Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_181833.3
Sequence Length
4660 nt
GC Content
0.5689
GUGACCCUAGUCGGCCGCUGAGAGGCGCGCGGAGUCUGGGCCGCUGCCGUCUAGGGGUCCCGUCCCGAGGCGUCCCCGGCAUCUCCGGCCCGAAUCCCGGAGUGCCGGGUCGCGCCUGCACCGAAGGUCCCGGCUCCUGUGCCCUCCCUGCAGCCGUCAGGGCCCGUCCCCCAACUCCCCUUUCCGCUCAGGCAGGGUCCUCGCGGCCCAUGCUGGCCGCUGGGGACCCGCGCAGCCCAGACCGUUCCCGGGCCGGGCAGCCGGCCACCAUGGUGGCCCUGAGGCCUGUGCAGCAACUCCAGGGGGGCUAAAGGGCUCAGAGUGCAGGCCGUGGGGCGCGAGGGUCCCGGGCCUGAGCCCCGCGCCAUGGCCGGGGCCAUCGCUUCCCGCAUGAGCUUCAGCUCUCUCAAGAGGAAGCAACCCAAGACGUUCACCGUGAGGAUCGUCACCAUGGACGCCGAGAUGGAGUUCAAUUGCGAGAUGAAGUGGAAAGGGAAGGACCUCUUUGAUUUGGUGUGCCGGACUCUGGGGCUCCGAGAAACCUGGUUCUUUGGACUGCAGUACACAAUCAAGGACACAGUGGCCUGGCUCAAAAUGGACAAGAAGGUACUGGAUCAUGAUGUUUCAAAGGAAGAACCAGUCACCUUUCACUUCUUGGCCAAAUUUUAUCCUGAGAAUGCUGAAGAGGAGCUGGUUCAGGAGAUCACACAACAUUUAUUCUUCUUACAGGUAAAGAAGCAGAUUUUAGAUGAAAAGAUCUACUGCCCUCCUGAGGCUUCUGUGCUCCUGGCUUCUUACGCCGUCCAGGCCAAGCUCACCUUGCAGAGCGCCAAGUCCCGAGUGGCCUUCUUUGAAGAGCUCUAGCAGGUGACCCAGCCACCCCAGGACCUGCCACUUCUCCUGCUACCGGGACCGCGGGAUGGACCAGAUAUCAAGAGAGCCAUCCAUAGGGAGCUGGCUGGGGGUUUCCGUGGGAGCUCCAGAACUUUCCCCAGCUGAGUGAAGAGCCCAGCCCCUCUUAUGUGCAAUUGCCUUGAACUACGACCCUGUAGAGAUUUCUCUCAUGGCGUUCUAGUUCUCUGACCUGAGUCUUUGUUUUAAGAAGUAUUUGUCUUCCUUUGUCUAAUGUGGGAUUCCUGACUCCCUUCGUCCAAGGCACCGGUGUGUGUGUGUCUUGCACUCCAGAGCUGACCUCCACCGCCCAGCCUGGGAAGUCAUUGUAGGGAGUGAGACACUGAAGCCCUGAGAAGCCAGUGCCAUCAUCCCCACCCCGCCCAGGGUUCCGGAACAUUCAUUCCCCCACCGGUGAGGACCUGGCAUGCAGCGAAGCAGCCCAGCCCGGCGGAUCCCAGGCCAGCACGCCUGCCGGCUUCUCAUCGUCAGGGAGCCCGCCCAGAGCUCGUGACGAGCAAGUGCUGGGUCCCCGCCAGGCACCCCGAGGCGGCGCUCUGGCUGGCAGCUGGUGGGGAAUAGGCAGGGCAGCUGUGGCUGGGGAGAGACUUUAGGCAGAAGCUGUGAUGCAGGCUGACUGCCAGCCGAGGGGCUGGGUAGUGCCGUGCGGGAGCUGAUGGUACAGGGCACUCGCUGUCCCCCUCCGGCCACCCUAGACCAGGGUCCGAGAGGCAGGCAGGAGCCACUCAUGUCUUCCCCAUUGCCCGACGCCCAUAGACGCUCCUUCCUGUGUGGGGCUGGGGUACUCCCUGGUCGUACUGCAGUCAGCACCCGUAACCCGGCUAUGACCAGGGAUCUGUAAGCCCUGUGGCUCCACAGGUGCUGCUUCUCACUGGCCCAGACUCUGAGCUCCACCGGCCCAGUCUGCACGGCCCAUCUGCUUCACCUUCCCUCCCAGCCACGUGCCAGUGGCCACAGCCCACUUCCCAACCCACUGUUGUACCCAGGCCUCACUUUGCUGUUGCCCUUGUCCCUCUUCGGGCCCUGAAUUUUCUGUUCCCUGGGGGCCAGCCAGGGCCCUUUGUGCCCCUCCCAGCACAGGCCUGAUGCAGGUGUCCACUCACAGGUGGCGCUCACCUAGGCUGUCACAGGACCCACCUCCAUGCCAGGCAACAGAGGGCCACAGAACCACCCCCACGGCUCACUCCUUGGUCUGGGGCCACCUUCUUGCCCUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCCGAGAUGGAGUCUCUCUCUGUCACCCAGGUGGGAGUGUGGUGGCACAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCUGAGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCAUGCACCACCACACUUGGCCAAUGUUCUGUAUUUUUAAUAGGGACGGGGUUUUGCCAUGUUAGCUAGGCUGGUCUCAAACUCACACCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCACCCAGCCCCUUCUUGCCCUUUCUUUUCUCCAUGGCUGAUGCUGCUGUGGCCAGCCAGGGCCCUUGAGAUCCUUCCAGUUUGGCUGUUAUGCAAAGCAGGUGAUUUGUCUUAAUCAGAUAAAAGAUAGAGGCUAUGGGGGCCUCAAGAUUUUUGGAGAGCAGAGGUGGUCUCUGGCAAUUCCAUCUGGUUUUGAGAAACUUAGCAGCUCACAGAGCACAGAGAUCCUGCCUUCUUCCUACUAUCAGGCUGACCUAAUGGGGUUGGGCUGCUCGGCAACUGCUUGGGUCACCUUGCCCCAAGGAAACCAGCCCUGGGUGCCACCCAGCCACUUAGGGUCUACAGGGUGGGACUCCAGACCUAGAGCGUAAGUAUGGAUGUUGUGGCCCUGUGUCUUCCUAGUGUGACCCAGCCAGGAGCGGAAGCUUCAGGCGUUUGUAAAGUGAGGUCUGGCUCUGCCUCCUCCGUUUUUUUUUUUUUUCUGUUUCUGUUUCUGUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGUCACGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUACAAGAGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGUGUGCCACCAUGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCGCCAUGUUAGCCAGACUGGUCUCGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCUCCCACCCCGGCUUCCCAAAGUUCUGGGAUUAUAGGCGUGAGCCACCAUGCCCGGUCUCUUCUCAGUCUUGAAGCCCAUCCCUGGAUUUCCACCAGGAGUUACUUUCCUCCUGACCUGUAAAUUUGUUCUUUAACAAUGGCUGCAGGUGGGAGCAUAUGGUGGUUUAUAAAAACGCUGUCGGGCUUUGUUUCCUUCUUUAGCUGCCGUGUCUACUUCUGAAGUCUGGGAAGUGCCAAGCCACGCGGCCUCAAGGGAGCUGGCUGGUGUUUGAGCUGUGGCAGAAGCACCUGGGGCUCCAGGGAGCAGGCUGGGAACUGCAGGACCUUGCUCAGCCAGGAGCACUUCCCCCUCCUUGAGGCAGGAAUACUGAGGUGCCUCCCCACAGAUGGAGAAGGUGGAGAGGAGGAUGGGCCUCAGGAGCAUCUCAAGCCCCAGUAGCAGGAGAAAGAAAGAAAGAGAUGCCUGGUUUUCACAGACUGGUUCCUGUGGCUGGGAUGACUGCAUCCUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUUUUUGCCUUUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAACCUCCGCCUCCCGGAUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACGCACCUCCACGUCCGGCUAAUUUUGUAUUUUUAGUGGAGACGGGGUUUCUCCAUGUCGGUCAGGCUGGUCUCGAACUCCCGACCUCAGGUGAUCUGCCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGCGCUUGGCCAGACUGCGUCCUUUUUAAGCGAACAUUUUAGGGCCUGGGAGUUUGUCAAGUAAGGAAGUCUCAAGCCCAAAGAGCAGCGUCCUGACCAUGGUGGUUUCAUUACGAGCCCUUCUGCUGGCUCUCAGGCAGAAGCCCCACAGCACCGGGACCAUUCAUGAGGUCACUGCCCAGCUCAUGAUGUCCGUGAGGCUGUCCUUUUGGCCAGUAGCCGUGUGCAGCUGUGUGGCACAGAUGGCUUCGUUCAUCCUGAUCAAGGCCCCACCUCAGCCACAGCAGUCCCCCCAACCUGUGUUGUCCACCCUAUUAUUCAUGUACCUGCCAGGCCCUGCUAGAUAGCACCCCGUGGCAUUACAUAACACUUCAUGAGUGGCUGUGUCUUGUAAUUUUGGGGACAGGUUUCUCUCUUUCCCUCUCUUUUUUUUGUCAAAAGCCCAGAGACUGACAACCAGCUGCAGUGUCUAAGUGUUCCUCACUGACAGGGUGGGGCCUCACCACCCCUGGAGGGAGCAGCGUUGGCAGGGAGACAGCCUGGCCCAGUGACCCUGGGCCCAAGCCAGCCCCUCCAGGGCUUUCAGGGAAGCGCCAUCCAUUUUCAAAGAUGUCAAACGUCACUUCUUCCUGUAGGGCCCGAGUCCUGCCUCCUAUCAGGGCCAGAUCAUAGAAGGCUAUUUUCUAUUCUGGGGAACGAUUAUAACUUAAAUGAUUGUUUUAAUAAAAAUUCUAAGCUGGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1859.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1933.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 1254.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((.(.((((.((.(.((((.((((((((((.(((((..(((.......(((......))).((((((.(((((((.((((((........)))))))))))))..))))))))).....))))).)))))).)))))))).).)).)))).)))))..................((((((((.((((.((((((((((((((......)))))).))))))))..)).........(((((((((((.(((((((.((((((....)))))).((((((((((((((((......((((((((...(((((((((.((..(((((((((((...((((((..(((((((.((((((.((....)))))))))).((((((((((((((((((((.(((........((.......))....((((((..((((......))))..))))))..))).)))))))))..)))).)..)))))).........(((((.((.......((((.((((((.(((((((((((.(((((((((((...((((((.((.(((........(((((((((.((((((((.(((...(((...(((((((((((.