Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_199187.2
Sequence Length
1442 nt
GC Content
0.5825
AUUUCCUGCCCUGAAAGCAGCCUCGAGGGCCAACAACACCUGCUGUCCGUGUCCAUGCCCGGUUGGCCACCCCGUUUCUGGGGGCAUGAGCUUCACCACUCGCUCCACCUUCUCCACCAACUACCGGUCCCUGGGCUCUGUCCAGGCGCCCAGCUACGGCGCCCGGCCGGUCAGCAGCGCGGCCAGCGUCUAUGCAGGCGCUGGGGGCUCUGGUUCCCGGAUCUCCGUGUCCCGCUCCACCAGCUUCAGGGGCGGCAUGGGGUCCGGGGGCCUGGCCACCGGGAUAGCCGGGGGUCUGGCAGGAAUGGGAGGCAUCCAGAACGAGAAGGAGACCAUGCAAAGCCUGAACGACCGCCUGGCCUCUUACCUGGACAGAGUGAGGAGCCUGGAGACCGAGAACCGGAGGCUGGAGAGCAAAAUCCGGGAGCACUUGGAGAAGAAGGGACCCCAGGUCAGAGACUGGAGCCAUUACUUCAAGAUCAUCGAGGACCUGAGGGCUCAGAUCUUCGCAAAUACUGUGGACAAUGCCCGCAUCGUUCUGCAGAUUGACAAUGCCCGUCUUGCUGCUGAUGACUUUAGAGUCAAGUAUGAGACAGAGCUGGCCAUGCGCCAGUCUGUGGAGAACGACAUCCAUGGGCUCCGCAAGGUCAUUGAUGACACCAAUAUCACACGACUGCAGCUGGAGACAGAGAUCGAGGCUCUCAAGGAGGAGCUGCUCUUCAUGAAGAAGAACCACGAAGAGGAAGUAAAAGGCCUACAAGCCCAGAUUGCCAGCUCUGGGUUGACCGUGGAGGUAGAUGCCCCCAAAUCUCAGGACCUCGCCAAGAUCAUGGCAGACAUCCGGGCCCAAUAUGACGAGCUGGCUCGGAAGAACCGAGAGGAGCUAGACAAGUACUGGUCUCAGCAGAUUGAGGAGAGCACCACAGUGGUCACCACACAGUCUGCUGAGGUUGGAGCUGCUGAGACGACGCUCACAGAGCUGAGACGUACAGUCCAGUCCUUGGAGAUCGACCUGGACUCCAUGAGAAAUCUGAAGGCCAGCUUGGAGAACAGCCUGAGGGAGGUGGAGGCCCGCUACGCCCUACAGAUGGAGCAGCUCAACGGGAUCCUGCUGCACCUUGAGUCAGAGCUGGCACAGACCCGGGCAGAGGGACAGCGCCAGGCCCAGGAGUAUGAGGCCCUGCUGAACAUCAAGGUCAAGCUGGAGGCUGAGAUCGCCACCUACCGCCGCCUGCUGGAAGAUGGCGAGGACUUUAAUCUUGGUGAUGCCUUGGACAGCAGCAACUCCAUGCAAACCAUCCAAAAGACCACCACCCGCCGGAUAGUGGAUGGCAAAGUGGUGUCUGAGACCAAUGACACCAAAGUUCUGAGGCAUUAAGCCAGCAGAAGCAGGGUACCCUUUGGGGAGCAGGAGGCCAAUAAAAAGUUCAGAGUUCAUUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-581.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -603.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 314.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.(((((((((((.((((((.......(((.(((((((.(((..(((((((((((((..(..((((((((((((((..((((..((((..(((((.(((((((((((..((.(((((.(((..((((((((((((((((.......))))(((((..(((((((((.((..(((((((((....)))))))))..)).)))(((((((((((.(((((..(((((((..........))))))))))))))))))))))))))))).)))))...((((((((((...((((..((.(.((..(((..........)))..)).).))...))))...)))).))))))......)))))))))))).))).))).)))).(((.....))).)).)))))).........((((((.(((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((((......)))).)).)).))...)))))).))))))...))))).)......(((((.......))))).....((((((.(((.....(((.((((((.((((..(((((....))))))))))))))).).))(((((.((((..((((((((((........)))))))))).)))).))))).(((((.......)))))..)))))))))(((....)))....)))))))))).))).)))))(.((((((.((.........)).)))))).).(((.......))).((((((((........))))))))....))))))))..))))))))...(((.((..((((((((......)))).....((((((((..............))))))))........))))..)))))..(((.(((((((((((((((((.((.((.(((....))).)).))...))))))))))))))))).)))((((.(((((((((((......)))).))).).))))))).(.(((((.((......))))))).)))))))..)..))))))).)))....((((((((..((((((((((((((((..((((.......)).))))).....)))..))).)..))))))...)))).)))))))..))).))))))))))..(((((...((((((......)).)))).)))))........))))...)).)))))))...((((((.((.((((.....)).)).)).))))))(((((((..((((((((((((((((((..((.(((......)))...(((((((.....((..........))....))))))).....(((((((..........)))))))..)))))))))))))..))))..)))...))))).)))))).))).))))))))(((((................))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,((((((((((.(((((((((((.((((((....,,.((((((({(({{((({.((((((({(((((..{{,{{{,,(((((((((..((((,.{{{{..(((((.(((((((((((..{,.{(((({(((,{((((((((((((((((.......))))(((((,,(((({{{{|.{|,.(((((((((....))))))))).,||,}}|((((((((({(,(((((..(((((((..........))))))))))))))))))))))))})))).)))))...((((((((((...((((..{(.(.((..(((..........)))..)).).)}...))))...)))).))))))......)))))))))))).}}).)))})),),|||.....})}.)).)))))).......,,((((((.(((({.(((((.(((.(((((((((.((((((((((......))))},).)).))...)))))).))))))...))))).,......(((((.......)))))..,,.((((((.(((.....(({.((((((.((((..(((((....))))))))))))))).).))(((((.((((..((((((((((........)))))))))).)))).))))).(({((.......}})))..)))))))))(((....)))....)))))))))).))).))))){.((((((.((.........)).)))))).).,,....,,,...,.{(((((((........)))))))}|,..))))})})..))))))))}..,{{{,({,.{((((((......)))).,...{(((((((..........,..,)))))))}.,..||,.},)).{||{{....,,.|}}}|((((((((((((.((.((.(((....))).)).))...))))))))))))|||,|{|{|((({,{,,,{,,(((,.,|.{{||,|{|,,...))))))},|.{(({{.{{....,,))))))}.},},..||||..,||}}}}|}}},...|||,(((((((.(((((....)))))...)))).)}}..||,|||||}},,}}}}...}}})),)})}}},,.)))),)))))),}})},))))))),..))))}|||..,|{{{||,}.,,.}).))))})||{|.,,.....}))}.,})}.)))))))...((((((.((.((((.....)}.)).)).))))))(((((({..((((((((((((((((((,.{{,{{{......)))...(((((((.....((..........))....))))))).....(((((((..........)))))))..)})))))))))))..))))..}))...})))).)))))).))).))))))),(((((.............}}.))))).
Back