Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_183404.4
Sequence Length
3233 nt
GC Content
0.4142
GUGGGUAGCGCGCCUGGGAGGGAGAAAGAAGUCGGGGGCCGUGGCGCGCAGCCCGCGGGGCCUGAAGGGAUGUUCGAGGACAAGCCCCACGCUGAGGGGGCGGCGGUGGUCGCCGCAGCCGGGGAGGCGCUACAGGCCCUGUGCCAGGAGCUGAACCUGGACGAGGGGAGCGCGGCCGAAGCCCUGGACGACUUUACUGCCAUCCGAGGCAACUACAGCCUAGAGGGAGAAGUUACACACUGGUUGGCAUGUUCAUUAUAUGUUGCAUGCCGCAAAAGCAUUAUUCCCACGGUUGGAAAGGGUAUCAUGGAAGGCAACUGUGUUUCACUUACCAGAAUACUACGUUCAGCUAAAUUAAGUUUAAUACAAUUUUUUAGUAAAAUGAAGAAAUGGAUGGACAUGUCAAAUCUACCACAAGAAUUUCGUGAACGUAUAGAAAGGCUAGAGAGAAAUUUUGAGGUGUCUACUGUAAUAUUCAAAAAAUAUGAGCCAAUUUUUUUAGAUAUAUUUCAAAAUCCAUAUGAAGAACCACCAAAGUUACCACGAAGCCGGAAGCAGAGGAGGAUUCCUUGCAGUGUUAAGGAUCUGUUUAAUUUCUGUUGGACACUUUUUGUUUAUACUAAGGGUAAUUUUCGGAUGAUUGGGGAUGACUUAGUAAACUCUUAUCAUUUACUUCUAUGCUGCUUGGAUCUGAUUUUUGCCAAUGCGAUUAUGUGCCCAAAUAGACAAGACUUGCUAAAUCCAUCAUUUAAAGGUUUACCAUCUGAUUUUCAUACUGCUGACUUUACGGCUUCUGAAGAGCCACCCUGCAUCAUUGCUGUACUGUGUGAACUGCAUGAUGGACUUCUCGUAGAAGCAAAAGGAAUAAAGGAGCACUACUUUAAGCCAUAUAUUUCAAAACUCUUUGACAGGAAGAUAUUAAAAGGAGAAUGCCUCCUGGACCUUUCAAGUUUUACUGAUAAUAGCAAAGCAGUGAAUAAGGAGUAUGAAGAGUAUGUUCUAACUGUUGGUGAUUUUGAUGAGAGGAUCUUUUUGGGAGCAGACGCAGAAGAGGAAAUUGGAACACCUCGAAAGUUCACUCGUGACACCCCAUUAGGGAAACUGACAGCACAGGCUAAUGUGGAGUAUAACCUUCAACAGCACUUUGAAAAAAAAAGGUCAUUUGCACCUUCUACCCCACUGACCGGACGGAGAUAUUUACGAGAAAAAGAAGCAGUCAUUACUCCUGUUGCAUCAGCCACCCAAAGUGUGAGCCGGUUACAGAGUAUUGUGGCUGGUCUGAAAAAUGCACCAAGUGACCAACUUAUAAAUAUUUUUGAAUCUUGUGUGCGUAAUCCUGUGGAAAACAUUAUGAAAAUACUAAAAGGAAUAGGAGAGACUUUCUGUCAACACUAUACUCAAUCAACAGAUGAACAGCCAGGAUCUCACAUAGACUUUGCUGUAAACAGACUAAAGCUGGCAGAAAUUUUGUAUUAUAAAAUACUAGAGACUGUAAUGGUUCAGGAAACACGAAGACUUCAUGGAAUGGACAUGUCAGUUCUUUUAGAGCAAGAUAUAUUUCAUCGUUCCUUGAUGGCUUGUUGUUUGGAAAUUGUGCUCUUUGCCUAUAGCUCACCUCGUACUUUUCCUUGGAUUAUUGAAGUUCUCAACUUGCAACCAUUUUACUUUUAUAAGGUUAUUGAGGUGGUGAUCCGCUCAGAAGAGGGGCUCUCAAGGGACAUGGUGAAACACCUAAACAGCAUUGAAGAACAGAUUUUGGAGAGUUUAGCAUGGAGUCACGAUUCUGCACUGUGGGAGGCUCUCCAGGUUUCUGCAAACAAAGUUCCUACCUGUGAAGAAGUUAUAUUCCCAAAUAACUUUGAAACAGGAAAUGGAGGAAAUGUGCAGGGACAUCUUCCCCUGAUGCCAAUGUCUCCUCUAAUGCACCCAAGAGUCAAGGAAGUUCGAACUGACAGUGGGAGUCUUCGAAGAGAUAUGCAACCAUUGUCUCCAAUUUCUGUCCAUGAACGCUACAGUUCUCCUACCGCAGGGAGUGCUAAGAGAAGACUCUUUGGAGAGGACCCCCCAAAGGAAAUGCUUAUGGACAAGAUCAUAACAGAAGGAACAAAAUUGAAAAUCGCUCCUUCUUCAAGCAUUACUGCUGAAAAUGUAUCAAUUUUACCUGGUCAAACUCUUCUAACAAUGGCCACAGCCCCAGUAACAGGAACAACAGGACAUAAAGUUACAAUUCCAUUACAUGGUGUCGCAAAUGAUGCUGGAGAGAUCACACUGAUACCUCUUUCCAUGAAUACAAAUCAGGAGUCCAAAGUCAAGAGUCCUGUAUCACUUACUGCUCAUUCAUUAAUUGGUGCUUCUCCAAAACAGACCAAUCUGACUAAAGCACAAGAGGUACAUUCAACUGGAAUAAACAGGCCAAAGAGAACUGGGUCCUUAGCACUAUUUUACAGAAAGGUCUAUCAUUUGGCAAGUGUACGCUUACGUGAUCUAUGUCUAAAACUGGAUGUUUCAAAUGAGUUACGAAGGAAGAUAUGGACGUGUUUUGAAUUCACUUUAGUUCACUGUCCUGAUCUAAUGAAAGACAGGCAUUUGGAUCAGCUCCUCCUUUGUGCCUUUUAUAUCAUGGCAAAGGUAACAAAAGAAGAAAGAACUUUUCAAGAAAUUAUGAAAAGUUAUAGGAAUCAGCCCCAAGCUAAUAGUCACGUAUAUAGAAGUGUUCUGCUGAAAAGUAUUCCAAGAGAAGUUGUGGCAUAUAAUAAAAAUAUAAAUGAUGACUUUGAAAUGAUAGAUUGUGACUUAGAAGAUGCUACAAAAACACCUGACUGUUCCAGUGGACCAGUGAAAGAGGAAAGAGGUGAUCUUAUAAAAUUUUACAAUACAAUAUAUGUAGGAAGAGUGAAGUCAUUUGCACUGAAAUACGACUUGGCGAAUCAGGACCAUAUGAUGGAUGCUCCACCACUCUCUCCUUUUCCACAUAUUAAACAACAGCCAGGCUCACCACGCCGCAUUUCCCAGCAGCACUCCAUUUAUAUUUCCCCGCACAAGAAUGGGUCAGGCCUUACACCAAGAAGCGCUCUGCUGUACAAGUUCAAUGGCAGCCCUUCUAAGGUAAGGUGAAUAGGCUAAAAGUUGGAUUUCAGAUUAACAGUCAGUAACUGUUAAUCCUGCCUCUUUUUUUUUUUUUCUUUUUUGGCCAAGUUACUACUAUACUAAUAAAAUAUGAAAUGUUAACUAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-863.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -928.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 899.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((...((((.(((((.((((((..(((.(((((..((((((((..(((((((((((((.((.(.(.(((..((.....((((.......))))((((((.....))))))..))..))).)).)).)))))))))).(((((.......)))))....)))..)))).))))..))))).)))..)))).)).)).))).))))((((...(((.(((((((((((.............(((((((.(((...)))..)))))))((....)).....(((..(((((((...((((.....((((((...((((((((((....((....((.(((((((.((((((..(((((......)))))))))))...((((((...(((.((((.........)))))))......)))))))))))))))....))(..(((.(((.(((((((((((........(((((.((((((...........)))))).)))))..(((((....((((.((((.....(((((((((((.(..((....((((((((.((...(((..((((.((((((......))))))..)))).)))..))))))))))...))..)))))))))).))(((((.((((...((...))...)))).)))))...))))))))....)))))((((((((((.....((((....(((.((((((.(((.....((((.((((..(((((......((((...(((....((((((((((.((...((((((((((.....)))))..((((((((((.((.((.(.....).)).))))))))..(((((...))))).....((..(((((........)))))..)).......(((((....)))))))))..((.......(((((.....))))).......))..(((((.(((....))).))))).)))))..)).))))))))))..)))....))))..)))))..)))).))))....))).)))))).)))..)))).....))))))))))))))))))))).))).)))..)....(((....)))....))).)))))))(((....(((((......)))))..)))(((((........)))))........))))))))))..)))))))...))).........((((((((((.((((...(((((..((.((((((((((((......(((((.....))))).......))))))).........))))).)))))))(((((((...............(((((((((.......((((((...........................((((((((((.....)))..........(((.((....)))))(((((.(((.(((.....)))))).)))))......(((..((((((((((((((..(((((....)))))