Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_199037.5
Sequence Length
4780 nt
GC Content
0.5444
AGUGCGCAGGAGACCGCGGUCCGCGCCCGAGCGCGCCCGAGCCGGAGCGGGACCGGGGUCGGUGCACCUAGCGGAUGUGCCCGGCUGCGCGCGCCAGCGCAGCAGCCCGAGCAGCGGCCGCCGCCCGCGCGGCGGGGAUGCCCGGACGCCGGGCCCCGGGGCUGGGCCCCCGGCGGUAACCGGAGCGGGGGGGCCGCGCCCCCCCUCCUCCCCCCUCGCCGGUCCCAGAGCCGCAGCUGCUGCGCCCGCGCGCUCCCGGGGACAUUCUAACCGCCGCCAGGUCCCGCCGCCUCUCGCCCCGCUAUUAAUACCGGCGGCCCGGGAGGGGGGCGCAGCACGCGCCGCGCAGCCAUGGGGAGGCUGCUGGCCUUAGUGGUCGGCGCGGCACUGGUGUCCUCAGCCUGCGGGGGCUGCGUGGAGGUGGACUCGGAGACCGAGGCCGUGUAUGGGAUGACCUUCAAAAUUCUUUGCAUCUCCUGCAAGCGCCGCAGCGAGACCAACGCUGAGACCUUCACCGAGUGGACCUUCCGCCAGAAGGGCACUGAGGAGUUUGUCAAGAUCCUGCGCUAUGAGAAUGAGGUGUUGCAGCUGGAGGAGGAUGAGCGCUUCGAGGGCCGCGUGGUGUGGAAUGGCAGCCGGGGCACCAAAGACCUGCAGGAUCUGUCUAUCUUCAUCACCAAUGUCACCUACAACCACUCGGGCGACUACGAGUGCCACGUCUACCGCCUGCUCUUCUUCGAAAACUACGAGCACAACACCAGCGUCGUCAAGAAGAUCCACAUUGAGGUAGUGGACAAAGGUGAGUCGGGUGCUGCCUGCCCCUUUACCGUCACCCACCGGAGAGCCAGAUGGAGGGACAGAUGGCAGGCAGUGGACAGGACAGGCUGGCUCUGUGCCUGGCCAGCCAACCGCCCACAGCAGCGGGCUGAGGGGGAGGGGAGCAGCCCCUCCUGCCCACUCCAGCUCUGGCCUCUGUUUCUCUCCAGCCCACGGAGAGGUCAAAGCAUGCCUGUCCCCCACAGACGCUCCGGGUACAGAACCCAGCUCUGUCACCUGUGCUGUAUGACCUCUGGCAGGUGCCUUCUGUCUCUGAGCCAAAGGGUUGUCCUGGGCUUGCCCGGGAUAAUAAUCCGAUGUGUUUCUCGGGGUGUGGUUUGAGCCAUUCUUCCAUCAUGGGGUUCAUGAGGAUUGAGCAGCUGCAGGCACACGCCUGGCUUCCAGCAGAGCCUUGCAGGUGGUGGCGAGGGUGGCGGUUCUUACUGUUCGAGUAGCUCAGCCCUGCUGCCCUCUGUGGUGAUGAGGCAAGAGAGCGUGCCACCUAGAGCAGAGUUCCGCACACCCCUCUGCACUCCUGCCCCGGGGGAGCCGCGCUGGCCUGCAGUCUCACUCAACACCUCUGGGGCGGGCCUAGGGGUCCUUUCUAAAGCUCUCAGGUGAGGCAGUGAAGGGCCACAGGUGCGGGGCCCACCCUCUGAGCAGCAAGGGCCUACAGCGCUUUUGAACGUCUCAUCAUUUUGCCUCAGCCACCCUGGACCCCUUUUCUGAGGGAGGUCCGCCCCUUCUCUGAUCCAUCUUCUGCUCAGCAUCAAUUGCAAUUGUCCAGCGCCCUGUGGCCACUGGCUUAGAGUUGGGGAAACAGCCCAGGCCUUGAAGCAGCUACAAGCCGUGGCAGAAAGGUCUCUCAGGGCCACGGCACACACAUCCUCAUGGGCAACACGCACUGCCCAUCUUUUCUGUGAGAUGGGUGCCGGCCUCAGUGCCUUACACGGAGUCCCUUAGUGAAUCCUCUCCCCACCCUCUGGGGUAGGGGCUCUUCCUAUCCCCAUUUUACGGAUGAGAAAACCAAGGCUCAGGGAGGGAAGGUUAUGUGGCCAAGGUCAUGUGAUUGGGAGCUGGACUUGAAUCCAGAGGAGCUUGGGUGACUGUGUUUCUGUUCUUGGCAUGAUUCACUGUACUCUGUGAUCAGCCAGAGCCUGUGGGUUUCUUUUUAUAAUUAGCAUUUUUACGUUUAUUGUCAAAUUGGUGUAGCAGAAUGCAAUUCAGCAGGCAUGUCUGAGCCACUCUGGUGUUUGUCACGAUGCUGGGGGGUGGGGGUCACCCGCAGACAUGGAUGAUGGAGCCCCGCCUGCGGAGUUGCUGUGACAAAGAUGCCUGCGGUACUGGGACUUUACAAAACCUGUGUUAUUGCUCUUGCAAAUCUGCAGAGGUGAGAUGGGGAGAGGGUGGGAGGCUCCAGGGCACUGUUCAGCCACCCAGGUUCUUUCCAUCUUGUUGUUUGGCAGUUGGCCAGGGUGUUGUGUCCUCUGUACGCCGUGACCCAAUAGAGCCUCUUUUUUUUUUUUUUUAAAUUUAGAUUUUUAUUUUUUGAGACGGAGUUUUGCUAUUAUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCGUGAUCUCGGCCCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCUUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUGUGCCACCAAGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAUAUGGAGUUUCCCCACAUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUUAGGUAAUGAUCCACCUGCCUUGGCCUCCCAAGGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACUGCGCCUGGCCUGAGCCUCUCUUUUUUAGGAUUGCCCACUGUAUGACACUACAUCCCACAGCCUGUGCUAUUACCAGCAUUUACCAUCAUAUGCAGUUCCUUAUGUUGGCCCUGCAGAGUUUGUGUUUUCUGCACUAUCCACCCAGUUCUAGUGUUUUUUACCCACCAUAUGUAGUAUUGCCUUUUAAACAUUACCCACUAUAUUAUAGUAUUUUAUAUUACCCACUAUAGGAUAUUUUAUAUUACACAAUAUAUUUUACUAUCAUAAUAUUGCCAAACACAACAGUUUUUUGUUUUUUGUUAAAGAGACCAAGUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGGAUACUGUGGCGUGAUCAUAGCCCACUGCAGCCUCGAACUCCCGAAAUCCAGCGAUCCUUCUGCUUGAGCCUCCCACGUAGCUGGGACUACAGGUGUGAGCCACUACGCCCGGCAAUUUUUUUUUUUUUUGUAGAGACUGGAUCUUGCUAUGUUGCCCAGGAUGGUCUUGAACUCCUGGCCUCAAAUAAUCUUCCCUCCUUAGCCGCCGUAAGUGCCGAGAUUACAGGAGAGAGCCUCCGCGCCUGGCCUACAGUAUUUUUAUUAUAAUCCAUCAUACUAGCGUAUUUUUAACGUUCCCCACCAUGGCGGGUAUUUUUAUUACCCACCAUGCUAUGCUAUAGUAUUUCAAAAAUUAAUCCUAUUGUAGCAUGUAAAAAUAUUCCAUUCUAUACCAUACUAUAUUCAUCAUUACCUCUGAUACUACAGUAUUUUUAACAUGACUCAUUGUGCUAUUGUAUUUUUUCAUUACCCACAAUACCACAAUAUUACUGUAUUUGUUAGCACUGCCUGCCAUUCCUUAUUAUUAUUAUUUUUGCAAUGGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCAGGCUGGAGUGCAGCAGUACAAUGUCGGCUCACUGCACCUCCCGGGCUCAAGCGAUUCUUCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGGUGGGAUUACAGGUGCACGCCACCAUGCCCAACUAAUUUUUGUACUUGUAGUACAGACGGGGUUUUACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGUGAUUACAGGCGUAAGUUACCAUGCCCAGCCUAUUAUUAUUAUUAUUAUUAUUAUUAUUAUUAUUUCAAGUUAGAGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUCUUGGCUCACUGCAGCCUCCAUCCACCUCCCGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCGAAGUAGCUGGGAUUACAGGCACGCGCCACCACGCCCGGCUAAUUCUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCGCUAUGUAGACCAGGCUGGUCUCGCACUCCUGGCCUCCAGUGAUUCACCCACCUUGGCCUCCCAGAGUGCUGGAAUGACACGUAUGAGCCACCACACUGACCUUUUUAUUAUUUUUAUCCACCAUCUCGCUGCAAUUUCAGUAUUGCCCAUCGACCUAUAUUGCCUCCUGGUAAUGACCCCUGAGGAAUGAGCCAUGCCAUUUCCAUAGGUGGAGGCGACGGGUCAUGGUGGUGAGAACUUCACUGACCUGGAAGAGGUGGAGAAGAUGCUGGGAAGCUGCUGAGGGCUGCCCACCUGUGUUAGGAGAAGGCAGAUGGGGACCCAUGGGGACAGUAAUACUAUUUUGGAUCCACACAACGGGAGUGGAAAAUGCCUUGAGGCACAGCAGCGUCUGAGGCGGGUGAGAAAUCCGGCCUGCAGAGUCGCGGCUGGCCUUCAGAUCUGCGGGCUGCCUGUGAGAUGCCGUGUUACCUAAAUCCAUUUGGGCACUGAGUUCCAGGAGUGGGGGCAAGAAUUCCGAUGACGGGGCUUUAUCCGGUGCGCAUCCAGCUCAGAGUGGUUCCUGAGACCAGCCACCAUGGGCAGCCAGGAUGUGCUCAUCCUUGAGGCUUUCCGAGGCAUCAAGGAGAUGGUUGGAUAAAGAAUUUAGCACAGAGCUUGACUGAUGGCAGGCGCCCACAACAUGAGACACAUUAAUAAUGUGUGUGGAGGCCAGGUGUAGUGGUUCAUGCCUGUCACCCCAGCACUUUGGGAGGCAGAGGUGGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1887.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1971.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 1187.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((...((((.((((((.((((((.((........))))).))))))))).))))..))).....((((((((.(((((..(((((((...(((((((((((((.....)))(((((((....)))))))((..((((((...))))))))(((..(((((...(((((((.....((((.((((((((...))))))))..))))....))))))).)))))..)))..)))))))))).)))))))..))))).)))).....))))(((((((((.((((.(((((((..(((((.........)))))..)))))))(.(((((.....))))).)((((((.......)))))).((((.....)))))))).))).))))))..((((((((((((.(..((((.((((..((.(((((...))))).))(((((.(((((..........))))).)))))))))))))..).))))))..........)))))).(((((...(.(((((...)))))).)))))))))).(((((((((...((((((((.((((.....(((.((.(..((.(((((((.((((.