Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_206821.4
Sequence Length
3790 nt
GC Content
0.4538
GUCACACCGACCUGCACCAUCUCUCGCCUGCCUGUGGGGUUUCUGUCAACUAGUCGUGGAGGGAAGGAGACUCUUUAAAGAAUAACAUCUUAUUGUGGCCAUGCCAGAACCCACUAAGAAAGAGGAAAAUGAAGUGCCAGCCCCAGCCCCACCCCCGGAAGAACCAAGUAAAGAGAAGGAGGCCGGAACUACACCAGCAAAAGACUGGACCCUUGUCGAAACUCCUCCUGGGGAGGAACAAGCCAAGCAGAAUGCCAACUCCCAGCUGUCCAUCUUGUUCAUUGAAAAACCUCAAGGAGGAACAGUGAAAGUUGGUGAAGAUAUCACCUUCAUAGCCAAAGUCAAGGCUGAAGAUCUUCUGAGAAAACCCACUAUCAAAUGGUUCAAAGGAAAAUGGAUGGACCUGGCCAGCAAAGCCGGGAAGCACCUUCAGCUGAAGGAAACCUUUGAGAGGCACAGUCGGGUGUACACAUUUGAGAUGCAGAUCAUCAAGGCCAAAGAUAACUUUGCAGGAAAUUACAGAUGCGAGGUCACCUAUAAGGAUAAGUUUGACAGCUGUUCAUUUGAUCUUGAAGUGCACGAAUCUACUGGGACUACUCCAAACAUUGACAUCAGAUCUGCUUUCAAGAGAAGUGGAGAAGGUCAAGAGGAUGCAGGAGAACUUGACUUUAGUGGUCUCCUGAAACGUAGGGAGGUGAAGCAGCAGGAGGAAGAACCCCAGGUGGACGUAUGGGAGUUGCUGAAGAACGCGAAACCCAGUGAGUACGAGAAGAUCGCCUUCCAGUAUGGAAUCACCGACCUGCGCGGCAUGCUCAAGCGACUCAAGCGCAUGCGCAGAGAGGAGAAGAAGAGCGCAGCUUUUGCAAAAAUUCUUGAUCCUGCAUAUCAGGUUGACAAAGGAGGCAGAGUGAGGUUUGUUGUGGAGCUGGCAGAUCCAAAGUUGGAGGUGAAAUGGUAUAAAAAUGGUCAAGAAAUUCGACCCAGUACCAAAUACAUCUUUGAACACAAAGGAUGCCAGAGAAUCCUGUUUAUCAAUAACUGUCAGAUGACAGAUGAUUCAGAGUAUUAUGUGACAGCCGGUGAUGAGAAAUGUUCCACUGAGCUCUUCGUAAGAGAGCCUCCAAUUAUGGUGACCAAACAGCUGGAAGAUACAACUGCUUAUUGUGGGGAGAGAGUGGAAUUAGAAUGUGAGGUGUCUGAAGAUGAUGCCAAUGUAAAAUGGUUUAAGAAUGGUGAAGAGAUUAUCCCUGGUCCAAAAUCAAGAUACCGAAUUAGAGUUGAGGGUAAAAAACACAUCUUGAUCAUAGAGGGAGCAACAAAGGCUGAUGCUGCAGAAUAUUCAGUAAUGACAACAGGAGGACAAUCAUCUGCUAAACUUAGUGUUGACUUGAAACCUCUGAAGAUUUUGACACCUCUGACUGAUCAGACUGUAAAUCUUGGAAAAGAAAUCUGCCUGAAGUGUGAAAUCUCUGAAAACAUACCAGGAAAAUGGACUAAAAAUGGCCUACCUGUUCAGGAGAGUGACCGUCUAAAGGUGGUUCACAAGGGAAGGAUCCACAAGUUAGUGAUAGCCAAUGCCCUCACUGAAGAUGAAGGUGAUUAUGUAUUUGCACCUGAUGCCUACAAUGUUACUCUGCCUGCCAAAGUUCAUGUUAUUGAUCCUCCUAAGAUCAUCCUGGAUGGUCUUGAUGCUGACAACACAGUGACAGUGAUUGCAGGAAACAAGCUUCGUCUUGAGAUCCCCAUCAGCGGAGAACCACCUCCUAAAGCCAUGUGGAGCCGGGGAGAUAAGGCUAUUAUGGAAGGCAGUGGCCGGAUAAGAACAGAAUCUUACCCUGAUAGCAGCACUCUGGUCAUUGAUAUAGCUGAAAGAGAUGACUCUGGUGUUUACCACAUCAAUCUGAAAAACGAAGCUGGAGAGGCACAUGCAAGCAUCAAGGUUAAAGUUGUGGACUUCCCUGAUCCUCCAGUGGCACCGACUGUGACAGAGGUGGGAGAUGACUGGUGUAUCAUGAACUGGGAGCCUCCUGCCUACGACGGAGGCUCUCCAAUCCUAGGAUAUUUUAUUGAGAGGAAGAAGAAACAAAGCUCCAGGUGGAUGAGGCUGAAUUUUGAUCUCUGCAAAGAAACAACUUUUGAGCCCAAGAAGAUGAUUGAAGGUGUGGCCUAUGAGGUCCGCAUCUUUGCAGUCAAUGCCAUUGGCAUCUCCAAGCCCAGUAUGCCCUCCAGGCCUUUUGUUCCUUUGGCUGUAACAAGCCCUCCUACUCUUCUGACUGUGGACUCUGUCACUGACACGACUGUCACGAUGAGGUGGCGCCCCCCAGACCACAUUGGUGCAGCAGGUUUAGAUGGCUAUGUGCUAGAGUAUUGCUUUGAAGGAACUGAGGACUGGAUAGUUGCAAACAAAGAUCUGAUUGACAAGACGAAGUUCACCAUCACAGGUCUGCCAACAGAUGCAAAGAUCUUUGUGCGUGUGAAGGCUGUUAAUGCAGCUGGUGCCAGCGAGCCCAAGUACUAUUCUCAGCCCAUUCUCGUGAAGGAAAUCAUAGAACCUCCAAAGAUUCGCAUUCCAAGACACCUGAAGCAAACCUAUAUCCGCAGAGUUGGAGAAGCUGUCAAUCUGGUUAUACCUUUCCAGGGAAAACCAAGACCAGAAUUAACUUGGAAGAAGGAUGGUGCAGAAAUUGAUAAGAAUCAAAUAAACAUUCGCAACUCUGAGACUGAUACAAUCAUAUUUAUUAGAAAAGCAGAGAGGAGCCACUCUGGGAAAUAUGAUCUGCAAGUCAAAGUGGACAAAUUCGUGGAGACCGCAUCAAUUGACAUCCAGAUCAUUGACCGUCCAGGUCCACCCCAAAUUGUGAAGAUUGAGGAUGUCUGGGGAGAAAAUGUCGCUCUCACAUGGACUCCACCAAAGGAUGAUGGAAAUGCUGCUAUCACAGGCUAUACCAUUCAGAAGGCUGACAAGAAGAGCAUGGAAUGGUUUACUGUCAUUGAGCAUUAUCAUCGAACCAGUGCCACCAUUACUGAAUUGGUCAUAGGGAAUGAAUAUUACUUCCGGGUCUUUUCUGAAAACAUGUGUGGCCUCAGUGAGGAUGCCACCAUGACUAAAGAGAGUGCAGUGAUCGCCAGGGAUGGUAAAAUCUACAAAAAUCCAGUGUAUGAAGACUUUGAUUUCUCAGAGGCACCCAUGUUUACUCAGCCUUUGGUUAACACCUAUGCCAUAGCUGGUUACAAUGCCACCCUAAACUGCAGUGUGAGAGGAAAUCCUAAGCCUAAAAUAACCUGGAUGAAAAACAAAGUUGCUAUUGUGGAUGAUCCAAGAUACAGGAUGUUCAGCAACCAGGGAGUCUGUACCCUGGAAAUUCGCAAGCCCAGCCCCUAUGAUGGAGGCACUUACUGCUGCAAAGCAGUCAAUGACCUUGGGACAGUGGAGAUUGAAUGCAAACUGGAGGUGAAAGUCAUUGCACAAUAAGGAUUUUUGAAUGUAUAAUAUCAUCUAAGGUGGGCUCUCCUUCUGCAGACUCCUCUUGCAAGGCGUACCUCCAAACAUAAUUGAUUCGUAUCUGCGAGACUUACACUCAAGCAAUCCUGAGGAAUACUGAGGGAGGGCCUGGCUACUGUCUCUCUGCACUCUGCUGCUUUGAAAUCUGGUUGAAAUGAGAAAAAGCAUUUUCUGUUUUCCCACCAGGCCCCCAAGUGUGGUCUUUUUCUUUCCUCCUAAUGUUGAAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAGUUUGCCCAGAUUGCUUAAUUAAAAAUUGCAAACAAAAUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1092.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1164.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 984.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.((..(((............)))..)).)).(((((.(((((.......(((((((((((((((((((.((((......)))).((.((((...)))).)).........))))))...........(((((..(((...(((...((....((((((.((...((.((((.(.((((..................)))).))))).))...))((((((...))))))....((...)).....(((((((....(((((((.(((((...............))))).)).)))))...)))))))((((((.....(((((..(((........))))))))))))))(((............)))..))))))...))....))).)))..)))))(((.((((((.(((((..(((((....)))))...(((.(((..(((((.......(((.(((.(((((..((((((((((.....((.......((((((((............)))))))).........(((((.(((((.(.....((((..((.(((((.(((((..((((((..((((....(((((((((..(((.(((..(((((((((....((.(((.((..(((((((((..((((((((....((.((((.....((((((....((((((..(((((..(.((.(((((..((.(..(..(((..((..((((..((((........))))..)))).))..)))..)..).))..))))).))...)..)))))..))))))..((((((....((.......))))))))......))))))...))))))...))))))))....))))))))))).))).)).(.....)...))))))))).))).))))))).))))).(((((...(((.((((((((((....((((((......((((.........))))..))))))....(((((((.......))))))).(((.((((....(((((((....((((((.((((....((...)).....)))).))))))....)))))))....))))..)))..(((((...))))).)))))))))).))))).)))..(((.((.......)).)))......(((((..((((((((.(((.........((((((((..((.((((((((((......(((((((((...((..((((((((.((((........(((((((((((..............)))).........))))))).....))))((((.((.....)).)))).......(((((((..........(((((.((((((.(.((((....))))).))).)))...))))).(((((((..(((..(((((....))))).)))))))))).........(((((((((.(((......(((((.((((.(((((((((..(((.((((...((..(((((((((((((..(.(((.(((.((...((.((.(((...((((((..(((((((.((.......((.(((((..(((((.........)))))....))))).))(((((((((.....((((..((((.(((((...((((..((((((((.((....((((((((((...)))))))))).....)).....))))))))..))))))))).....((((((((.((.