((.................)).))))).))))))...)))))))))........(((((((...(((.......)))...))))))).........................((((...((..((((....(((((......))))))))).))))))))))).))))).)))).......))))).))))))))))...((((((.(((((((((((.........))))((((...)))).))))).))))))))((((((((((((.((.....)).....(((((....))))).....((((((..(...........)..))))))...))).).))))))))))))))..).)))))))))))........((((.(((((....((((((((((((...((.(((...((((.((((((.(((((((.((((....)))))).)).))).))))))((((.(((((((((((.......((((.......))))...........(((((....((.(((((((.(((.((((((((((.....)).)))))))).))(((((.((((..(......)..)))))))))........).))))))).)).(((((..((........)))))))........))))).(((((..(((((..((((......))))......(((....))).(((.(((......)))))).))))))))))..(((((.(((((...(((((((((((((........))))))).((((((.(((((...))))).....))))))(((((((((...(((((((......))).))..))...)))))))))....))))))...)))).).))))).)))))).))))))))).((......))))))....)))))...)))))))))))).(((((((((....))..)))))))....)))))))))......)))))))))).......)))))))((((((((((((.(((...))).))))).(((((..((((.((((....((......))....)))).)))))))))...((((((((((((.(((.....))).(((.....))).))))))))))))......(((((((((....)))))).))))))))))...))))).))))))..)))))).))))))).))))...)))))......................(((((......)))))...)))))....))).......))))))))..)))))))).......)))))))..))))....((((((((((....(((((...(((((((((((((.(((((.(...(((((..((((((((((((((........(((......)))((((((.(((((((((((..(((((((((.(((.((....((((((((..(((((((...((((....(((((.((((........))))))))).....)))).))))))).......(((((((((((((((((((..(((((((.....)))))))....(((((((.((((((((((.(......))).)))))).)).)))))))...(((((.....)))))((((((((((...(((((......))))).(((((((((...(((.......)))...))).)))))).........((((.((((...((((.((...(((.(((.((((.....((((..((((......))))..))))...((((((((((((.(((((((((((....(((((((((((((.(.((.......(((((((((..((((((((......((((((((((((.(((((...((((((...((.((..((((((((.((((((.((((((.....))))))...))))))((((.((((((.....)))).))..))))))))))))..)).)))))).)).((((...))))...(((((((((...(((..((((((...(((((.(((..((((((.(((..(((((((....)).)))))..))).)))))))))....)))))((((((...)))))).......((((..((((((((((((((((...(((.(((((........))))).)))..(((.(((..........))).))).(((((((((((((.............(((..((((...(((...))).))))..))).............)))))))))))))..............)))))))))))))))).))))((((.(((((((((((..............)))))))..))))))))(((((.(((..(.((..((........))..)).)..))).)))))....((((((((......))))))))((........)).....))))))))))))))))))).)))).))))))))))))....((.(.((((....)))).).))...(((((...((((((..((((((.(((((....((((((......)))))).((...((((........)))).))))))).))))))....((((((........))))))(((((((...(((((....)))))....)))))))))))))....)))))...........((((.(((((((.(((((((.((((((..(.........)..))))))...)))))..)).))))).))))))))))))))..))))))))))).).)))))))).))))).....)))))...))))))..)))))))...)))))))))..))).))))).).)))...)))).)))))))))))))).(((((.(((.((((.((((...........)))).)))).(((((..((...))