Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_178441.2
Sequence Length
2646 nt
GC Content
0.5401
CCUUUCUCUUCUAGCUUUGGGAUCUCAGGAGGAGGAGAACCCAAGAAACUGUGGAAUGAUGUGAGGCACUAAGUGACCGCUUCAGCGGUGAGAUCCCCGAUGACCAGAUGGCGCACAGCUCCUUUUUUCCAGAUGAGUAUUUCACCUGCUCCUCCUUGUGCCUCAGCUGUGGGGUUGGAUGUAAGAAAAGCAUGAAUCAUGGGAAGGAAGGAGUGCCUCAUGAAGCCAAGAGCCGCUGCAGAUACUCCCACCAGUAUGACAACCGAGUGUAUACCUGCAAGGCCUGCUAUGAGAGAGGCGAGGAAGUCAGUGUAGUGCCCAAAACAUCUGCUUCCACUGACUCCCCCUGGAUGGGUCUCGCAAAAUAUGCCUGGUCUGGGUAUGUGAUCGAAUGUCCUAACUGUGGCGUGGUCUAUCGUAGUCGGCAGUACUGGUUUGGAAACCAAGAUCCUGUGGAUACGGUGGUGCGGACAGAGAUUGUGCAUGUGUGGCCUGGAACUGAUGGGUUUCUGAAGGACAACAACAAUGCUGCCCAGCGCCUGUUGGACGGGAUGAACUUCAUGGCUCAGUCGGUGUCCGAGCUUAGCCUUGGACCCACCAAGGCUGUGACUUCCUGGCUGACAGACCAGAUCGCCCCUGCCUACUGGAGGCCCAACUCCCAGAUUCUGAGCUGCAACAAGUGUGCGACGUCCUUUAAAGAUAACGACACUAAGCAUCACUGCCGAGCCUGUGGGGAGGGCUUCUGUGACAGCUGUUCAUCAAAGACUCGGCCAGUGCCUGAGCGGGGCUGGGGCCCUGCGCCAGUGCGGGUCUGUGACAACUGCUACGAAGCCAGGAACGUCCAGUUAGCUGUUACCGAGGCACAAGUGGACGAUGAAGGUGGAACGCUCAUUGCUCGGAAGGUGGGCGAGGCCGUGCAGAACACUCUGGGAGCCGUGGUGACAGCCAUUGACAUACCACUAGGUCUGGUAAAGGACGCGGCCAGGCCUGCGUACUGGGUGCCUGACCACGAAAUCCUCCACUGCCACAACUGCCGGAAGGAGUUCAGCAUCAAGCUCUCCAAGCACCACUGCCGGGCCUGCGGACAGGGCUUCUGUGAUGAGUGCUCCCAUGACCGCCGGGCUGUUCCUUCUCGUGGCUGGGACCAUCCCGUCCGAGUCUGCUUCAACUGCAAUAAAAAGCCCGGUGACCUUUAACCCCAGCCCCCUCUCCGAGUCCUUCACAAUUCCUUAGGUUCUCAGGGUUAGAAACAGUCUUGCGAGGUAGGCCCUCCUCCCAGUCACCUGCUGUGGUGUGUGUCCUCUCCUCUCCGCAUCCAGGGCCACUUUCCCUCAGUGGGGGUGAGCCUGGCGGCAGGCCCGAAGGUGUGGACCCCUCAGGGCAGGGGACCUUGCAACUUAUCGCAAAGGGGAAUGAACCUGAAUCCGUUGCAUUUAUUUCAGUUAAAAAUAAUGAAUAUAUAUGUGUAUAUCUCUCUCUCAUAUAUACAUAUGAAAGGCACUCGGGGCGUAUCGAGGCUGCUGCUGGCUGUGAAGACUUCGCACAGUCUCCUCCGCACAGGGUGAGGUGGCAGUGGCAGCACGUCUUCCUCAUGAGCCGAGCCAGGUCCAUGGCCACCACGUGGCUGGCCCCUUCCUCUGCUGCUCUUGGAGCCUUGGAAGCCUCUCCUGUCCUUGGCUCUUCCCUCCAUGCCUGUCAGCUGCCUGGGGAGUGAGCCUCCCUGGUCCUUCCUGCCUGAAACAGCCUGAAGGGAAUUCUCCCUAGGUCUCCUGGGAGUCGAGUCCCAAUUCUUGGCUUAAGCCUGUUUUAGUCAGAGACCACCCAACUUAGCGUGCAGGUCACCGGAGUGGGUGGAGGGUCAGAGGUCGGGUCUUCGGCCCUGAGAAGUAGAAAUGCAGGGGCCGUGCUGUCCCUGGUCCCCCAGGGAACAGCAAGGAAGGAACUGAGCCUUCUCCAGCAGGGCUUCCUGUCCCGAUGCUUCUGUCUCCACUCGGCUUUCCCAAAAGGCGGCACCCAGCUCCUCAAUCGAAGCAUCUGCCUCCCACCCCUCGGCCCCCUCAAGCCCACCAUCUGCUUCUGAGUGUCGCACUAGGAUUUUCAUUGCUUAUUUUAAAGUGUCUUAAUCCUUUGUUCCCAGACACACAACCCCUCUAGCUCUCGGAGGGGCGAUCAUGAGAAACCUUCCAGGGAAACUGAGCACAGGAUGAACUGUUAGUUGUUUUUAAAAGUCUAUAUAAAUAUUUCAACAGAUCGUAAAGAAAAAAUUUAUCUCUUUGGUCCUUGCAAGAGAAGUCAAAGGAACUUUUGUUUCUCCUCAAGAGCCUGGACAUCUCUGUCUGUCAUGACUGGAAAGGGCCCGUUGUGCUGAAAUCCUAUCAUCAUGGUGGAUUUGAUCUUCAGUGGCCAAACACGAAUUAAAGUAUAAUUCUUAACUGAACUGGUGGGUGGGUUGAGCUUUAGGGAAGUAUAUGGCGGUCAUUCCUGGUGCGCCUAUCGGUGUGACAUGAGCCCUGGAGUGUGUCGUCCCUCUCAGCCCUGCUCCUCCUGCCUCCUGGGGUCCAGUGACUGGGACCCUACUCUAGAACUGUGUACCAUCCAAUUCGCCAUCAUAAAGGAAUCUUCCUGCAUCUCGAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-966.