAAAUGAAUGACGCAAAGGUGAUCCAGAAUCAUUACUUGCUCCAACAGCUAGAUCAAAGGCUGAACAUUUUGCUUUAGUAUAGAUGAGGGAAAUGAGCAAGUCCUAAAAGGUUUGCCCUGUUACGGUGUUUCAUCACUCAUACUGGAAGGAGAAGGAAAGGAGCCAUAUGACUCAUUUAAAAGAAAAACUGUAAGUCACCUUAAAUUCCCUAUGUUUUACUUCAUUUUUUCCCUAUUGAGGUUGUUACAGGUCAUGGUUGAUAAUAGUUGGUGUUGAAUGAAUGUAAUCCAUUAUUUAAAAACAGGUACAUUUAAGUGAAAAGAUAAAUGUAAAAAGCUGUUCAUAUCAAAGCCAAAUAGAAAUGAUUUUUAUGCUUAUAAUUUACAUGGUGCAAUAUAUCUUUUUAAUUUGUUUACUUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-766.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -821.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 618.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............(((.(((((((((((.(.(((((.(((.(((((...(((((((((((((((.((((.(((.(((((((((.(((((((.((((..(((((...((((.(((.(((((((((.((((.((......)).))...)).)))))))))..)))))))((((((((((((.(((((((.....(((((.((((((((((((.(.((((..(((((.(((((((((.....)).))))..))).)))))..)))))........((((((.((..((((...(((.((((((.......)))))).)))..))))..)).))))))..).)))))))))))...((((((.(((((((.((((.......))))....................(((.((((((....(((((((....(((.(((((((((((((((((((((...............((((((.((.(((((...........))))).)).))))))((((((......(((.(((((((..((........))..))).)))).)))......))))))..))))))).((((((((((((((((((..(((((((..((.(((........))).))..)).)))))))).))))))).........))))).)))........))))......))))))))))...)))......(((((((((..((....))...))))).....)))).........(((((..........)))))..........(((((.((((((.....)))..))).)))))...((((((..((((.......)))).....)))))))))))))...)))))))))..........((((...........)))).......)))))))..)))))).........))))).(((.((((((.(((((((((.....................((((((.((.((((((..(((.....))).))))))...))))))))......((((((......)))))).(((((((..........((((((.((((((((((((....))))).....))))))))))))).....((((...)))).)))))))........))))))))).))))))))))))))))))))))))))))......))))))))))))))))(((((.(.......(((((((.((((......))))...)))))))........).)))))..............................((((.((((.....)))).))))..............................))))))))).))).)).......(((.((((((((.(.((.(((((((((((........)))))....))))))))..).))))))))))).)))))).))))).........))))))))))).)))))))).)..((((((...((((..(((((((......(((..(((.(((((((...((.(((((((((.(((.......)))......((((((((...(((...(((...(((((((((...))))))))).....((((((((((((.......((((((.(((((((((.((((......(((((((((((...((((....))))..)))))..))))))(((...((((((....))))))...)))((((.(((((((((..(((((....(((((((((..................((((((((((((((...(((((((....))))))).(((.......))).......(((((.((((...((((.....((......)).....))))...)))).)))))((((((.((((((((((((((.((..(((((.((.((((.((((....)))))))).)).)))))....(((.(((.((((..(((((.((((((....))))))..))))))))).))))))....(((((.......)))))(.(((((((((((((((((((((((.((((..(((..((((((((((((.......)))))((.((.(((((...))))).))))..........)).)))))......)))..))))..)))))))).......)))))).))))))))).)..((.(((((.((((..((((...((((......))))..))))..)))).))))).))......)).)))))).)))))))).))))))...........(((((((....)).))))).....)))))..))))..)))))))))).)))))))))...))))))))).))))((((((((.....)))))))))))).))))))))).))))))))))..))).)))))(((......))).(((.........)))......)))...)))...))))))))............................((((((((((((.(((((((((((.(((........(((.((((..(((((........)))))..((((((.(((..........))).)))))).(((((.(((...))))))))((.((...((((......))))...)).))..))))))).....(((........)))..............)))...))))))))..........))).))).)))))))))..)))))))))))))))))).)))...)))......)))))))))))..((((((........))))))...))))))(((((((..(....)..))))))).....))))))))))))))...(((((.((((.(((.....(((((((.......)))).)))....))).)))).))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
