Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_199330.3
Sequence Length
1982 nt
GC Content
0.5333
GCGCCUGGCGGCGGUGGCGGCAGUGGCAGCAGUGGCAGCCGCGCAGCCCCGCGGAAUGGAGCGGCGCCGGGGCUGAGCCGGGCGCGCACGGGCCGCCGCAUGUGCCGCGCGGGGAGCGGCUGCCGAGCGGGCGGAGAGCGAGCGCGAGAGGCCCCGUCGGAGCGGCCGCCGGAGCAGCGCCGGAGAUGGGAGAACAGCCCAUCUUCACCACCCGAGCGCAUGUCUUCCAGAUUGACCCCAACACCAAGAAGAACUGGAUGCCUGCGAGCAAGCAGGCGGUCACCGUUUCCUACUUCUAUGAUGUCACAAGGAACAGCUAUCGGAUCAUCAGUGUGGACGGAGCCAAGGUGAUCAUAAACAGCACAAUCACACCGAAUAUGACCUUCACCAAAACGUCACAGAAGUUUGGGCAGUGGGCCGACAGCAGAGCCAACACAGUGUUUGGUUUGGGGUUUUCCUCUGAGCAGCAGCUGACAAAGUUUGCAGAGAAAUUCCAGGAGGUGAAAGAAGCUGCCAAGAUAGCCAAAGACAAGACGCAGGAGAAAAUCGAGACCUCAAGUAAUCAUUCCCAAGAAUCUGGGCGUGAAACCCCAUCUUCUACUCAGGCAUCCAGUGUCAACGGGACGGACGAUGAAAAGGCCUCUCACGCCGGUCCAGCCAACACACACCUGAAGUCUGAGAAUGACAAGCUGAAGAUUGCCUUGACGCAGAGCGCAGCCAACGUGAAGAAGUGGGAGAUCGAGCUGCAGACCCUUCGGGAGAGCAAUGCACGGCUGACCACAGCACUGCAGGAGUCGGCAGCCAGUGUGGAGCAGUGGAAGAGGCAGUUCUCCAUCUGCCGUGAUGAGAAUGACCGGCUCCGCAACAAGAUUGAUGAGCUGGAAGAACAAUGCAGUGAGAUCAACAGAGAGAAGGAGAAGAACACGCAGCUGAAGAGGAGGAUCGAGGAGCUGGAGGCAGAGCUCCGAGAAAAGGAGACAGAGCUGAAAGAUCUCCGAAAACAAAGUGAAAUCAUACCUCAGCUCAUGUCAGAGUGCGAAUAUGUCUCUGAGAAGCUAGAGGCGGCAGAGAGAGACAAUCAAAACCUGGAAGACAAAGUGCGUUCCUUAAAGACAGACAUUGAGGAGAGCAAAUACCGACAGCGCCACCUGAAGGUGGAGUUGAAGAGCUUCCUGGAGGUGCUGGACGGGAAGAUUGACGACCUGCAUGACUUCCGCCGAGGGCUCUCCAAGCUGGGCACCGAUAACUAGGGCUGGCCGAGGCCCAGGCCCCGCCCGUGAGUCCCAAGCGUGUGUGCGAGACCAGAUAGCUCUAGGACGUUCUUCUGUGUGCAUUGCUUCUGUAAAUGCAGGCGCAGUUUGUCGUGUUUCCAAACCAGUUGUGCCGUCCACUCACUCCUUUUCAGAAUAGAAAUCUCCUCUCGCUUCUCUGGCCUUGUGAGGUUGUGGACAACUGGAAGAUUCUGACUCAGGAAUCCAGAACUAGGUCUACCUUCAACAUUUAUGCAGUCAGGGCAGGGAUGUUUAUAUCUUUCAUAAGGGCUGUUGCAACCAUAUGAACUGAAAAAACACGCAUUUUGUAAUCCAAAUAUUGAUAUUCUUUACACCAAGCCAUCAGGCUCCUUUUAUCAAAUAGCAUUCAGAGUAUUUGAAUGUCCACCAGACACCAGCCCCGGGGGGCACAGAGAGAACAACAUUCCUCUCUGUCAACAUCGAGAGGCUUUAAAACAACUGUUUAGUGGAAACUUUCUGAGAGAUGGAAAACAAGCUUCUGGUGGGUGCAUUUUCUGGCCCGGAGUUGCCUGCAUCCACGCUACUGCCCCCUGCCCCCCGCCCCCCCAGUUUGUACGGUUGCAACAGUGUUCCUUUUCUUGGUUUUAAUUUCUGAGCAGAUGAUUGUGCUGUGGGAACAGCACACAGUGAGGGUGCCUAGCACAAUGUCUGGCACAAAGUAGGUGCUUAAUAAAUAUUUGUUCAAUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-699.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -732.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 481.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((..(((((((.((..((((.((..((((((((((.((((((((((...........)).))))))))..(((.(((.(((((.((....)).)))))))).)))...)))))))))).))((((.....((....)).....)))).))))..)).)))))))..)).((((((((((((((.......))))))).......))).))))..(((((((((..(((((......(((........)))..((((((......)))))))))))............((((((((.((((((((....(((.(((..((((....)))).))))))...((((((((((....................)))))...)))))...(((((.((((..((((((.((((((((.......).)))......((((((.((((..((((.((...((.(((((..((..((...((((..((.....))))))...))..))..))))))).)).))))..)))).))))))..(((...........))).......))))))))))..))))))))).....((((.(((((.(((((((.((..((((.....((..((((........(((.......))).))))..)).....))))..)).)))))))........((((....((((......))))....))))........))))))))).((((..((((((....((((.((....(((((((..((((....))))..))).((((((((((....((...(.((((((((.(((....))))))).)))))