Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_198990.6
Sequence Length
4839 nt
GC Content
0.3815
ACACUGCUGAGCCUGGGGUGGUUUGGAAUUCUUCGGCGAAGUGGAGCGGGCUGAGAGUGGGUUUCCCGUCCCCGAGCCCUCCCUCAUCUCGGAGAUGCCGCACUUGUGAGCGACAGGGCUUCAUUUGAAUUUUCGCACCUCGCGAGUUGCGGAGCCUGCAUCUCUGAAGCUGCCUCGGUGAAGAGCCACAGCAUUAUUUUUUUUCUCUUUGGGAGAGUAGCUGUCUGGGAUUUGAGAUCCUAUCUUCCCUGCAAAUUACCAGGUUGCAUCUUCACUGAUAGGAAUACAUUUCUUCACCAAAGGACAUGGAUGAAAAUGAAAGCAACCAGUCUCUGAUGACAAGCAGCCAAUAUCCUAAAGAAGCAGUAAGAAAACGUCAAAAUUCAGCACGGAAUUCCGGAGCAAGUGAUUCUUCUAGGUUUUCUAGGAAAAGCUUCAAACUGGAUUAUAGACUAGAAGAAGAUGUAACUAAAUCCAAGAAAGGAAAAGAUGGGAGAUUUGUGAAUCCGUGGCCAACAUGGAAAAACCCCUCUAUUCCAAAUGUUCUCAGAUGGCUGAUAAUGGAGAAAGAUCACAGCAGUGUUCCAAGUUCUAAAGAGGAACUAGACAAAGAACUCCCAGUGCUUAAGCCAUAUUUUAUCACUAACCCUGAAGAAGCUGGAGUGAGGGAAGCUGGCUUAAGAGUCACAUGGCUGGGACAUGCCACGGUAAUGGUGGAAAUGGAUGAGCUCAUAUUUCUCACGGAUCCCAUCUUUAGCUCUCGUGCUUCACCAUCGCAGUACAUGGGUCCAAAGCGAUUUCGUCGUUCCCCGUGCACAAUAAGUGAACUCCCUCCAAUAGAUGCGGUCCUUAUCAGUCACAACCACUAUGACCAUCUGGACUACAAUUCUGUCAUUGCUUUGAAUGAGCGAUUUGGUAAUGAGUUGAGAUGGUUUGUGCCUUUGGGUCUCCUUGACUGGAUGCAAAAAUGUGGCUGUGAGAAUGUGAUUGAGUUGGACUGGUGGGAGGAGAAUUGUGUCCCCGGACAUGAUAAGGUCACUUUUGUCUUUACACCUUCCCAGCACUGGUGUAAAAGGACUCUAAUGGAUGACAACAAGGUGCUAUGGGGCAGCUGGUCUGUCUUGGGGCCUUGGAAUCGAUUUUUUUUCGCAGGAGAUACUGGUUAUUGCCCUGCUUUUGAAGAGAUAGGAAAAAGAUUUGGACCUUUUGACCUUGCAGCUAUUCCCAUCGGAGCUUAUGAACCGAGGUGGUUUAUGAAAUACCAGCAUGUAGACCCAGAAGAAGCUGUAAGGAUUCACACUGAUGUCCAAACAAAGAAAUCUAUGGCAAUUCACUGGGGAACUUUUGCCUUAGCAAAUGAGCAUUACUUAGAGCCUCCAGUGAAGCUGAAUGAAGCUCUAGAGAGAUACGGACUUAACGCUGAAGAUUUUUUUGUCUUGAAGCAUGGAGAAUCAAGAUACCUAAAUAAUGAUGAUGAAAACUUUUAAUAAAUAAUUUCCUGAGGUGAAAAACCGAUAUUGAAGAUUCAUUUUUCUUUUUUCCAUUCUUCAGGACCUUCGGCAAGGUGAGUCAAGGCUCUCUACCUACCUAGAUGUUUUUCAGAGGCCUACAAAUACAAGUAUCUUUCUUAUAUGCACAUUCUAAUAAAUGAUGAAAUUCAGUCCAACAUGCUUAUUAUAAACAUAGCAAUUCUUGCUCUAUCAAAUUAGCUUAUAUGCCAAAUAUUAAAUAUGGUUUAUUUAGGUAAGCAUAAAAACAUAGGGGCUAUCAUUUUUAAAGACUUGAUUUUCUCUAUUGUGGUAAAAUAUAUAAAUACAUAUUUGCCAUUUUAAACAUUUACCAUUUUAACCAUUUUUAAGUGUACAGUUCUUUCGCAUUAAUGCACCCAUGACCACCAUUCACUUAAAUUUUUAAAAGAACAGUAUAUUCUUUUUUUCCUAGAGCCUUCAGAUGAGAGGGAACAGUAUAUUCUAUUGCACGUCUACAAUUCCCAAAAGACCUCUUACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGUGGGUCACUUGAACCCAGGAGUUUGACAUCAACCUGGGCAACAUGGUGACCUCCCGUCUCUCUCGGAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAGCCGGGUGAGGUGGUGUGUACCUGUAGUCACAGGUACUUGGGAGGCUGAGGUGGGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAGAUAGAGGCUGCAGUGAGCUGUGAUCGUACCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAAAAUGAGACCCUGUCUCAAAAGAAAGCCCUCUCCUUAGCUGAGCAGAGGAAGGGAAGGAGUGUGGCUAUGAGAAUAUGAUUUAUGCCAUUUUCUGUUUUUAAAUCUAGAAGAUCUUCUAAGCACAAAUACAGCUACAAUGAAAUAUUUUACAGACAAAAUGUUAAUAGACCAUAUUCUUUGAAUUAAAUUUGUUUUUAAUUUUCUCUACACAUUUUUUUUUUCCUGGAGUCUCUUAGCUCUAAAUAUAUCAAUCAGAUUUAUAAUUUUUUUUACCUGAUUCAGAUGUCUUACAUUUUUAUAUUAAAUGAACCUUAAGCAUGAUUCUUUUGGUAAGCCAGUAUGAAUGCCAGUGGUUGGGGGGCGGGGGGGGAGUCAGUUGACAUAAGAUUUAGUCCUAAUAAGGACUCUGUAUUCACUUGAUUAUUCUGACCCUUCCUAAGGGAGGGAGGUGGAUUAGAUACCACUGGAGGCCCAUUCUGUAUUCCUAAUCCAGUCUCAGCACUUUAUUCAUACAAAAUAAUCAAAAUAGGUUUUCUACACCAAAUGCUACCCAGGCAGUGCUCUAUAAUUUAUUUGCACACCUGUAUGUGUGGUGCCACGUUAGCCACUAAAUCUGAACUUUUACCCUGCUUUCAUCAUGGAUUUUUUUGUGUAACCUGAAACAAGUCACCAGUGCUCACUGUGCCUGUUUCCUCAUUUGCAACAAGAGGAUAAUUCCGACCUACCUCUGAAAAAUGUGUAGAUUAAAUGAGUUUUUAAAGCACUUUAGAAAAUAUAAGGGAGAAAAUGAUUUCUUAAGAUAUCACUGCCUAAUAUAGACAGGUAUAUUUGAAAGCUAAAUACAGGUUAAUGCUUUUGAUAAUGUAUUGUUCCUGUUGCAAAUUUAAGCAUUAUAUAUUAGGAGACUAAACAUUGAAAACUUUCACUGAUUUUUAAAUUGGAGUAAUAGCCUAAAUAAGUGUAAAUAAUCUUUAUCAAAAUUUAGUGUUUAUCUACAAAGAUGCGAAUCAGUCAAGGGGAAAUGUGUAUGCAAUGUGUGUGUAUAUGAUGUAUGCGAACAUAUGUGAUUUUGGGGUACUAAAGCACAAAAAAAUCCCCCAUAAAAUAAACCUUCCUGAAAAGACUGAUCAUAAACUUUUUCACUCCAAGCAGAUGUGAAUCAAGAUGUUAGGUUUAUGGUGAGUUAGCUUUGAGGUGUGUUGCCCUAAUACUAGCCAGCGUUGUUGUAGCCAUAUUCCCUGCUGCUGCACGCCGAAUUGAAAAUCCAUCUCUUACCUCUUCUCUAUGAAGCAAGCCAGGUAUGUCUUGCUUAAGUAUUUCUUCUCCAUGAAUGGCCUUAACAUUAUUUUGUAUUCACGUGUACUGUUUAACUGAGGGUCUCAAAGCACUUUAAACUGUUGUGUUCUAUUUCCACUCGUCUGGCCUGCCUCAUUUUUCUAGGCCCUUUUGUAAGCUGUAAUUUUUUAUUACCACUCAUGUUCUUUCUACACUGACACUAUUCAUUAAGAACAUCAAGCUUCAUCUCUGCUUACAGAAUCUCACCUUAUUGAGUGGGUUCCACUUUAUUUUUCAUUUGUUAUCUACAUUUUGAAGGGUUUAUGUGCAAAGUGAAAACAAAUUUUGAAAAAUAAGACAAAUCCAUUCUCUUCUUCAAUUCAGUCUAAUAUGCAUUGUAGUGUCUUUUAAUCAGUCUUAUCCUCUAAGUCAACUUCAUUUUCCUCUUCGUGAAUACCCAUAGCAAUAUGUAAGAUUUUAUUGAAGUUUCCUGUGAUAACUGAGGAAUACUUUGCUAUGCCUCACUGCCCAAUAGGGUGGGUCAUCAAUUAGGAGAAAUCCCAAAUUAUAAAAGCCAACAUAUGCCGUGACCUACGUAGGAAAAGAUGUAUUUGUGCAUCUUCUUUCUGGGUAGUUAAAAAUUACUCCCUCUUUUCUCUAGCAUUUUGACAUUUCAGACUCAAUGCUCUGAUCUCUAGGGAGUGUGAUUAUUCAAACUAAUGAGAGGACAAGAAGACACAGUUUUAGAAUCUACUGCUGCUAAAGCACAUUAAAAACAAAUCCUGGUUUUUAAUGUAUGCAUAGUUUCAUAUUUAAUGAAUAUGCUUUCAUUAAAUAGGGAGGUAGAUUUGAAAAAACCGUUAUAAAGAAAUGUGCCUUUUGGGGAAUGAAUACUUUUGUUCAUGUCUAGCCCACUGGGAAUUUUGUUUUCACCUUAUACUGAGUCCUUUUUCUAAUGUAAAAAUAUUUCUUCCAAGUUUGAUUUCUGUAUCAGGGUAACAUUGAGAACACACAUAUUUCUGUUUGAGGAUUUGUGACUUCCUAUGGAAACAGUCUUGCAUCUAUGUAUUUACAAAUGAAAUUUAAAGUAUUCUUAAAGCUUUGCCUUAAAUACUGCUUGCAUACUGAUUUACUUAAUGCUAAGCAUGGCAGGGGUUAUAAAUUUAAAUACUAUAAGACCUGGCUGAAUCCCAGAUGUAUCAAUAAAUUGUUAUAGUAGCUUAUGGAAAAUGCUAUUAAAGAUAAAUUUUCAUACAUUGUAUUUUUAGUCAAGUAAAAUAUGGAUGAAAAUUAAUAAAGUACUGUCAAGGGAAAAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1300.