Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_176894.3
Sequence Length
2765 nt
GC Content
0.3913
GCUCAUUUGUAGGCUGAACUAAUGACUGCCGCCAUAAGAAGACAGAGAGAACUGAGUAUCCUCCCAAAGGUGACACUGGAAGCAAUGAACACCACAGUGAUGCAAGGCUUCAACAGAUCUGAGCGGUGCCCCAGAGACACUCGGAUAGUACAGCUGGUAUUCCCAGCCCUCUACACAGUGGUUUUCUUGACCGGCAUCCUGCUGAAUACUUUGGCUCUGUGGGUGUUUGUUCACAUCCCCAGCUCCUCCACCUUCAUCAUCUACCUCAAAAACACUUUGGUGGCCGACUUGAUAAUGACACUCAUGCUUCCUUUCAAAAUCCUCUCUGACUCACACCUGGCACCCUGGCAGCUCAGAGCUUUUGUGUGUCGUUUUUCUUCGGUGAUAUUUUAUGAGACCAUGUAUGUGGGCAUCGUGCUGUUAGGGCUCAUAGCCUUUGACAGAUUCCUCAAGAUCAUCAGACCUUUGAGAAAUAUUUUUCUAAAAAAACCUGUUUUUGCAAAAACGGUCUCAAUCUUCAUCUGGUUCUUUUUGUUCUUCAUCUCCCUGCCAAAUACGAUCUUGAGCAACAAGGAAGCAACACCAUCGUCUGUGAAAAAGUGUGCUUCCUUAAAGGGGCCUCUGGGGCUGAAAUGGCAUCAAAUGGUAAAUAACAUAUGCCAGUUUAUUUUCUGGACUGUUUUUAUCCUAAUGCUUGUGUUUUAUGUGGUUAUUGCAAAAAAAGUAUAUGAUUCUUAUAGAAAGUCCAAAAGUAAGGACAGAAAAAACAACAAAAAGCUGGAAGGCAAAGUAUUUGUUGUCGUGGCUGUCUUCUUUGUGUGUUUUGCUCCAUUUCAUUUUGCCAGAGUUCCAUAUACUCACAGUCAAACCAACAAUAAGACUGACUGUAGACUGCAAAAUCAACUGUUUAUUGCUAAAGAAACAACUCUCUUUUUGGCAGCAACUAACAUUUGUAUGGAUCCCUUAAUAUACAUAUUCUUAUGUAAAAAAUUCACAGAAAAGCUACCAUGUAUGCAAGGGAGAAAGACCACAGCAUCAAGCCAAGAAAAUCAUAGCAGUCAGACAGACAACAUAACCUUAGGCUGACAACUGUACAUAGGGUUAACUUCUAUUUAUUGAUGAGACUUCCGUAGAUAAUGUGGAAAUCAAAUUUAACCAAGAAAAAAAGAUUGGAACAAAUGCUCUCUUACAUUUUAUUAUCCUCGUGUACAGAAAAGAUUAUAUAAAAUUUAAAUCCACAUAGAUCUAUUCAUAAGCUGAAUGAACCAUUACUAAGAGAAUGCAACAGGAUACAAAUGGCCACUAGAGGUCAUUAUUUCUUUCUUUCUUUUUUUUUUUUUUUAAUUUCAAGAGCAUUUCACUUUAACAUUUUGGAAAAGACUAAGGAGAAACGUAUAUCCCUACAAACCUCCCCUCCAAACACCUUCUCACAUUCUUUUCCACAAUUCACAUAACACUACUGCUUUUGUGCCCCUUAAAUGUAGAUAUGUGCUGAAAGAAAAAAAAAACGCCCAACUCUUGAAGUCCAUUGCUGAAAACUGCAGCCAGGGGUUGAAAGGGAUGCAGACUUGAAGAGUCUGAGGAACUGAAGUGGGUCAGCAAGACCUCUGAAAUCCUGGGUAAAGGAUUUUCUCCUUACAAUUACAAACAGCCUCUUUCACAUUACAAUAAUAUACCAUAGGAGGCACAAGCACCAUUAUUAAGCCACUUUGCUUACACCUUAAGUGUGUACAAUUCAAGUGUGAGAAUGCUGUGUUAACUAUUCUUUGGAAUUCUCCUUCUGUCCAGCAAAUACUCUAAUGAUGGUUAAACAUGGCACCUACUCAGCAAUGCCUUCCUGGACCACAACCCCUAUCCCCCUGCCCCACCCUCCUCAUUAAAAACAAAUACUUCUACUGUUUGGGUGUGUGAUAGGGUUCUCAAUGCAGAUCUCCCUUUUCUAGUUAGCUAUAUUCUUGACUGCAUCCGCUAAAAAUGUUAAAGCUUCUUGAGAGACAGACAUGCCAGAUUUUCUUGGUAUCUCCCAUAAUACGACCUACAGUCCAUGGUCUACAGAUGUUUUAAAUAGAAUUGCUAUUCUCGAUACAUACAAAGACGUAAUUGCUGACCCACAAUCAGUAACAUCCAUAUUGAGAGAUUUUUCAAAGGAUGGUGACCCUGCUUGUAUUUAUUUACCUUGGUAUUUUUUCUUGCAUCCUUCUGUGAUUCAAAAAAGUAAAAUGUGGCUUUCUGAAAUGAUGGAUAAGAGUCUACAUCUUCUAGAAAAAAUACAUAAAGGAGUAGUUAAGCUCUGUAAAUGUGCCACGAGCUCCAACACGACCAUCGUAGGGUGAAGCCCACGUUUUCUUCCAUGGCCUCAAAGGCCCUAGAACUUGCCUACCUUUCUGGCCUUACCUCCUAGCUACUUAUCCAUCUCUUGAACUUUAUACUCUUGUAUAAAUUUCUAACUUUCAGAAAAUGCCAUACUCUGUUUUGGCACCACACAUGUAUAUUUCCCCCUGGUACACUUGGAAGACUCUUAUCCAUCUGUGAAACCCUAUGUUGUCAUCACUUGGUCCAUGAAAUAUUACCUGGCCAAUAUCCCACCAUCACCUCAAACCCAAUCACCCCCUCCUCUGUAUGCUGUCACACCUAUAUUAUUAAACUUAUCACAUUGCAUUGUAAUUACUUCCUGACCUUUGUAUCUACUCUUUUAGUAACUGAUGUAUAUAUCUGAAAGGAGAGAUUGUUUCAUUGUGCAAUCAAUAAAUGUUUGAUAAAAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-654.87 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -710.