Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_176798.2
Sequence Length
2649 nt
GC Content
0.5746
AAGGACAGAGGAGGGGCCCUUCCUGUCAGCUGGCUGGGAGCAGAGGUGGCUUUGUCUUUUCGGAAGAACUGGUUCUGUGGAAUUUGUGCUUAUUUCCCAUCAAGGAUCAAGGACCUGCUCUGGGGCUACCUCAGGGCCCCACAGGAUGAGGGGCUGGUUUUCAGAUGAGUUUUCUGCUUGCCUGUCAUCUGGAUAGUGUCUAAAAAUUUGCAAACUGCCUUCUUGUCAGUGUCUUGCUCAUUCUUCAUGACACUCCUGAUAUGUCUCUCGGUUUCCUCAUCUGCUGCCUCUCCAGACUUCUGCCAGAACAUUGCACGCGACAGUUUCAGGCACAGAACUGACUGGCAGCAGGGGCUGCUCCACGAGUGGGAAUUUGCUCCAGCACUUCACGGACUGCAAGCGAGGCACUUGCUAACUCUUGGAUAACAAGACCUCUGCCAGAAGAACCAUGGCUUUGGAAGGCGGAGUUCAGGCUGAGGAGAUGGGUGCGGUCCUCAGUGAGCCCCUGCCUCCCUGAACAUAGGAAACCCACCUGGGCAGCCAUGGAAUGGGACAAUGGCACAGGCCAGGCUCUGGGCUUGCCACCCACCACCUGUGUCUACCGCGAGAACUUCAAGCAACUGCUGCUGCCACCUGUGUAUUCGGCGGUGCUGGCGGCUGGCCUGCCGCUGAACAUCUGUGUCAUUACCCAGAUCUGCACGUCCCGCCGGGCCCUGACCCGCACGGCCGUGUACACCCUAAACCUUGCUCUGGCUGACCUGCUAUAUGCCUGCUCCCUGCCCCUGCUCAUCUACAACUAUGCCCAAGGUGAUCACUGGCCCUUUGGCGACUUCGCCUGCCGCCUGGUCCGCUUCCUCUUCUAUGCCAACCUGCACGGCAGCAUCCUCUUCCUCACCUGCAUCAGCUUCCAGCGCUACCUGGGCAUCUGCCACCCGCUGGCCCCCUGGCACAAACGUGGGGGCCGCCGGGCUGCCUGGCUAGUGUGUGUAGCCGUGUGGCUGGCCGUGACAACCCAGUGCCUGCCCACAGCCAUCUUCGCUGCCACAGGCAUCCAGCGUAACCGCACUGUCUGCUAUGACCUCAGCCCGCCUGCCCUGGCCACCCACUAUAUGCCCUAUGGCAUGGCUCUCACUGUCAUCGGCUUCCUGCUGCCCUUUGCUGCCCUGCUGGCCUGCUACUGUCUCCUGGCCUGCCGCCUGUGCCGCCAGGAUGGCCCGGCAGAGCCUGUGGCCCAGGAGCGGCGUGGCAAGGCGGCCCGCAUGGCCGUGGUGGUGGCUGCUGCCUUUGCCAUCAGCUUCCUGCCUUUUCACAUCACCAAGACAGCCUACCUGGCAGUGCGCUCGACGCCGGGCGUCCCCUGCACUGUAUUGGAGGCCUUUGCAGCGGCCUACAAAGGCACGCGGCCGUUUGCCAGUGCCAACAGCGUGCUGGACCCCAUCCUCUUCUACUUCACCCAGAAGAAGUUCCGCCGGCGACCACAUGAGCUCCUACAGAAACUCACAGCCAAAUGGCAGAGGCAGGGUCGCUGAGUCCUCCAGGUCCUGGGCAGCCUUCAUAUUUGCCAUUGUGUCCGGGGCACCAGGAGCCCCACCAACCCCAAACCAUGCGGAGAAUUAGAGUUCAGCUCAGCUGGGCAUGGAGUUAAGAUCCCUCACAGGACCCAGAAGCUCACCAAAAACUAUUUCUUCAGCCCCUUCUCUGGCCCAGACCCUGUGGGCAUGGAGAUGGACAGACCUGGGCCUGGCUCUUGAGAGGUCCCAGUCAGCCAUGGAGAGCUGGGGAAACCACAUUAAGGUGCUCACAAAAAUACAGUGUGACGUGUACUGUCAUCAAGGGGUAUGCUCCAUGCUUUGAGUCACCAAUGAAGCGGGUGAGGGAAGAUGAGAGGGGGAGGUGAGAGCUUCUGGGAAGGGGCAUUUGAGCUGGGUUUUGAGGGAUGAUUAUGAGCUCUCUGGAGAGGAGUGAUAUUCCAUUUAUUUAGAAAGCCUUUACUGACACCUUGUGCUCAGGCCUGUGUUGGUUCUGGGGCCCUAGAAGAACCAGUCCUAGCCCUGGUCCAUACGGGCUCCCAACUGCUGGAAGUACAGACUGGCACAGCAACAUCAGGGUUGUGACAGAGGGAAGCAUGGCUGGGGGGAGGGGGUACACAGACAGUGCCCAUGACCCAGUCCAAGGAGUCAGGAAAGAGCUCUCUGAGGAGGGAGCAUCUGAGCCAGAUGUUGAGGGCUGAGUGGGAACUUGGCAAGCAGAAGUGGGGAGCACUUUAAUGCAACCCAGGUAUGCUCCAUGCAUAUCCAGCUGGGCCAGCCUCGUGCUGGGCUCUGCCCUGGGCAGACAGGCAGAGGGCCAGAGCAGAGGACACAUGGCCUUGCGUGUGUGAAAGCUGAGAAAAUGGGAGCUGUGCUUCAGCUACCCUCCAGACAAGGGCAAGAGUUAGCCAGAUGCUCCAGGCAGUGGGAAGCCAAUGGAGGGAUUAAGCGGCGGAAGCUUCUUAGAAGAGGCAGGGGGCGAAGUGCAGUGGCUCAUGCCUGUAAUCUCAGCAAUUUGGGAGGCCAAGGAAGGAGGAAUGCUUGAGCCCAAGAGUUUUAGACCAGCCUGGGCAACACAGUAAGACCCUGUUUCUACAAAAAAAUAUAAAAAAUAGCCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1054.