..(((((...(((((((((.......((((((((((............(((((((((.....((((..((......))....(((((((((..((((.((((((((......((.....)).....((.(((((((.......((((((((..((((((((...))))).)))..))).........)))))....)))))))))((.((.(((....))).)).))....(((((((((((...))))......((((((((((.......(((((((((((..(((((.(.((......))).)))))..)))))))))))(((((((((.......((((..(((((...((((((((........))))))))...)))))....))))......))))))))).)))))....)))))..))))))).))))).)))..)))).))))))))))))))))))))))...))))))))))........)).)))))))))))).)))))))).))).....)))..))))))))))))))))((((((((.((((....))))((((.(......).)))).(((((((((((((........))))).(((((((.(.............).)))))))((.(((((((.(((..(((((......)))))...((((((..............))))))..((.(((((((..((((......(((.....)))....)))).)))).))).)).)))..))))))).))((((((((.((....((((((((..((..........((((.((.........)).))))(((((.(((..((((...(((...((((((...............)))))).)))....)))).))).)))))..((.(((((((((..(((((((........))).....((((((((..(((((.....(((((((((((((((((..((((....))))..)).)))).......(((((.((((((((.(((........((((..(((((((..(((((.....)))))..))).))))..)))).......)))...)))))))).))..)))((.(((((((((((...........)))))).))))).))......(((((((((........)))))))))...(((((((((.....(((..((..........))..))).....)))))......))))....((((((((.(..((((.......))))..).)))))))).))))))))))))))))..)))....)))))........))))..))))))))).)).))..))))))))....))))))))))....................(((((((((((((((((((((((((......))))..)))))((((.((((........))))...))))....)))))).)))).....)))))).............(((.......)))))))))))....)))))))).............)))))))))...((((..(((((((.(..(((((.(((..(((((.........)))))))).)))))..)))))))).....))))..)))))))......((((((((((.....)))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))..)))).))))).)))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({(((,..((((.(((((.((((((..(((.(((((..((((((((..(((((((((((((.((.(.(,(({..{|,|..,((((.......))))||(((({...,)))))).|)}..}}},)).)).)))))))))),(((((.......))))).,..)))..))))},)))..))))).)))..)))).)).)).))).)))).,||...(((.(((((((((({..........,..(((((((.(({...}))..)))))))((....))..,,{(((..(((((((...((((,....((((((,,,((((((((({....{{....,,.((((((({{({(((,...{{,.....,,.|{{||||,,....}}}}}}}.||{.({{{,.,......|||,,,,..,,,,}}},,)))))))),,....},|..(((.(({.(((((((((((.....,..(((((,{(((((.,{......}}}))))}.))})),,{{|{,....{{{{.{{{{.....{{(((((((((.(..{{....(((((((((((,..(((,,({((.(({{((,,..,,||||||..}}))})))},}})))))))}...)}..)))))))))).}|(((((.((((.,.{{...}}...)))).)))))},.))))})))....})))}{(((((((((.,...((((.,..(((.((((((.