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 659.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((.((..............((((.....((.(((((((......((..(((.....)))..))...((((((((((((((((.((..((..(((((.((((.(((........((((((...((((((((.(..(((....(((((.....)))))...)))..)))))....))))....))))))))).))))..)))))..))..))))))))))))........(((.((..(((((..........................)))))..)).)))...((((...))))))))))..........))))))).))......))))....(((((((.(((((.....(((....((((......((((((((((((((.(((((.((.....((((.(((((((((((((((...)))).)))))))....(((((((((...(((((((((((((((((((((....)))))..))))))).))))...)))))...........((((......((.....)).......)))).....)))))))))....(((((((((.(((..((......))....)))))))))))).((((((.((((((.(.((((((((........((((((..(((((.......(((((((.((((((..((((((............(..(((((((.((.((....)).)).)))))))..)..)))))))))))))))))))((((((..(..((((((((..(((.........))).))))))))..)..))))))....)))))..))))))))))))))...).)))))).((((((((.(((((((((...............))))))).)).............((((..((((((((((........))))).....)))))..))))..))))))))))))))....((((((....)))))).....((((((((..((((.(((.((.(((.((((.((((....(((.......(((((((.((((((((..(((((....................)))))..(((((((((((((....(((((((((((.(((.......))).))))).))))))...........((((..........))))...(((((........)))))....))))).))))))))...(((((......)))))..(((......))).((((((.....)))))).((((....((((.((((((((((((.(((.(((((((......))))))).............((((((((((((((((....((((((((............(((.(((((((((.....(((((..................................)))))....))))))))).)))..............))))))))............(((......)))))))))))))))))))..((((((((((.(((((((((.((...((((.(.....).))))...)).))))..))))).)))))).)).)).(((((.((((((((((((.((.(((((((((((......))))))))................(((((...(((((((((..(((..(((((.....((((...(((((.................)))))...))))....)))))..)))..)))))))))..)))))..............(((....))).((((((...............((.(((((......((((.((....))...))))......)))))))..(((((((.....((..(((((..........(((((...........)))))))))).))))))))).(((((((((((.((..........................))))))))..(((...........)))....))))))))))).(((((((......)))))))............((((..........)))).....((((.((.(((((.....)))))...)).))))....))).))..))))))))))))..)))))..(((((...((((((....)))))).))))))))..)))).)))))))).))))...))))..................)))))))).............(((((((((((((((.((((((((((((.(((....((((((..............((.((.(((.(((((.(((....)))...)))))..)))))..))..(((.((((...)))))))...........(((((...)))))))))))...(((.........))).........))))).))))))))))....(((.(((((((....))))))).)))....)))))))))..)))))).....)))))))........)))...)))).)))).))).)).))).)).))........))))))))....)))).))))...)).)))))))))))))))))))(((........)))..........)))).....)))......)))))...)))))))))))))))(((((((((.......(((((((.......((...((..(((((((((.