Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_201222.3
Sequence Length
2136 nt
GC Content
0.5403
AGAGCUGCCGCGCUGGCACAUCUUCCUGGAGAAGGGGAGGGUGCGGCUGCAGAGAAUUGAGACUUAGAAGCUUUGAAUUCCUGUAUCUGAGAACGGAGUCGUUGGGGGUGGUGGAGGGGGUUGGAAUUGGGGACCUACGGAAGGCUCAGCUCUUGCCAGGCCAAAUUGAGACAUGUCUGACACAAGCGAGAGUGGUGCAGGUCUAACUCGCUUCCAGGCUGAAGCUUCAGAAAAGGACAGUAGCUCGAUGAUGCAGACUCUGUUGACAGUGACCCAGAAUGUGGAGGUCCCAGAGACACCGAAGGCCUCAAAGGCACUGGAGGUCUCAGAGGAUGUGAAGGUCUCAAAAGCCUCUGGGGUCUCAAAGGCCACAGAGGUCUCAAAGACCCCAGAGGCUCGGGAGGCACCUGCCACCCAGGCCUCAUCUACUACUCAGCUGACUGAUACCCAGGUUCUGGCAGCUGAAAACAAGAGUCUAGCAGCUGACACCAAGAAACAGAAUGCUGACCCGCAGGCUGUGACAAUGCCUGCCACUGAGACCAAAAAGGUCAGCCAUGUGGCUGAUACAAAGGUCAAUACAAAGGCUCAGGAGACUGAGGCUGCACCCUCUCAGGCCCCAGCAGAUGAACCUGAGCCUGAGAGUGCAGCUGCCCAGUCUCAGGAGAAUCAGGAUACUCGGCCCAAGGUCAAAGCCAAGAAAGCCCGAAAGGUGAAGCAUCUGGAUGGGGAAGAGGAUGGCAGCAGUGAUCAGAGUCAGGCUUCUGGAACCACAGGUGGCCGAAGGGUCUCAAAGGCCCUAAUGGCCUCAAUGGCCCGCAGGGCUUCAAGGGGUCCCAUAGCCUUUUGGGCCCGCAGGGCAUCAAGGACUCGGUUGGCUGCUUGGGCCCGGAGAGCCUUGCUCUCCCUGAGAUCACCUAAAGCCCGUAGGGGCAAGGCUCGCCGUAGAGCUGCCAAGCUCCAGUCAUCCCAAGAGCCUGAAGCACCACCACCUCGGGAUGUGGCCCUUUUGCAAGGGAGGGCAAAUGAUUUGGUGAAGUACCUUUUGGCUAAAGACCAGACGAAGAUUCCCAUCAAGCGCUCGGACAUGCUGAAGGACAUCAUCAAAGAAUACACUGAUGUGUACCCCGAAAUCAUUGAACGAGCAGGCUAUUCCUUGGAGAAGGUAUUUGGGAUUCAAUUGAAGGAAAUUGAUAAGAAUGACCACUUGUACAUUCUUCUCAGCACCUUAGAGCCCACUGAUGCAGGCAUACUGGGAACGACUAAGGACUCACCCAAGCUGGGUCUGCUCAUGGUGCUUCUUAGCAUCAUCUUCAUGAAUGGAAAUCGGUCCAGUGAGGCUGUCAUCUGGGAGGUGCUGCGCAAGUUGGGGCUGCGCCCUGGGAUACAUCAUUCACUCUUUGGGGACGUGAAGAAGCUCAUCACUGAUGAGUUUGUGAAGCAGAAGUACCUGGACUAUGCCAGAGUCCCCAAUAGCAAUCCCCCUGAAUAUGAGUUCUUCUGGGGCCUGCGCUCUUACUAUGAGACCAGCAAGAUGAAAGUCCUCAAGUUUGCCUGCAAGGUACAAAAGAAGGAUCCCAAGGAAUGGGCAGCUCAGUACCGAGAGGCGAUGGAAGCGGAUUUGAAGGCUGCAGCUGAGGCUGCAGCUGAAGCCAAGGCUAGGGCCGAGAUUAGAGCUCGAAUGGGCAUUGGGCUCGGCUCGGAGAAUGCUGCCGGGCCCUGCAACUGGGACGAAGCUGAUAUCGGACCCUGGGCCAAAGCCCGGAUCCAGGCGGGAGCAGAAGCUAAAGCCAAAGCCCAAGAGAGUGGCAGUGCCAGCACUGGUGCCAGUACCAGUACCAAUAACAGUGCCAGUGCCAGUGCCAGCACCAGUGGUGGCUUCAGUGCUGGUGCCAGCCUGACCGCCACUCUCACAUUUGGGCUCUUCGCUGGCCUUGGUGGAGCUGGUGCCAGCACCAGUGGCAGCUCUGGUGCCUGUGGUUUCUCCUACAAGUGAGAUUUUAGAUAUUGUUAAUCCUGCCAGUCUUUCUCUUCAAGCCAGGGUGCAUCCUCAGAAACCUACUCAACACAGCACUCUAGGCAGCCACUAUCAAUCAAUUGAAGUUGACACUCUGCAUUAAAUCUAUUUGCCAUUUCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-859.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -891.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 547.35
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((.((((((((.(((((((......)))))))))))...(((((.(((((.(((((....)).))).))))))))))((((....))))...(((((((((....(((((.(((((..(((((((.....((((((((..(((((((((((((.............)))))......)))))))).(.(((((((((((((((((..(((..((((((.(((....((.((.((((((.....(((((((((((((..((((...(((((((.(((..(((((.(((((..(.(..((((...))))..).)..))))).).))))((((.(((((....((((((((((((((...(((((.....)))))...)))))))))))))).(((.(((....))).)))))))))))).......((((....))))...))).)))))))..))))..))).))))))).))).....(((((((...(((.((.((((...((((((.........))))))......((((......(((((((....))))))).....))))..........(((..(((((((.((((((((..((((((((..(((.........))).))))))))))))))))...)))))))..)))..)))).)).((((((((..((((..((((((((...(((((..((((..((.((.((...((((.((((((((((((.(((((((((((.((((((((((..((.(((((((((((.((((((.....(((((...((((.....)))).((.(((((.((((((((......)))))))))))))))))))).....))))))..))))))))))))).))))).))))).)))))......)))))).....((((....))))