Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_177530.4
Sequence Length
2441 nt
GC Content
0.5494
ACAGUGGACCUAGGAAACCCUCAGCUCAGAGAACAACCCUGCAUUCCCCACACAACACCCACAAUCAGCCACUGCGGGCGAGGAGGGCACGAGGCCAGGUUCCCAAGAGCUCAGGUGAGUGACACAGUGGAACGGCCCAGGGCGCCCUCACCCUGCUCAGCUUGUGGCUCUAACAUUCCAGAAGCUGAGGCCUCUGGCAUCCCUGCCCUUUCCCCAUGGAUAUCCCAUUUCAGACAACCCUGGCCUGCGUGAAUCCCCCUCCCUUCCCUUGUUUGUUUGUUUUUUUCCCCGGGGAGGCCAGGUCUUGCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCUGUGGGAUCCUGGCCACUGCAGCCUUGAAUUCCUGGGCUCAAGUGAUUCUCUUGCCUCAGCCUCUGGAGUAGCUAGGACUACAGGCCCUCAUCAUCCUGCCUGGUUAAUGUUUAAGAAUUUUUUUAAAGAUUUUUAGAGAUGGGGUCUUGCAAUGCUGCACCAGGUUGGUCUCCAACUCCUGGCCUCAGCCUCCCUAGGGUCUGGGAUUAUAGGUGGGAGCCACCCUGCCUAGGCCUGUGCUUUUGCUGAGUCAUCAGAGUUUUGUUCAUUCCCACAGCAGCUCUGGCCCCUAGUAGCAGCUCAGUUCCUCAAUGGGCCGUGUUUGUCCUGGAGCCCAGAUGGACUGUGGCCAGGCAAGUGGAUCACAGGCCUGGCUGGCCUGGGCGGUUUCCACAUGUGAGGGGCUGAGGGGCUCAAGGAGGGGAGCAUCUCCACUGGGUGGAGGCUGGGGGUCCCAGCAGGAAGUGGUGAGACAAAGGGCGCUGGCUGGCAGGGAGACAGCACAGGAAGGUCCUAGAGCUUCCUCAGUGCAGCUGGACUCUCCUGGAGACCUUCACACACCCUGACAUCUGGGCCUUGCCCGACGAGGGUGCUUUCACUGGUCUGCACCAUGGCCCAGGCCCUGGGAUUUUGAACAGCUCCGCAGGUGAAUGAAAGGAACAUGGAGCUGAUCCAGGACACCUCCCGCCCGCCACUGGAGUACGUGAAGGGGGUCCCGCUCAUCAAGUACUUUGCAGAGGCACUGGGGCCCCUGCAGAGCUUCCAGGCCCGGCCUGAUGACCUGCUCAUCAGCACCUACCCCAAGUCCGGCACUACCUGGGUAAGCCAGAUUCUGGACAUGAUCUACCAGGGUGGUGACCUGGAGAAGUGUCACCGAGCUCCCAUCUUCAUGCGGGUGCCCUUCCUUGAGUUCAAAGCCCCAGGGAUUCCCUCAGGGAUGGAGACUCUGAAAGACACACCGGCCCCACGACUCCUGAAGACACACCUGCCCCUGGCUCUGCUCCCCCAGACUCUGUUGGAUCAGAAGGUCAAGGUGGUCUAUGUUGCCCGCAACGCAAAGGAUGUGGCAGUUUCCUACUACCACUUCUACCACAUGGCCAAGGUGCACCCUGAGCCUGGGACCUGGGACAGCUUCCUGGAGAAGUUCAUGGUCGGAGAAGUGUCCUACGGAUCCUGGUACCAGCACGUGCAGGAGUGGUGGGAGCUGAGCCGCACCCACCCUGUUCUCUACCUCUUCUAUGAAGACAUGAAGGAGAACCCGAAAAGGGAGAUUCAAAAGAUCCUGGAGUUUGUGGGGCGCUCCCUGCCAGAGGAGACCGUGGACUUCGUGGUUCAGCACACGUCGUUCAAGGAGAUGAAGAAGAACCCUAUGACCAACUACACCACCGUCCCCCAGGAGUUCAUGGACCACAGCAUCUCCCCCUUCAUGAGGAAAGGCAUGGCUGGGGACUGGAAGACCACCUUCACCGUGGCGCAGAAUGAGCGCUUCGAUGCGGACUAUGCGGAGAAGAUGGCAGGCUGCAGCCUCAGCUUCCGCUCUGAGCUGUGAGAGGGGCUCCUGGAGUCACUGCAGAGGGAGUGUGCGAAUCAAACCUGACCAAGCGGCUCAAGAAUAAAAUAUGAAUUGAGGGCCCGGGACGGUAGGUCAUGUCUGUAAUCCCAGCAAUUUGGAGGCUGAGGUGGGAGGAUCAUUUGAGCCCAGGAGUUCGAGACCAACCUGGGCAACAUAGUGAGAUUCUGUUAAAAAAAUAAAAUAAAAUAAAACCAAUUUUUAAAAAGAGAAUAAAAUAUGAUUGUGGGCCAGGCAGAGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCAAUUUGAGAAGUUGAGGCUAGAGGAUCACUGGAGGACAGGAGUUUGGGACCAGCCUGUUCAACAUUACAAGACAUCAUCCCUACAAAAAUUUGAGAAAAUUAUCUGUACGUGAUGGUGGGCACCUGUAGUCCCAGCUACUUGACAAGUGAAGGCAGGAGGAUCGCCUGAGCCAGGGAGGUUAUGGCUGCAGUGGGCUGACUGGGCUAAUCCACUCAAGCCUGAGGGACAGAGCAAAUCUUGCUUGAGAAAUAAAUAAAAUACAAUUUACUUAACAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-998.