Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_174936.4
Sequence Length
3637 nt
GC Content
0.6258
AGCGACGUCGAGGCGCUCAUGGUUGCAGGCGGGCGCCGCCGUUCAGUUCAGGGUCUGAGCCUGGAGGAGUGAGCCAGGCAGUGAGACUGGCUCGGGCGGGCCGGGACGCGUCGUUGCAGCAGCGGCUCCCAGCUCCCAGCCAGGAUUCCGCGCGCCCCUUCACGCGCCCUGCUCCUGAACUUCAGCUCCUGCACAGUCCUCCCCACCGCAAGGCUCAAGGCGCCGCCGGCGUGGACCGCGCACGGCCUCUAGGUCUCCUCGCCAGGACAGCAACCUCUCCCCUGGCCCUCAUGGGCACCGUCAGCUCCAGGCGGUCCUGGUGGCCGCUGCCACUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUCCUGGGUCCCGCGGGCGCCCGUGCGCAGGAGGACGAGGACGGCGACUACGAGGAGCUGGUGCUAGCCUUGCGUUCCGAGGAGGACGGCCUGGCCGAAGCACCCGAGCACGGAACCACAGCCACCUUCCACCGCUGCGCCAAGGAUCCGUGGAGGUUGCCUGGCACCUACGUGGUGGUGCUGAAGGAGGAGACCCACCUCUCGCAGUCAGAGCGCACUGCCCGCCGCCUGCAGGCCCAGGCUGCCCGCCGGGGAUACCUCACCAAGAUCCUGCAUGUCUUCCAUGGCCUUCUUCCUGGCUUCCUGGUGAAGAUGAGUGGCGACCUGCUGGAGCUGGCCUUGAAGUUGCCCCAUGUCGACUACAUCGAGGAGGACUCCUCUGUCUUUGCCCAGAGCAUCCCGUGGAACCUGGAGCGGAUUACCCCUCCACGGUACCGGGCGGAUGAAUACCAGCCCCCCGACGGAGGCAGCCUGGUGGAGGUGUAUCUCCUAGACACCAGCAUACAGAGUGACCACCGGGAAAUCGAGGGCAGGGUCAUGGUCACCGACUUCGAGAAUGUGCCCGAGGAGGACGGGACCCGCUUCCACAGACAGGCCAGCAAGUGUGACAGUCAUGGCACCCACCUGGCAGGGGUGGUCAGCGGCCGGGAUGCCGGCGUGGCCAAGGGUGCCAGCAUGCGCAGCCUGCGCGUGCUCAACUGCCAAGGGAAGGGCACGGUUAGCGGCACCCUCAUAGGCCUGGAGUUUAUUCGGAAAAGCCAGCUGGUCCAGCCUGUGGGGCCACUGGUGGUGCUGCUGCCCCUGGCGGGUGGGUACAGCCGCGUCCUCAACGCCGCCUGCCAGCGCCUGGCGAGGGCUGGGGUCGUGCUGGUCACCGCUGCCGGCAACUUCCGGGACGAUGCCUGCCUCUACUCCCCAGCCUCAGCUCCCGAGGUCAUCACAGUUGGGGCCACCAAUGCCCAAGACCAGCCGGUGACCCUGGGGACUUUGGGGACCAACUUUGGCCGCUGUGUGGACCUCUUUGCCCCAGGGGAGGACAUCAUUGGUGCCUCCAGCGACUGCAGCACCUGCUUUGUGUCACAGAGUGGGACAUCACAGGCUGCUGCCCACGUGGCUGGCAUUGCAGCCAUGAUGCUGUCUGCCGAGCCGGAGCUCACCCUGGCCGAGUUGAGGCAGAGACUGAUCCACUUCUCUGCCAAAGAUGUCAUCAAUGAGGCCUGGUUCCCUGAGGACCAGCGGGUACUGACCCCCAACCUGGUGGCCGCCCUGCCCCCCAGCACCCAUGGGGCAGGUUGGCAGCUGUUUUGCAGGACUGUAUGGUCAGCACACUCGGGGCCUACACGGAUGGCCACAGCCGUCGCCCGCUGCGCCCCAGAUGAGGAGCUGCUGAGCUGCUCCAGUUUCUCCAGGAGUGGGAAGCGGCGGGGCGAGCGCAUGGAGGCCCAAGGGGGCAAGCUGGUCUGCCGGGCCCACAACGCUUUUGGGGGUGAGGGUGUCUACGCCAUUGCCAGGUGCUGCCUGCUACCCCAGGCCAACUGCAGCGUCCACACAGCUCCACCAGCUGAGGCCAGCAUGGGGACCCGUGUCCACUGCCACCAACAGGGCCACGUCCUCACAGGCUGCAGCUCCCACUGGGAGGUGGAGGACCUUGGCACCCACAAGCCGCCUGUGCUGAGGCCACGAGGUCAGCCCAACCAGUGCGUGGGCCACAGGGAGGCCAGCAUCCACGCUUCCUGCUGCCAUGCCCCAGGUCUGGAAUGCAAAGUCAAGGAGCAUGGAAUCCCGGCCCCUCAGGAGCAGGUGACCGUGGCCUGCGAGGAGGGCUGGACCCUGACUGGCUGCAGUGCCCUCCCUGGGACCUCCCACGUCCUGGGGGCCUACGCCGUAGACAACACGUGUGUAGUCAGGAGCCGGGACGUCAGCACUACAGGCAGCACCAGCGAAGGGGCCGUGACAGCCGUUGCCAUCUGCUGCCGGAGCCGGCACCUGGCGCAGGCCUCCCAGGAGCUCCAGUGACAGCCCCAUCCCAGGAUGGGUGUCUGGGGAGGGUCAAGGGCUGGGGCUGAGCUUUAAAAUGGUUCCGACUUGUCCCUCUCUCAGCCCUCCAUGGCCUGGCACGAGGGGAUGGGGAUGCUUCCGCCUUUCCGGGGCUGCUGGCCUGGCCCUUGAGUGGGGCAGCCUCCUUGCCUGGAACUCACUCACUCUGGGUGCCUCCUCCCCAGGUGGAGGUGCCAGGAAGCUCCCUCCCUCACUGUGGGGCAUUUCACCAUUCAAACAGGUCGAGCUGUGCUCGGGUGCUGCCAGCUGCUCCCAAUGUGCCGAUGUCCGUGGGCAGAAUGACUUUUAUUGAGCUCUUGUUCCGUGCCAGGCAUUCAAUCCUCAGGUCUCCACCAAGGAGGCAGGAUUCUUCCCAUGGAUAGGGGAGGGGGCGGUAGGGGCUGCAGGGACAAACAUCGUUGGGGGGUGAGUGUGAAAGGUGCUGAUGGCCCUCAUCUCCAGCUAACUGUGGAGAAGCCCCUGGGGGCUCCCUGAUUAAUGGAGGCUUAGCUUUCUGGAUGGCAUCUAGCCAGAGGCUGGAGACAGGUGCGCCCCUGGUGGUCACAGGCUGUGCCUUGGUUUCCUGAGCCACCUUUACUCUGCUCUAUGCCAGGCUGUGCUAGCAACACCCAAAGGUGGCCUGCGGGGAGCCAUCACCUAGGACUGACUCGGCAGUGUGCAGUGGUGCAUGCACUGUCUCAGCCAACCCGCUCCACUACCCGGCAGGGUACACAUUCGCACCCCUACUUCACAGAGGAAGAAACCUGGAACCAGAGGGGGCGUGCCUGCCAAGCUCACACAGCAGGAACUGAGCCAGAAACGCAGAUUGGGCUGGCUCUGAAGCCAAGCCUCUUCUUACUUCACCCGGCUGGGCUCCUCAUUUUUACGGGUAACAGUGAGGCUGGGAAGGGGAACACAGACCAGGAAGCUCGGUGAGUGAUGGCAGAACGAUGCCUGCAGGCAUGGAACUUUUUCCGUUAUCACCCAGGCCUGAUUCACUGGCCUGGCGGAGAUGCUUCUAAGGCAUGGUCGGGGGAGAGGGCCAACAACUGUCCCUCCUUGAGCACCAGCCCCACCCAAGCAAGCAGACAUUUAUCUUUUGGGUCUGUCCUCUCUGUUGCCUUUUUACAGCCAACUUUUCUAGACCUGUUUUGCUUUUGUAACUUGAAGAUAUUUAUUCUGGGUUUUGUAGCAUUUUUAUUAAUAUGGUGACUUUUUAAAAUAAAAACAAACAAACGUUGUCCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1659.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1719.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 831.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((...(((((((.((....))...)))))))...((((((........))))))...(((((((.((((.((.(((((((((((((.(((..(((.((((...(((((((...))))))))))).))))))))))))..((((((.((((((((.(((.....((.(((((.....((((((((((...((((((((...(((((((((...(((((((((((((((...))))).)))).....((.(((((((..((....((..(((((((((((.(...(((((((.((((..(.((((((((((..(((((((.((.((....)).)).)))))))..)))))..))))).)..))))..))))))).))))).))).))))...))..)).))))))))))))))))))))))))....).)))))))(((.((((...(((((((((((((((..........(((....(((.((((.((..((.(((.(((.(((((((((.((((.....))))((((((....((((((..(((((((.(((((........)))))..(((.......)))((((((((((((.(((((..............(((.(((.(((..((((.....(((((((((....)))).)))))...)))).))).))).)))((((((((((((((((........)))))...)))))).......(((((........)))))((((((.(((.((((((((.((.....))))))).))).))).).)))))....))))).))))).))..)))))))))).)))))))..))))))......)))))).))).)))))).))))))..))..)))))))))...)))...((((((...((((((((((.((((((..((((...((((((.....((((((((((...((((...))))((((((((((((.(((((((((.((((((((((....)))))((((((.((((((((((((((((((...))))))))))....((((........))))........))))))))(((((((.((((.(......((.....))....).))))))))))).))))))......)))))))))))))).)))))))))...)))(((((((((.(.((.(.((((((.(((..(.(((((((((((...(((((((.......)))))))...)))(((((((.....(((........(((((((((((((....((((((((..(((((((....((.(((((.....(((..(((((.(((((((.(...((((.(((((..........)).))).))))...))))))))(((((.((((...))))))))).(((...((((((((((...(((.((((...)))).)))...)))).))))))...)))((((((((..(((((......))))).)))).)))).....))))))))(((..(((((((((((((..........))))))))..........)))))..)))(((((((.....))))))).))))).))..))))))).))))))))(((((...((((((((((((((((((((.(((((((((.((((((..