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1100.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 582.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.(((((...))))))))))....(((((((((((((((((((....(((((...))))).((.(((((((((.....((.(((...(((......)))..))).))..(((((((((...))))))))).))))))))).)).(((.(((...((((.......))))...))).)))(((.(((..(((((....(((..((((((((.(.....).))))...))))..)))......)))))))).)))...((((.((((...(.(((((((((((....(((.....((((.(((.(((((....).))))))).)))).....)))...)))))))))((((((.(((.(.(((((....((((((..........)))..)))((((((...))))))...(((((.....)))))((...((((.........))))...)).((((((.((((..((((((((..((....)).)))))))))))).)).)))).((((....))))...))))))))))))))).(((..((((....(((((.((.((((...)))).))))))))))))))..)).)...)))).))))......((((.....)))))))))))((((((.((((.((((.(((((..(((((((.((((...(((((.((....)).)))))...)).))...).))))))))).)).)))).)))).))))))..........((..((((......))))...))))))))))(((((..(((..((((.((((..((.(((((.(((((..(((.....((((....))))....)))))))))..((((((((((..(((...((((((....((..(((((.((((.(((.(((..((((((..((((.(((((((((((....((((.((((((((((.......)).)))))))).)))).((((((((.((((...((.((.(((.(((.(((..((......))..))).)))))).)).))...)))))))..)))))....(((....)))..((((((.......((((((((..((((.((((((.((((((....(((((..((((((((((.(((((((...((((.((((.((((((..(((((((....((((((...(((.(((((((...(((((((.((((((((...))))..)))).))...))))))))))))))).(((((((((((((...(((.((....)).)))...)))))).)))))))((((.((((((((((.........((((...((((.((..((((((((...(((((...)))))...))))))))...)))))).))))..(((((((....)))).))).((((((((((((((((....).))))))).........((((((.........))))))(((((....((...))....)))))..................))))))))))))))))))..)))).......))))))..)))))))...((((........))))...)))))).))))))))((.((..((((...((((((.........((((...))))..((((((((((.((((..((((((((..(((((((...(((((............(((((..(((((((((...(((..(((((((((((((...((((.......((((((((..(....)..))).))))).((((........))))((....)).))))...)))))))))..........((((((.....))))))...((((....))))..(((((...........)))))))))..))).....)))))))))..).))))((((((....))))))...))))))))))))))))))))........(((.((((((..(((((...))))).....)))))).)))......)))).))..))))))))((((((((.((..(((((((..(((...........)))))))))).))))))))))((((.....(((......))).(((.((((((.........)))))).))).)))).))))))...))))..)))).......))))))).((.((((((.......)).))))))..((((((((((....))))))).)))))))))..)))).)))))..)))))).((((((...(((((((((.....))))))..)))...))))))((((.....)))).((((((((((.....)))).))))))(((((((.((......))))))))))))))).)))).))(((((((......)))))))....)))))).....((((((((.....))))).)))..))))))..(((........))))))))).))))).))))))))))..))).)))...((((.(((....))).))))...)))).)))))))...)))))).(((....))).....((((((....)))))))))...)))).))))))