Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_176786.2
Sequence Length
2042 nt
GC Content
0.5989
GCUGUGCACCCAGAGAUAGUUGGGUGACAAAUCACCUCCAGGUUGGGGAUGCCUCAGACUUGUGAUGGGACUGGGCAGAUGCAUCUGGGAAGUAACUGCUGCAAGAACGGACAGACACUGCUGCAGAGAACUUGCCACGGUGUUUCAUGCUGUGGCUGGUGGUUCCAGGCUGCACGCUCCAUUCUAGGAAAGGGGCCCUCAGCCCAGUCCCUUGCAGGCUGGACCUUGGAGAGUGAGGCCCUGAGGCGAGACAUGGGCACCUGGCUCCUGGCCUGCAUCUGCAUCUGCACCUGUGUCUGCUUGGGAGUCUCUGUCACAGGGGAAGGACAAGGGCCAAGGUCUAGAACCUUCACCUGCCUCACCAACAACAUUCUCAGGAUCGAUUGCCACUGGUCUGCCCCAGAGCUGGGACAGGGCUCCAGCCCCUGGCUCCUCUUCACCAGGCUCCUGGCGGCACACAUAAGUGCAUCUUGCGGGGCAGUGAGUGCACCGUCGUGCUGCCACCUGAGGCAGUGCUCGUGCCAUCUGACAAUUUCACCAUCACUUUCCACCACUGCAUGUCUGGGAGGGAGCAGGUCAGCCUGGUGGACCCGGAGUACCUGCCCCGGAGACACGAGCAACAUCAGUUCUGGCCACUGCAUCCUGACCUGGAGCAUCAGUCCUGCCUUGGAGCCAAUGACCACACUUCUCAGCUAUGAGCUGGCCUUCAAGAAGCAGGAAGAGGCCUGGGAGCAGGCCCAGCACAGGGAUCACAUUGUCGGGGUGACCUGGCUUAUACUUGAAGCCUUUGAGCUGGACCCUGGCUUUAUCCAUGAGGCCAGGCUGCGUGUCCAGAUGGCCACACUGGAGGAUGAUGUGGUAGAGGAGGAGCGUUAUACAGGCCAGUGGAGUGAGUGGAGCCAGCCUGUGUGCUUCCAGGCUCCCCAGAGACAAGGCCCUCUGAUCCCACCCUGGGGGUGGCCAGGCAACACCCUUGUUGCUGUGUCCAUCUUUCUCCUGCUGACUGGCCCGACCUACCUCCUGUUCAAGCUGUCGCCCAGACUUGGAUGGGGGCCCACGGGGCCGGUGUGCUGUUGAGCCAGGACUGUGCUGGCACCCCACAGGGAGCCUUGGAGCCCUGCGUCCAGGAGGCCACUGCACUGCUCACUUGUGGCCCAGCGCGUCCUUGGAAAUCUGUGGCCCUGGAGGAGGAACAGGAGGGCCCUGGGACCAGGCUCCCGGGGAACCUGAGCUCAGAGGAUGUGCUGCCAGCAGGGUGUACGGAGUGGAGGGUACAGACGCUUGCCUAUCUGCCACAGGAGGACUGGGCCCCCACGUCCCUGACUAGGCCGGCUCCCCCAGACUCAGAGGGCAGCAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACUACUGUGCCUUGGGCUGCUAUGGGGGAUGGCACCUCUCAGCCCUCCCAGGAAACACACAGAGCUCUGGGCCCAUCCCAGCCCUGGCCUGUGGCCUUUCUUGUGACCAUCAGGGCCUGGAGACCCAGCAAGGAGUUGCCUGGGUGCUGGCUGGUCACUGCCAGAGGCCUGGGCUGCAUGAGGACCUCCAGGGCAUGUUGCUCCCUUCUGUCCUCAGCAAGGCUCGGUCCUGGACAUUCUAGGUCCCUGACUCGCCAGAUGCAUCAUGUCCAUUUUGGGAAAAUGGACUGAAGUUUCUGGAGCCCUUGUCUGAGACUGAACCUCCUGAGAAGGGGCCCCUAGCAGCGGUCAGAGGUCCUGUCUGGAUGGAGGCUGGAGGCUCCCCCCUCAACCCCUCUGCUCAGUGCCUGUGGGGAGCAGCCUCUACCCUCAGCAUCCUGGCCACAAGUUCUUCCUUCCAUUGUCCCUUUUCUUUAUCCCUGACCUCUCUGAGAAGUGGGGUGUGGUCUCUCAGCUGUUCUGCCCUCAUACCCUUAAAGGGCCAGCCUGGGCCCAGUGGACACAGGUAAGGCACCAUGACCACCUGGUGUGACCUCUCUGUGCCUUACUGAGGCACCUUUCUAGAGAUUAAAAGGGGCUUGAUGGCUGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-891.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -925.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 662.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((((((......))))))))))...((((((((((.((((......((((.(((((((.((((((((((.(((((((((((((.....((((.(((...............))).))))...(((.((((((((((...)))))))))).)))..))))))).)))).(((((.(((...))).)))))..)).))))))))))))))))))))).(((((..((..(((((.((.((((.(((((((((.....((((...))))((((........))))))))))))))))).)).)))))..)).)))))(((((....((((....))))....)))))......(((((......((.((........)).))(((((((((((.((((....)))).((((((....).)))))(((((((((((((.(.(((.(((((((((((....(((((.(((((......)))))))))).)).)))))))))...))).)..((((((((.(.((((............((.(((((((..((.....)).)))))))))((((((..((((((.....)))).))))))))..))))).))))))))((((((.(((((((((.(((.(((......))))))....((((((((((((((((............((((....)))).))).)))))))..))))))...((((((....))))))...((.(((..(((....((((((....)))))).......)))..))).))..((((((((((((((((....))))))))))......)))))).))))).....))))..))))))))).))))))))))