(((((...........)).))).))))...)))))..))...))......)))))))........)))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,(({((.,,..,....,...|||((({...,.{(.(((((((....,{((..(((.....}))..)}...(((((({{((({((((((((.(,..{((((.((((.(((.....,,,((((((.{(((((((((.(..(((....(((((.....)))))...)))..)))))..}}))},}...))))))))).)))}..)))}},,.)}})}}|}|}}}}},.,,||,..|({.((..(((((..........................)))))..)),}})...,|||...})))))))))..........))))))).)),.....))))....(((((((.(((((.....({({{..({{{......((((((((((((((.(((((.((,{(..((((,,({{(((((((((((...)))))}})))))....(((((((((...((({{{((((((({,,,{({{.,.,||},,..}|})))}.,)))},.))))).,,........((((......{(.....}}.......)))).....)))))))))....(((((((({,(((..({.....,))....)))))))))))).((((({.((((((.(.((((((((........((((((..(((((.......{((((((.((((((.,{{,,({,...{{{({{.,{{{((,((({.,,.,|}}}.,,,))))))},))}....}}))),))))))))))))|((((((..(..((((((((..(((......,..})).))))))))..)..)))))),...)))))..))))))))))))))...).)))))).((((((((.{,(((((((...............))))))).),.............{(((..((((((((((........},)))}}}}})),}}..}}}}..)))))))),)))))....((((((....)))))).....{(((((((,.{(((.(((.((.(((.((((.((({...,((({......({(((((,{{,,{{{{..((({(.,.|,.........,,,.,,)))}}..{{|{(((({((({|,..,(({{{,,,{,|{{{,{,.,{{|||{|||,|||||||}.......,...((((..........))))...,{{{{...,.,,.}}}}}....}}}}}.)))))})),..,{{{{......,}},,...}},,,,,.,}}}||{(({.....}}}))},{(((....((((.((((((((((((.,,{.(((((((......))))))).............,{{{(((((((((((..,{{{,,{,({{,.,,,{{{{,,.{{{.(((((((((.....(((((..{,..............................)))))....))))))))).,,,.{(((,{.,.,..,,|,,,.}}}}.....,}}}.))})}.))))},)))))))))))))))}..((((((((((.(((((((((.((...((((.(.....).))))...)).))))..))))).)))))).)).)).(((((.((((((((((((.((.(((((((((((......))))))))................{{{((,,,(({{({(((..,{{..{{{{{...|||||{|..{{({{........,,,,.....})))),..}}}}..)}))))}..}}}..})))))))}..|||||{{{{{{{{,,..,,(((....,.,.,,,{{{.,,.......}},,,.}}|||||...,,,((({.,,....}}...})))....,|}|}|}....(((((((.....((,.(((((..........{{,,,...........)),,,))))).),))))))),{((({((((((.((.........{{{....}},.......)))))))}..(({...........)))...,)))))},,,||.(((((((.....,})))))).}}.........((({....,,,...)))),...,|{{{.,,.,,,((,{{..}})))},.,,.))}}....))).))..))))))))))))..)))))..(((((...((((((....)))))).)))))}}}..)))).)))))))).}))}...)))),,,}}}}}}}}},,....}})))}},|||,,.|{.....(((((((((((((((.(((((((((((({(({..,,{,.{||.............|(({({,{{,.(((((,((,....})}.,.)))))..,,,{{({...,|||.((((...}))),,}...,,.,,...(((({..,|||}}.|||},...{{|..,,,,,..))),....,,,,},))).))))))))))....(((.(((((((....))))))).)))....)))))))))..)))))}...,.})))))}........}}}...)))).)))).))).)).))).)).}).}}.....))))))))...,})))})}}))}.)).)))))))))))))))))))(((........))}..........}})}.....)))......)))))...))))))),,,,|||,(((((((((,{,,...(((((((.{,,,..{{.,,((..{{{{{((((.(((((..,........}}.))).)))}...))))),,}),..}}..,}..)))))))..,,,,..))))))))).,,,..
Back