Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_182966.4
Sequence Length
3351 nt
GC Content
0.4611
AGAGACUUGAGGGAGGCGCUGCGACUGACAAGCGGCUCUGCCCGGGACCUUCUCGCUUUCAUCUAGCGCUGCACUCAAUGGAGGGGCGGGCACCGCAGUGCUUAAUGCUGUCUUAACUAGUGUAGGAAAACGGCUCAACCCACCGCUGCCGAAAUGAAGUAUAAGAAUCUUAUGGCAAGGGCCUUAUAUGACAAUGUCCCAGAGUGUGCCGAGGAACUGGCCUUUCGCAAGGGAGACAUCCUGACCGUCAUAGAGCAGAACACAGGGGGACUGGAAGGAUGGUGGCUGUGCUCAUUACACGGUCGGCAAGGCAUUGUCCCAGGCAACCGGGUGAAGCUUCUGAUUGGUCCCAUGCAGGAGACUGCCUCCAGUCACGAGCAGCCUGCCUCUGGACUGAUGCAGCAGACCUUUGGCCAACAGAAGCUCUAUCAAGUGCCAAACCCACAGGCUGCUCCCCGAGACACCAUCUACCAAGUGCCACCUUCCUACCAAAAUCAGGGAAUUUACCAAGUCCCCACUGGCCACGGCACCCAAGAACAAGAGGUAUAUCAGGUGCCACCAUCAGUGCAGAGAAGCAUUGGGGGAACCAGUGGGCCCCACGUGGGUAAAAAGGUGUUCCAGAGAGAUGGGCAAGUGUCCUAUUUCUUAGUGAGAGCCUCUAAACAAACCAGCUUGUGAACCUCCACUGAAAAGAUCUCAUCUGAUGAGCAUUUUAAUAAAGUGUCCUGAGUUUGGAGGCUUGCCGUCUUUCUCUUGGAUAAAUAUCUUCAUCUCCUAGACUUGGAAAAACACAUUUUCUCCUGGGGUUUCCCAUUGGCGUGUCUUGAGCUGCUCUGGUGAUAACCGUAAUAAUGCCAAUACUGAUACGAACAGCAGAAAACAGUAACCCCAAGAACUCUACAGAUGAUCAUCAAGGACCACUGUCUCUUACCAUUUGCUGCUUUGGUUUGAAAUUCUCACUGCCUCGUAGAUCUCAUUUUGAGCACUAUACAUUCCUAAAGAUUGAUUUCUUUCUAUCUGACUUAAAUUUAGGAAUGAUUAAAUCUUCAUUUCUCCCAUGAUUUGAUCCUAAAACAUUUUGAAAGGAAACAGCCUUGAGAUCUGUGAUUACUAAGACAUACAUAACAUUCUUAUCACAUUAGAAAGCAAGAAUUGACUGUUGCUUGUCUUGUUCCUGUUGUCUUGUCCCCUGAAUUCCUGUUUAUCUUUGAUUGUAUGUGGGACAUUGUAUUUUCAGUACAUUUGUAGAAAUAAUGUGAAGCCUAUAAAGAUGUUCUCUGCCUCCAGAGAGAAUUUUGUUUCCUUCUGCCAGCCUCAUAGGCAAGCAUACAUCUGAUUCCAUGCUUUGAGCUGUUCUGGCAACCCUGAUGUCUUCAGCCUGUGCAAGGGUGGGUUUACUUCCAGUUAAUCCUUAUUUUGGAUACAGUCCUUAGGGUUCCAACCCAAAGUCGGGGGUGGUUUGGGGUCCCUGCCUUGGUGAGCCCUAUAGUCCAAUGUUCCCCCUUACCCAAAGAAGCUGUAGAAAACCCAGCACAGCCUCCCAGGCACCAGUUUCAGAUCAGCAAAAAAUAGCAAAUGCCCCCAGGCUUGAAAAGCAAUCUCACCUCUAUUAACUCUUCUCCCAAAGUUUGACCUAGUAAUUCUUUAUUAUCCUUGAACUCUUGACACUAUUAAGAAGAUCUUUUCGGCUGGGCGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUCGGAGGCCGAGGCGGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGAUCGUCCUGGCUAACACGGUAAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCUGGGCACGGUGGCGGGCGCAGUGGGCGGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGAAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCGUGAACUCAGGAGGCGGAGCUUGCGGUGAGCCGAGAUCUCACCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGUAAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAUCUUUCCUAGCUUUUCUUCAUUUUUUUAAGUUGUCUUCAGCAAGAUGGUUAAUCUCAAUUACCUAGUCCAUGAUUUCUGGAAGUCAAAGUCAAAAGGUAAAAUCUAUAUAGCCUAGGUGACAAUUACAAUAACAAUAACAAUAGCUAAGGCUUAUUAUGGCUUUAUGCCAGGUACUUUAUGCACUUGAUCUCAUUUAAUACUCAUAUAGCCUAUGAGGGAAGUAUAAUUUCCAUUUUACCUAUGAGAAAACAGGCUUAGAAUGGAACCUUUGUUCUCAUAGCUUGUGAGUGGUAGAACCGGGAUUUAGAUCCAGCUCUGCCUGAGUCCAGCUUCUGUUUGUCAAUUACUUCCCUCUUCAGACCUAAUUCUUCCAAUAAGCAACAGAAAAAGACCCAGUGGGGCCAUGGCCUCUGGCACACAGCUUCUCAUAAACGAGCCUAUCACACAUCCCCAGAACUAAAGCAAUCGUAUGUUCCUUCUGAUGUUGAGGUAAAAAGCAGGGUUUGUUUUGGUUUCCCUUUUCCAAAACACUCCCCCACAUGUUUCUGGCUUGUGGUUAAGAAGAACCCAGGUGUUCAUGUCACAUACGAGCUCAACUGGGGAAAAGGAAACCAUCCAGCAGCCCUCCUUGCCUGCCAAUAGUGGCUUCACCCAACUUGGGGUGCAUUCUUCUACAGUUUCUGAUUUCUCAACUUCACCUAACAUUCCCUUGCCUUCUUGGAUCCCUCUCUUGCCCAACACUACCAUGCAUGGCUGAUAGGGCACUGUUCUGCCCCAUAUCCCAUGGGUUCUACUUAACCCAGAGCUGGCUUACCUGGAAACCAAGCUUAUUCUGUAGUGGCAGACCUCACGCCAUCUUGCUUAAUAGCCUUCAGUUUUCCUUUAGUUGAUUAAUGUAUCACUCAAUAGAUUAUGCAAGACCUACUCUGCUAGGCACUGUACUAGGCCCUGUGGUUUAUAUUUAAAUGAAGAGGGAAUGAUCUCUGACUUUAAAAUGCUGGAAGAAGAGAUGAGAUGCAUCAAGACCGUCAAACCACAAGUGAUAAGUGCUGUCAGAGAUGUGUGGAUCACUGGCUCAGGGAGUUCCAAGGAUAGAGACAUAUUAUCUGUUUGGGAAGGGCUUGGUGGGGGAAAGGCAUUCAGCCGGGCCUUGAAAAUCAAUUAAAGUUUGAAUAUGAGGAAAGAAAGAAGAGCAUCUCAGACAAGGACAUGGCAUGGAUGAAGGCACAGAGGUAUGGGCGUGCAGGGCAUCUGUGGAAAUGGACAGCUCAGUUCUCGCCGAGGGAGGGAGUUGGUGCAGAGCCUGGGGGCCCUGCCUUCAGAAGAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1011.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1077.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 801.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((.(((.(.(.........((((((((((((..((((((((((.......)))((((((.(((....((((((((((...(((((((((..(((((.((......((((((((..((((((..(((..((....(((...((..(((((((..((((.....))))..)))))))..))..(((((...((((((((......))))(((((....))))).....(((..(......)..))).))))...))))))))..))..)))))))))..)).)))))))).))))))))))))))(((.((...)))))....((((.(((((((......((((....))))..))))))).)))).))))))))))....)))))))))......(((((.(((.((.(((.......((.(((...(((((((.(((((..((.(.(.(((..((((..(((((..(.(((.........((((((((((.(((((((((((((((....((((((.....((.....))......)))))).((.(((((((......)))))))))...)))))))).(((....)))....(((((((((((((((((..(((((((.(((...(((((((((.(((..((...((((......))))))..))))))))).((((((((((...))))).))))).............)))...))).)))))))...)))))).))))...))))))).........))))))).))).......))).))))(((...)))..((.(((((((((((.(((((((((....)))(((....)))((((...((((..(((((..(((..(((......(((((.....((((..((((.((((((....((((.((((..((....((((...(((.(((.....)))..)))..))))..((((...))))........((((((((((((.((......)).)))).........))))))))(((((((((..............)))))))))...........))..)))).))))))))))))))(((((....(((((............))))))))))..(((((((((.(......).)))))).))).....))))..)))))....)))..))))))))))))....))))..(((((((((((((.(((.(((.....))).))).)))))))....))))))(((((.(((((((....))))))).)))))...((.((((.....(((((((..(((((.......(((((...((((((..((((.(((((.....(((.(((((..((.((((((.....(((((((.((..(((((.((((.......))))......(((.((((....)))).)))..