............{((.(((((((((((.{.((((,{(((.(((((...(((((((((((((((.(({(.(((.((((((({{.((((((({((((..(((({...((((.{{{.(((((((((.(({{.((......)}.))..,)).))))))))).}.),))))((((((((((((.(((((((.....,{{{{.((((((((((((.{.{(((..(((((.((((((({(.....}},})))..))).)))))..)))}.........((((((.((..((((...(((.((((((.......)))))).)))..))))..)).))))))..},})))))))))).,.((((((.((((((..(((((((,.,(((({...{{{(.........{(((,....})))....,,...}))).{((.((((....)))).))|(((((((...............((((((.((.(((({...........,)))).)).))))))(((((({,...,((,.(((((((..((........))..))).)))).)))....},))))))..))))))).}.)))))))))).)){((((...(((.(((({((({{......|||.(((((({,((((.((..(.(((.((((...((((((.....{((.{{.,{.{{.............{{{,.,||||.,..{{{{{(((((..((....))...))))).....}}}},........{{{{{,,........}}}))..........(((((.(({(((.....)))..))).)))))...,.}}}))).)))..)))).))).)..)).))))))))))).}|((((..(({.....)),..)))),....))))))))))))..)))))))))))..)))))).}....,,.)))}}.{||,{(((((.(((((((({,{{,.,,.{,,.........,||||,|.{{.((((((..(((.....))).))))))...||||,,,,.,}}..((((((......)))))).(((((((...,......((((({.((((((((((((....))))).....)))))))})))))..,..{{{{...)))},)))))))..,,,,,,))))))))}.)))))}}}})))))))))))))))))))......}))))})))))))))},{(((.{.......(((((((,{{{(,,,...}}))},.}))))))...,,,.,|.}}}},......,,........,,...........,{{{|,(({{.....)}|}.}}))}.,.......,,|{{,...,{{||......)))))}}}}.))),)).......{{{.((((((((.{.((.(((((((((((........)))))....))))))))..).)))))))))))))})))).))))).........))))))))))).)))))))).}..{(((((...((((..{(((({{...,..,,({.(((.(((((((...((.(((((((((.(((...,,.{}}|,{{...((((((((...(((...(((...(((((((((...))))))))).....((((((((((({.......((((((.(((((((((.(((,......(((((((((((...((((....))))..)))))..))))))(((...((((((....))))))...))){(((.(((((((((..(((((....(((((((((....,,,...,,,,{{{{((((,,,,,,,{,....(((((((....))))))).(((.......))).,,,...,((((.((((...((((.....{{......)}.....))))...)))).)))),((((((.((((((((((((((.((..(((((.((.((((.{(({....}}}})))).)).))))}....(((.(((.((({.,(((((.((((((....))))))..))))))))).))))))....,((,,..,,...})}}|(.(((((((((((((((((((((((.((((..(((..((((((({{{{{.......,,,||{{{(({((...}}}))),}.}}}...}},},...)).)))))......)))..))))..)))))))).......)))))).))))))))).)}.,{.{{{{{.{{{{,,{,{(,,.({((,,..,,|}}}.,))),,,)))),))})),)}......)).)))))).)))))))).))))))...,,......(((((({....)).)))))......))))))))}}..}},,,))))).)))))))))...))))))))).)))|((((((((.....)))))))))))).))))))))).))))))})))..))).)))))(((......))).(((.........)))......))}...)))...))))))))......,,}}............,,,...{(((((((((((.(((((((((((.{{(..{{|{..,{,{((((..(((((........)))))..((((((.(((,,.......,))).)))))).(((((.(((...))))))))((.{{...((((,.....))}).,,)),)).,)}}}}},..,.}|||}...,}}}||}.,,,....,.....}))...))))))))..........))).))).))))))))}..)))))))))))))))))).))).}},}),.....,,))))))))),,{{((((.....},})))))}...)))))|(((((((..(....)..))))))),....))))))))))))}}||.(((((.((((.(((.....(((,{{{.......}}}}.)))....))).)))).))))).........
Back