Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_199327.3
Sequence Length
2357 nt
GC Content
0.4285
GUAGCCGGAGUGAGACCGCUCUGCAAACCACUGCGUGCUUUGCAGAGUGAUUAUCAGCACAGUUCCCUGCCCUGGAUAAGGAACAGCUACAGUCGCUGUUAAAUGUGCCUGAAAAGCAAUUUGCAAUCUUUGCAUUAGGAUUUCAGAUGCAUGCCAGGUUUCCACUGAUUGCCAGAACUCGAGAUCACUACACAUGGAUCCCCAAAAUCAACAUGGCAGUGGCAGUUCGUUAGUUGUGAUCCAGCAGCCUUCUUUGGAUAGCCGUCAGAGAUUAGACUAUGAGAGAGAGAUUCAGCCUACUGCUAUUUUGUCCUUAGACCAGAUCAAGGCCAUAAGAGGCAGCAAUGAAUACACAGAAGGGCCUUCGGUGGUGAAAAGACCUGCUCCUCGGACAGCACCAAGACAAGAAAAGCAUGAAAGGACUCAUGAAAUCAUACCAAUUAAUGUGAAUAAUAACUACGAGCACAGACACACAAGCCACCUGGGACAUGCAGUACUCCCAAGUAAUGCCAGGGGCCCCAUUUUGAGCAGAUCAACCAGCACUGGAAGUGCAGCCAGCUCUGGGAGCAACAGCAGUGCCUCUUCUGAACAGGGACUGUUAGGAAGGUCACCACCAACCAGACCAGUCCCUGGUCAUAGGUCUGAAAGGGCAAUCCGGACCCAGCCCAAGCAACUGAUUGUGGAUGACUUGAAGGGUUCCUUGAAAGAGGACCUGACACAGCACAAGUUCAUUUGUGAACAGUGUGGGAAGUGCAAGUGUGGAGAAUGCACUGCUCCCAGGACCCUACCAUCCUGUUUGGCCUGUAACCGGCAGUGCCUUUGCUCUGCUGAGAGCAUGGUGGAAUAUGGAACCUGCAUGUGCUUAGUCAAGGGCAUCUUCUACCACUGCUCCAAUGACGACGAAGGGGAUUCCUAUUCAGAUAAUCCUUGCUCCUGUUCACAAUCACACUGCUGCUCUAGAUACCUGUGUAUGGGAGCCAUGUCUUUAUUUUUACCUUGCUUACUCUGUUAUCCUCCUGCUAAAGGAUGCCUGAAGCUGUGCAGGAGGUGUUAUGACUGGAUCCAUCGCCCAGGGUGCAGAUGUAAGAACUCCAACACUGUCUAUUGUAAGCUGGAGAGCUGCCCCUCCCGGGGUCAGGGUAAACCAUCAUGAUUUUUGGAGGUGGGUUGUACCUCCUGAACUUUUAGCUUUCAAGUUGUGGCUGUUUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUUCUUUAGAAUUUUUCCCUGUUUCCCACCUUCUCUUCCCCUGUUGCCAAGGUCUAACUCAUGGAUUUUUCUCUUUCCUCAUGGAUGAUCUUCAGCAAGAGUGGACUGGGAAGCUGCACCUGGCUCCCACUUUCAACAAGAGCCUCUGCCAUCCACUUGAGGGUAUUGAGAGCCAGUGGGCUUUUGUGUAGCCUUUUUGUUCUGCAAGCAACUUUCUAAAGUUGUGUACAUGAACAUACACCCACAUCCAGACUACAGUGAUUUAGAGUUGUUUUGAUUGGGUACCGUGGGAGCAGGGAAAUUGGUUUUUUAAAAAGCAACUGUUUAAUUGCUUAAAUAAGCUAUGUAUUAAAUCUGUCUCCAGUUAGGGCUAUCUUCCUAGCAUAGGCCCCUUAAGUAGCAUGGGGGAUAUAUUUUUUGCUAUAACGUAAAAAUUUUCCUUUAACCACUGCCCUCUCCUUCUUUCUCCUUCAAGGUUCUUUCCCCCUCAGUUUUGUUGUUGUCUUACUCUGGAGAUGCCAAGUGUAUUUUUUCUUUCUAUGUAAUUUUAGAUUCGCCUUACAAUGUAAAUCUUCACAUUGGAGAUAAUAUUGGUUGGACCUUGCCCAUCUUCACUCUAGCCUUCGUAUUUGUGAAGGACUCAGCCACCUUCCUUCUUCACCCCAUGCUUCUCACCAAAUUUUUGUUGUCAUUGAGGGCACUUGGAUAACUCAAGUUGAUAUUUAUAGCUGAUCAAUCUAUAUGUGUCACAGAACUAUGCUGCCUAAAGUGAUCUUGGCUCCUUAAUGGUCCUUUUGGCCCCUUGGAUAGUUAACAGCUGAGUAAUUCUAAUCUCUUCUGUGUUUUCCUUGCCUUAACCACAAAUUGUGGUGCUUUUUGUAUAUUUUAUGUAUAAAUCACAAAGUUGAAUUCUGACUAUUUUUAAGACAAAAGUCUGUUAAACUUUUUUAUUGUAAAGAAUAUUUAUUAUGCGAAUCUCUAUUAUUUUAUGGUAUUUAUUGCAAAAGACUGUUGAAAUGUACUCAUGUUUGAAUAUAACAAAAUAUCAAUACUUAACGGAAAAUAAGGUGACACGAAGAAAGUACAUAUGUUAACUAUAAUGCAGAAAAUAUAUUAAUUAAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-652.