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1391.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 1322.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((..(((.(((((........)))))..)))..)))))...(((((..(.(((((...)))).).)..)))))(((((....(((((((((((((((((((((((((.((..(.......)..)).))))...))))))).))))......)))))))))).(((((...(((((((.((...(((.............(((((((((.....(((((.((..(((.(((((((((((.....(((((.........)))))........))))))....(((((..((((((.......))).))))))))..........))))).)))..)).))))).....)))))))))............(((((........((.(((....)))..))......(((((((((((..(((((.............)))))..))...)))))))))))))).......(((......)))((((((((((..(((((((.((((((.....)))))).....(((((.((((((....(((((((.(((.(((((((((...(((..(((....(.(((((.((((((.....)))))).).....)))).)...))))))...))))....))))))))...))).))))..)))))))))))....(((((....))))).((((((.(..(((.((((.......))))..)))..).))).))).....))))))))))))))))).)))...)).)))))))...))))).((((((.....((((((...)))))).))))))(((.....)))...........(((((((((((((.....((((((((.......((((((((.((((.((...(((..(((((((.....))))))).)))...)))))).))))))))..(((..((.((((.....)))).)).)))......(((((..(((.(((.((((((((((((((((..((((((((...(((((....)))))((((((((.......(((((((((((...........)))))))..))))...((((((..(((((((((((((.((((((....(((((......))))).((((...((..(.(((..((((((.(((((((((.......((((((...(((((.(((...((((..((((..((((((((((((((((.(((((.((((..(....)..)))))).(((((((.............)))))))..)))..))))))))))(((((.((((.(..(((((...((((......(((..((((((((((..((((.......((......)).......)))).)))))))))))))(((((..((...((((((((((.((((((..(((((((........(((((((((.((((((((..((((...............((((((...((((((((.............(((.....)))..)))))))).))))))..)))))))))))).))))))))))))))))....)))))).((((.((((....((......)).....))))))))..........)))))))))).....)).))))).......(((......)))......((((((((..........(((((...)))))...........((......))..............(((((((((((((((((((......(((((((..((((............))))..))))))).((((((((.(((........))))))))))).....(((((((................)))))))...........(((....))).((((..((((((..((((((...(((((...((((.......))))((((((((.((((.....(((((.((((..((.(((........)))..............(((..(((((((((((((((....)))))))))).)))))..)))..((((((...(((....))))))))).......))..)))).))))))))).)))))))).............)))))...))))))))))))..((((((((....)))))))).)))).((((.((((((.....)))))).)))).((((((...((((((.((((....