((((((((..(((((((((......)).)).)))))....))).....)))))...........))))).)).))))))))))))).))...))))).)))..))))).))))..))...))))...((((...((((.(((..((...((..((((((((((((((..(((((((....((..(((((..((((...((((((((((((((............((((....))))..((((((.(((((..(((((((.....(((((((.((((((.((...((((((((.(.....((.(((((((((((....))).))))))))....))......)))))))))...................((((((((.((....((((((((.........)))))))).)))))))))))))))))))))).....)))....))))))).((((((....((((..(((((((((.......))))))...)))))))..)))))).((((((((...))))))))................................(((((((..((((..............))))..)))))))..((((....)))).((((.....))))..........((((((.((((((((.(((....((((...(((...........(((((.(((.........................))).))))).....((((.....))))(((.(((.(((((.((.(((((.......(((((((.(((.((((((((.........(((((((((((((.(......).)))..))))))))))......))))))))))))))))))((((((.(..((((....)))).).))))))....((((((........((((((((.(((((((((((.....(((.......((((((.((((.....((((((.(((((..((((.....((((.((((...(((......)))..........((((..((((.....((((....(((((.....(((.(((((((....((((.(((..((((((((..........))))))))..)))(((((.(((...))).)))))...((((((((((((..((((.(((...))).))))....))))).....(((.....))).((((......))))..((((....))))..(((((......)))))..)))))))...))))......))))))).)))...)))))....)))).)))).))))((((.((..(((...((......))...))).)).))))..))))..)))))))).)))))))))))..........(((((..((((.....((((((.(((.(((((..((((((((.........)))))..)))..))))).)))..)))))).......((..((((.(((......))).))))..)))).))..)))))...(((.(((...)))))))))).)))))))))....)))))))))))))))...))))........))))))....))))).)).))))).)))))).....))).....))))....))).))))))))..))))))))))))))))))))))).))))))))))))..)))))))..))))))))))).))))))))))..)))).)))))))))))......)))))......)))))..)))))))..)))).)))))))).)))).....))))))).)).))).)..)))))...))))))))).))..))))))))))))...)))))))))).)))...))))))))))))..)))).))))))))).).)))))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((((((.((((..........)))).))){(((((..(((((,,.(((((((((((((.(((({((....,(({{({{{(((((....)))))...,|||,||||....}}})))),....{(((..........,.,)))}....,..{((((((..{|||,,,,}},|||{}||||||.(((((((((((.(.,({({,({{{...,,,))}},}}},.((((....)))).((.((((.(((((((,{..{,(((((((,((,((((,({(((({(((.......))}|||||{||.{(({((({,,..((({.{..((({.((((((((.((((.,,,,.,.(((.,.((((.,,|((((..(((({...})}})}.,)))))}.))})}.,.))},|)))))))))))))).))))..))))).......,,|{|,{{{{...|||{|||............||||}}.}}}}.}},....{{((({{{({.(((((((((((((((....((((((...,,{{.....}}...,,.)))))).((.(((((((......))))))),)}..)))))))).(({....)))....((((((((((((((((({,(((((((.(((...(((((((((.(((..((...((({......))))))..)))))))))..,,((({{{{...))