...)).....)).))))))))........)))).....)).)))).....))))))..))))..(((((((..((((.(((........(((((((((((..((..((((((........))))))..))......(((((((((((..(((.(((.........).)).))).....))))))).)))).(((((.((....(((((((......)))))))((((.((.((.....))......(((((((((((.(((.((((((((.(.....).)))))))).............(((.(((((....))))).)))(((((((.((((((((.((((((..(((..(.....)..)))((((.((...(((...((((((.....((.((((........((.(((((......))))))))))).))....))))))...))).))))))....)))).)).)))))))).))))))).((.((((((((....)).)))))).))))).))))))....)))))......)).)))).))))))).)))))))))))........))).))))..).)))))).)))))))).))))))))...)))))))))((((.(((((((((..(((((((((.........(((((((.(((.......))).)))))))............((((((((((((((((.(((((((((...............(((((..................)))))...((((....))))..............(((((((((...))))))))).................((((((((((((((((..........))))))))........((((((((.....((.((.(((((..........))))))).))......)))))))).(((((((((......(((........))))))))))))((....)).....))))))))......))))))))).))))))))))))...))))..))))))))).)))))))))))))....((((((((....))))))))........(((((..(((...)))..)))))....)))))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((..(((((((.((..((((.((..((((((((((.,.,((((((({.,,,..{{{{|}||||}|||,.,||,,|||},|,}}})}})),}),}.},))))},))}..)))))))))}.}}((((.....((....)).....)))).))))..)).)))))))..)).((((((((((((((.......))))))).......))).))))..(((((((((.(((.((.(({{.,({{{,,({{{,{({(((((((......))))))),)).,.}}},....,,|||.((((.((((,,{,.....((.((((.((((((((.({,.(((((((..((({((((({...............,.,..}}}}}...}}}}}...{{{{{.{,{,.,|||||({({(((((({{{..,.|.|||,,,...{{|{||}||{({{((((,{,,{{({.(((({.,((..,,.,}||||},||},,,})))}}|,{{|}..,}..}|||}},.},.,}}}..}}}}..}}})).,{{,....,,...,,))).......|,||||||||..|||||||,|({...((((.(((((.(((((((.((..((((.....((.,(({(,.{{,...{,,...},,,))).))))..}}.....))))..)).)))))))..,.....((((....((((......))))....))))....,,..)))))))))...})}.|||,|}}}..|||.}}}}}.,...{(((..((((....))))..))))},.)))})),,)||.|||.,.|||{||{,.{{(,..,||||}}|,|}}},}})))},,,}).,)))))))))...),..)))))))).)))).)).........))}}.))),.{{{((((,,((((,(((...,....(((((((((((..{(..((((((........))))))..)}...||,(((((((((((..(((.(((.........}.)).))).,...))))))).)))),((({(.{,...,{(((((|....|||,}}))}{{|{.{{,||,,,,.}}......(((((((((((.(((.((((((((.{.....}.)))))))}.}},........{(((.(((((....))))).)))(((((((.((((((((.((((((.,{(({,(..,,.|..,,||||,.,|}}}|((,..(((({(,{...((,((((.{,.....,..|||{||||.,.))))),))))}.}}.||,}}}})},..))).)})}))}.,.)))).)).)))))))).))))))).((.((((((((....))}}})))).))))).))))))....))))}.....,)).)))).))))))).)))))))))))....,...))).})))}.)))))))).,)))})),.)))),)).))))))))))))((((.(((((((((..(((((((((.........(((((({.(((.......))).}))))))............{(((((((((((((((.(((((((((...............{{{,,....,,...,{,|,....,,,,....((((....)))).....,.,|,,...(((((((({...)))))))))......,..........((((((((((((((((........,.)))))))}........((((((((.....((.((.(((((.{{....,,.)))),)).))......)))))))).(((((((((......(((........))))))))))))((....)).....))))))))......))))))))).))))))))))))...)))}..))))))))).)))))))))))))....((((((((....))))))))........(((((..(({...}))..)))))....)))))))...,,.......,,..........
Back