..)))))...))).)))))...)))))))))))))))))))))))))))......))..))).))))))))).((((((....))))))............((((((((((((...((((..(((...((.((((.(((((((..((((.........)).))..)))..))))))))...))...)))))))..)))).....((((((.((((.((((((((.....(((......))).....))))))))..............(((((((.......))))))).))))..)))))))))))))).......))).))))))...)))))))).)))))......))))))))).....)))))(((((((((....(((.(((...((((.((((((..............((((.(((((.(((.(......).))).))))).))))))))))..)))).))).))))))))))))......).)))))...))))))))))))))))))(((.(((((((((((((((........)))).........((((((.....))))))((((.((....)).))))..))).))...)))))).)))...((((((...(((..((((((...(((((((((((.((.((((((........((((....))))...............(((((..(((((.(...((((....))))...).))))).)))))..(((((...))))))))))).)).........(((((.(((......))).)))))((((...((((....))))...))))((((.((......))))))(((..((((.....))))))).)))))))))))......((((((((((.((.((.((((((((.......))))((((((.....))))))))))))..))))))))))))...)))))).)))))))))..........(((((...)))))...........))))))))))((((((........))))))((((..(((((((.....))))))))))))))))))((((.(((..........))).)))).......)).))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.{.((((.(.((((.((.(.((((.((((((((((.(((((..(((......{(((......))).((((((.(((((((.((((((........)))))))))))))..))))))))}.....))))).)))))).)))))))).}.)).)))).))))),,,...............((((((((.((((.((((((((((((((......)))))).))))))))}}||..((((((((((.....((((((....))))))...}}})|((((((((.(((((((((((.((((..((((((((...((((.(((((((.(((({((((((.((((.(((((((({((((.((.....)))).)))))))))).)))).))))))..((((....))))(((((((((((((((......{.((((((..((((......))))..))))))..(((((((((..,,...{{((((.((((.(((((,(({{(({.,.....,,...{((({.(((((.(((((((((((.{((((((((((,..{(((((.((.(((.....{{,{((((((((.((((((((.{{,...(({...(((((((((((.((.{,,....||,...,,.)).))))).)))))}...}}}))))))........{((((((...(((.......)))...))))))},,.................,,,...((((...|{..((((....(((((......))))))))).,}))))))))).))))).))))}}.....))))).))))))))))...(((((,,(((((((((((.........))))((((...)))).))))).))))))))((((((((((((.((....,|,.....(((((....))))}.....((((((..{...........)..))))))...))).).))))))))))))))..}.))))))))))),,{{{{({{{((((.(((..(((,.((((.,,(({...({(({...,,...((((((.(((((((.((((....)))))).)).))).))))))...({(..{{|{(({{.......||||..,,.,,)}}}.........,,{.((({......,,}}}}..}||.,,{(((((((.....}}.))))})))}))...}}}))})..}}}...))).)))),}))))}},....,..(((||(({|.(((((..((........))))))).,.)))),))}||(({.....)))|}}))).}}},,.,||||{{{{(((((,.((({((((({(((.,,...||,|||.,||,,|||{{.,{{((((({.{{..}||})}|})}}}|,..,,{,,,}}||||}||||..|.||||{,,,)))))..})}))))))}}{{(((((((.{{{.,.,}.)).)),))))).)),.}))))))))),..,((((((((.{{{(((((({{{{{(.({....{((((((.((((,..,((((((((((((((((((....)))))))))))((((.(..((((((.(.(((.{.((((.(((.(((((..(((((((..(((((.....)))))))).))))..))))))))...,....}|...(((((..((((.((((....((......))....)))).))))))))).,,((((((((((((,(({.....||,.,,|,....))).))))))))))))...