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -704.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 736.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..(((((((((((((((((((((((.(((...))).)))))))))))....((((((((.........(((.....)))((((((.......))))))...)))).))))...(((.((((.((((((......)))))).)))))))......((((((((..((..((.....((.(.((((((.((..((((((..(((...(((...)))...)))..))))))..)).)))))))))..))..))..)))).))))(((........)))..((((.((((((....((((.(((((.((((((((((.((.....))))))..)))))))))))...((((.....(((((((....(((((((.((((((((((((........))))..(((((((((....(((((......)))))...(((((........)))))...((((..(((((.(((((...(((.(((((((((((...(((((.((((.((((((.(.((..((((((((.....(((((((..((((..((((........))))..))))(((((...((((((.......(((((((((...((.((((.(((........))).((((((...))))))....(((((((.(((.(((((.....(((.(((((((...(((.((((......((..((((.((((....))))))))..))..((((..(((((....))))).))))((((...(((.(((((.....))))))))))))......)))).))).))))))).)))....((((((.((....)).)))))).(((((((((((((.(((...(((...............))).))).)))))))).)))))...............)))))))).)))))))..)))).)))))))))))......)))))))))))..)))..))))..))))).))).)).).)))))).......((((((((.(.((((((........)))))).).)).((.(((..((((.(.((((..(((.((((........)))).)))..)))).).))))..))).)).....)))))).)))).)))))...)))))))((((.(((.....))).))))(((.(((((((.....))))))).)))....(((((....))))))))))))..))))).)))))..)))))))))))))..........((((((((((.(((((((((((.(((.((.((((.((((((...(....(((..........)))....)...))))))..)))).)).)))..))))))......((((((((.((((((((...((((....))..))...))))))))...).))))))).(((((.......)))))...(((((((...(((((((....)))))))...)).)))))...(((((.(((.((((.((...........)).)))).))))))))...)))))))))))))))..))))))))...((((((........))))))......(((((...((((....((((...(((((((......)))))))..))))...))))))))).(((((((.....(((((((......)))))))...)))))))))))))).....)))))))......))))))))))))))...))))...........))))))))))))..))....((((((((((((...((((........))))...(((((.(((((...(((((((...)))))))......(((((((...((........)).)))))))...((((..((((((((...((....))...))))))))...))))....((.(((....))).)).))))))))))((((((.....))))))((((((.(((((.(.....).))))).)))))).....(((.(..(((.((((.((((.............)))))))).)))..).)))((((((((((.....(((.........(((((.(((((..(((((.....((((((...))))))....(((((((((...)))))))))......(((((.....))))).......((((....))))..((((..(((((......)))))..))))...(((((....((((......))))......))))).....(((((((...(((...((((((..........))))))