(((((((((..(((..((((((.((((..((((.((((((.(((...(((((.((..(.((((((((.......((((....((((((.....((((((........))))))....((((((.((((..(((((((.((......(((((.........)).)))))))))))).........)))).))))))..))))))....))))(((((((((((((..(((((................)))))))))......))))))))))))))))).)..)).)).))))))))))))..)))).)))))))).((((.(((((((((((((((((.....))))))))((((((((((((.((((.(((((((((((((((((...(((((.(((((..((((((((((..(((((((..(((((((((.(((...(((((((((((((.........(((((((.(((((.(((((((((.((((((((((...(((((((((((((....))))))))))).....(((((((.....(((((((((..(((((.........((((.((((.....((((.(((((.((((((((((.((.((.((((((((.......((..(((((.((((..(((((((((((..((..((((((..((.((...((.((..(((((((......)).).))))..)).))..)).))...))))))))..)))).)).)))))..)))))))))...)))))))))).)))))))))))).))..)))))..)))).(((((((((((((((((((...............(((((((((((((.((((((.((((((.((((((...((......))...))))))...)))))).))...))))..))))..))))))).)).....))))))))..........))))))))))).)))))))).........)))))(((.....)))......))).))))))(((((..(((((((.(.((((......))))).)))))....))..)))))..((((((((....((....))....))))))))..)))))))....((((((........))))))((((.(((((((((((((....((.(((.(((.....))).))).))..(((.(((.((((((((((.....))))).)))))...))))))..))))))))))))).))))...))..)))))))))).)))))).))).).))))))))))))))))..))))))))..))).))))...)))))...((.(((...))).))(((((.(((.((((.(((........))))))))))))))))))))))................(((((((((((((.(((....))).))))))..)))))))......)))))))))).))).)).)))))(((.....)))...))))))))(((((.....))))).........((.(((((.((((.((((((.((..((.......))..))))))))...)))).)))))))..((((.(((..((((....))))....))).))))(((((((((((((..((((.((((.(((....)))...)))).))))..))))))))))))).......(((.(((((.((.(((((...(....)...))))).))..)))))...)))(((...(((........)))...)))............)))))))))....((.......)))))))))))))))....)))....))))))))).)))).......))..)))..)...))))).))))))).)))))))........((((((((......(((....)))......))))))))...(((((((((.....)))))))))))..).)).)))))))))))...))))))))))))).(((...))).........((((((((.((((((((((((((((((...(((((((((((((((((((((((((((..((............(((((((.....((((((..................(((((......)))))......)))))))))))))((((((((((((((((((((........)))))).(((((...(.((((((.(((((.....(((..(((........(((((............((((((.(((.((((((...((((((......((((((....))))))......))))))...)))))).))).........((((.(((((....)))))...))))...(((((...)))))((((.((.(((((((.((((..((..((((((..((((((......((((((.((.(((((((.........(((((((((((..(((...........((((((..((..(((....)))..))..))))))...........)))..))))))...)))))..((......))((((((((((.(((.....(((.(((((.......(((((..((..((((((....).))((((((((..((((.....))))..((((((((.(((((((((((((................(((((.......)))))......(((((.(((((.......))))).)))))..(((((((((((................)))))))))))))))))))))...............................((((((.(((((((((((..............((((((.((((((...............)))))).)))))).....((((((.(((.(((((((((((((((((......................)))))................)))))))...))))))))))))))(((..(((....(((((((....((((...((((....)).))