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1017.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 752.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............((....((((((((((((((((((...(((........)))............(((...)))((((.(((((.(((.(((((((((((((...(((..((((((((.(((..(((((((..(((((.......)))))...(((((((.(((((((.(((((((..((...............((.((((((.((((((((((((((.(((((..(((.((((((((((((((......)))))((((..(((...(((((((...(((((.(((((....(((((..((.((((((((.(((.............)))..)))))))).))((.....))))))).....))).))..))))))))))))...)))..))))....)))))))).).)))((((((.((.((((...(((((....))))).....)))).)))))))).(((((((..((((((((((......(((.(((((((((((((((..(((((..((.......(.(((.(((((....))))).))).)))..))))).)))))).))))).)))).)))(((((((((.....)))))))))...(((((((((.(.(((.((.((((((((((((((...((((......))))(((...)))(((((........((((((((...............(((((...(((((((.((.(...(((.(((((((((((((.((.((((((((..((...((((((((....))).(((.((((((((((.((((.((..(((((((((...)))..)))).))...))))))..((((((.((.(((........)))..)).)))))).((((((((((.((((((((((.(((..((((((((((((.((((.((((.((((((.((..(((((....((((..(((..........)))))))..((((((.((.(((((((........)).))))).)).))...)))).....)))))..)).)))).))..)))).))))...)).)))...)).))))).)))(.((((....)))).)....)))))))))).)))......(((((((((.......((((.(((.((((...)))))))))))..(((.......)))......)))))))))))))))).)))))))))))))...(((.(((............)))..))).))))).))))))))..)))).)).))))))))))).)))....).)).)))))))))))).((((((.((((((((..(((((..((.(((((...))))).))(((....))).)))))...))))))))(((((......)))))...((((........)))))))))).............))))))))......)))))..............(((((((((((((.........)))))))))))))..)))))...)))))).)))..)))))).)))))....)))).....)))))))))).))))))).(((((.((.((((((((..((.((((((......((((((((.((((.((..((((((...))))))(((((...((((((.(.((((.((((((..(((((......)).)))..))))))(((((((.(((((((..((((...((((((.....))))))((((....(((.(((((((((((.(((((((...(((((.(((...)))))))).....))))..)))..))).......)))))))).))).))))........))))..))))).))..)))).))).)))).).))))))..)))))...)).))))(((((((.....(((((((((.((((((((((((....))))))).......((((((.......)))))).))))).))).)))))).....))))))).......))))))))......))))))))..)))(((.(......).)))..))))).)))))))...(((........)))........)))))))))....))))((((((.......((((......)))))))))).)))))).))))))))))..)))))))..))))((((((((((..............)))))).))))...))))))))))((((.(((((((.(((((.((........)).))))).)).))))).))))(((((...........)))))(((.((((.(.((((((.(((((....))))))))))).))))).))).(((((....))))).......))))))))))...))))))).)..)))...)))))..)).)))))).)))....(((......)))((((((.....))))))....))))).))))((((((((((((....(((((......(((((..((((((.((((((((....))))).......)))..)))))))))))))))))))))))).))))))))).))))))))))))).