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1040.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 682.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((...((((.....(((......)))......))))......))))......((((...((((((((((((((.(((.((((((.((.(((((((((((....((((....))))......).)))))(((((((((........))))).(((((((.(((..........))).))))))))))).))))).))..))))))))))))((((.....)))).((((((..((((((((.(.((((.(((.(((.(((((.((((((.....(((..........((((...((((((((((((((((.((((((((..(((.((((........)))).)))..((((((((((((..(((.(((((((((((.((((((((.(((.((((.(((.(((.(((((((.....((((.((((((((((....((((((((((((....))))))))))))(((((((((((((.(((.(((.(((((((((((((.((((((((((((((((((((..(..(.(((((((((((((((((((((.....(((((((((...(((.(((((.((...((((((((((((........)))).))))))))...))))))).))).((((((.((..((((((............).))))))).)))))).((((((((..(((...)))..))))))))))))))))))))))))))......((((((...(((((((((((((((.....((((((...))))))((((((...)))))).(((.(((((((.((...((((..((((.(((.(((((...((((((((((.((...)).))))))..))))..........(((((((((((......((((((....((.((((...))))))..))))))........)))))...(((.(((....))).))).........((((((((...((...........)).))))))))..))))))...)))))))).))))((((((....((..(((((((((((((..(((.....)))..)))....)))))))))).))....))))))))))((.(((((((.....)))))))..)).....((.((((((......((((.....))))...)))))).)).(((.(((((.......)))))))).)).)))))..)))))(((((......))))))))))))))))))))..))))))((((.(((((((.((.(.((((..(((...))).......(((((((((((((...((((.(((((...(((...((((.(((..(((...)))..))).)))))))...)))))))))..((((....)))).....((.(((((((((((((....((((((((((((..........)))((((.(((.(((.(((((((((((((.((((((((............)))).))))))))))).)).)))))))..)))...))))))))))))))))))))..)))))).)).(((((((((((..((((((...)))))...)..)))))))......))))((..((....))..)))))).))))))))).)))).).)).))))...((.(((((..((((........))))..))))).))..........)))))))((((((.........((((((((((((((((((......((((((...(((((..(((((........)))))..)))))...((((.....))))..((.(((((.......))))).))...((((....((((((..((.(((........)))))..).))))))))).))))))....))))))))))...((((.(....).)))).((...(((....)))....))(((((....................))))).)))))))).))))))..)))))))))))))..)..))))))))))))....((.((....)).)))))))))).)))))))))))))))).))).))))))))))))).........................((((((.....))))))..............)))))))))).)))).....))))))).))).))).)))).))).)))))))).))))))))))).)))..)))))))))))).))))))))........................((((..(((((....)))))...)))).))))))))))).)))))...))))))).....)))))).))))).))).)))))))).).)))))))