Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_178000.3
Sequence Length
2640 nt
GC Content
0.5917
ACCGACAUGGCGGCCGUCUUCGCUGUGGUGACUUUAACUCUCGGUUUUCGGUUAUAGCCGGCCGGCGCUCACUUGUCUUCAGGAAGCUCGGAGCCUUUGGUGGAGCCGGGGAGAGGAAGGGUGGGUGCAAGAGUGAAAGGCGAGAGGGGACUGCAAGCAUCCGGGUCGGCUCCUGGCCGGAGCAAGAUGGCUGAGGGCGAGCGGCAGCCGCCGCCAGAUUCUUCAGAGGAGGCCCCUCCAGCCACUCAGAACUUCAUCAUUCCAAAAAAGGAGAUCCACACAGUUCCAGACAUGGGCAAAUGGAAGCGUUCUCAGGCAUACGCUGACUACAUCGGAUUCAUCCUUACCCUCAACGAAGGUGUGAAGGGGAAGAAGCUGACCUUCGAGUACAGAGUCUCCGAGGCCAUUGAGAAACUAGUCGCUCUUCUCAACACGCUGGACAGGUGGAUUGAUGAGACUCCUCCAGUGGACCAGCCCUCUCGGUUUGGGAAUAAGGCAUACAGGACCUGGUAUGCCAAACUUGAUGAGGAAGCAGAAAACUUGGUGGCCACAGUGGUCCCUACCCAUCUGGCAGCUGCUGUGCCUGAGGUGGCUGUUUACCUAAAGGAGUCAGUGGGGAACUCCACGCGCAUUGACUACGGCACAGGGCAUGAGGCAGCCUUCGCUGCUUUCCUCUGCUGUCUCUGCAAGAUUGGGGUGCUCCGGGUGGAUGACCAAAUAGCUAUUGUCUUCAAGGUGUUCAAUCGGUACCUUGAGGUUAUGCGGAAACUCCAGAAAACAUACAGGAUGGAGCCAGCCGGCAGCCAGGGAGUGUGGGGUCUGGAUGACUUCCAGUUUCUGCCCUUCAUCUGGGGCAGUUCGCAGCUGAUAGACCACCCAUACCUGGAGCCCAGACACUUUGUGGAUGAGAAGGCCGUGAAUGAGAACCACAAGGACUACAUGUUCCUGGAGUGUAUCCUGUUUAUUACCGAGAUGAAGACUGGCCCAUUUGCAGAGCACUCCAACCAGCUGUGGAACAUCAGCGCCGUCCCUUCCUGGUCCAAAGUGAACCAGGGUCUCAUCCGCAUGUAUAAGGCCGAGUGCCUGGAGAAGUUCCCUGUGAUCCAGCACUUCAAGUUCGGGAGCCUGCUGCCCAUCCAUCCUGUCACGUCGGGCUAGGAGGGGCCAAGCCGAAGAGCCACCCAGGCCACAGUUCCUGUGCCUGCCUUCCCCACCCCAGCAGUGGCCCCUCCCCAUCCCCUCCCUCUGUUCGUCCCGUUUGAUGAGAGGCUGUUUACUGGGGUGGGGUGGCGAGAUGGGCUUGAGGGGGCUCAGAGCAUAAGGCUUCAGGGCCCAAGUUGGGAGAAGUGACCAAAGUGUAGCCAGUUUUCUGAGUUCCCGUGUGCUAGACUGGCCAGAAGAGAGGGUCUGGGGCCUGGUCACUCGGCCACUCUCUCCUGUUUCUGGCCUCUUCUCCCUUCACUCCCGUCCAGUCUGGUUUUGAGAGCAGGGGCUGUUCUGCAGCACCGCAGGGAAGGGAGGAGAGAUACCUGCUGCUUCCAUUGCUUUUCCCUUCCUGGAGUCGAUGCCUUUCUAAGGGUUGGAGCUGCUCCUUGCAGGGGCGGGUCAGUUUCCCAGGCCAUGCCGGGGUGGCCAUCUAUGGUAGGGCUGGAAGCUGAGGCUGGCCGCCAGCUGUGGGCUGGGGUGGGGUGGGUGGGGUCGGGUGGUGGAGAGGCCUUAGCUGUCCUGGCUGGUGCCCCUCCCAGGCUCCUUUUCACCCUGCCCCCUGGGCCUGAGGCCCCCUGUGUCCAAGCCUCCCCCUGGCUCUUCAGUUCUCUAGCCCUUGGCUCUGCUGGGUUUCCUGACUGUAGCCACAUCUCUCCCGCUCCCUAAGGGUAACCUAGCCAAUGGAAGCUGCCCUUUGGGUAGGUGCUGGGCUCCUGGGAGGGCCCAGAUGAUGGGGUGAGGCAUGUCUUUCCAGAACUUUCCCUGGCAGGGAGGGGAUGGCAGAAACUCAGGGAGGGGCUUGGGGCCCAUUGUAUCUGGAGAGCCUGGAUUCCUCUUGGCAGUCUUAGGCCCGGCCACUUCUGCUACCUUUGCGCUGCUGUGAGCCUCACCCUGGGCCCCUGGGCCCUGCUUCUCUGCUCCCCUGGGUGAUGGGUGGGCCCAGAAGGUGGCAGUCCCACACCUUGUCCUCCCACCUCCCUGAACUGUCCAUUGCUUUUAUAGGGUGAGGUAAGAGACAGCCUCCCAAGCCCAGGCUUUGGCACUCAGAAUGGGCCCAGUGGGGGCUGGGCAGGCCCAUUGAGGGCCACCGCCGAGGUUUCUCCUAGGGCUGUUCCUGGGCCUGGCUCUUACAGGCUCGUCCCCCAGGCCUGCCCUUCUCCACUGCCCCCUCCUGUGUCUGGGUCCACACACCCUUCAGGAAGGGGGAGCACUGAGAAGCACAGCACAGGGGCUCAGCCUGGGAUCCGGUGAUGGUCUGGGCAGAGGCUGGGUCAGGAGUCCCAAAGGUCAGUGACAGUUUCUCAGAAGAGGCCCAGCGUCCACCUCUCUCCCAGGGCCAGACAGCCCUUCCUGGCUCCCCCAUCCCCCUAUGGGCUCCCAGCCCCUUGCACCCUCAUUGCUGUUCAGAUUAAAGCCUCUGUUUUGCACCUGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1139.