Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_198929.5
Sequence Length
1963 nt
GC Content
0.3729
AGAGUAUGAGGAAGCCAGCACUAGUCAAGUGACUCUAAGAAGGGCCAUUUUCCCUUGUUGUCUUUGAAAAUACUUCAUUUUCUUAGCAUUUCAGGAGAUUAUAACAUCCUGUAUUUCAGUUUCUGAGAGCUUUACUGACUGAUUUCCCUAUUCAAAACAAUCCUCAUUUCCUACAUUUCUGAAGAUCUCAAGAUCUGGACUACUGUUGAAGAAAUUCCCAGUAAGGCUCACUUAUAUCUUUAGAGAUGGCAAAUAACUACAAGAAAAUUGUUCUACUGAAAGGAUUAGAGGUCAUCAAUGAUUAUCAUUUUAGAAUUGUUAAGUCCUUACUGAGUAACGAUUUAAAACUUAAUCCAAAAAUGAAAGAAGAGUAUGACAAAAUUCAGAUUGCUGACUUGAUGGAGGAAAAGUUCCCAGGUGAUGCCGGUUUGGGCAAACUAAUAGAAUUCUUCAAAGAAAUACCAACACUGGGAGACCUUGCUGAAACUCUUAAAAGAGAAAAGUUAAAAGUUGCAAAUAAAAUUGAAUCCAUUCCAGUCAAAGGAAUAAUCCCAUCUAAAAAGACGAAACAGAAAGAAGUGUAUCCUGCUACACCUGCAUGCACCCCAAGCAACCGUCUCACAGCUAAAGGAGCAGAGGAGACUCUUGGACCUCAGAAAAGAAAAAAACCAUCUGAAGAAGAGACUGGAACCAAAAGGAGUAAGAUGUCCAAAGAGCAGACUCGGCCUUCCUGCUCUGCAGGAGCCAGCACGUCCACAGCCAUGGGCCGUUCCCCACCUCCCCAGACCUCAUCAUCAGCUCCACCCAACACUUCCUCAACUGAGAGCCUAAAACCAUUGGCCAACCGUCACGCAACUGCCAGUAAAAAUAUUUUCCGAGAAGACCCAAUAAUCGCGAUGGUACUAAAUGCAACAAAAGUAUUUAAAUAUGAAUCCUCAGAAAAUGAGCAAAGAAGAAUGUUUCAUGCUACAGUGGCUACGCAGACACAGUUCUUUCAUGUGAAGGUUUUAAACAUCAACUUGAAGAGGAAAUUCAUUAAAAAGAGAAUCAUCAUUAUAUCAAAUUAUUCCAAACGUAAUAGUCUCCUAGAGGUGAAUGAAGCCUCUUCUGUAUCUGAAGCUGGUCCUGACCAAACGUUUGAGGUUCCAAAGGACAUCAUCAGAAGAGCAAAGAAAAUUCCGAAGAUCAAUAUUCUUCACAAACAAACUUCAGGAUAUAUUGUAUAUGGAUUAUUUAUGCUACAUACGAAAAUUGUAAAUAGGAAGACGACAAUCUAUGAAAUUCAGGAUAAAACAGGAAGUAUGGCUGUAGUAGGAAAAGGAGAAUGCCACAAUAUCCCCUGUGAAAAAGGAGAUAAGCUUCGACUCUUCUGCUUUCGACUGAGAAAGAGGGAAAAUAUGUCAAAACUGAUGUCAGAAAUGCAUAGUUUCAUCCAGAUACAGAAAAAUACAAACCAGAGAAGCCAUGACUCCAGGAGCAUGGCACUACCCCAGGAACAGAGUCAGCAUCCAAAACCUUCAGAGGCCAGCACAACCCUACCUGAAAGCCAUCUCAAGACUCCUCAGAUGCCACCAACAACCCCAUCCAGCAGUUCCUUCACCAAGGUCACCAAGGACAAGGAUAUCAAAUAACUACUGUUCAAUCUUUACUCAAGUGUGGAAAUUUUGCCUGAAGUCCUCCACCUAAAAACCUGAUGCCAUUGGUAAUGAUGUUUAUGAAGAUAAGAUCAAAGCACAGAAAAUAAUAUAUGUAUAUAUAUCUGGUUGAAAUACUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUACCAGCUAUUAAUUCUAGGAAAUGGAGUAUUAAGGGUGCAUUUUAUUUCAUUAGUUUUACUUUUAUGCAUUUUCUUCAUAUCAUAUUUUGCAUUCAGAAUUUUCAUAAUUUGAAAAAAAAUAAACUUUUUUUUCUUAAAGAGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-429.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -469.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 542.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((...(((.(((..((((((..((((((((.........((((((............((((((((((((((((((.....((((((((((.((..........((((...))))(((((((((((...((((((....(((((.....(((...................(((((....))))))))......)))))))))))..)))))))))))...............((((((...(((((.((((((.....))))..))...)).)))...)))))).((((((.((.((((((((((......(((((..(((((.....((((((((((..((.....(((((((((.(((((((....((((...(((((.(.((....(((((..........(((((((..((((((((.............((((....))))............(((.(.((((((....((((....))))..........((((........)))).......((((((((...(((....)))(.(((....))).)............(((((...(((.......)))))))).(((((.....(((((...(((.....)))....))))).)))))...(((((..............)))))......))))))))((....)))))))).).)))...(((....)))(((..((((((...))))))))).....(((((......))))).............)))))))).)))))))..................(((....))).(((..........)))..((((((.