Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_178001.3

Sequence Length

2745 nt

GC Content

0.5902

ACCGACAUGGCGGCCGUCUUCGCUGUGGUGACUUUAACUCUCGGUUUUCGGUUAUAGCCGGCCGGCGCUCACUUGUCUUCAGGAAGCUCGGAGCCUUUGGUGGAGCCGGGGAGAGGAAGGGUGGGUGCAAGAGUGAAAGGCGAGAGGGGACUGCAAGCAUCCGGGUCGGCUCCUGGCCGGAGCAAGAUGGCUGAGGGCGAGCGGCAGCCGCCGCCAGAUUCUUCAGAGGAGGCCCCUCCAGCCACUCAGAACUUCAUCAUUCCAAAAAAGGAGAUCCACACAGUUCCAGACAUGGGCAAAUGGAAGCGUUCUCAGGCAUACGCUGACUACAUCGGAUUCAUCCUUACCCUCAACGAAGGUGUGAAGGGGAAGAAGCUGACCUUCGAGUACAGAGUCUCCGAGAUGUGGAAUGAGGUUCAUGAGGAAAAGGAGCAGGCUGCAAAGCAGAGUGUGUCCUGCGAUGAAUGCAUACCAUUACCCCGCGCCGGGCACUGUGCACCUUCGGAGGCCAUUGAGAAACUAGUCGCUCUUCUCAACACGCUGGACAGGUGGAUUGAUGAGACUCCUCCAGUGGACCAGCCCUCUCGGUUUGGGAAUAAGGCAUACAGGACCUGGUAUGCCAAACUUGAUGAGGAAGCAGAAAACUUGGUGGCCACAGUGGUCCCUACCCAUCUGGCAGCUGCUGUGCCUGAGGUGGCUGUUUACCUAAAGGAGUCAGUGGGGAACUCCACGCGCAUUGACUACGGCACAGGGCAUGAGGCAGCCUUCGCUGCUUUCCUCUGCUGUCUCUGCAAGAUUGGGGUGCUCCGGGUGGAUGACCAAAUAGCUAUUGUCUUCAAGGUGUUCAAUCGGUACCUUGAGGUUAUGCGGAAACUCCAGAAAACAUACAGGAUGGAGCCAGCCGGCAGCCAGGGAGUGUGGGGUCUGGAUGACUUCCAGUUUCUGCCCUUCAUCUGGGGCAGUUCGCAGCUGAUAGACCACCCAUACCUGGAGCCCAGACACUUUGUGGAUGAGAAGGCCGUGAAUGAGAACCACAAGGACUACAUGUUCCUGGAGUGUAUCCUGUUUAUUACCGAGAUGAAGACUGGCCCAUUUGCAGAGCACUCCAACCAGCUGUGGAACAUCAGCGCCGUCCCUUCCUGGUCCAAAGUGAACCAGGGUCUCAUCCGCAUGUAUAAGGCCGAGUGCCUGGAGAAGUUCCCUGUGAUCCAGCACUUCAAGUUCGGGAGCCUGCUGCCCAUCCAUCCUGUCACGUCGGGCUAGGAGGGGCCAAGCCGAAGAGCCACCCAGGCCACAGUUCCUGUGCCUGCCUUCCCCACCCCAGCAGUGGCCCCUCCCCAUCCCCUCCCUCUGUUCGUCCCGUUUGAUGAGAGGCUGUUUACUGGGGUGGGGUGGCGAGAUGGGCUUGAGGGGGCUCAGAGCAUAAGGCUUCAGGGCCCAAGUUGGGAGAAGUGACCAAAGUGUAGCCAGUUUUCUGAGUUCCCGUGUGCUAGACUGGCCAGAAGAGAGGGUCUGGGGCCUGGUCACUCGGCCACUCUCUCCUGUUUCUGGCCUCUUCUCCCUUCACUCCCGUCCAGUCUGGUUUUGAGAGCAGGGGCUGUUCUGCAGCACCGCAGGGAAGGGAGGAGAGAUACCUGCUGCUUCCAUUGCUUUUCCCUUCCUGGAGUCGAUGCCUUUCUAAGGGUUGGAGCUGCUCCUUGCAGGGGCGGGUCAGUUUCCCAGGCCAUGCCGGGGUGGCCAUCUAUGGUAGGGCUGGAAGCUGAGGCUGGCCGCCAGCUGUGGGCUGGGGUGGGGUGGGUGGGGUCGGGUGGUGGAGAGGCCUUAGCUGUCCUGGCUGGUGCCCCUCCCAGGCUCCUUUUCACCCUGCCCCCUGGGCCUGAGGCCCCCUGUGUCCAAGCCUCCCCCUGGCUCUUCAGUUCUCUAGCCCUUGGCUCUGCUGGGUUUCCUGACUGUAGCCACAUCUCUCCCGCUCCCUAAGGGUAACCUAGCCAAUGGAAGCUGCCCUUUGGGUAGGUGCUGGGCUCCUGGGAGGGCCCAGAUGAUGGGGUGAGGCAUGUCUUUCCAGAACUUUCCCUGGCAGGGAGGGGAUGGCAGAAACUCAGGGAGGGGCUUGGGGCCCAUUGUAUCUGGAGAGCCUGGAUUCCUCUUGGCAGUCUUAGGCCCGGCCACUUCUGCUACCUUUGCGCUGCUGUGAGCCUCACCCUGGGCCCCUGGGCCCUGCUUCUCUGCUCCCCUGGGUGAUGGGUGGGCCCAGAAGGUGGCAGUCCCACACCUUGUCCUCCCACCUCCCUGAACUGUCCAUUGCUUUUAUAGGGUGAGGUAAGAGACAGCCUCCCAAGCCCAGGCUUUGGCACUCAGAAUGGGCCCAGUGGGGGCUGGGCAGGCCCAUUGAGGGCCACCGCCGAGGUUUCUCCUAGGGCUGUUCCUGGGCCUGGCUCUUACAGGCUCGUCCCCCAGGCCUGCCCUUCUCCACUGCCCCCUCCUGUGUCUGGGUCCACACACCCUUCAGGAAGGGGGAGCACUGAGAAGCACAGCACAGGGGCUCAGCCUGGGAUCCGGUGAUGGUCUGGGCAGAGGCUGGGUCAGGAGUCCCAAAGGUCAGUGACAGUUUCUCAGAAGAGGCCCAGCGUCCACCUCUCUCCCAGGGCCAGACAGCCCUUCCUGGCUCCCCCAUCCCCCUAUGGGCUCCCAGCCCCUUGCACCCUCAUUGCUGUUCAGAUUAAAGCCUCUGUUUUGCACCUGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1175.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1224.00