...))))(((((......)))))....))))))).)))..)))...............)))).))))))))))).))(((...))).))).))))))))))))))))..((((((((..((((((...(((((.(..((((.(((((.((.((((........(((((........))))))))))).....................................(((((.((((((..((((((.(((((.((((((((((((((.((....)))).)))))))..))))).))(((..((.(((((((((((..(.((((.(((.((....(((.((((((((......(((....)))......)))))))).))).............)).))).)))))..))))).))..)))).))..)))...((((((..((((....(((.......)))...)))).....)))))))))..))))).)..)))).....)).)))))........(((((((.((((((.((((((((((((......)))))((((.(((((...((((((((.(((....)))((((.((((((.((...)))).)))).)))).)))))))).))))))))).))))))).((((.(......))))).))))))))))))).))))).))))..).))).))..)))))).))))))))..)))))..)))))....))))).)))))).))))))))))..........)))))))((......))(((((((.((((.(((((((((((.((........)).)))).))))..))).))))))).)))).....)))))))))))))).)))))).))..))))...))...))))))).))))......)))))))))))........)))..))).((((((((((.((((((((.(((((..((((...(((....)))))))..))))).....))))))))((.(((((((.((((....)))).)))))))))...)))))))))).....))))))))))).)...))))).))).)))...))))))))(((((((...)))))))))..)))))))))))))))))))))))))))...)))))))))))))))))).)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{((((((({((((.((((((.((((((.((........))))).))))))))).)))){{|||,,,,.{{((((((.(((((..(((((((...(((((((((((((.....)))(((((((....))))))|((..((((((...))))))})}(,,,(((((...(((((((.....((((.((((((((...))))))))..))))....))))))).))))}.})),}.)))))))))).)))))))..))))).))))}}..,||,|((((((,{({((({.(((((((..(((((.........)))))..)))))))({(((((..,,.|}|||,|(({(((,{...{{||||||.||||,,.,,)))}})))}))}.)}}}))},|||{{|{{||||}|.|||{|,||{|||((.(((((...))))).)){{(((.(((((,.........}}}}}.))))))))})))}.|},}},|||{{.......}))))}}.(((((...{.(((({...}))))}.)))))})})),{||||{{{|,..||||||||}||{,,,....{({(({,..,..(((((((.((((.((((((((,{{(((..{{((((.((((..((((.((((((((((...(({((.((..(.((((((((.......((((....((((((.....((((((........))))))....((((((.((((..(((((((.{,.....{(((((.........)).))))}))))))).........)))).))))))..))))))....))))(((((((((.,{,..{,(((.{((,,.({....}}.).))),)}),,.}..))))))))))))))))).)..)).)),)}))))))))))..)))).)))))))).((((.(((((((({((((((((.....))))))))((((((((((((.((((,((((((((({((((,,....,||||}((({,..((((((((((..(((((((..(((({((((,(((.,,(((((((({{{{({,,..,..,(((((((.(((((.(((((((((.((((((((((...(((((((((((((....)))))))))}}.,,}}(((((((....,(((((((((..{((((|......{{,{{{|||||,,}},((({.{((((.,(((((((((.((.((.{(((((((.......{{..(((((.((((..(((((((((((..((..((((((..((.((.,.((.((..(((((((......,}.)}))))..)).)),.)).))...))))))))..)))).))))))))..)))))))))...)})))))))).))))))))))))}}}..)))))..)))).(((((((((((((((((((........,......({(((((((((((.((((((.((((((.((((((...{{......}}...))))))...)))))).))...)))}}.)))}..))))))).)}.....))))))))..........)))))))))))..,.,|||..........}}}}}(((.....)))....,.}}}})))))}|{||{..{||{{{|,|,({((||....,,}))})}}})}},,}},.}}}}}..((((((((,{,.,,...,))....))))))))..)))))))...,((((((........))))))|(((.(((((((((((((....((.(((.(((.....))).))).))..(((.(((.