((((....)))).))).....(((((...((((((((((....)))))...))).)).)))))....))).))))))))).))))))).(((((.(((....))))))))((.(((((...(((.(((((..((..((((((..((((((((.((((((((((..((((.((((((((((.((((....)))).))))).((((((((..(((......))).....)))))).))......(((((((.((((.((((....(((((((..(((.((.(((.......))))).))))))))))..)))).))))((((...)))))))))))(((((((((........)))((((......))))...))))))..)))))..)))).))))))).).)).)))))))).((((.(((.(((...((..(((.(((....)))...)))..))..)))))).)))).....((((((.(((((((((((.......))))))..(((((((((.(.((.....)).).))..))))))).((((....))))..)))))))))))((((((((.......))).)))))((((((.(((((..((.(((((.....((((((.((......))(((.......)))))))))...))))).))...))))).))))))....))))))..))..))))))))...)))))...))...))))))).)))))))))))...)))))))))))).).........)))......))))))).....)))))))))..))))))))).).)).).)))))))))....(((((...)))))))))))))))((((..(((((((..((..(((......))).))..))))))).))))((((((.((...)).))))))....))))))))))..)))).))...)))))......)))))....))))))..))))))))))))))))))))))((((((....(.((..((((((((((..(((((.(((.(((.((((....)))).)))..))))))))((((((...((((((.....))))))))))))...)))))))))).)).))))))).))))))))))))))).)).....))).)))))))).))).)))(((.(((...))))))..((((((........))))))(((((....))))).((........)).(((((((.((((((..((((.....))))(((..(((...(((((((((((((..((((..((((..((((..((((((((((.(((((((((.....((.....))..((.(((.......))).)))))))))))...)))))))))).......((.((((...(((((((((((....)))..)))))))))))))).(((((((.........))).))))........)))).....((((......))))...))))..))))..))))))))))))))))..)))......))))))))))))).............(((((((((....)))).)))))..)))))))...)).))))..)))))))......((((((...(((..((((((((((((.((((.(((.(((((((((((((((.((((((.(((((.(((((....))))).)...)))).)))))))))))((((((.........)))))).....)).)))))...(((.(((((.((((((.((((........))))))))))..).)))))))..(((((((.....(((......)))))))))))))...))).)))).))))))).))))).))).......))))))..((((.....((((((((........))).)))))....))))((((((((..................)))))))).......))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.,.(((((((.({....},.,.))))))).|(.((((((((((...)))))}})))),).((((((..(((((.((..((((((.(((.,(((.((((...(((((((...))))))))))).))))))))))))..))..((((((((((((..,.,({{(({.,,,,.....{(((((((((...((((((({,..(((((((((...(((((((((((((((...))))).)))).....((.(((((((..{(,...((..(((((((((({,(...(((((((.((((..(,{(((((((((...((((((.((.({....)).)).))})))}..))))}.}))))).}..))))..))))))).))))).))).))))...))..)).))))))))))))))))))))))))....).)))))))((,{((((...(((((((((((((((.......,,.(((....(((.((((.((..{(.(((.{((.(((((((((.((((.....))))((((((..,.((((((..(((((((.(((((,.....,.)))))..(((.......)))((((((((((((.(((((.....,......,.(((.(((.(((..((((...,.(((((((((....)))).))))).,.)))).))).))).)))((((((((((((((((......}.)))))...)))))).,,,,..{{{{|,,,.....}}}}}((((((.(((.((((((((.((....,)}))))).))).))).).)))))....))))).))))).))