......))))))))))).))))).(((((((((......)))....)))))).(((((........)))))..)))).))))))))))((((..(((..(((((....(((((((((...(((..(.((..((((((((.......(((((((((((((((.....))).))))))))))))......))))))))..)).)..)))(((((((.(((((((....(((((((((((..((.((.(((.(.....).)))...)).))..)))).))))))).))))))))))).)))....(((.(((((((((((((((((..(..(((((((((..((((.(((...))).))))..)))))((((..(((((.....((((((...(((((((.((((.(((.(.((((...........)))).)..))).)))))))).)))......((((..((((((((((...((..((((((.(((.((.((....)).))((((((..(((..(((........)))...))).)))))).((((((..((..((((.(((((..((((((.............)))))).((((((((((((.(((((.((((.......(((((((((((.((((((.(((((.....)).)))..)))))).)))).))))))).)))).))))).))))))....((((((((...(((.(((((((((((((((((.((((((((((((((.((((((...)))))).)).........((((.((.(((.(((((((((...)))))))))))).)).))))))).))))).)))))))...........)))))))......)))))))))).))))))))....)))))).)))))))))..)).))))))...)))))))))..)).))).))))))).)))).))))))))))))))))))).)..)))))))).))))..................((..(((((.((....)).)))))..)).......((((....(((((...........)))))))))..))))))))))))))))).....((((((........))))))....((((((((((((...)))))))......)))))....)))))..))).))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,(({.(((((({......|))))))||,.,,(((((((((((((((((({..,{((.(((((((.((((((((((.({(((((((((((,....((((,(({.,...,....,.,.|))).))))...{({.(((((((({{...}})))))))).)))..})))))).)))).(((((.(((...))).)))))..,,.)))))))))))))))))))|{{(,,(({{{{,.((((({((,{(((.((((((((({....((((..,}})){((,..,{{...|}},|||||||||}||}|||,||}}}..}}.|||({((((({{..(((({{{{||,,...,)))},.}}}|.{((({......{,.{(...,},..},,}}(((((((((((.((((....)))).((((((....)})))))((((((((((((((,{((({((((((((({{....(((((.(((((......)))))))))).}}.))))))))}...}}}.},,((((((((,{.((((...............,,{((({..((.....}}.}}))}|{(.((((((..{{((((.....)})).}})))))),))))}}.)))))))}.{,{({|{,{((((({.{((.(((......)))))).,..((((((((((((((((............((((....)))).))),}))))))..)))))).,.((((((....))))))|,,(,,(((..(((....((((((....))))))..,....)))..))).)).,|||{{{((((((((({....))))))))))......)))))).)))))}.}}})}))}},),),)))).))))))))))......))))))))))).))))).(({({{({{|,,.|.}}},|||))))}}},|,{{||..{(,((((((({{,,.,,({{{{(({(((({((({(((,,,.|||||||,,|,|||||,{{(,,{.((..((((((((......{(((((((((((((((.....))).))))))))))))......))))))))..}|.|..|}}(((((((.(((((((....(((((((((((..((.((.(((.(.....),}))...)).)}..)))).))))))).)))))))))))}}))...,{,,,|||(((,,{{||||..|||||{{.((((((((......))))))))..)))|,,}}}}|}||}}},|||||||||||||}},..{{{((((.((({.(((.,.(({{{({....,...}))),}}.))).}))))))),)))}}}.,},})),)))})}}}|||.|}||||||||{|,|||{||||{{||||,.}}|||{(({({..{{{..,,,.....))),..}}).)))))).,(((((,.(((........)))}))))}{........,,..(((((((({(({(..((((((.(((((.((((.......(((((((((((.((((((.(((((.....)).))).}),)))).)))).))))))).)))).))))).)))))).}}),)).,,|})))))).}))}||}||||{||||||((((((((((((((.((((((...}))))).))........,((((.((.(((.(((((((({...}))))))))))).)).)))))))}}}))).))))),).}..,}}}}},}},}))))}},,,}))})}))))})))),))))))){({({((((,{((((({{||{{{{.{{..,.||,,,,..}).)..)).)))).),)))))))).))))..)))))})))).}..)))))))))})}}..))}|........}))))))))))|,.......,,.))))})}})),.,,||||||||..((({({{..{{,,....(((((......))))).{{||.{{|{(({..,(({{{,.|.,,,},)))))).,,,{(((((((((((...)))))))......))))).....,))))}.,))})))}}..
Back