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1184.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 674.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.((((((((((((.(((.(((...((((.(((((((((...((((....))))))))((((((((((.(((((......(((((..((......))..)))))..))))).)))))))))).))))).))))((...((....))....))..(((((......)))))))).)))))))))))))..((((.((((...)))))))).((....)).((((..((..((((((((.((.((((...((((((((((.....((....))...(((..((((((.(((((....(..(((((..........)))))..)......(((....)))..............((.(((((((((((((.(((........)))...((((..((.(((((.(((((((...........)))))))..(((((((..((.(..((...))..).)))))))))..(((((((((((..(((((......(((((((........))))))).......(((.((((.(((((((((.(((...(((..(((((.((.(((((((((((...((((((((((.(((((((.(((.((....))((((((((.(..........).))))))))..(((((((((...((((((((....)))))))).))))).))))((((((.((((((((((..((((.(((((.(((....(((....).))....)))))))).))))))))))..)))).))))))..((((((...((..((((((((((..((((.(((..((..(((((((.((((((((..(((((((((((.(((((((......))))))).....))))).........(((....)))...((((.((((((((((((((((.(((.(((..(((...(((((.((((.....)))).((((((((...((((.......(.((.......)).).......)))).))))))))......)))))....))).))).)))...(((((((.((...)).))))))))))))))))))...........))))).)))).))))))..))).))))).)))))))......))..))).))))....))))))))))...))....)).)))).(((...)))))).))))))))))).)))))).....))))((((..(((((((((((.((.((((.(((..((........................))..))).))))..)).))))))))))).)))))))))))(((((..((((((.((((.....))))..))))))...)))))...)).)))))..)))..))))))))))))..)))))))((.....))...))))).))))))).)))))))))))..))))(((((....(....)....)))))))))).)))))))).)).)))))))))))..)))...((.((.(((((...))))).))))..((((((((((((.(((.............))).)))))))))))))))))).))))...)))).))))))))))((((((((...)))))))).(((((((((.((.((.(((((((((....)))).))))))).)))))))))))((((((...))))))..((((((((((((((((((.(((((((((.((((((..(((((((((((((((((((..((...(((((((((((...((((...(((....(((((((.(((((((((.((..((.((((((((((((((...(((((....(((((..(((...))))))))....))))).)))))(((((...((.(((((..((((...((((((.......(.((((((...)))))).))))))).)))))))))))...)))))..)))).))))).))(((..(((...((((((((...))))))))..))).)))....)).)).))))))).)))))))..)))..)))))))))))((((((....)).))))...(((((((((...(((((((((....(((((....((..((((..(((((((((((.((..(((((((((((((((((...(((.(((((((((((((((((((.((..(........)..)).))))))..((((..((.(((..((((.....(((((((((........)))))....))))))))..))))).))))...(((..(((((((((..(((((((((...((.(((.(((.(((.(((.....)))..))).))....(((((((.......)))))))).))).))))))))))).)))))))))..))).......)))))))))....)))).)))....)))))))))..))))))))..)).)))))))))))..)))).)))))))..)))...))))))))))))))).))))...))..)))))).)))))))........)))))).....))))))........