(((.......)))..)))).))))))((((.......((((((...)))))).......))))))))))...(((((((((((((((((((((((((((....(((((((((.(((((..((((((((((.........(((((....)))))(((.........)))...............)))))..)))))...))))).))))))))).((((((((......))))))))...)))))).)))))))))))))(((((......)))))..(((.(((.....))).)))............))).)))))))).))))).........))))))))))).)))))))).)))))))))..)..)))).)))))((.((((.(((((((((((((..((((((((.(((....(((....(((((....))))))))....))).(((((((((.((..((((((...))))))((((((((((((((((...(((....)))....))))..)))))))).))))...............)).)))))))))....((((..(..(((((...((....((((..((((..............)))).))))...)).)))))....)..)))).......))).)))))..)))))))........((((((((((((((.((((.(((...(((((.(((..(((.(((((((((((.((((((((........(((....)))...(((((..........).))))..))))))))((((((((....))))))))((((.(((.((....((((.((....)).)))))).))).)))))))))))))))..)))..)))....(((((.((((((..........))))))..)))))(((........))).......((((....))))(((((.....((((.((((((((.....(((.((....(((((((((....(((((.....)))))....)))))).)))...)).)))......)))))))).))))...))))).......((((((.(((((((...))))))).)))))))))))))).))))......))))))))))))))...........(((...(((.(((.((((.(((((((((((.(((((((......)).)))))..........))))))))))).))))...))).)))...))).)))))))))).))..((((.((.(((((..........))))).))))))....)))))).))))..)))).)))..)))))..))))))))))).)))).))))))..))).)..))...)))).......(((((...(((....((((......))))....))).))))))))))).))))))).....))))))..))))))...........((((((...........)))))).((((((((((.(((((.....))))).....((((((((.....................))))))))..............))))))))))....))))))))(((((((((....(((((((((((((((((.....(((((((.(.(.....).).)))))))..))))))...)))))))))))...)))))))))))))))))...))))))))))..((((....)))).......)))))).))).)))..))))).((((.((.(((((((..((((((..(((.(((.(((((....((((((.((..(((((((((((.(((((((.(((......))).)))))((((((....)))))))).))))..)))))))..)).......))))))....)))))))).)))..((((.((((((((((((((....)))))))).)))))).))))........((((((((....((...((((((((((....)))))....)))))..)).....))))))))....)))))).......))))))).)))))).....(((((.((((((((((((.....)))(((((((((((........))))))))))).........(((.(((((((((((......))))))))))).))))))))))))...)))))(.(((...((((((((((((..((((..(((((((....)))))))......))))..))).....((((((((((((((((.((((((((.....(((((....)))))......)))...)))))..)))).)))))......)))))))..)))))))))...))).)..))))))))......))).......))))))))))(((((((.....((..(((((.......)))))..)).....)))))))(((((((((.............)))).)))))((((((...((((.(((((..((.(((((..((.((((((((.....