}.}))))))))).)))))))..))))))...,..)))))).))).)))))).)))))}..))..)))))))))...)))...((((((...((((((((((.((((((..((((...((((((.....((((((((((...((({...})))((((((((((((.(((((((((.(((({(((((....)))))((((((.((((((((((((((((({...}))))))))).,,{((((........)))}.,}},...))))))))(((((({{((((.{......((.....))....).))))))))))).))))))......}))))))))))))).)))))))))...)))(((((((((.(.((.(.((((((.(((..(.(((((((((((..,((((((,,,....,))))))).,..,,(((((((..,..(((.......,,(((((((((((({,{,((((((((..(((((((,...,,.{|(((....{{,,|.||}|,||||||||.|.,,|||{.{{,....|||||||||||||),))))...||||||||(((((.((((...))))))))),(({...((((((((((...(((.((((...)))).)))...)))).))))))...})}((((((((..(((((,.....))))).}))}{|||}{{.}|}},,|,.((((..(((((((((((((..,.......))))))))..........)))))..)))){||{{{,....))}))}|.||||,.,,,,))}}}})})))})|||((((({{((({{{{{{{{{{((((((((.(((((((((.({,(((..((((....)))).))}..,{.(((((|..|,|{((((((....)))))}.,,||.|}.)))))|}..}}}.))))))))).)))))))}(((((,(({....))))))))||,|||||,..{({.{((((((((,.((((((..((((((((.(({(((((((..((((.((((((((((.((((....)))).))))).((((((((.{({{......))).....)))))).))......(((((((,((((.((((.,..(((((({.,(((.((.(((.......))))).)))))))))),.)))).))))|(((...)))})))))))(((((((((..,,,,..}}}{{{|,,,..,}})),..})))))..)))))..)))).))))))).}.)).)))))))).((((.(({{({({{,,(,,{((,{{{,,..)))...))}.,)},.}))))).))))...{{(((((({(.,,.((((((.,...,.))))))..,)}})}})))..,,..,{{|,...)))))))),)),||||.}}}))},..|((((((((((({(((({{.{,,.,{|}}.}))),|||(((.(((((..((.(((((.....((((((.((......))(((.......)))))))))...))))).))...))))).))))))}.})))).))))))}.}}}},}}}.,.}}|||,{|,...,))))))),))))))})))}...)))))))))))),),........)))...,..)))))))...}))))))))))..))))))))).).)).).)))))))))....((((,...})))))))))))))),,,,..(((((((..((..(((......))}.)),.))))})).}|{(((((((.((...)).))))))))).))))))))))..)))).)}...)))))......)))))....))))))..))))))))))))))))))))))((((((....{.((..((((((((((..(((((.((,.(((.((((....)))).)))..))})))))((((((...((((((.....))))))))))))...)))))))))).)).))))))),))))))))))))))).,.......|,{((((((((((((((..(((,({,,,,{|||||{.((((((.,.....,)))))),((((,,{{||||},((,.......||{(((.,,||||||{{{.{((,.,|||{||}}}||||||{({(((({((({{(((({,{|,..,|||{.,,)))){((({{{{{(|((((((({{...,{({,....}||}|||||,},,,)},.,,.,.})))))))),,.))))))))))})))),,||,((((,..{{{{{{|{{||,.,,)))},,)}))))))))))).,,,,,|,},..{{{{{,,..))))}))))))))).))))))|(((.({{.{,......)))))},...)))))))))))))))))..))))))...,.((((.((.((((.({{....(((..(((((((((....)))),}))))..)))...}},....)))).)).))))}......((((((,,.(((..(((((,((((((.((((,(((.,{((({(((,((((,{((((((,{((((.(((((....))))).)...,}})})}))))))))|((((((.........))))))}.,,,|}.}}})),..(((.(((((.((((((.((((........))))))))))..}.))))))).,|||,,||}..{,(((,.....,},}}})))))))},,)}).)))).)))))),.))))).))).,,....))))))..((((.....(((({(((........))).}))))....)))),{{(((({,....{,...,.,,||,.,})))))}.......))))))).....
Back