((((((((((.....))))).)))))...))))))..))))))))))))).)))}...,...)))))))))).))))))},)).),})))))))))))})}}.,))}}||||,.,,,.,)))}}.}}))).,|||}..}}},},,}}}|{{{.{(((.(((,{(((........))))))))))))))))))))))...........,,,,.((((((((((({,.(((....))).}})))),.,)))))),,,,..)))))))))},}|||}}.}}}|{(({(((((((({..(((.(.((((((((.((,.{{,{,....}}}.}),},}}.)))))))).).,}))..}}))))))}},})))),||||{{{.((({{...{{{..((((.(((.,((((....)))}....))).)))}(((((((((((((..((((.((((.(((....)))...)))).))))..))))))))))))).....,,(((.|,,|})|}}|,|||...}}}},,.}}))))},)),,),|||{{{|,,{{{...{{{........}}}...}}}.,}}}},,....)))))))))....{{.......)))))))))))))))....)))....})))))))).)))).......}},.}}}.,},,,))))).))))))).))))))).....,,,((((((((......(((....)))......)))))))).,,,,,((((((.....))))))|||||,,,.,,.,,.,|||||}}.}}))},})))))))}.|||,,,||,......},.((((((((.((((((((((((((((((.,.((((((((((((((((((((((((((({,({..,||......,|||{{||.,.{{((({{,...,.,,,..,||||...(((((......))))}.........,}}))}}},,((((((((((((((((,,,{,,{(((({{...{(({{{.......,|,..||||||,,......,...,,,,{,{||,,||......,}},}}}}...}}},{{{,{{((((,,,(((({,......||||||,,,,},})}}......}))))}...}}}}},.,,}})),}),.}}))))}},.,,,..,,(((((({....))))))),,{(((..(((((({,((,,((((((,{...,.((((,{{..,,.,,)}))}}}.)))))},|...,{{||..,((,(((((....}},))}.},(((.(((((....((((((((.{{((((({......)))))),((({...,,,..,.,{{{{{{||.|.,(((({{{,|,,.{{,,({((((((.(........)))))))|,.||.....,.{(((({{{{{,{{({({,{..|{||((((((({..((((.....))))..((((((((.((((((((((((,................{((((.......))))}......(((((.(((((.......))))).))))).,(((((((((((................))))))))))))))))))))).......,,,,......,,,,..........((((((.(((((((((((.......,,{....((((((.((((((...............)))))).)))))).....(((({{{(((.((((((((((((......................,..{{(((((...))))))}......)))))))...)))))))))))))),,{,.(((....(((((((...{((((.,.((({....)}.)).,.))))|((((......))))}....))))))).)))..)}},..............))))},)))))))))).))(({...})).})).))))))))))))))),..((((((((..((((((...,,{((.{,,((((.(((({..,.|({((,...||}|{{{{........}}))(((((((.....,,.,,.,,.,,.,,.,,.,,.,,.........{.((((((...)))))).,....))))))).,{((((((((.(,....}))).))))))}{{.({..((((((((((((({{{,(((((..(.((((.(((.{{....(((.((((((((......(((....)))......)))))))).)))....,,......,}}.))).)))))..)))))..{.((((({...}))))),((((((.,((((....(((.......)))...))}}..,,,))))))(((,.{{{,,.{,{{{{{.,,.,,..,|}.......,,,..,,,|||||||,,,(((({({(((((......)))))((((.(((((...((((((((.(((....)))((((.((((((.((...))))})))).)))).)))))))).))))))))).))))))}...,,..})))))))..))))))))...)).))))))).)}})..}.))).}}..)))))).)))))))),,}))},,|))}},,||.||||}..,|||,,,,,,...,)},}}||,.,..,}})})}))},.,}}))||{{{||.((((.(({{(((((((|(({.....})))})))).))))..})).)))))))|,|},,{{||{|||},,)))))})}})}}}|||,..{{{{{,....})))))}})})))))))))..))))))))......,,,|}}..))))}(((((((({{.((((((((.(((((..(((({,.,{{....}))))))..))))).....)))))))),|.(((((((.((({....}))).)))))))}},,,,)))))))))......)))))))))..))))...,))))).))}...))))))))(((((({...})))))))),,))))))))))))))))))))))))))).,.)))))))))))))))))).)))))))).
Back