(({......,,..,..{(((.(((({.,{{({,({((((.,...((((((((((.((...(((((,((((({{..|||||{.(.((((((({{((.,,.,.},}})},,}))),),))}.|||||,.,))))))....((..(((((........)))))..)).......(((({....})))},,{{{{{........(((((.....)))))..,.},,))..(((((.(({....,)).})))).)))))..)).))))))))))....,.....,},,.))))))}))})))))..))}))).)))))).)))..))))...,.)))))))))}))))))))))).})).)))..}....(((....)))....})).)))))))(({...,(((((......)))))..))){((((........))))}...,}},.))))))))))..)))))))...)))}.,......((((((((((.((((...{((((..((.(((((({({(((.....}|}||,{{{{{|{|||,.....}))))))))}}},,...,}))).}}})))}(((((((.........,,,,..(((((((((.{....,((((((.......,,,....,,.......|,,,{((((((({.{((((((((.........((,,((....))))}(((((.(((.(((.....)))))).)))))............}.))))))))},{,.(((((....)))))..{{((({,{({{{(((((({{...,((((((((((,.,.......,{(((((((((....,||||..|||,,...}}.,},|{(((((({..{{{{.{{{{{(({,,..{,((,....||....,||,{{(({{{,,,.,||{|{{({|,..|{{(((({...})}}}.}}|{{|{{{{{,,,....))))}...})))))))}((.((.(((....))).)).}},}}|||||{,,((((...))))......{{{{{{{{{,.,,{{.,(((((((((((.,(((({{(.,,.....,)}),})))}..)))))))))))|{{||||{{.......{(((,.(((((...((((((((........))))))))...)))))....||||,...,{}||||||}}.,,,,,,},,)}}))..}}})}))})))}}.}}}..)))).))))))))}})}}))))))))},}|))))))))))..|{||{{|}.,.}))))))))).,,,,}}|||}},|||||..},,}))))||||,}}}||}((((({((.,{{{....))))||{{.{,|,...},)}}},||{{{{{{||||||.,..,.,}}}}}.{((((((.{.............}.))))))){{.{(((....))))}|,,,{,,,...}}}}}.,,{(({{,.,,{{{{{{.,,...|||,...}}}((((((,,,{{{,......(((.....}}}....,}}}.}})).}})}}}||,...}),)))}}}.((((((((.((..,.((((((((,.((..........{(((.((.........)).)))}(((((.(((..((((...(((...((((((.,,..........,,)))))).)))....)))).))).))))).,((.{((((((((..(((((((........))).....((((({{{,,((({(....,((((((((((({(({,{.,.((((((((((((.(((((((({....})))}{.{(({{{{{.|,{.,,,,,,,{(({..(((((((..(((((.....}))))..))).)))),,||||,,|,...,,,...)))))))),)}..||,||,|{{{(((((((........,..}))))),,)}}}.},.,....(((((((((........)))))))))...{{....{{{.....}}}.})))))))))}......))))).}|}||,...,,,.,,|,....{{{(((((.|.,{{{{.......)))}..}.)))))))).))))))))))))})}}..))),,..)))))........))))..)))))))))})).)),.)))))))).,..)))))))))).........,..........,{,|||,||||||||,{{((({({(,.....}}},..}}}}},|},.,}}|||,,,,..||}|{{|...}))}.)},}}},)))).})))}}}}},.........,,..(((.......)))})}}}}}}..,,}))}}))},,.........,.))))))))).,.{{({..(((((((.{..(((((.((,,((((((.........)))))))).)))))..}))))))).....))))..}))))))......((((((((((.....)))))))))))))).)))))))))),)))))))))).)))..|}}}.}}}},...................,}}}..,,,,.
Back