(((....))...........(((((...)))))..........).))))))..(((((((.......)))))))........)))))...)).).)))))....))))...)))))))...(((....)))........)))))))))..)))))))))))).....)))))..))))))))))..))))).)).)))))).......................)).))))))))))((((((.......))))))((((((((((......(((((((((..........))))....))))).....(((((((((.(((....(((((((((.......)))))(((..((.(((((..(.(((.(((..((((((((.((..(.(((..(((((...)))))..))).)....)).)))))))).....))).)))...)..))))).))..)))....))))..((......))....((((.(((.......))).))))..))).).))))))))(((((......)))))...((((.((((.((...(((....)))...)))))).))))...))))))))))........(((((((...((((((.(((...)))))))))..........(((((((((..(((((......(((.(((((((((...........)))...))).))).)))........))))).......................(((((..((..((...))..))..))))).........))).))))))............((.(((((.(((((....)))))..)))))))......(((.(((..(((((....((.((....)).))...))))).))))))......(((((....))))).))))))).......((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))...))))........)))))))))))))))))))).........)))).))))..))))))))))))..)))))))))))..((((((...((((((..........))))))..)))))).(((((((......))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.{((((((((((...(((.{{{..{(({((,.{((({(((,,.......|||||,,,,.,,,,...,((((((((((((((,,((((({.(((((..,,,.,,...,}},...((((...}))}(((((((((((...((((((....(((((.....(((.,..............,},(((((....))))))))......)))))))))))..))))))))))).......{{{{..((((((((........,,,{.....}}}|{{{.{{|,..{{{{{,|,,((({,...{|||,.{{{((((.(,{(((((({{((.{({{.,,}))).)))))}},,,,}}}},}.,,,}}}},,..,.{||}||}}...,}}}.{,,(((((((((,.{(({(({...,||,,..(((((((..((((((((.............{(((....}))}....,.....||(({{{,{{((((....((((....})))....,,.....{{{.|,.......}},......{(((((((...(((....))),.(((....})}.,............(((((,..{((.......)))))))).(((((.....(((((.,.(((.....))).,..))))).)))))...(((((...,..........))))).,....)))))))},,....|||}},,}.,.)))...(((....)))(((..((((((...))))))))).|,,,(((({......})))}.}},.,,,,....)))))))).))))))).,||,,.........,||{{{...,|||.({(........,,|||..{{((({.{{,....}},}}}......,{{{{{.,,|,,,,........,}).))))))..(((((((.......)))))))....,,,.,,||||,....}|||{{..{(({,,|,|}}}.}||}.,.{{{.,..,}}}},,}}..}))}||||}||||.}}}}}},..,.}}.,},))},))))}.,|||,|,.....||,|,,..},..........,,{{{,......},}))}})}|||,,(((((.......)))))|((((((((((....,,((((({{{{.......,..})}},...}))))..,..(((((((((.{{(....{((((((((.......)))))(((..((.(((((..{.{{(,(((..((((((((.,{,.{.(((..(((({...}))))..))).}.,,.,,.)))))))).....))}.)))...)..))))).))..)))....}}},..({......}}....{(((.(((.......))).)))}..))).).))))))))(((((......))))).,,((({.((((,{{...(((....)))...}))))).})))..,)))))))))).............,,,..((((((.(((...)))))))))........,}||,,,}))))))))||......,(({(((((..........}},..)))},.))))))))}))}}}}}}.}))))).................{{{{{{(((((..((..((...))..))..))))).........,,.}))))}.............((.(((((.{((((....})))}..)))))))......{{|.{{{..{{|||..{{{(,(({,{.,,.))},.)))),.}}}}}}......{((((({{{{||||||,|{({,.....}}||{||||||||||||||||((({{{{|||||},}}))))))))))))}...},,,.......,)))))))))))))))))))),,,,,....}}}}.})))..)))))},}))))..))))))))))),.{(((((...{(({{{,{{.....,,})))))..}}}}}}.(((((((......))))))).
Back