Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_181795.3
Sequence Length
1706 nt
GC Content
0.3628
AGACGCGGCCGCAUCCCGGUGGACUGUAGAGGCGGCAGCGAGCUAGAGCCCGAGUCGCAGCUCCGGGCCGCAGAGCGCUGGGCGAGCGCGAGCGCCAGGGCACCGGCAGGGCAGGCAGCUGCGCGCGGCUGGAGUCAUGCUAUACUGAAAAGACACUUCAUCAAGAUAACUCUGGGAGAAGCAGAAAACCCUGUGCCAGGGACAGGAAAGAUAGGAGAAAGAAAGUUUAUCAGAAUUUUUUAAACCUGUCUCAGAAAUAACAACAUAUUUUAAUCAGAGAUUUAUGUUGCUAUGAGGACAGAUUCAUCAAAAAUGACUGACGUGGAGUCUGGGGUCGCCAAUUUUGCAUCUUCAGCAAGGGCAGGCCGCCGGAAUGCCUUACCAGACAUCCAGAGUUCAGCUGCCACAGACGGAACCUCAGAUUUGCCCCUCAAACUGGAGGCUCUCUCCGUGAAGGAAGAUGCAAAAGAGAAAGAUGAAAAAACAACACAAGACCAAUUGGAAAAGCCUCAAAAUGAAGAAAAAUGAAGGCUCAUAAUCUAUCAAGAGUGCUGAAUUUCUGCAUGUUGAAAGACUUAGUGGUUCUGUUUUCUUGAGACAUUUAAUCUGGUGGUAACUGUGGUAACAUUGCAGCCCUAAGCAGCAUGUGUAUAUUAGAUAAUUGUGUUGUGAUGCUACUCACUUUGAUUGCAAUGAUGAUGUCCAAGGUAAGCUAUUAAAAGGCAGGUUACUUCCAAAUCGCACUGAAGGAAAAGGUUAAGAAUAAUACAUGAUCACAGAAAUGCAUACCACUGUCUGUAAACCCAACAAAAUUCACUGUUCUCUUUUGGAUUUAUUUAGCCUGAUGUAUUUUUAAUUCAAUUUUUAUGGUGAUGGGCAAAUCAUUCUUGGUAAAUGUAAAUCAAACAUGAUUGAUUUAAAACUUCAUGGAAUUUGUAGAAAAUUAUGGACAUUUUUGGUGAGAAAGAACAAUAGUCAAAACUCACAUGGAUAGAGUGUGUUUGUUUUUUGCCAAAAAUGCCCCAGACUUUUUCCCAAACCUCAAAAACGUCUUGGAAAAAUUGUAAAAGUUUGAUAACAGAAACAUCUUUAGGAUAUUUUUGUCUGACAUAUUUUGCUUCUAGUAUGUGCCUACUGUGAUUUUUUUCAUGUGGAAAAUGCAAAAUUUGUAACAAAAUGGUUAUAUGGAACAUGCCUAUUAAAUGAAUUUUACUAUCUUCCCUAACUUUGGUCUGUGUAUGUGUGUGUGUUUUACUUUAAUAUGAAUUAUACAAAAUACUAGUUGUUUUACACUCUCUUUUCUUAUUCUUAGGGCUUUUGUGUAUGUCUGACUUGUUUUUAAAUAACUUCCUCAGCAAUGCAGACCUUAAUUUUUAUAUUUUUUUAAAGUAGCUAACAUAGCAGUAGGCACUUAAGCAUUUAGUCAAUGAUAUUGGUAGAAAUAGUAAAAUACAUCCUUUAAAUAUAUAUCUAAGCAUAUAUUUUAAAAGGAGCAAAAAUAAAACCAAAGUGUUAGUAAAUUUUGAUUUAUUAGAUAUUUUAGAAAAAUAAUAGAAUUCUGAAGUUUUAAAAAUGUCAGUAAUUAAUUUAUUUUCAUUUUCAGAAAUAUAUGCAUGCAGUUAUGUUUUAUUUGAUUGUUGACUUAGGCUAUGUCUGUAUACAGUAACCAAAUAAACUCUUUCACUAUUAAAGAGAUUUCUUACUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-416.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -451.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 477.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((....(((((.(((((.(((..((((((((..(((...((((..((((..((((..(((.((...(((((.....)))))..))))).))))..)))).)))).))).))))).)))..))).)))).........((((.......)))).........).)))))((((((((((...(((((.(...).)))))..(((((((....(((((((((....)))))))))...))))))).........(((((((..((.......))..)))))))((((((((.(((..((((.....)))))))...(((((((((((((.(((..((((((.......))))))...))).)))((....))...)))))).))))((((((.((((...))).).))).))).(((((((((.(((...(((((.....)))))((((.(((((((((..((.(..((((((..........(((......)))....(((((((.............)).)))))....(((((..(((((.(((((((((......(((...((((..(((((((((((...((((.((((((..(((..(((((....((((((.(((((((((.....((((..(((.((...)).))).))))))))))))).))).)))....)))))...)))))))))))))((((.