Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_198252.3
Sequence Length
2595 nt
GC Content
0.5850
GGAACCAGCUGAGCGCAGCUGGACCCAGCAGCCGCUGUCUCCAGUGCCGCAGCAGCAGGUAGUGCUCAUAGCUCUCUUUGUCCAGUGCUUCGGCCUUGGUCCCAGCGCCUUCCCACGGAGCAGCACUCUUCACCCUGCACAGCCUUGUUAGCCCAACAGCAUGGUGGUGGAACACCCCGAGUUCCUCAAGGCAGGGAAGGAGCCUGGCCUGCAGAUCUGGCGUGUGGAGAAGUUCGAUCUGGUGCCCGUGCCCACCAACCUUUAUGGAGACUUCUUCACGGGCGACGCCUACGUCAUCCUGAAGACAGUGCAGCUGAGGAACGGAAAUCUGCAGUAUGACCUCCACUACUGGCUGGGCAAUGAGUGCAGCCAGGAUGAGAGCGGGGCGGCCGCCAUCUUUACCGUGCAGCUGGAUGACUACCUGAACGGCCGGGCCGUGCAGCACCGUGAGGUCCAGGGCUUCGAGUCGGCCACCUUCCUAGGCUACUUCAAGUCUGGCCUGAAGUACAAGAAAGGAGGUGUGGCAUCAGGAUUCAAGCACGUGGUACCCAACGAGGUGGUGGUGCAGAGACUCUUCCAGGUCAAAGGGCGGCGUGUGGUCCGUGCCACCGAGGUACCUGUGUCCUGGGAGAGCUUCAACAAUGGCGACUGCUUCAUCCUGGACCUGGGCAACAACAUCCACCAGUGGUGUGGUUCCAACAGCAAUCGGUAUGAAAGACUGAAGGCCACACAGGUGUCCAAGGGCAUCCGGGACAACGAGCGGAGUGGCCGGGCCCGAGUGCACGUGUCUGAGGAGGGCACUGAGCCCGAGGCGAUGCUCCAGGUGCUGGGCCCCAAGCCGGCUCUGCCUGCAGGUACCGAGGACACCGCCAAGGAGGAUGCGGCCAACCGCAAGCUGGCCAAGCUCUACAAGGUCUCCAAUGGUGCAGGGACCAUGUCCGUCUCCCUCGUGGCUGAUGAGAACCCCUUCGCCCAGGGGGCCCUGAAGUCAGAGGACUGCUUCAUCCUGGACCACGGCAAAGAUGGGAAAAUCUUUGUCUGGAAAGGCAAGCAGGCAAACACGGAGGAGAGGAAGGCUGCCCUCAAAACAGCCUCUGACUUCAUCACCAAGAUGGACUACCCCAAGCAGACUCAGGUCUCGGUCCUUCCUGAGGGCGGUGAGACCCCACUGUUCAAGCAGUUCUUCAAGAACUGGCGGGACCCAGACCAGACAGAUGGCCUGGGCUUGUCCUACCUUUCCAGCCAUAUCGCCAACGUGGAGCGGGUGCCCUUCGACGCCGCCACCCUGCACACCUCCACUGCCAUGGCCGCCCAGCACGGCAUGGAUGACGAUGGCACAGGCCAGAAACAGAUCUGGAGAAUCGAAGGUUCCAACAAGGUGCCCGUGGACCCUGCCACAUAUGGACAGUUCUAUGGAGGCGACAGCUACAUCAUUCUGUACAACUACCGCCAUGGUGGCCGCCAGGGGCAGAUAAUCUAUAACUGGCAGGGUGCCCAGUCUACCCAGGAUGAGGUCGCUGCAUCUGCCAUCCUGACUGCUCAGCUGGAUGAGGAGCUGGGAGGUACCCCUGUCCAGAGCCGUGUGGUCCAAGGCAAGGAGCCCGCCCACCUCAUGAGCCUGUUUGGUGGGAAGCCCAUGAUCAUCUACAAGGGCGGCACCUCCCGCGAGGGCGGGCAGACAGCCCCUGCCAGCACCCGCCUCUUCCAGGUCCGCGCCAACAGCGCUGGAGCCACCCGGGCUGUUGAGGUAUUGCCUAAGGCUGGUGCACUGAACUCCAACGAUGCCUUUGUUCUGAAAACCCCCUCAGCCGCCUACCUGUGGGUGGGUACAGGAGCCAGCGAGGCAGAGAAGACGGGGGCCCAGGAGCUGCUCAGGGUGCUGCGGGCCCAACCUGUGCAGGUGGCAGAAGGCAGCGAGCCAGAUGGCUUCUGGGAGGCCCUGGGCGGGAAGGCUGCCUACCGCACAUCCCCACGGCUGAAGGACAAGAAGAUGGAUGCCCAUCCUCCUCGCCUCUUUGCCUGCUCCAACAAGAUUGGACGUUUUGUGAUCGAAGAGGUUCCUGGUGAGCUCAUGCAGGAAGACCUGGCAACGGAUGACGUCAUGCUUCUGGACACCUGGGACCAGGUCUUUGUCUGGGUUGGAAAGGAUUCUCAAGAAGAAGAAAAGACAGAAGCCUUGACUUCUGCUAAGCGGUACAUCGAGACGGACCCAGCCAAUCGGGAUCGGCGGACGCCCAUCACCGUGGUGAAGCAAGGCUUUGAGCCUCCCUCCUUUGUGGGCUGGUUCCUUGGCUGGGAUGAUGAUUACUGGUCUGUGGACCCCUUGGACAGGGCCAUGGCUGAGCUGGCUGCCUGAGGAGGGGCAGGGCCCACCCAUGUCACCGGUCAGUGCCUUUUGGAACUGUCCUUCCCUCAAAGAGGCCUUAGAGCGAGCAGAGCAGCUCUGCUAUGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUUUCUUUUUUUUUUUUUUACAGUAUCCAAAAAUAGCCCUGCAAAAAUUCAGAGUCCUUGCAAAAUUGUCUAAAAUGUCAGUGUUUGGGAAAUUAAAUCCAAUAAAAACAUUUUGAAGUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1055.