(((((((.((....(((((.(((((((...........)))))))..)))))...)).))))))).....)))))))).))....)))))))..))))).))))....))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((({(((......))}}(((..{((((((.(({,(.(,((((((((..(.(((((...)))}.}.}..))))).........(((((((((((((((((((((((((.{({..,{{....)},}},)))}..,))))))),}))),.....}))))))))).))),)}))).))))))}))}))))}.,,{{((((((((((((((((...,.(((((,(({{(((,({{{{{{{{{{...,,(({{,.......||||||}........)))}}}|...{{{{|,{((((((.......))).)))},,}}...,}}.,}.|||},.,|||.)|.))))).....)))))))}{(((..((((((.((...,{{.((({((.(((....)))..))......,(((((((({{..(((((.............)))))..,,...))))))))|((((({{{{...((({.{...((((.(((.(((.,.{{{{{...((((((.....))))))...,)))}))).))))...,((((((((.{({{{{{{,.((((({.{({.(((,,{{||{{||,.((((((.....)))))).|{{,,,{...((((((({(((((((((..((({.(((((...{({.....}}..}}))))).})))..))))))))).,.,....{|||||||((({{{((.{,.,{{||||{.|||(,.(({{{,,,...,,,,,,|||,,.,||}},.})))}}}||,|||}}|},|.|||||,((((((,,,.,(({(((...||||||.|}}|}|(((,,,..}|}..{((((,((........{(((((...(((((((((.{(((...((((((((.((((.((.,.(({..(((((((.....))))))).})).,.)))))).))))))))..{((,,((.{(((,....}}}},)).))}.,...}}))}.}}}.}..)))))))))...))))))}.}))))|,|,|||||||{,..|)}|))}}}.|||||,}}},.{{{((((((((...........))))))}},}))),..,,,||{|{{{,,({(({(,((,..{||||{,,.,,}))))}}}),)))}}}{{,.,{|,,,.,||,,((((((,(((((((({.......((((((,{,(((({,(((...((((.,(((({.{{,(({((((((((((.(((((.((((..(....)..)))))).(((((((,............)))))))..)))..)))))))))),{|||.{{{|.,}}||||,..,{(,,..,..,(((..{(((((((((..({(((((.,,.}},,.,}||},......)),},)})))))))}|||(((({..((...((((((((((.((((((.,(((((((........(((((((((.((((((((..((((...............((((((...((((((((.......,.....(((.....)))..)))))))).))))))..)))))))))))).))))))))))))))))....)))))).((((.((((....,{......}}.....))))))))..........)))))))))).....)).}}}}}.......{{{,,....})},},...{{(((({{..........((((,...})))).........,,|{.....,)).,....{{{{{.{(((((.{..,.((((({..,......(((((((..((((..{,....,}..))))..))))))).|((((((({(((........))))))))))}........}))))),..,.}))))).}})}|{{{|,,.({{{{{{.(({....,)).{{{{..{{{{{{..{{{{({...{{{{{.,|||||,.,,.,.}|||||((((((.(((({{{{{||,.,.||||}..{{(((.....,,,)),..,,,,....,{{{{{{.,{,,,.{|{{{|||||,,,.}}}|||||||.{((((((({{..((((((...(((....)))))))))...},.)))))))))})}}}})))).))))}},,.............}}}}}...))))))))))))..((((((((....)))))))).}))).{||{.{{||||,,,,.)))))).}||}.((((((...((((((.((((.,..(((.......)))..)))).))))))((((.......((((((...)))))).......)))))))))).,|||(((.(((((((((((((((((((((....(((((((((.(((((..((((((((((.........