Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_198333.3
Sequence Length
3325 nt
GC Content
0.3814
AACAAAUGUGUCAGUUAUCAGCAGGAUCCAUGCCGCCAGAGUAAAGCUUUCUACCCUUUACUCCCUGCAAAGAAACAAGAGUGCUUAUCCCAGCUAAGCUCCAGGGAACCAUAAAUCCAUGGCUAACCUUGACAAAUACACUGAAACAUUCAAGAUGGGUAGCAACAGUACCAGCACUGCUGAGAUUUACUGUAAUGUCACUAAUGUGAAAUUUCAAUACUCCCUCUAUGCAACCACCUAUAUCCUCAUAUUCAUUCCUGGUCUUCUGGCUAACAGUGCAGCCUUGUGGGUUCUGUGCCGCUUCAUCAGCAAGAAAAAUAAAGCCAUCAUUUUCAUGAUCAACCUCUCUGUGGCUGACCUUGCUCAUGUAUUAUCUUUACCCCUCCGGAUUUACUAUUACAUCAGCCACCACUGGCCUUUCCAGAGAGCCCUUUGCCUGCUCUGCUUCUACCUGAAGUAUCUCAACAUGUAUGCCAGCAUUUGUUUCCUGACGUGCAUCAGUCUUCAAAGGUGCUUUUUUCUCCUCAAGCCCUUCAGGGCCAGAGACUGGAAGCGUAGGUACGAUGUGGGCAUCAGUGCUGCCAUCUGGAUCGUUGUGGGGACUGCCUGUUUGCCAUUUCCCAUCCUGAGAAGCACAGACUUAAACAACAACAAGUCCUGCUUUGCUGAUCUUGGAUACAAGCAAAUGAAUGCAGUUGCGUUGGUCGGGAUGAUUACAGUUGCUGAGCUUGCAGGAUUUGUGAUCCCAGUGAUCAUCAUCGCAUGGUGUACCUGGAAAACUACUAUAUCCUUGAGACAGCCACCAAUGGCUUUCCAAGGGAUCAGUGAGAGGCAGAAAGCACUGCGGAUGGUGUUCAUGUGUGCUGCAGUCUUCUUCAUCUGCUUCACUCCCUAUCAUAUUAACUUUAUUUUUUACACCAUGGUAAAGGAAACCAUCAUUAGCAGUUGUCCCGUUGUCCGAAUCGCACUGUAUUUCCACCCUUUUUGCCUGUGCCUUGCAAGUCUCUGCUGCCUUUUGGAUCCAAUUCUUUAUUACUUUAUGGCUUCAGAGUUUCGUGACCAACUAUCCCGCCAUGGCAGUUCUGUGACCCGCUCCCGCCUCAUGAGCAAGGAGAGUGGUUCAUCAAUGAUUGGCUAAAAUUAAGAUAUCUCUUUAAUUACGCCUUUGUUUACCUACGUUCCUUGUCUUUUUCCAAAGGCCAGAAUUGUCAACCAAUUUCUUUAAUUGAACAUUGUAAAAAACAGGAAUAAGUACUUUUGUGUAAUAUUCACAGUCAACAGGGGUGUGAUGGUGAAGGCAGAGUGUGAAAAACGUGAGAGAGGAAGAGAAAAUAGAUUUACCUGAUUCCUCUUUAAAAUUCAAGCCACUUUCUUAUUUAAGAAACCUAGAUCAAGUUUUUACAGAUGUAAAUAAAAGUUGAAUAGUUUACCUUAAAUUUUUUUCAAUAAGUAAGUUAUUGUUAAUAAUGCACAGUAAAUAUGUGAAUUUUUCCUAGAUGUAAAAAAAAAAAUCUUUCAUAUAAAGACCUUAAAUUCUGAGUGAGAGUAAAAAUGUCUAAUCUUUCUAACAGGUAAAUUUUUCUAACAGGCAAGACAGUGUGAAGAAUUGAAGCAAUAUGUGCAUAAAUUUCAGGACCACAAGCCUGUUAUUAAAGAAAAGGCAUGGAAAUUCAUUCAUUCCUUGAAAAUGUGUUGAGUGCCUAUUGUGUUCUUGGUUGUCACUUUGUUAGGUACUUUCUUUUUUUUUCAUAAGUUAUUGGGGUACAGGUGGUAUUUGGUUACAUGAGUAAGUUCUUUAGUGGUGAUUUGUGAGAUUUUGGUGCAGCCAUCACCCGAGCAGUAUACACUGCACCACAUUUGUAGUCUUCUAUCCCUCGCCCCCUUCCCACUCUUCCACACAUAACAUCUCAUCUUGCCCUCCUAAUAAACCUGUGGAAGUUGCCGAUACAAAUGAAUAAAUGGAACUUCAGAGAGGUUAAGCAAUUUGCCUCAGGAUCAACAGUGGUUAGCCAAAAUUGGUCCAGUAUAAUACACCAUAUAUGCUUAUGUUAUUCCCUUGCUUUUGUUGUUACAUUUAUUAGGUCUAUACUAAAUUAGCCUUCAAUGAUGAAGACAGACUAAAGCUAAGCCACAUGAGAUCAAGGCCAUUUCAACAUGGUUUGCCUGGAAUUCUCCAAAAAACCUGUGGGUUGUGGGUUUGGCAUGUCAAGCUUCAGACCACAAGGUCUUAAGUGGUAAAUAGAUGCGUUGUCCUAAUACUGUUCCAAGGUAGAGAAUCCUGAUGAUAAGGAGUAUAGGAAACUCAAAUAGUUCAUUAUUUCUAAAAAAUGUAUAUUUUAAGGCAUGAUACAAGUCCUACAAACCUCAUAAGUAGGUGAAAAAAAAAACCCUGUGGAGUGAUAAACAUUCUAUAAAACCUGGAAAUUUGUGUGGAGUUCGCCUAAGCUCACUUUUCCUAAAUAUAGCUAUAUAAUAUUGUAAACAAAUUUGUUUUUUAGAAACUUUUAAGAAGAUUUCUGUGAGCGUAAUUGACAAUAUCUGCAUUAGAAACAGAAAGUAUUAUCCAUCAUAAAUAUGAGAAAAGUGUGUGUCCUCUUUCUGACAAUCUUUUUAUCUUAUUUUUUUCAAACGUUGUGGUUGUUGUUUCAGCACCAUUUUAAAGAAUUUGAAUACAAACAAUCCCUCAGCUUAUCAGGUUGACAUUUAUGAAGCUGACCUCAUCACUCUUUAUCUUUUAUGUCUGCAGUAUAAAUAGCAUAGACAUUUGGUGUGAAGGGAGGAGAAAGGAAGUAGUAGUUCUGAGAAUAUUCAUUUGAACAGAGUGACUAUGGAAGAAUGAAUAGCAAAAAAAGGAGAAUUUUUUUAAAAAGAUCUCUCACUGGGAAAAGAAAAAGUUAUGCAUUUAUAAAGUAAUUAAACUGGUUUUCCUUGUACUUUAUUAAUCUGAAUCUAAUGGCACUUCCUUACGAGGGUUUUCAGAUGUGCUUGUAGUUAAUGGCAACAUUAUCAGAAUGACUACACAGACAGUCCUACUCUGAGGAGAUGACUUUGGAAGAAACCCAUUUGGAACUACACACCCUGCUAUGUCUGUGGAGAAAUGGAACUGCAAUCCUCAAGAGUCACACUUCAUAUUCCUUCCUUUCAAGUGGUUGAUAAAAGGUAGUGCUUCAAGCACAGGAUUUAUGGAAUAGUUGGCAAAUUAAACAACAUGCUUUUUAUUUUGACUACCAUUUAAGUGGAAUCUUUGAACUUUUUUUUUGACAUGUGAAUCUCUAAUGUGGUGAGAGAGAAAAACAUAAAAAUAUAAAAACAUUCAAGCAAUCGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-811.04 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -876.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 1115.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((...........((((..(((((..(.(((.((((.((((((((.((((((((.((....(((((...(((((((.......(((((....(((((((((((((......((((((...(((((.................)))))((.((((((.(((((((((((...)))).)...))))))....((((....))))........(((((...(((....(((((((.((((((.(((.........((((((..((((........))))..((((.((((.((((..((((((..............(((((((((.....((((.((((.((((........(((((((((((............((....))................((((....)))).((((((((((((((((((...(((.((((((.....)))))).......(((((((.(((.(......).))).))))))).)))...)))))).)))))......(((..((((....))))..))).)))))))...((((..((.(((((((.(((.(((((((((.((((.((((((((((.((.(.....).)).))))))....((..(((((((((((..........)))).)))...))))..))..((.((((.(((((.(((((((((.(((((((.((((((((((((((.(.(((......))).).))))))))((((.(..((((((...))))))..))))).....((((...((((((.((.(((((....))))).))))))))...))))....((.....))(((((.(((((((.......(((..((((..........))))..)))....................((((((((......))))))))...))))))).))))).))))))....))))..))))))))))))........))))).))))))(((((((.(((((..(((....(((......)))............)))..)))))))).)))).)))).)))).)..)))))))).))))).)))))))..))))))))))))))))))).)))).)))))))).)))))......((((....))))..((((((((((((((.((.(((((((((.((.(((((.(((.(..((((((((.....)))))).......))..).))).)))))))))))))..)))....((((.......)))))).)))))))))))))))))))))))).)).((.....))...(((((((((.((.............))..))))))))).......)).))))((((((....)))))).(((..((((.(((((((....)))...)))).)))).)))(((((.....(((.((..((((((.....))))))..)).))).....)))))((((((((........((((............)))))))))))))))))).........