..((....)).....)))))))...)))..)).)))).....)).)).))..))))...))))).....((((((((....)))))))).........((((...))))))))))))...))))......(((((((((((..((.(((((((........(((((.(((((..........)))))))).))...............((((.(.(((((((((((.((........(((.(((.....((((...((((.(((((((((.....)).))))))).))))..)))).))))))(((..((((((((.((((((...((((..((......))..(((((.((((...((((((((....))))))))...)).))..(((......)))(((((((.(((.((((.((.(((((.((.(......).)).))))))).))))))).).))))))..((((((((((..(.(((((((((...))))))))).)...))........((((......)))).))))))))..(((..((((..((((....))))....))))..))).(((.......))).)))))........))))))).))).)))))))).)))............))))))))))))).).)))).)).)))))..)))))))....))))))...(((((((((....)))))))))..(((....))).))))))))...((((((((((((.(((..(((((((((............))))))))))))....((..(((........)))..))((((((....)))))).....(((...(((....)))...))).........(((((((((...((((.(((((((((..((((..((((..............))))..))))..))))))))).)))).((((.((((....))))))))..))))))))).))))))))))))...)))..))))))))))))).)))).(((((((.(....).)))))))))).)))))).)))..)))))))...)))))..........))))))))))))))))))))).)))....)).)))))....)))..)))))).)))).)....)))))).....(((((........)))))......(((...........))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((((((((((((((((((((.((((....{{,|(((((((((((.(((((((((.(...((((....,....,,{((,,{{(((...{(((....)))).,))))}..}}}((((((((..((((((((({{..,,..{(({,.(((((((((((((.............)))))......)))))))}(((((((,(((((((,(((((((({{{{{.,{{||||....((,,{{({((({,..,.(((((((((((((..((((...(((((((.(((..(((((.(((((.,(.,..((((...))))..).)..))))).).))))(((,{(((((....((((((((((((((...(((((.....)))))...)))))))))))))).(((.(((....))).)))))))))))).......((((....))))...))).)))))))..))))..))),,)))))).))},|||.,.,,..,...{{{..|||}}....((((((.,,....,.))))))..,,,.((((......(((((((....))))))).....))))..........(((..(((((((.(((((((,.,((((((((..{{{,.,......))).))))))))))))))))...)))))))..)))..||}|{{{,{{{{{{({,,(({{..(((({{{,...(((((..((((..((.((.((...((((.((((((((((((.(((((((((((.((((((((((..((.(((((((((((.((((((....,(((({...((((.....))||.((.(((({{((((((((......)))))))))))))))})))).....))))))..))))))))))))).)))))}))))).)))))......)))))).....((((....))))..{{,{,.,,...}})))))))...)))..)).)))).....)).)).))..))))...))))).....((((((((....))))))))...,....,((((,..,}}|}|||||}}...}})),},.|..,,|}}|||||..,{(((((..{{{{,|,..(((((.(((({..,....,..)))))))).,},,.....}},}}..})))).|))),,|))))}}.},.)}},}}}||}},(({{{(...,,.}}}|||.(((((((((.....)).))))))).,||{{{|||,....|{{{..{{(((((,(,{((((((..{({....{({({{({{{..,.)))))}},.,,{(((((((....)))))))},({{{....,|||..}}}.))))))),).}}|,}||||}||}|||||}|,}|.}}}}})},)})))))||{||}|||,,|.|{{{{{({.,,.}}},})))},(((((((((...))))))))),},,.}},},.}}}}||||......)))).)))))))))..)))))))))))}...}.))))),}))).)))).)))))))}.)}.,....)))).))))),...(((({{...,.(((({...})))}.....}.}))))((({.....))))|{||||..|{||{{{,{{{|||{{{.,,((||{{,..(((((((((....)))))))))..|{{,..{|{{((((((((,,{,{{((((((,,(({((,..(((((((((.,{.......,.))))))))),}}..,,|{..|||.,}},,..)))}.))||||{|,...)))))).}}).(((...(((....)))...)))..{{{{{{{(((((((((.,.((((.(((((((((..((((..((((.........,....))))..))))..))))))))).)))).{(((.((((....)))))))),.)))))))))...,)))))))}}}),)),,,))))))}))))))})))))))....)))))))))))|||{|,{{(((|,,,.,}},,}|}}|||{,..{{({{,...,,,,..,|||,||}}},,},|||,||{{|{((({{{.......,........,,......))))))).))),},.,,,.,{{,,...}})}})},)}....,,|||,,,....,,.,})}..,,,,...
Back