...))))))))))....))))).))))))))))...)))...)))))))))).....))))))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((..(((((((((((((((((((((((.(((...))).)))))))))))..,,{(((,,(((....}}).,||,,,,,}}}((((((.......))))))...,|,(((((,.{.((,,((((.((((((......)))))).))))))).}..))))}...,,|||{..{,{{{{{((.({((((((.{(..((((((..{{{...{{,...}))...)))..)))))}..)).)))}}},,|,,||..{{,,|||}..}}.|}|}}}||...|||{.{((((((((((((((.....(((((.(({((,((((.((.....)))))).}),))},)))))...))))}....{({(((((....((((((.,(((({{,(((((,,.,|||||,,...,{{{,,{,....(((((......)))))...(((((........)))))...,,,,,,(,((({(((({.,.,,.,((({((((({{...({{,{.({{{.,||||{,|||||||||{{{((..,{{((((.,{..((((..((((........))))..))))(((({..{(((({(,...,..(((,((((({{{((,,((,.(((....}))..)).||{|||}}}))),)),..}|{{{{,{.(((,(,{(({{...(((.(((((((...({{.{{(({{{.,,{(.,((({{((((....)))))}}}..||,.,((({,{{{{,.,},))},}.))}|((((,,,(({,{({{{.....))))))}}))))}{|,,,}}}},})),))))))).)))...,|||{|{,||,,,,)).))))}}.(((((((((((((.(((...(((,,.{{..,.,.,...})),))).)))))))).))))),............,||}}}}))).}))})},..)))),}}))))))))).},...}})))}))))),,),,..)))).,}))))}))),,)}),}}}}||,,,|,,.{{{{{{,,.{.(((((({{{{{,,,|||,,|{|,,..,{,(((||(((({,,(({({,(((,({((........)))),|||,.}|||,|,||||,,|||.|,,...,|,|||||||||.|||||{{{,,,,)))}||||({,...}}.,,.,,,,,{,.(((((((.....))))))).}}},,,.}||||,.,,)}}}}})))))},.,,}))}))))}.})))),.||||||{....{{{{,.(((((((({{{((((({(((((.(((.((.((((.((((((...,,{{{(((..........}}}.,}})}..))))))..)))).)).)))..)))))|,,,(({,{(((((,,(((((({{...{{{{,...}}..}}...}}))))))..,).)))}})),}||||...,,,,)))}....(((((((...(((((((....)))))))...)).)))))...(((((.(((.((((.((..{,...,}..)).)))).))))))))...)))))))))))))))..|}}}}},,,.,||||||....,,,,}}|||}.,,.}}}}||,...,,,,.,,,|||}}},||||{{|,...,,})))))),})))},||}}...}}}),.))))}|}}...{((((((......)))))))...,,}}},.)))))))))))}),.,))))))))..}}}.))}},,.,,...,}}))}}}})..,..))))))))))))..}}....((((((((((((,..((((........))))...((({{.((((({..(((((({...})))))).}}}},|{{{(((...,{.,.....,||,|}|||}|..,((({..((((((((...{{....}}...))))))))...}}||..,,{,.,,,.....,},)}.}}})))))))((((((.....})))))((((((.(((((.(.....).))))).)))))),,...,||,|..|{|,|{||,||{{,||},....,,,.)))))}},.))),...,))((((((((((..,{.({,.........(((((.(((((..{{{{({,,,.((((({...})))))....(((((((((...)))))))))....,{((((,,,,...||||.,,,...,{{{,..,))),,,,.}}}}}|{{{.{(((({.{(((({{,{..{{{.{{....,.,,,,,..,),))))))).)))))}.,,,(((((((...(((.,.{(((((,.........}))))).,.))))))))))....))))),)))))))))).,.))),,.))))))))))...,.))))))))))))...........
Back