((((((((((....((((((..(((((.((((((((.((((((((..((.(......).))..))))))))...(((.....)))...................))))))))..)))))..))))))....))))..))))))..((((((......(((((((((..(((..(......).))).....))))))))).......)))))).....))).)))))).)))))))...)))......)))))........(((((.((...(((((....((((((((.....((.......)).....)))))))).....((((....))))..))))).....))))))).(((((((................................))))))))))))).)).......((((((((..((..(((((((((.((....)).))))).(((((((...(((....)))...)))))))((((........((((......)))).........))))))))..))..)))))))).(((((........((((((((((....)))))..........)))))........)))))..))))))......))))))).))))))...........(((((((((((((.(((.(((((((.(...((((.(((((....))))).)))).......).))))(((.(((((.((((.(((..(((........)))...))...).)))))))))))).......(((((....((((..((((((..........((.(((((((....(((((...........)))))...............(((((((((.....)))))))))......(((((..((.((..((.....))..)).))..)))))....((((....))))(((((((...(((...(((((..((((((((((...)))).)))))).)))))...))))))))))(((.........)))...)))))))))(((((((...(((((((((((..((((........))))............)))))))))))....)))))))(((((...))))).))))))..))))..))))).....))).))).))))))).))))))...........))))).......)))))))..))))).((((((((..........))..))))))..)).)))))))).))))).(((..((.((((((((((...(((((((((...((.........))...)))))))))..........((((((((((....)))))).))))..((((.......((((((((......((((((((........((....))...))))))))..(((((((......(((.((((.....))))))))))))))((.((((((((((.(((........)))...)))))))).))))..((((......)))).))))))))........)))).))))))))))))..)))))).)).)).))).)..))))).)))).....(((((((......((((.(((((...(((....((((((((((((((((((((((...)))))...............((((..........)))).)))))))))))..)))))).....))).)))))...)))).....))))))).((((...(((((...........)))))...))))............)))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,{(((,{{,{{,....(((({.,,,,,....,,,((((((((.........)))))))}|}}}}..,{,.,.,,((((({{,.,.,{{{{,..}}}|{{{(||.((((...,,,}}}|,,..|||||,.......,,|||...,}}||,(((((({{({,(((((((((((...)))).}...}))))}.,{.((((....)))).,},....,{{,,.,,,{{,,,,{{((({{.{{{{{{,,,,,,,,,...{((((,...||||},|||||{|||{,,||||||,|||||||||{{{|||,,,...........{({{(((((....,|{{{.{(((.((((,,,,,,,.{(((((((((({,.,,,,,.,,{{{,...}|,,,,,....,,,,,,.((({...,||||,((({{(((((((((((((...(((.((((((.....)))))).......(((((((.(((.{......}.))).))))))).)))...)))))).))))),.....{{{..((((....))))..))),|}||}||,{,((((..((.(((((((.(((.(((((((({.((((.(((({(((((.((,,.....),}).)))))}{{{.({{{(((({{(((((..........))))).)),,,)})}..)}..||,((((.(((((.(((((((({{(((((((.((((((((((((((.(.(((......))).).))))))))