((..........)).))))((((...((.....)).))))..(((((.(.......).)))))))))).......))))))))))...)))......)))))))..)).))))).)))))))))))..)))..)))))))))..))))..........))).)))))))))..............((((((((......))))))))...))))))))(((((.....)))))..((.(((((((((((((((((((((.((.((.(..(......)..).)).))))))).)))))))))))))))))).(((((((((.........((((.......)))).........)))))))))...(((((((.((((...)))).)))))))........)))))))))).((((...((.((.((((......))))))))...))))......((((((......)))))).....((((((((.(((((.((.(((((((.........((((((((.(((...(((..((((((((((((....(((.(((.((.((....(((((.((((((((((.......(((((....))))).....))))).(((((..(((((................)))))..))))).....................((((.(((.((......)).)))))))))))).)))))...))))))).))).....))))))))))))(((((((((((((........))))))))..))))).)))...)))..))))))))..)))))))..)).))))).)))..(((((((((...........)))))))))(((.((((((..(((((.....)))))..)))))).))).......)))))((((((.........))))))........)))).))))).....((((((..((((...((((((.......)))))))))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.((((,,.{(((((.{((((.(((..((((((((..(((...((((..((((..(({(,.(({{((...(((((.....)))))..))))).))))..)))).)))).))).))))).)))..))).))))..,,{,,.,(((,.,,...,|||.||,,,|...}.))))){(((((((({...(((((.{...).)))))..(((((((....(((((((((....)))))))))...))))))),,,......(((((((.,((.......))..))))))),{{{((({.{{{..(({(,....,})}|||{,.((((((((((((({(((...(((((.......))))))}}.)))},}}||....)),..)))))).)))}{{{{{|,|(((...}}}.}.)}}}})}.(((((((((.(({..,,{((({,{,|||||,,,,,}||{||{,{{..{{,{,.,{.{{,..........{{,..,,..,})}...||||||{,,.{{{{.,{{{{||.|||||...{(((((..(((((.(((((((((.,{...(((...((((..(((((((((((..,((((.((((((..{((..(((((....((((((.(((((((((.,,,,{{{{,.,,{||...,}),}},.,})}))))))))).))).)))....)))))...))}))))))))))((((,((.,.....}},}).)))){(((...((....,)}.)))}..(((((.,.......,.)))))))))),......))))))))))...)))....,,)))))))..)).))))).))))))}}},.}})))..,,}))))))..)))}.,,,....,.))).)))))))))..,,,}}}},....((((((({......))))))))...}})))}))|{{{{.....}}}}}..((.(((((((((((((((({(((,{((.((.,..(......)..,.)).))))))).))))))))))))))))})}((((((((({,{,{{.,.........},.)))),,.......}})))))))...(((((((.((((...)))).))))))),,,,,...}))))))))}.{{{{||.{((((,((((......}))}}})).,,||||,..,,,{{({{{.....,)))))}.||.,}}}}}{{{.{{{{{,{{.{((((({.........{{{{{(((.{{{{{.{,(,{{(((((((((((....(((.({,|{{,{{....{({({.(({{{{{{{{.......{{{{{....|})}|.....}|||},({(((,.{{(((.......,,,....,,))))),}))))),.,,,.....,........,,|||{.(((.{{...,,.)).)))))}}}}))).})))}...}}}}}}}.)}).....))))))))))}{((((({(({((((,,......))))))}),.)))))}}}}...}}}..))))}}})|.})}))}),})}.})))),}}}{{(((((,((({,,,,,...,,||||||,||||,.,|||||}}||{||,,...)))))..}}))))},}}}}}}},.||,.{{{{{{|,}},.,,,.)))))))}},,...)))).))))).....((((((..{(((...((((((.......)))))))))).)))))).
Back