{{,{((((((((....)))))).)))))........,)))).}))).).)))))).})))).)))))))))))))...))))))}.....)).)))))))))))}.)),((((({....},)))))...((((.....))))...{(((((((((((((((...,((({..{.,,......)))){(((((.(((((((((((((((((((......)))),.,(((((........))))))|{({{..,)}))}(,(((((....)))))}}}(((((((((..(.((((((.(((((.(((((((.{.((...(((((((...((((....(((((.((((,.......))))))))).....)))).))))))}.,........................,,|,(((((((((.((((((.(((((((((((,((((((((((.{......|||.}}}}}},.,|||}}}}}.{(((,,..,,((({.{{.(((((({{{{{,(((({.....,))))}.,.,||||,|,..|||,|}..,,))|{{..|{{{((,{{,,...,}}}})))))})||(((({{(((.((((((((((((((((((.{{{{..{(((,,....}}||,.|}}}{{,{,({,,.|||{,.......{{{{,.........,,,{|||||..,.,)),)))),}))}}}))))..)))))).....)))))))))))).))))))))))})).)}.||||||,..}})),.,}},||,,|{|||,..|||))}|||,,{|||..,(({{,||{{{({||{||||||,|..,,||,.,,}}||}||||..........{{{{...)))).}}))}},,,,)))})),,}},...}}}.(((((.(((..((((((.(((..(((((((....))},))))..))).)))))))))....)))))((((({.,,}))))}}}}}}}.))))..)))))).)))))))))......,.)).}..))))))).),}).)).)))))).)..))))).))))}))}},,,)))))))))).)))))),,...))))))))))))))))))))))))))))).))))}.}})}.}})),},}))))))))))))))))))))))))..}.)))))))))))..))))((((.(((((((((((..............)))))))..))))))))...(((((..{((...}))..))))).)))))))))))).))))....))))))).{((((((({||{{((((((({{,(((,((,...,},))})))|(((((((((((.((..((((((...((.((((..{.((((....)))).|......,{{{{,,{{{,(((({..,..,}||||.....||{|{{,{{{{{||||}},((.,.(({(,,......)))).}|,.,,,{||....}},.((((((........))))))(((((((...(((((....}))))....))))))))))})}..,||||||{{|,,...,((((({{,{((((,.((((((((.....(((({{(((.((((((((.,....}.))))))}...}).))))))))...})))))))|||||,||||||({(.((.((((((..(((((((((,((,.(((((.((((((((....((((((..(((((...((.(({(((((((,.{,(({,.},}}.}))}.....))))))){(({........)))).{(((((((.{,.((.((((((...((.((.......)).)}.((..((((((((((((((((((.(((((..((((.((,(((.{,,....,,,)))))),)).})}})))))))))))))))))))))))..)).(((.{{.((((.(((.((((({...})).)))))).)))).)).))))))))))).,..,)))))))))).)).....)))))...)))))))))))))),,{({{((((({{({,,{{(((.....,|||,,.,{|||,|||{{..........}}})),),)}||||||,,..||.}||,}}}}.))))),,}}}},.)}))))}))))))))).)))))))).))}}||{(((((......))))}...,}))))),))))}||},|||{({||{({{{,{|{|{{...,,,,.,........,||||.{{|{|}|||,|,,}},.}}))).})}}),))))...)}}}))})},},),})}}}))))}}......)))).)).....))))))..))))).)))))))){((((..({((((...(((((((.{........}.))))))).)))).))..))))},,...,))},,,,}}}}}.}.)),,,)).)))))))}((((((...{((,.,(((((...(((((((((((,{(.((({(({{........,,,{{.||||,,.............{{{{{..(((((,(...((((....))))..,).))))).||||}.{((({{,..,,}}))|})))},.,}},,....(((((.(((......})).))))|((((...{(({....)))}...))))},,|}|},,}})}))),)}|{|..((((.....)))))}},)))))))))))......((((((((((.((.{,.((((((((.......)))|((((((.....)))))))}}}))},))))))))))))...)))))),))}))))))..........(((((...}))))..........(((((((....)))))))......})))))))|,,..(((((((....,)))))))))))))((((((((((.......))))))))))...........)).))).))))).
Back