((((...(((...(((.(.......).)))...)))...))))........((((....))))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,,..,,,,,,.,{{{(({(((({{{{{{{{|||,.||||,,....,,}))...{,{(({{((({{...||,(((((.,,.}}||}.{{(({{{{{{{{{...((({{{((((((({((((((((((,,({(({{,.{{{,..||||}.{{({{{{(({((({,,,,|||||,|,,,||..},..,})}}},,}}}|,||||}|||||||{{{(((({{,(((..{(.((({{((((((((({{,,.,,{{{,.{{{,..,||}}}|,,,,||}}},||||}||||||,|.{{|{{{,((,{(((((((.(({{,..........,))}..))))))))})((({{{{.||,{|||{,...,||{||{{|}},})))))))|{{|||,,,|||{{,.,|||||{|,|||||{((((||((.((((..,(((((....})))).},|,)))).))))))))|(((((((..((((((((((.{(({(,,(((((((((....))))))...))).).}),.},((.(((.(((((....))))).))).)){{,(((((((((,((({((({{{{,(({(.(((((((((.....))))))))).).}}}.{{(|||,.{||.||,|{{(((((((((((.{{((((......))))|}}...,,,{({((.{{.,{{,((((((((,,,,,....,.....(((((...(((((((.((.{.{.(((.(((((((((((((.((.,{((((((,.,,...(((((((,....,,,.(((.((((((((((.((((.((..(((((((((...}))..)))).))...))))))..((((((.((.(((........)))..)).)))))).((((((((((.((((((((((,(((,,((((((((((((,((((.(({{.((((((.((..(((((,.{{{{{,.,|.,.,|||,...||||}|{{..{(((((.((.{{{{{|{,,,.....}),))))).)).))...}}}},,..,}}}}}..)).)))),,),.)))).)))}...)),)))...)).}}})),))})))||,,,..}||}.},})})))))))))).)))......(((((((((.......((((.(((.((((...}))))))))))..(((.......)))......)))))))))))))))).))))))))))))).}})))}},,........{{{.||,..)),}))).,.)})))))},,}})}.)).))))))))))).))).,..}.)).)))))))))))).,,{{{{.((((((((..(((((.,,,.((({,...))))).},(((....))).)))))...)))))))}{(({|..}}}.))))),|,{(((........)))}|}|||,.....,},.....)))))))).,.,||}}}}}........,,,,..{((((((((((((.........)))))))))))))..)))))...)))))).})),.)))})}})})))))))))))..,}})))))))))).))))))).(((((.((.((((((((..((.((((((......((((((((.,,((.....((((((...))))))(((((((.(.((((((.(((..((,(((..{(({{.....{{{{.||{{|||||{{((((((,{((((((..((((...((((((.....)))))|((({..,.(((.(((((((((((,{{{((((...{||||,{({...}}}}}||}.....))))..,}}..}||,...,,})))))))).))),)))),.......})))..)))))},},.))}),))},})))))}}||}||.||}}.}}}}))))),))).})))))...}.))))))).((((((((((((....))))))},))))).((((((.......)))))}..,(((((||..}}}))}).|,}}}},,,},,,}}.))))))))......))))))))..)))(((.,......),)))..))))).)))))))...(({........}}}.}}}.,..))),,}))),}}}))),||||||.,,,..,{{{,......}}||||||,},}}}}}},},}}})))))}.,,,||||{{{,,.,,,.||||||}.,,}}..}}))..)),)))))))...,|}|||||||}((((.((((({{.(((((.((........)).))))).,}.))))).)))){((((...........)))))((({(((,{{{((((.(((..(((..((((((........))))))))).))).)))))||{,.....}})))}})))))}}.,))))))},,,|||{.,|||,,.,))})))))}.,,,,,|||{{......)}}((((((.....))))))...,||,....||,((((((((((((....(((({.....,(((((,.((((((.((((((((....))))).......))),.))))))}))))))))))))))))).)))))}))),))))}||||||||.{.,.,,,||}}}}||,.......,})})).,,,)),...}}}}..,,,,..{({{....)))),.,,,.,}}}............
Back