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1096.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..(((((((....)))))))..))...((.(((((...((((.((((.(((((((((.((.(((...))).)).)))))....)))).)))).))))...))))).))(((((.((((((((((......((((((((((((((((.(((....((((.((((((((.....((.((.((.(((..((((((((..((.....((((((((..((((((.((((((((((((.....(((((........))))).((.....)).)))))))))))).))((((....)))).((((..((((((((((.((..((..(((...(((((.....((((..(((((((((.((((...((.((.((((((((((((.(((((.((.(((((((((((..((((.(((.(((....))).))).)))).(((((......)).)))((.((((((.(((((.(((((.(((((((((((....(((((((.((...)).)))))))......)))))).))))).....))))))))).).))).)))))..)))))))))))...(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).)))))))))).))).......))..))))))))))))))..))).))..))...))))))))))))).))))......((..(((((.......)))))..))......((((((....))))))((......)).)))))....)))..))..))))))).))))).))))((((.....))))(((......)))))))))).))))).....))..))))))))..))).)))).)).)))))))).......(((((....))))).)))).....)))..)))))).))......)))))))).....((((((((..(((((.....)))))..(((((......)))))....((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))((((.((.(((.((((.(((((((((((((...))))))..)))))))((.((((((((((((((((...)))))))..(((.((((((((((.((.(((((((((((......((((((.(((((....((((((..((.(((((((((((((.....(((((((.......(((((((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...))))).....))))).(((((((..((((((....))).))).))))))).((((..((.((((......))))...))..)))).))))))).(((((....(((...)))....))))))))))))))........(((((((((((......))))..)))))))...)))).))))).)))...))))))))))).....)))))).))))).))((((.((.(((((((((.((((((((((.((((((((((((((((..((((.((........)).))))((((((((((((.(((((.(((((.......))))).(((((.((((.....((((..((..(((((((.((((......)))))))))))..))...)))).)))).)))))......((((..(..((((((.(((((....((((((((((........))).))).))))...)))))....)))))).....)..)))).(((((((((((.((.((.((((((..(((..((((....))))))).....))))).).)).)))))))))))))..)))))..))))).))).))))..((((..(((((...(((((.(((....((.(((((....))))).))....)))..........(((((.....)))))(((((((((((((..((((.((((..(.((((((.(.(.((((((((((....(.(((....))).)((((((....)))))))))))))))).)))))))).)..)))).))))............((.((((((......))))))))...)))).)).)))))))....)))))....)))))..))))...))))))).........))).))))))))))............)))))).))))))))).)).))))........)))))))).)).))))))))))))))..(((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).)))....)))))).))))))))).))).)).).))).))))))))))