(((((....)))))(((.........))).....,.........)))))..)))))...))))).))))))))).((((((((......))))))))...}||))),}}}}}}}}))))|{{{{{,,,,,,)))}},...(((((((((((....,...........,.))))))..))))).,,.{{{{(.......))))),,,,.}}}}||}}.}}}}}||||....,)))}.})))){|.{({{{{{(((((((((((.,((((((((.{{{....,{,...{(((((....)))))),}.,..}},.(((((((((.((.,((((((...))))))|(({((((((((((((...(((....)))....))))..)))))))).)))}...............)}.)))))))))....((({..{..(((({..,((....((((..((((..............)))).))))...))|)))))....,..}))).......))),}))))..))))))),.......((((((((((((((,({{{,(({,,,({(((.(((..{{|,||||{{|||||,{{{{{{|||,,|||||((|....,,,...,,,}}}}},,,.,.}))))}},.,}}}}}}}{(((((({....})))))},((((.(((.((....((((.((....)).)))))).))).))))})})))))))},,)))..))}....(((((.((((((.,,....,,.))))))..))))){((........))}.......((((....))}}{(({{.....((({.((((((((.,,..(((.{(,,,.(((((((((....(((((.....)))))....)))))).))),,,)}.)}}...},.)))))))).})))...,}})}||,,||,{(((((.{((((({...))))))}.)))))}))}}}|||,|}}}..,...)))))}}}}}}))),,..........((,{,{{{.{{{.((((.(((((((((({.{(((({{......)}.))))}..........})))))))))).))))...))},)))},,))}.)))))))))),))|.(((,{((.(((((..........))))).)))))).,...,,,,..)))),,)))).))),,})))}..}|||||||}||,.}}),}))))),,|||{{,{|,{{{||||.,|,.|||,,,,{(({{.,{{||{{...{||||||}|||,..,,{|{{||,.....|||||.....,,,},,)))}),,.,,})),,,,,...((((((...........)))))).{(((((((((.(((((.....))))).....((((((((.......,{,.......,,..))))))))..,,..........)))))))))}............(((((((((...,(((((((((((((((((...,.(((((((.{.{.....}.}.)))))))}.))))))...}))))))))))...))))))))).....,,,,,.,}}}}..,,|{|||||.,..(((((({{,.....{,((({,,,,,}}}}.}...,,,.,..{((((,,,{{|||,...(((.(({,(((((..,.(((((({(,..(((((((((((.(((((((.{((......))}.)))))((((((....)))))))).))))..)))))))..,,.,,....)))))).,..)))))))).)))..((((.((((((((((((((....)))))))).)))))).))))........((((((((....,,.,.((((((((((....))))}...,)))))..)).....)))))))){{{.,,,))}.....,}))))))).,))))))))).((((({(,{,(,,,,|,,.}}},)))(((((((((((........))))))))))),}}}}}}.,,{(.(((((((((((......))))))))))),)}|||||}||||...,,.,,.,,}},,,}},)))}))))}}}})))))|,|||||,,,.}))})))}))}}})))))))))).}}}}||||||{{{{{{|||,|{||{|||,,...|{|||....}}}}}......}}}..,}}|}},.}})),)))}}..,,,)))))))}{{((.{,{(({....,}))),.))))..||||,.})))...))}.,))))))}.{{{....}},..)))).}}}...)).))))))..)))},...........{((((((((...|,........}))).))))){({(((,..((((.{{{{{..{{.{{{{{..{{.((((((((.....(((((((.,..,,.(((((.(((((((...........)))))))..)))}},}}},.))))))).....)))))))).))....))))))),.))))).})}}...,)))))))))))))))),,
Back