..)))).)).....)))).))))..)))..)))))..((((.......)))).......................))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((.(((((...))))))))))..{.(((((((((((((((((((....((({{.,.}}})}.{,,(({((((((.....((.(({...(((......)))..})).))..(((((((((...))))))))).)))}))|{(((,((((.(({...((((.......))))}}.)))}.))}}}.((,.{(((((..,.{({..((((((((.(.....).))))...))))..})}.,,...)))))))){{{....((((.((((...,.{{{((((((((..{.(((..{({((((.(((.(((({....}.))))))).)))}.,)},)))}..)))))))),((((((.(((.(.(((((...,(((({(.,........))}.,)}}|({(((...})))))...(((((.....)))))((...((((,......,.))))...)).((((((.((((..{(((((((..((....)).)))))))))))).}),)))).((({....})))...))))))))))))))).{((..((((....(((((.((.((((...)))).))))))))))))}},,}).}...)))).))))...}},((((.....)))))))))))((((((.((((.((((.(((((..(((((({{({((...(((((.((....)).)))))...)).)}...),))))))))).)).)))).)))).))))))..........((..((((......))))...))))))))))(((((..(((..((((.((((..((.((((({(((({..(((.....((((....))))....))}})))},||((((((((((.,(((...((((((..,.((..(((((.((((.(((.(((..((((((..((((.(((((((((((,...((((.((((((((,{.......)}.)))))))).)))).((((((((.((((.,.({.((.(((.(((.(((..((......))..))).)))))).)).)}...))))))).,}))))....(((....))).,((((((.......((((((((..((((.((((((.((((((..,.(((((..((((((((((.(((((((...{(((((((({({((((.,(((((((,{{{(((((({{{({(.(((((((...(((((((.((((((({...})))..)))).))...))))))))))))})).}||||||||||||{{(((({(,.,{{{{{{,{{{{}|||}|,.,|}},(((((.((((((((({............,.,.((({.{{.,((((((((...(((((...)))))...)))))))).,,|}||||{...,..{{|||||.,,.,|||{|}}{((,,...|||,||||}....}.|||||||.......,.((((((.........)))))).}....,}}))),.,....{(((.{,.....},..)))}..(((....)))})))))))))..)))))......,})|||{{|||||}}...((,,..,,....,}))}}})))))}.)))}))))||}||,.{{{{...||||||}}.......,,{({{{||,|.}||||||{{{{|{{{,..((((((((..(((((((,.,(((((............{({{{..(((((((((...(((..(((({((((((((...((((,.,.,,.{(((((((..(....}..))).))))),|,||}.,...},)))}({....)).)}}}...))))))))}.....,,,,{((({{{.,,,|}))}}....|{||}}},))))}}|||{{{..,,.....,)),})))))..))).....)))))))))..).)))}((((((....))))))...})))))))))))))))))))........(((,((((((,,(((((...})))).}},.}))))).}))|,,..{||||,||..}))|))))((((((({{((..(((((((.,{((..,......,.}},))))))).)))))))))){|{{.....(((......))).(((.((((((..{....}.)))))).))),))),,)))}}).,|)})}..})})||.....))))))).((.((((((.......)).))))))..((((((((((....))))))).))))))))}.,)))),))))),.)))))).{(((((...(((((((((.....))))))..)))...)))))|((((.....)))),{((((({(((....})}}}.))))),((((((({((......))))))))))))))).)))).))(((((((......)))))))....)))))).....((((((((.....))))).)))..)))))}.}{((........))))))))).))))).))))))))))..))).)))..,((((.(((....))).)))),..)))).))))))),..)))))).(((....))).....((((({....})))))))),}.))))))))))).,)}}}.}}.....)))).))))..)))..)))))..,{{(,......}})}.,.....................)))).,.
Back