..................................(((((..(((...)))..)))))..((((.(......).))))...))))).................(((((....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((,,((,((((.{,{|}|||||{.,|{((....}|||..}|}}|}|{|||.,}|||{||}{(.(({...}||,||.{{{{{{..{{,{(((((((.(((.{((((.((({{((({.(((((.((,{(({((((((((((({({{{{(({.,...,.,}}|,.((((((((..(.(((((.{{{{{({.,({({((,......)))},)||(((({{(((((.((((((((((((,.,,.(((((........))))).{{....,}),)))))))))))).))((((....)))).((((.....({{{.,.}})})))).)||}..||}}}}}...,,.,|||,...(((((((.((.....)).))))))),,,}}},|))))).}.)))))}}}....((((.(((.(((....))}.))).})))..{|||{,|||||{{{(,({,((((({,(((((,{{(((.(((((((((((..,.(((((((.({...)).)))))))......)))))).)))))..,.,}}}}}}}}}.|.}|}.}}}..,}},|||||||||||.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).))))))))))}))}......{(({{{{,{{(((((((((..((((((.....{,{......)))(((((({,,,..((((..(({....}}..},)))..)))))))).((((((.(((((((((((...{,{((.((((.((((({((((.({...,,.)}.))))}{((((((({..,(((({,{(((.{(,,{,,.(((,(((((,(({..{{,(({.,,))),}}.,{{{{{{.(((,{((,,,..((((,.{{{(({{,.}},,,.|,|}}}}.,,))}}....||},||}..}}}}}}.(((.....((((((((.,((({{{{..,|}}}}..{{{{{,,,.,.)))))}...((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...}}}.,((((.....(((((({((((({...})))))..}))))))..,))))}...|(((((({...)))))))}}))).))}))))).,....}).))))))))))))))).))),....))))).))))...)))}...))))))))))).))))))...{((((((.{{{{{((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...))))).....,}}|((((.(((.{...(((((.(((((..((((.(((((((((....))}.......)))))).))))....)))))))))).}))).))))|,.....,,.....})))))))))))))).....))))))))))))||||||,||{|||||||||,{{{({{{|{{{{,||||{,}||(({{{{|.,{|||{|||||.{||,{,.|||,}..|||,.||.|||,,{{{|||,||||.||,|||.,||||||..((((.((........)).))))|{{,|||{||{{,,|||||||{||...}}}}|||}},(({((|(({{,,,,.{(((,,{(,,(((((((.((((......)))))))))))..}}..,||||.,}||,|||}}.{{{.,,,,,,,({{,,,,,}}|||(({,...,,,,,}|||,,{{{{,.},}.)))})))).}})},)))))}.))))),....},)}))))))}.))}}}.}}}}},))))))))))))))..,))))}))))))),))).,))}))|{|||....)))))))))))))).))))}|(({,,{{,,,}},.,,)).,.}}})}}.)))))))),))..{{.(((((....))))).)),,.(((((((((,.,(((((((.....})))).}}...}},..)))))))))(((({,({{{{,||,,||}||{((((((({..{(,.,{.,||,.},},,||||,},,))),},)))))))|||||.,|||||{,..,|||{,((.{{{{{{{{{{{{((|((((((......))))))}}.{|||||||{{.,|}|||,,(((((((({..(((((((((,,..{{||,{{{,.,.}))),,|,.(((((...))))).,|.,,.....))))))))))))))))))))..........,,|||||,,||}}},}|}}}||||||{((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).}))....)))))).)))))).}}.,}}.}}}.},.}}|}|}}}},}}}}}}}}}}}}}}}.,,)).))}).....)))))),)))}...,,,,,,)}}),,}|,..,,||||,{{{{{|{,,,{{||{{{|........)))}},,...||||}}}}.,}}}}.
Back