Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_198572.3
Sequence Length
2170 nt
GC Content
0.6442
ACAUUCCAGGCCGAGGCAAGGCCUGUGUACAGGCCUGGUGGCAUGGAGAGCUGAGGGUGUUAGAGCAGAGAGGGCAAGGAAGAGGGCACAGCCUCUGACCUCACAAUACCCAGGGCCCACUGGGCCAGCCUUGCAGACUCUGCACCCUCCUUCAGCCCAGGCAAGGCCUGGGGCCCUGGGCAGCCUCCAGGUGCAGUGCCCUCCCGUGGGCCGCACCCUUGCCACUGCCCCAGGGCAUGUCUCUACUCACCAAUUAUGAAGGGCUUCGGCAUCAGAUAGAGAGGCUGGUGCGGGAAAAUGAGGAACUGAAGAAGUUGGUGCGGCUCAUUCGGGAGAAUCACGAGCUCAAGUCAGCGAUCAAGACUCAGGCAGGCGGGCUCGGCAUCAGCGGGUUCACGAGUGGGCUUGGUGAGGCAACAGCAGGCCUUUCCUCACGCCAGAACAAUGGUGUCUUCCUGCCCCCGUCCCCAGCAGUGGCAAACGAACGAGUCCUCGAAGAAGUGGGGAUCAUGGCCUUGGCACCCCUGGCCGAGAUGCUAACCAGCUUGCAGCCCAGCGCCACACCGGGCUCACUCAUGAGCCCCCUGACAGGCACCCUCAGCACGCUGCUGUCUGGCCCAGCACCCACGUCACAGAGCAGCCCCCUCACCAGCUUCCUGACCAGUCCCAUUGCGGGACCCCUAACAGGCACACUGGCCAGUUCCCUGGGCCUGCCCUCCACUGGCACCCUGACUCCCAGCAGCCUCGUGGCAGGCCCUGUGGCCAUGUCCCAGAGCAGCCCCCUGAUAGCCCCUGUGAUGGGCACGGUGGCUGUCUCUCUGAGCAGCCCCCUCCUCAGCUCCACUGCCACCCCACCAGGGGUCUCUCAGAACCUGCUGGCCAACCCCAUGAGCAACCUGGUCCUGCCAGAGGCCCCAAGGCUGCGGCUGGCUGAGCCACUCCGCGGAGGCCCCACUGGGCCCCAGUCCCCAGCUUGCGUGGUACCCACUGCCACCACCAAAGUCCCACUCUCCACUGAGCCCCCCCAGUCGACCCAGGACCCAGAGCCUCUCAGCAUGGCGUUUGCAGGAGCACCCCUCCAGACCUCCACCCCUAUCGGAGCCAUGGGCACACCUGCUCCCAAGACGGCCUUCUCCUUCAACACUUCGGACACACAGGCCCAGCCCAGUGCCGCCCAGGAACAAGUGGUCCCUGCAUCUGUCCCCACCUCCCCCACCACCUCCCCCACGGUCACCGUCCUUGCCUCUGCCCCCGCCCUUGCCCCCCAGGUUGCCACCAGCUACACACCCUCAAGCACCACCCACAUCGCCCAGGGUGCCCCCCAUCCCCCUUCCCGAAUGCAUAAUUCCCCAACCCAGAACCUGCCUGUCCCCCACUGUCCUCCACACAACGCCCACUCCCCACCUCGUACCUCAUCCUCCCCGGCUUCAGUCAAUGACUCUCGAGGUCCACGCACCACAGAACCGUCGACGAAGAGCAUGAUGGAGGUGGAACGGAAGCUGGCCCACCGCAAGACCAGCAAGUUCCCCGAGAACCCCCGAGAGUCGAAGCAGCUGGCCUGGGAGAGGCUGGUGGGUGAGAUUGCCUUCCAGCUGGACCGCAGGAUCCUGUCCAGCAUCUUCCCAGAGCGCGUACGGCUCUACGGCUUCACUGUCUCCAACAUCCCAGAGAAGAUCAUCCAGGCUUCCCUGAACCCCAGUGACCACAAGCUGGAUGAGAAGCUGUGCCAGAGGCUCACACAGCGCUAUGUGAGCGUCAUGAACAGGCUGCAGAGUCUGGGCUACAACGGGCGGGUGCACCCUGCGCUGACCGAGCAGCUGGUGAACGCUUAUGGCAUCCUGCGAGAGCGCCCGGAGCUGGCGGCGUCUGAGGGCGGCCCCUACACCGUGGACUUCCUGCAGCGUGUGGUGGUGGAGACCGUGCACCCCGGCAUGCUCGCCGACGCGCUGCUGCUGCUCUCCUGCCUCAGCCAGCUGGCGCACGAUGACGGCAAGCCCAUGUUCAUCUGGUGACGCUGGAGCUGGGAGGUCCAGGCUCGCUCAGCCCCACAGCCCUGUGCACGGCCAUUAAAGCUUCCCACAGACACUGGUCGCUGGGCCUGUGCCAGCGCUCCUGGGUGGUGCUGCCUCCUCUGGGGUGGCUCACCGGGCCCCGGCACCGUGCCCCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-884.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -921.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 515.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((.....(((((((....)))))))(((((((.(..((((((((((((.((((((((((...((((((.(((((......))))).................(((((...)))))..))))))...))))))............(((((((...)))))))(((((((((((......(((((.(.((((......)))))))))).......))).)))))))).....))))..)))).........(((((...((.((((((((.((((((((((.(((....(((((..(((((..(((((...)))))..)))))........(((((((..(((.((.............)).))))))))))((.((((.(((((((.((((((((((((((.(((....(((((.........((((((......))))))...)))))...(((..(((....)))...))).......(((((......)))))(((.(((((..((...))..))))).)))(((....)))..((......))))).)))))))))))))).))))))).))))...))..)))))....((((((.(.((((...........)))).).)))))).))).)))))))))))))....(((((.....)))))........((.(((.((((((.......(((((((((....((.(((...(((.....)))..)))..)))))))))))..))))))))).)).((((((((.((.(...((((.......)))).))).))))).)))))))))))))))....))))))))..))))))))......((((((((((((.(((.....((((......)).)).....))).)))..)))))))))...((((.((((.(.((((((((((((.((((((....