Frequency: 0.0000

Diversity: 886.66

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((.((((((((((((.(((.(((...((((.(((((((((...((((....))))))))((((((((((.(((((......(((((..((......))..)))))..))))).)))))))))).))))).))))((...((....))....))..(((((......)))))))).)))))))))))))..((((.((((...)))))))).((....)).((((..((..((((((((.((.((((...((((((((((.....((....))...(((..((((((.(((((....(..(((((..........)))))..)......(((....)))..............((.(((((((((((((...((.(((((((((.((.(((.((((.(.(((((..((((((.(((..(....(((((((..((((...))))..))).))))....)..)))...))).)))..)))))))))).))).)).))..))))))).))........((((.(((((((.((((..((((.....))))..)))).)))).(((......)))((((.((....)).))))......(((((((........))))))).......(((.((((.(((((((((.(((...(((..(((((.((.(((((((((((...((((((((((.(((((((.(((.((....))((((((((.(..........).))))))))..(((((((((...((((((((....)))))))).))))).))))((((((.((((((((((..((((.(((((.(((....(((....).))....)))))))).))))))))))..)))).))))))..((((((...((..((((((((((..((((.(((..((..(((((((.((((((((..(((((((((((.(((((((......))))))).....))))).........(((....)))...((((.((((((((((((((((.(((.(((..(((...(((((.((((.....)))).((((((((...((((.......(.((.......)).).......)))).))))))))......)))))....))).))).)))...(((((((.((...)).))))))))))))))))))...........))))).)))).))))))..))).))))).)))))))......))..))).))))....))))))))))...))....)).)))).(((...)))))).))))))))))).)))))).....))))((((..(((((((((((.((.((((.(((..((........................))..))).))))..)).))))))))))).)))))))))))(((((..((((((.((((.....))))..))))))...)))))...)).)))))..)))..))))))))))))..))))))))))))))...((((((((((((((((....((((.((...)).))))))))))))....))))))))))))).)))))))).)).)))))))))))..)))...((.((.(((((...))))).))))..((((((((((((.(((.............))).)))))))))))))))))).))))...)))).))))))))))((((((((...)))))))).(((((((((.((.((.(((((((((....)))).))))))).)))))))))))((((((...))))))..((((((((((((((((((.(((((((((.((((((..(((((((((((((((((((..((...(((((((((((...((((...(((....(((((((.(((((((((.((..((.((((((((((((((...(((((....(((((..(((...))))))))....))))).)))))(((((...((.(((((..((((...((((((.......(.((((((...)))))).))))))).)))))))))))...)))))..)))).))))).))(((..(((...((((((((...))))))))..))).)))....)).)).))))))).)))))))..)))..)))))))))))((((((....)).))))...(((((((((...(((((((((....(((((....((..((((..(((((((((((.((..(((((((((((((((((...(((.(((((((((((((((((((.((..(........)..)).))))))..((((..((.(((..((((.....(((((((((........)))))....))))))))..))))).))))...(((..(((((((((..(((((((((...((.(((.(((.(((.(((.....)))..))).))....(((((((.......)))))))).))).))))))))))).)))))))))..))).......)))))))))....)))).)))....)))))))))..))))))))..)).)))))))))))..)))).)))))))..)))...))))))))))))))).))))...))..)))))).)))))))........)))))).....))))))........(((((......))))).))))))))))))))))).......)).))))))))...))..))))..(((....((((........))))....))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