..))).)))..))))).)))))).))))....(((.((((....)))))))..((((((...))))))...................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((({.{{(((....}||,,}.,|.|||......{||{,.{(((((...........((({.(((,{(,.{.(((.(((({((((((((((((((((((({..,.((((....))))..,...}.))))}((({(((((.,....,.))))),(((((((.(((..........))).)))))))))))...|||,....))))...,,,..{(((.....))))....,.....|))))))).))))...}}))))))}},|}|,}),}}).})))..........)))))}||||}}|||||(((((.((((((((.(((((..,{{(,.,{{|{|(((((((((((.(((.(((((.((((((.(((((((((((((((,.((.,.(.((((((((.((((((((((..((((((((({{{,..{{,..{{,{...{{((((((((((((..(((.(((.(((((.((((((.((((.((.{,((((((((((((.((((((((((((((((,(({,.{,.{.((((((((((((((..(((((((.((((((.(((((...,..,((((..((((.....,.(((((.(((((((.{.(((((((((((((((....((((((((({((((((..(((,,(((((.((((,.((((((,{..(({(.((((((((((..(((...)))..))))))}||||}}|||{(((((((...{,,,.((((((...(((((((((((((((.,{..(({(((.,.||||}|((((((...)))))).((,,{((((((.((...((((..((((.(((.(((((...((((((((((.((...)).))))))..))))..,,{{....{{{(({(((((......((((((....((.((((...))))))..))))))........))))).},(((.(((,,..)}}.})),........((((((({...{(...........}).)))))))).})))))}...)))))))).))))(((((({.,.((..(((((((((((((..(((,...,)))..))),,..,))))))))).)),.)}})))))))))((.(((((((.....)))))))..)}.....,,.{((((({{{{,{(({({,,..||||...))))}}.,,.{{|,||{||}}}}}}.))})))},.)).)))))..}))))|||||...,..))))))))))))))))))))..)))))){(((...)))}((((({,{{.,.,|||,..,}}..,.}},(((((((((((((.,.((((.(((((...(((...((((.(((..(((...)))..))).)))))))...))))))))).,((((....))))}....((.(((((((((((((.,,,(((((((((.{(.,..{{{..,{{,,,,{}||{.|||,{(((((((((((,.(((({({{,.....,,....)))).))))))))))).)).)))}}||,{,,}...))))))))))))))))))))..)))))).)).(((((((((((..{(((((...|}}}}..,)..)))))))......)))).({,(,....))}}}.)))))}}))))))).,}}}}}),,,,.)))))))}{((((..((((,,......))))..))))}.{{.,.{,........,}}},,},},.......}))).))))..}.)).))))..))})...)))))..,}}},....))))))}.{{{..((((((((.{((,{,{.{{{.||||.{(({(((((.......))))).|,..|||}.....||}|.}}}}.}}),...,}.))))))))))).,,))})))))))))...)))))))...))))...)))).}.))))))).))))).,.....))))..))))}(((((..{{{...,}}...))))).(((((((..(((.,,,..,.{(((.....(((|....,})).((((.((((((.....)))))).)))))))).}}.....)))..)))))))..((((,,...(((((.({..{{{{{,.................}}))))...}).)))))....))))...,}))))))))))).)))))))..))))))))))))))}.,}},,.)).))))))))}}},},,...}|,,,,..)))))))).)))))))))))),.)).)))).)))))).})))).))).}))..)))))))))))}.}}}},),)})))))))))..)))))))))).)))))))).).,.)),.))))))))))))))).)))))),))))}.))}.))))))))))),)}},.,))))},...))))).}))))).))))))}(((({...}))))||||...{,,,,........})))}}},,.,.....
Back