Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_198828.3
Sequence Length
1053 nt
GC Content
0.6705
ACAGUGGAGCGCAGAUCGCGGACCCGAGCGGGCAUGUCCCCGCGCGCGGGAGCCUCCGUUUGCGGCCGGGCCCGGGCGGCUGUGAACUUAGCAGCGGGCUCCUGCGGCCCCGUCACUGCCAUGUAGUCGCUGGCGGGGCUCCCUGCAGCCCGGGAGCGGCAGUGCCAGUGAGCCUGAGCCCAGGAGCCCGCGUCUUCCCCGGGAGGCGCUGAGUGCGCGCCGCGCCCCCGCCGCUCGGGAGGCACUUUGGGCCAGACAGGGAAAUGGGGGAGAAAGUUUCGGAGGCGCCAGAGCCGGUGCCCCGCGGCUGCAGUGGCCACGGCAGCCGGACUCCAGCCUCUGCGCUGGUCGCCGCGUCCUCUCCGGGUGCUUCCUCGGCCGAGUCCUCCUCGGGCUCAGAAACUCUGUCGGAGGAAGGGGAGCCCGGCGGCUUCUCCAGAGAGCAUCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGUUGGGAGGCACCCUGGGCGCCCGGGCGCCCGCCGCGUGGGCUCCGGCAAGCGUGCUGCUGGAGCGCGGAGUCCUUGCGCUGCCGCCGCCGCUUCCCGGAGGAGCUGUGCCGCCCGCGCCCCGGGGCAGCAGCGCGUCCCAGGAGGAGCAGGACGAGGAGCUUGACCACAUAUUAUCCCCUCCACCCAUGCCGUUUCGGAAAUGCAGCAACCCAGAUGUGGCUUCUGGCCCUGGAAAAUCACUGAAGUAUAAAAGACAGCUGAGUGAGGAUGGAAGACAGCUAAGGCGAGGGAGCCUGGGAGGAGCCCUGACUGGGAGGUACCUUCUUCCAAACCCGGUGGCGGGACAGGCCUGGCCGGCCUCUGCAGAGACGUCCAACCUCGUGCGCAUGCGCAGCCAGGCCCUGGGCCAGUCGGCGCCCUCGCUCACCGCCAGCCUGAAGGAGCUGAGUCUCCCCAGAAGAGGAAGUUUGAUAGAUUCCCAGAAGUGGAAUUGCUUGGUCAAACGCCCUGUGUGUCCAAAUGCUGGGAGAACAUCACCCCUUGGAUGAAUUGCCACCACAUUAAAUAAAACAUAUCCAAAGCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-494.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -512.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 236.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.(.((((.(((.....(((((.(((...(((((((((.(((((....))))).)))))..)))).((((((((.((((.((((((.(((((((((((.((((...((((((.(((...((((((..(.(((((......))))).).)))))).))).))))))....).))))))))))))))((((((((((((.((((..(.(((((...))))))..))))((.((((((.(((((((((((.((.(.((..(((((((((..(((..(((((((....((((((((...(((.((((.....)))).)))..))))).)))..))))))).)))(((((((.(((((((((((((((((((((((((.((((((.....)))))).....((((...))))...((.(.((.((((((((.(((....)))....))))))))..))).))))))..)))))))))))(((((((....)))))))..(((((((((((((.(((((.((.((.(.(((((((.....))))))).).)).))))))).)))))((.......))))))))))((.(((((.((...))))))).)).)))).)))))).))....)))))............)))).))))).)).).))))...........)))))).))).)))))))))))))....(((((..(((..........))).)))))....))))))).))))))(((((((.(((((((((((((((.....)))......)))))))))...(((....)))(((.(((((((..(((((((((..(..(((.(......).)))..)..))))..)))))))))))).)))))).))))))))))).))).)))))..((((......))))((......)).....((((...(((((((...((((...((..(((.....)))..))...))))....)))))))...)))))))))))).))).))))).))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((.({(({,.,,|||,.((((.(((((......)))))...)))).((((((....(((({,(((...(.(((((.(((.(((((((.(((((((((((.(((,...((((((.(((...((((((..(.(((((......))))).).)))))).))).))))))....).))))))))))))))((((((....))))))))))))).)))))))).)}))))))))...))))))..{,.((((((((..(((...{(((((({..{((..(((((((....((((((((...(((.((((.....)))).)))..))))).)))..))))))).}}|(((((((.(((((((((((((((((((((((((.,.,,((((({(.(({.,,{...,|||)}).))))}.|{,(.((.((((((((.(((....)))....))))))))..))).))))))..))))))))))){((((((....))))))}..(((((((((((((.(((((.((.((.(,(((((((.....})))))).),)).))))))).))))){(.......))))))))))((.(((((.((...))))))).)).)))).)))))).))....))))),.......}},}))}}.))),,{(((,.{{{{.......,,...||,}}..)))).)))))))).}}....(((((..,((..........))).))))){{.{({..,,||,||..((((((((.((({(((((({({(({,..,||||||...}}))))))}..{(((....)))},(,((((((((,(((.,.(((({{(,{{......,,)})})}..,))}}.)))})))),})}}}),)))))).)))))))),.}}}){{|{||...||.)))).}|||||||,,..,,||..{{{((((.{,((((({,...{|||,,,,{..{||}}}}},))},)).,.))))....)}))))}..,}))},}}}}}||,|},.}}})).))}}...............,,,...,,,,.
Back