((((.(..((((({...})))))..}))))....,({((,..{(((((.((.(((((....))))).)))))))}||.||}|,(((((((((((.((((((((({,....,,,..,,.))))))),,,,,...)))))))).,,,..,,,,............{{,{{{{{....,|)))}})}}...,,,...,,}.}}},))))))....))))..)))))))))))}........))))).))))}}{{((,{{.(((((..(((....((,.......,.......,,....)))..))))),}}.)))}.)))).)))).}..)))))))).))))).))))))),,|||||}}}}}}})))))}),))}}.}}}}})))..|||}..,,{{((((....)))),}|||{{|||{{{{{{.||,||||||||,.||,||{,..,||}|}}|||{{{{{.....|||||,.....,,))..,.}||.,,,,.}}}}|||}..,||,.,,|{||,.....,}|||}}.}}}}})))))))))))))}}||}|{{(((|{|,....,{,(((((((((,{(..,......,|..}}..))))))))}.....,,...,}}}|||{{{,,{{||||||.{((..((((.(((((((....)))}..,})).)))).)))|||,,}}}},||,.{{..((((((.....))))))..}}.,|}.,|{,}}},.{{((((({,,......{{{{............}}}|})))))}}.{{{{,,....,{{{{{|{{|||||....{{{{|{..{(({{.{,{{||{{.{{{(((((,,((,(,,....}.}}.,}|}}}}}|...(({.....))).....,,,}},,....,..))))))))..,}}}}.,|||}||{{{....,.})))),)}}|(((((......(((((((((..(((..{......}.))).....))))))))).......)))))}...},},..)))))).))))))}...,|,,,|},}}}))}}}.,,...{((((,((,,,{((((....((((((((.....{{.......}}.....))))))))....,((((,..,||||..|||}}.....}}}}}}|{{((({,,.....{{,,{|.....||||{,.,,,......}}}|||{{{{{((,.,.............||||||,,}|,,|(((|,{,||,.|}|))}}}.(((((((...(((....)))...))))))),((({,.,,....,||}}}}}|||||{,...,.,,,(((({.((((((.((((,,,,(((.(((........))))))..,,,))))..))))}}).})))).,||{{|{|{{|||{{|{{,{{{{.,,..,|,|||||...((((....))))..}}}}}||||||,{|}||{|||||||||||,,||||,{({{{....))))),}}))|||||||,,,|||{||,{|||.,{{{{||||||{{{,..,{,.{|||{,{{{,,,,{{||{|||||{{||,...,{{{{.{{{{{{{.,...{{{{{{{{{,|||.,{{{,||{,,|,,,,(({{{,.,,,,,....}}}})|..............(((((((((.....)))))))))..,,,,}}},.,}}))}|}}|,,,,}},,..||,|,(((({{{{{..,{{,....}}},{((((((...(({...(((((..((((((((((...)))).)))))).))))).,.)))))))))}{{|,..,,,...|||{,,,|{||||||.,{,,{{,.{{((((((((,{..((((........))))..),}))}.}),)))}}}}||||,...,,({(({{((((...))))))))}......},.,})))}..,,..,,,.,..{((((({.,,||||,...,,,,.},))))))}.{{,.,|,|||||{{|}||..((((((({..,.....,.))..))))))..)).)))))))),}))},.{||,.||}|||,|||||,...(((((((((...((.{{...}}.))...))))))))).,.......(((((,(((((....))))))})))}.,}|||}}}}}..,|||{|||}}}}},.|,||||}},..}}}}||,}}}))},)))))))}},.|||||{{,,,...|||}||||},,,.)))))),}}}}|||{{,{{(((((((({((....)}}}.,||...,})))))}.,,,,},||.,.,}}}})|))}}})}|||}}}},},...||,,||)),,||||||{.,|,,....).,))))),}..))))},)))),...}}}|,}}}}}}}}}|||,,{,{{{,.,{||||,,|||,||||,,,||||,,{((({...))))),})},,},})),,,,((((..........)))).}))),))))))}}}}}}}||||..,,)})),.,.,{||||.,{{{{{,||,,,(({{...{{{{{.,|,,....}}))))}...))))....,...},,,}..)},},,.......
Back