((((.....(((((((((......)))).....(((((...((((..........))))..)))))....((((((((((((((((......)))))..(((....)))...))))))))))).....))))).((((....))))(((((.....))))).)))).))..))))))))..))))..))))....))))).))))..)).)))))))))))))))).)).)))))))))))..))).)))..)))))))..))...)))).))).......(((((((((((..(....)..)))))))).))).)))).)).))).)).)).))))).............))).)))))))))...)))))))..))))))))........))...)))))))))........((((((((((((((((((...))).)))))))))..))))))....))))))))))))......))).))))).(((((.((((..((((((((((((......))))..............(((.(((((...((((((((..(..((((..(((((.(((((......))..))).)))))..))))..)..)))).))))...)).))).)))........)))))))).)))).))))).(((((((((((.(((((((..(((...((......))....))))))))))(((..((.(((((..........))))).))..)))))))..)))))))((.((......)))).))).))))))))..)))))(((.((((......)))))))...)))).))))))))))).)))))))..))))))))))...))))).((((((((((((..(((((((((((.((((.((((((((((.....................))))))..))))))))..))))..))))).))..))..........)).))))))))...((((((..........)))))).....(((((........)))))))....))))))))))..)))))))).))).....((((...)))).......(((((((.((((...((((.....))))(((........)))..))))..)))))))(((((((...((((.......))))...)))).)))..((.((((((.((((((.(.((.((((.....(((((((.....(((.........)))...)))))))...)))).)).))))))).))))))..)).))))).(((.........)))))).)))............))))).)).)))).)))....((((.(((((.((......)).))))))))).......(((((((((.((.((((..((((((((.......(((((((((.(((((....((((((.(((((.(((.((((....(((..((.((((...((((..........))))..)))))).))).)))).........((((((((((((((....)))...((...........))...............(((..(((((((.((((........)))).........((((((........))))))..))))))))))...(((((......)).))).))))).))))))..(((.(((((..((..........))..))))).)))...)))))))).))))))..))))).....))))))))).........))))))))..))))(((((((((((.......(((((((((..((.(((.(((((.........(((....))))).)))...))).))...))))....))))).....))))))))))).(((....))))).)))))))))(((((((((...((((((.((((..((((((....))))))..))))..))))))....)))).)))))..)))))))))))))....)))))..))))).............((((((...((((...........)))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,...,,,||..{({......,,,{,.}},..))}))}{((((.(((((.......((((((((((((({{{{,..,{{{......||||,{(.((((...)))).}}.{{.,|..,,.}},||....{{.{({,((.(({{(..{.{,.,,,,.((..,..}}..{,...{,,,,||.|}|,||.,}}.,.{{{{,....}.)))).}}|||,}}...,,||{|||.,,))}))}.,|||{,,(((((...(((((((..{.(((((((.(((((...............))))).)),,))))}..)))))))((((((.....((((,.{(((........)))))))))))))).{((((.(((({({{{,..|||||(((((((........,,..((((((.......)))))).....(((((....)))))...)))))))..(((((....,{,(({.(((.(((((..((((((((((.....((..,,...((((((((............))))))))...||....(((((.(((((.{.{{{.{(((..((.(((((.(((((..((((((..((((....(((((((((..(((.(((..(((((((((,,..{{.(((.((..(((((((((..((((((((..,,{{.((({.....((((((....{(((((..(((((..({,(.(({((..,,.|,}|.,{||.,(.,.((((..((((........))))..)))).}}.}),|,,...,.)),.)}|||.},.}}},.)))))..)))))|,,((((((....((.......))))))))}}....))))))...