(((((........)))))...((((((...)))).))(((((((...((((.....((.((((........)))).))....)))).(((((((.........))).))))(((((((.........(((((((.........(((((...((.....)).)))))......(((((..(((...........))).....)))))((((((((((.((((...(((((.(.(((...(((...((((.....((((.((((((((.(..(((((((..(((((((((((.((((((.(((.(((((.....(((.(((((..(((....((((....(((........((..((.((((((((.(((...(((.......((((.....)))).....((((((..((((((((......................((...(((((((((.....((((....((((.(((..((((...(((((((((.((....((..((((....((((((.(.....)..))))))..))))..))...(((((.(........).)))))..((((.....)))))).))))))))).....))))))).))))))))..)))))).)))...))......(((((((...((....)))))))))........(((((.......)))))((((((((....((((..........))))...((((((((.((((.(((.....))).)).....))))))))))))))))))..((((.(((((((........))))))).)).)).))))))...))..)))))).......))).))).)))))))).))))........)))))))...)))..))))).)))))))).)))...)).)).)).)))....)))))))).......)))))))..........).).))))))).))))..(((((.((.((((......))))....(((((((..((......))..))).)))).)).)))))..))))))).)))).)))))....)))).)))))).)))))))))))...(((.((.(((.(((((.((((((((...(((.......)))...))))).....))).).)))).))).)).)))))))))))))))))..))))))..)))))))))))).).)))).))))..)).)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
........(({{{.(({.(((((((....)))))))(((((((.(,.((((((((((((.((((((((,(((((,,(((.(((((......)))))..)}}.......,,,,{(({{{.,,)))}}..,,,{((((...))))}}}}}},,,...(((((((...)))))))(((((((((((.....,(((((.{.((((......))))})))))...}...)))))))))))).,}.}))))..))}}......,,.(((((...((.((((,{((.((((((((((.(((....(((((..(((((..(((((...)))))..)))))........(((((((..(((.((.............)).))))))))))((.((((.(((((((.((((((((((((((.(((....((((({........((((((......))))))...|,|||{.,.((,,{{,||.,.})}...,,...,.|||||||......)))))}|{.{((((,,((,..,,..))))),),,{{|....,))},||.|,...))))).)))))))))))))).))))))).))))...))..)))))....((((((.(.((((...........)))).).)))))).))).))))))))))))}....(((((.....)))))........((.(((.((((((.....,.(((((((({..,,,{.(((...(((.....)))..)))..)}))))))))).,))))))))).)},((((((((.{(,(...((((,......)))).,)).))))).)))))))))))))))..,}))))))))..))))))))......((((((((((((.((({{{{,(,,,....,.}}.)),....))).)))..)))))))))..,((((.(((({(.((((((((((((.((((((....(((((........))))).,{{.(((({,.,,,,,))|||||{|...{{,{.....{(.((((.,......)))).}|...,|||}.{{({(({.....,...|||{{{||,,(((((,...,|{|{{{,((((.........||||,..}|||....,,})))))..}}},||||,..{{{...........)))..{{{|||||((((((((((.(,....(((((,{({((,{{.(((((((((......{{{{.,,,,,(({,{,,((({{((,,((({{(((({{.{,(({,,,((,({(((....{(((.(((((..(((....((((....(((........,..,((.((((((((.(((...(((.......((((.....)))).....((((((..((((((((.......{({.......,....((...(((((((((.....((((.,{(({{(,((({.,,((...(((((((((.(({,,.,...{{{{....((((({.,.....,..}))))).{|}||,,|},..(((((.{........).)))))..||||},,..}}}}}).)))))))))..,.,)))))}}.))))))))..)))))).)))...))......(((((({.,,{{....)})))))))........{((((.......))))}((((((((.,{.((((..........)))),}.((((((({{((((.(((.....))).)}.....))))))))))))))))))..{,((.(((((((........))))))).)).,).)))))).,,))..)))))).......))).))).)))))))).)||}.....,..)))))))...)))..))))).))))})}).|||,,.}},||,||{||||...||||||||,..,...}}})))).......{{{{{|{|||||||,|}||..{({({.,,.{{||.,,,,,)))),}}}|||||{|||||}}}}.})),.}})}})))}))}))}.}|,)},))}},}}}}.}}}}},,,,))))})}}))).}}}))))))),..((((.,,.,||}}..}}}|..,,|||}}.|||}}}}...),)}}},,,,).}}))))..))))))))))))},,}.))))))))))))))..))))))..)))))))))))),),)))).)))).,},,)))......
Back