Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_174983.5
Sequence Length
2137 nt
GC Content
0.6781
GCAGAGUCGAGCGUGGGGCGGACGCGGCGGACGUGGGUGAGGGCGCGGCCGUAAGAGAGCGGGACGCGGGGUGCCCGGCGCGUGGUGGGGGUCCCCGGCGCCUGCCCCCACGGCACCCAAGAAGGCCUGGCCAGGGUACCCUCCGCGGAGCCCGGGGGUGGGGGGCGCGGGCCCGGCGCCGCGAUGGGCCCGGGACCCCCAGCGGCCGGAGCGGCGCCGUCCCCGCGGCCGCUGUCCCUGGUGGCGCGGCUGAGCUACGCCGUGGGCCACUUCCUCAACGACCUGUGCGCGUCCAUGUGGUUCACCUACCUGCUGCUCUACCUGCACUCGGUGCGCGCCUACAGCUCCCGCGGCGCGGGGCUGCUGCUGCUGCUGGGCCAGGUGGCCGACGGGCUGUGCACACCGCUCGUGGGCUACGAGGCCGACCGCGCCGCCAGCUGCUGCGCCCGCUACGGCCCGCGCAAGGCCUGGCACCUGGUCGGCACCGUCUGCGUCCUGCUGUCCUUCCCCUUCAUCUUCAGCCCCUGCCUGGGCUGUGGGGCGGCCACGCCCGAGUGGGCUGCCCUCCUCUACUACGGCCCGUUCAUCGUGAUCUUCCAGUUUGGCUGGGCCUCCACACAGAUCUCCCACCUCAGCCUCAUCCCGGAGCUCGUCACCAACGACCAUGAGAAGGUGGAGCUCACGGCACUCAGGUAUGCGUUCACCGUGGUGGCCAACAUCACCGUCUACGGCGCCGCCUGGCUCCUGCUGCACCUGCAGGGCUCGUCGCGGGUGGAGCCCACCCAAGACAUCAGCAUCAGCGACCAGCUGGGGGGCCAGGACGUGCCCGUGUUCCGGAACCUGUCCCUGCUGGUGGUGGGUGUCGGCGCCGUGUUCUCACUGCUAUUCCACCUGGGCACCCGGGAGAGGCGCCGGCCGCAUGCGGAGGAGCCAGGCGAGCACACCCCCCUGUUGGCCCCUGCCACGGCCCAGCCCCUGCUGCUCUGGAAGCACUGGCUCCGGGAGCCGGCUUUCUACCAGGUGGGCAUACUGUACAUGACCACCAGGCUCAUCGUGAACCUGUCCCAGACCUACAUGGCCAUGUACCUCACCUACUCGCUCCACCUGCCCAAGAAGUUCAUCGCGACCAUUCCCCUGGUGAUGUACCUCAGCGGCUUCUUGUCCUCCUUCCUCAUGAAGCCCAUCAACAAGUGCAUUGGGAGGAACAUGACCUACUUCUCAGGCCUCCUGGUGAUCCUGGCCUUUGCCGCCUGGGUGGCGCUGGCGGAGGGACUGGGUGUGGCCGUGUACGCAGCGGCUGUGCUGCUGGGUGCUGGCUGUGCCACCAUCCUCGUCACCUCGCUGGCCAUGACGGCCGACCUCAUCGGUCCCCACACGAACAGCGGAGCGUUCGUGUACGGCUCCAUGAGCUUCUUGGAUAAGGUGGCCAAUGGGCUGGCAGUCAUGGCCAUCCAGAGCCUGCACCCUUGCCCCUCAGAGCUCUGCUGCAGGGCCUGCGUGAGCUUUUACCACUGGGCGAUGGUGGCUGUGACGGGCGGCGUGGGCGUGGCCGCUGCCCUGUGUCUCUGUAGCCUCCUGCUGUGGCCGACCCGCCUGCGACGCUGGGACCGUGAUGCCCGGCCCUGACUCCUGACAGCCUCCUGCACCUGUGCAAGGGAACUGUGGGGACGCACGAGGAUGCCCCCCAGGGCCUUGGGGAAAAGCCCCCACUGCCCCUCACUCUUCUCUGGACCCCCACCCUCCAUCCUCACCCAGCUCCCGGGGGUGGGGUCGGGUGAGGGCAGCAGGGAUGCCCGCCAGGGACUUGCAAGGACCCCCUGGGUUUUGAGGGUGUCCCAUUCUCAACUCUAAUCCAUCCCAGCCCUCUGGAGGAUUUGGGGUGCCCCUCUCGGCAGGGAACAGGAAGUAGGAAUCCCAGAAGGGUCUGGGGGAACCCUAACCCUGAGCUCAGUCCAGUUCACCCCUCACCUCCAGCCUGGGGGUCUCCAGACACUGCCAGGGCCCCCUCAGGACGGCUGGAGCCUGGAGGAGACAGCCACGGGGUGGUGGGCUGGGCCUGGACCCCACCGUGGUGGGCAGCAGGGCUGCCCGGCAGGCUUGGUGGACUCUGCUGGCAGCAAAUAAAGAGAUGACGGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1053.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1087.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 527.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((.(((((((((((((.((.(((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.((.(.(((((((((((.((((((((((.....)))........))))...))).))).)))).)))).).)))))(((((((.((.((((((..(((((((((..(.((((((((...))).).)))).).)))))))))..)))))).)).))))))).(((((.(((((((((((((...(((((((((..............)))...)))))))))))))).......))))).)))))...(((.(((((..((((.(((((...((((((((((((.((....)).))).((((..((((((.((((((.((....)).)))))).))))))..))))..))))))))).))))).(((((..((....))..)))))))))...))))).))).))))))..))))))))))))..................((((((......)))))).(((((((((.(((....)))))))))))).))))..))))))))))))...(((....((((((...))))))....))).....)).))))).)).))).....(((((((((..((((..(........)..)))))))))).)))...........)))))).(((((((((((((((...(((....))).((((((((((((((.(((((..(((..(((..(((..((((((...))))))..)))....(((((.((.((((((.((((((((.(((((......))))).))..)))..))).)))))).)).)))))((((((((((....)))..........(((((....)))))