})))}}.,,))))))))....))))))))))).))).)).,.}},,,...}}))))))).))).))))))).))))){{((({..{((,.,((((((((({...((((((......((((,,....,,.))))..))))))....|||||||,,,,...,})))))}|||.{{{{,||,{((((((....((((((.((((,,,,,,..,}...,,.}))).))))))....))))))}....||||{{|||.((((((,....))))))|}|||,,,.})),}.,,,..|||.||},,.,,.,,.}}},,....||(((..((((((((.{{,.......,.((((((({..{,.((((((((((.....,((((({(((.,{(({.{({(({{{{{{((.{{{{...{(({{{{((((..............)))}........,}}}}|||{,{{{{((,{(((.{{...,,||.}}}}{((((,,.{(({{,........,.{((((.((((((.{,((({....))))}.))).)))...)))))}||{||||},,|{},||||,.,,,))))).))),,}}|||,,.......{((((((((.(((.{....(((((.{{,,.{{{((((({..,{(,{(((...{{..((((((((({(((..(.(((.(((.((...((.((.((,..{((((((..(((((((.(((((((..((....))..)))))},.......,||||....,},}},}}(((((((((.....((((..((((.(((((...,,,(({((((((((.,,..,.((((((((((...))))))))))..,..}}.....)))))))).})))))))))...,.((((((((.((.((((.....(((((((((......)))).....(((((...((((..........))))..)))))....((((((((((((((((......)))))..(((....)))...))))))))))).....))))).{(((....)))|(((((.....))))).)))).))..)))))))),.))))..))))....))))),,)))..}}.)))))))))))))))).)).)))))))))))..))).})),.,))))))..}}..,)))).}}}.......{((((((((((..{....}..)))))))),))}.||}}.}},}}}.,}.)).}}))).........,...))).)))))))))..||||}||..,||,}}|||....,,,.,),,.})))})))),.......{(((((((((((((((((...))).)))))))))..)))))}.||,})))))))))}},..,..))).})))),(((((.((((..((((((((((((......))))...,,,{{{...,||{,||||{{..,((({{(((,.{..{{(||,({{{{.{((((,.....},..,)).)}})),,))))..),.}}}}.})))...}},)}}||||...}},..)))))))).)))).))))).{(((((({(((.(((((((..(({...{,....,,}}....}}})))))))(((..((.(((((.{|....}}.))))).))..)))}))}..})))))}{(.{{......)))).,,}.))))))))..)))))|||.((({......))))))},,}}))}.))))))))))).)))))))..)))))))))}...}}))).(((((((({{({..{((((({((((.((((.((((((((((..,,..............,..)))))),.,))))))}..))))..})))),.}..))..........)).))))))))...((((((.,,.....,,)))))).....{{{((,{......))))))}....))))))))))..)))))))).})}..,|}(((({{.|||,.......(((((((.((((...((((.....))))(((........)))..))))..))))))){((((((...,{{{..,}}}},)))}}.)))),)},..{(.((((((.((((((.{.,{.((((.....(((((((.....(((.........)))...)))))))...)))).},.})))))).)))))}..)).)))))||||,,..,,...))))....,((({,{,...,,,.)))))))).))))),,,...((((.(((((.((......)).))))))))).....,,(((((((((.({.((((..((((((((..,,,..(((((((((.(((({....((((((.(((((.(((.((((....(((,.((,((({,,.{(((..........)))).}))))}|.}}}.}))).........{(((((((((((((....)))...,{..........,|}.,......,...,,{{{,.{{{({(({.{(((........)))),})}.}}},((((((........))))))...,,,}},,.,...(((((......)).))).))))).)))))}..(((.{((((..((,{|...,}}.))..))))}.)))...)))))))).)))))).,))))).....)))))))))...}.,,..))))))))..)))}(((((((((((.,.,,,.(((((((((.,((.{{{,||,{{........,}.,{{{{...,)})))...}}}.}},..)))}....)))))...,.))))))))))).{{{..,,))))).))))))))),)))))},}...,(((((.((((..((((({....))))))..))))..)))))|,......}},,)))}}))))))))))})}....)))))},)))},.............((((((...{{((...........}}}})))))).........
Back