Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_177534.4
Sequence Length
2640 nt
GC Content
0.5534
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1086.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1133.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 707.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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