(((((......))))).))))))))))))))))).......)).))))))))...))..))))..(((....((((........))))....))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((.(((((((({{{{.((({{{{{,,({,..{(({{({|||.,{({{,...))))))))((((((((((.(((((......(((((..((......))..)))))..))))).)))))))))).,}}}||||}|{|||{{({(..,{{{{,{{.{({{{{{{{{,,,)))))))}))),})))}||||{.(((,.((((({{||}|||||.,,..,,}}.{((({||{..((((((((.((.((((...((((((((((...,.((,,,.,}...{{{..((({{{.|||((..,{({{(((((..,..,,,..|||}}{,|....,,(({....|||...,{,,.......||.{{(((((((((({.{{{{,,,,,.{||}...{{{{,,|{||||{{.{((((((...........))))))}..(((((({..((.(..{{...,,.,),)})))))))..(((((((((((,,(((((......(((((((.,...,,.)))))))...,...|{|.{(({.(((((((({,(((...(((..(((((.((.(((({((((((,..((((((((((.(((((((.(((.{(....}}((((((((.(..........).)))))))),{((((,((({...((((((((....))))))))})),))})))}{{{,,..||{((((((..((((,{({{...|||.....{{....},{(((((((({,|,....}})))))))))),},),)))).)))))}|.......((((((((((,.((((.(((..(((((..(((.(((((((({{.....}}|{{{..(((((((......)))))))...,.,}},,.,))))).))))).))))).{((,.,(((,..(((((((((((.(((.(((.,((,...(((((,((((.....)}))}|(((((((...((((......{(.((.......))}).......)))).))))))),......)))))..}}))).)))},.,...{((((((.(,...,).))))))}))))))))))),}}....}}}.(((((,{((((..(,....,,.,..)))))))))),..,,,.}},.))).))))....))))))))))...,}..{{{{.||,..,,}}.})))))).)))))))))))}}))))).....)))){(((..(((((((((((..(({(((.(,(,|{{.......{{{{,..{{{,,.....})),)))})),,}....})))))))))).))),}}})))){{{|,,,((((((.((((.....)))},.)))))).,,.))))...}).)))))..)))..))))))))))))..)))))))|}}}},.,..|{|||||,|||||||,}}}}||||}|}..})))|||||}}},},,..,.,,,)))))})))},))})))}}.|}.}}}}}}}}}}}..}}},|,((.({.{{{{{.,,})))}.)))).|{|||||||||||,{,,.......,}}}}}))),)})))))}))}})))))).))))...)))).)))))))))),,||||||}..}))))))).(((((((((,((.((.(((({((({....}))).}))))}),)))))))))))}|||||}}})},))).,{|||{{(((,((((((((.(((((((((.((((((,.((((((((((((((((((({{.{..,|,,((((((((...((({...(((....(((((((.(((((((((.((..{,.((((((((((((((...(((((....(((((..(((...))))))))....))))).))))){{{{{..,((.{{(((..,|||..,(((({(,,,.,,.,.{{{{||.,,))})))})}|||||,||}}}}})))),,,))}}}..)))).))))).}}{{(,,(((...((((((((...))))))))..))).))).,,.)).)).))))))).)))))))..)))..}))))))))))},,,{{..{{||.|,||{{.(((((((((...(((((({((....(({((,,,.((.{({((..(((((((((((.((..(((((((((((((((((...(({.(((((((((((((((((({.,,.....}}}}}||{.||{,,||||{{(({{..,({,,...||,,,....}||.||||}..},}}},|||,,,,{{{{...,))},,))}|{.||{...(((..(((((((((..(((((((((...((.(((,.{{.(((.(((.....)))..))).},...,(((((((.......)))))))).))).))))))))))).)))))))))..)))..}}}.})))))))))},.,)))).}))....)))))))))..))))))))..)).)))))))))))..)))).)))))))..)))...))))))))))))))))))),}.))),.)))))).)))))))........))))))...,.))))))........(((((......))))).)))))))))))))))))}},..,|||,}}})))))}}})),))))).,|||,..,||{{........})})..,,))})))))).
Back