...)))))))))))))))))))))))))))))).)).........))))))))...)))))))...(((((.((((((((.((((((.(.(((((...)))))))))))).(((((((((((((.......)))....(((((((((..((((((.((..(((........))).)).))...)))).....(((.((((((((((..((.((.((((((.............)))))).)).))...((((((.((...........)).))))))......((.(..((((((((((....(((........)))..))))))))))..).))(((..((((((....))))))..))).(((((((.((((((((((((((((.(((((((...))))))).))))..)).).)))).)))))..))).))))..((((((((((.(((((((.....))))...((((((((.((...))))))))))..(((.((((..(((.(((.....))).)))..)))))))))).))))))))))..((.((((...(((.((((((...(((((((.((.((((...))))))))))))).......)))))).))))))).))..)))))).))))))).(.(((((((((((((...((((..(((((.(((.((((((.((((....))..(((((((..(.(((....(((((((..((((.((((..(((((((....))).))))..)))).)))).(((......)))....))))))).(((((......)))))((((((.((((((.......((((((.((((((..................))))))))))))))))))))))))..(((((((((.((((((..((.....))..)))))).......))))))))).............)))).)))))))...(((((((....((((((.....((.(((.(((..((((...((((..(((((((....)))))))....))))..))))..))).))).))..))))))...)))))))...((((((((.(((...)))...))))))))...)).)))))).)))..)))))..)))).))))))))))))).))))))))))..)))))).))))))))))))))))))))).))..))))....))))))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{((((((((,((((((,(((((,(((.(,.(((((.(((((((.((((((,.((.((((((((((((((((((,((,((,(.(((((((((((.((((((((((.....))),.......,)))...))).))).}))),)))),|.)))}|(((({((.((.((((((..(((((((((..(.(((({(((...))).}.)))).).)))))))))..)))))).)).))}})))}(((((.(((((((((((((,..(((((((((.,,......},...))).,.)))))))))))))).......))))).))))).{.{({.(((((,,(({{.(((((...((((((((((((.((....)).))).((((..((((((.((((((.((....)).)))))).))))))..))))..))))))))).))))).(((((..((....))..))))))))),.,))})).)))}))))))..)))))))))))).))...............((((((......)))))).}||||||||.|(({{..,,))))})))))}.)))}},,),))))))))...{{(,,,,((((((...))))))....,,}..,}}}},)))))})).{{{{,,,,(((((((((..((((..(........)..)))))))))).))).,...,||,..||||...({(((((((((((({...{{(....))).((((((((((((((.(((((..(((.,(((..(((..((((((...))))))..)))....(((((.((.((((((.|((((({({((,,,...,.,.,,,},))..)))}})))})))))).)).))))}((((((({{{.,,,|}|,,....,,,.{{{||,...})))),},)))))))))))))))))))))))))))))).)).........})))))))...))))}||,,{{({{{{{(((((((,((((((.,,{|||{,..)))))))))}}}.{{{(((((((......{{,,{{|.,,,{(((({(({..{|||,|,||..{{{........))).))})),,,))))},.{.(((.((((((((((.....(,{(((.((.((((((.(((((((((.,...((({{{((((((.((...........)).)))))).........(..((((((((((....(((........)))..))))))))))..}.,{((,..,|||(({,{{||||||{{|||,(((((((.((((((((((({((((.(((((((...))))))).))))..)).}.))))},))))..))).))))}}||||((((((.((((,((.{{{.||||.{,((((((((.((...))))))))))..((({({{,}}|||.{,{.....,)).)))}.))))),)))).))))))))))}}|||,||{{({{.,..,||....|||.||||||.,}})))},}})),)))).,.))))))..))).)))))).)).))))))))))).))))))).|,{((((((((((((...((((..(((((.(((.((((((.,,{{....},..(((((((..{.({,....(((((((..((((.((((..(((((((....)))},)))..)))).)))).{{,...{{.,}},,,.))))))).(((((......)))))(((((((((((((.......(((((((((((((............,.....))))))))))))))))))))))))..(((((((((,((((((.,({....,},..)))))),}.....))))))))).............,}}}.)))))))...(((((((....((((((.....((.(((.(((..((((...((((..(((((((....)))))))....))))..))))..))).))).))..))))))...))))))){{,((((((((.(((...)))...)))))))).,})).)))))).)))..)))))..)))).)))))))))))))}))))))))))..)))))).)))))))))))))))||||}}||||||||,},,,))))))))}|||,||.........,,)),.}}).
Back