...((((.((((((((,,,,.(((|{{{{{,({,..{(({{{|||,..{|||,..,))))))))((((((((({.{((((......(((((..((......))..)))))..))))}.}))))))))).,}|||{|},|(({|{{(((,.,({({,{{.((({{{{({(,,,}}})))))))).,}}}|||{{{,(((,.(((((,,||}||}||.,..,{{||.{{||||||.,{{{{{|||.((,((((,,.((((((((((...,.(((((,,,.....,..(((....)))|{.,,{({{(((({.,,..{{{{,|||}}{{{{...{{((,.{(.{{{{,,((((..,{..,|},})},|}))|||}}..}}|}{{|||{{{{,{{,,{|}|||{.{.{{|||,,||||||,|{|,,|....((({(((..((((...))))..))).})))..,,},.})),,.})).}}}..))}))))))}}})),))}}},,})}}}}|,|.{((((((....,,,,,,.||}||||..{((((({,.((,(,,,,,..,,.,}}}}}))}})),.|||||({,,,,||{||||......(((((((.....}}.))))))),,,,..}|,|}||{{.((((((((,,(((.,,(((..(((((.((.(((({((((((,..((((((((((.(((((((.(((.{{....)}((((((((.(..........).)))))))),{((((,((({...((((((((....))))))))})),))})))}{{{,,..||{((((((..(((({(({{,..|||.....{{....},{(((((((({,|,....}})))))))))),},),)))).}))))}|.......((((((((((,.((((.(((..(((((..(((.(((((((({{.....}}|{{{..(((((((......)))))))...,.,}},,.,))))).))))).))))).{((,.,(((,..(((((((((((.(((.(((.,((,...(((((,((((.....)}))}|(((((((...((((......{(.((.......))}).......)))).))))))),......)))))..}}))).)))},.,...{((((((.(,...,).))))))}))))))))))),}}....}}}.(((((,{((((..(,....,,.,..)))))))))),..,,,.}},.))).))))....))))))))))...,}..{{{{.{|,,.,,|}.})))))).)))))))))))}})))))..,,,)}}|{(((..(((((((((((..(({(((,(.(,|((....,..((((,..{((,,.....})),)))))),,}....})))))})))),})),,}})))){{{|,|,((((((.((((.....)))},.))))))..,.})))...}}.)))))..))),.)))))))))))),,)),,)))}}))},}},.((((((((((((((((....((((.(,...},.))))))))))))....)))))))){|||{{|{{{||,|{||,}}||,,,,|||{.||||||(({{{.{||||}}}|))),,)))},|||||||}}||||}|,.....,.,}}}}}})))})})))))}}},,)))))),))))...)))}.)))))))))),{||||||},.}))})))),((((((((({{(,((.(((({{(({....}})).}))))}),)))))))))))||||||}},)}}))).,{((({(((({((((((((.(((((((((.((((((,.(((((((((((((((((({{{.|,.}|,,((((((((...{{{{...{({....(((((((.(((((((((.((..{{.((((((((({((((...(((((....(((((..(((...))})))))....))))).))))){{{{{..,((.{{{{{..{|||..,(((({({,..||.,.{{{{||.,,))})))})}|||||{}|}}}}})))),,,)),}}..)))).))))).}}{{{,,(((...((((((({...))))))))..))).))).,,.)),)).))))))).)))))))..))}..}))))))))))|,,,{{..,{||.|,||{{.(((((((((...((((({{((.,..{(((({{{.((.{({((..(((((((((((.((..(((((((((((((((((...(({.(((((((((((((((((({.,,.....}}}}}||{.||{,,||||{{(({{..,({,,...||,,,....}||.||||}..},}}},|||,,,,{{{{...,))},,))}|{.||{...(((..(((((((((..(((((((((...((.(((,.{{.(((.(((.....)))..))).},...,(((((((.......)))))))).))).))))))))))).)))))))))..)))..}}}.})))))))))},.,)))).}))....)))))))))..))))))))..)).)))))))))))..)))).}))))))..)))...)))))))))))))))))))}}.}))},)))))).)))))))........)))))).....))))))........(((((......))))).)))))))))))))))))}},..||}}}))})))))}}})),}}})).,|||,...||{{........)))),,,,))})))))).