}}|((({{|...,}))))}...)))...))).)))))))})})))))}.})))...))))))).........))))))).}},.......}}},}}||{{|,..}}}|,||||||}}}}}|||}.})}}|(((....)))}..,,,))))),,|.,,{...,,..|||,{|..,,||||,...,,,,|,..,,,,.,,..({((.((((((....((((.(({{.,{{....,,|,..,|||.{({.....})}..}}}..||||..((({...})))..,,,,.{((((((((((((.((......)).}))}........,))))))))|{(((((((..............)))))))}|.,.........,,..)))).))))))))))))))|{{{{,...,((((.,..........}}}})}}}}}..{{{{(((((.(......).)))))),)))})))}}))}},))).))))))),..,}.))))...))).)))).)).}.)))))))))))..{{{{,.,{{,,{,}},}},},,}})))}.}}}}...,(((({(((((((....))))))|,|,,,,.,}}}{((((.....(((((((..(((((.......(((({...(((({(..((((.(((((.{{..(((.(((((..((.((((((.....(((((((.((..(((((.((((.......))))......(((.((((....)))).)))..((((((((..(((((((((......)).)).)))))....))).....)))))...........))))).)).))))))))))))).))...))))).)))}}))))).))))..,}...))))...((((...((({,(((..((...((..((((((((((((((,.(((((((....((..(((((..((((,..{((((((((((((((({.........(((((((((({.(((((((.(((((((.(((((((..,..(((((((.(((((({{(...((((((((.{..,..({.(((((((((((....))).))))))))....}),.....}))))))))..,................((((((((.((....((((((((......,..)))))))).))))))))))}))))))))))).,,..}})....))))))).{,,.,,{{{{,{,||||.|{{||||,,,....})).))))))).).)))))),,{{.((((((((...)))))))).}.....................................})))))))))}..,{{{,..,..,.,||,,.....((((....}))).|||{{{,..}},,...|{|{{{.({({{(((((({{{,.|||}}..|{|{..}|||},.....,...{{{{{.{{(,....,,.................,})).})))}.,,,.{(((.....)))}(((.(((.(((((,((.(((((.{{,...(((((((.((,{((((((((.,,......(((((((((((((.(......}.)))..))))))))))..,,}.))))))))))))))))))((((((.{..((((....)))).}.))))))....((((((........((((((((.(((((((((((.....,,,.......{(((((.((((....,((((({,(((((,.{(((,....(({{.{{((,..({{......))),.........,{{{,.((((.....((((..,.(((((.....(((.(((((((,,..{((.(((({{((((.(((((({{,((((({...........(((((.(({...})).)))))...,,.....{((((..((((.{({...}}}.))))....))))))))))))))))))...})))))))).}))}},.((({....))))..(((((......)))))..........{{{...}}}...,}))))).)))...))))).,..)))).)))}.)),,........,(((,..{,...,,..,..,))}.}|,})||||}}}}..)))))}}).}))))))))}},,........{{(((..(({{,....((((({.{{(|{{(((..((((((((.........))))}..)))..))))),}}}..}}}}})}....,{((..((((.(((......))).))))..)))}.}}..})))),,,(|{.{{{...}))))})))).)))))),,,....)))))))))))))))...))))........)))))).,,.))))),)).))))).)))))),,...,,,.....)))}..,.))),||||}|||..}}}}))}.})))}))))))))))},)))))))))))..)))))))..))))))))))).))))))))))..)))).))))))))))).,|,..}))))......)))))..)))))))...,..))))),))}})),.....})},},.,)).)))))))))))...))))).)))))}.(((((((.(((,.((...((.(((((((..(((((.....))))).)))))},).))...)),})),))))))))))))}.....
Back